74 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5419 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5419  hypothetical protein  100 
 
 		 82 aa  162  2.0000000000000002e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.277683  normal  0.663119 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1782  DNA-binding protein  60.76 
 
 		 82 aa  95.9  2e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.684627  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2449  hypothetical protein  41.98 
 
 		 88 aa  65.5  0.0000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3079  hypothetical protein  44.16 
 
 		 88 aa  63.9  0.0000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3182  XRE family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 217 aa  62  0.000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.0000000447184  normal  0.0403938 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1531  transcriptional regulator, XRE family  49.33 
 
 		 154 aa  60.8  0.000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0335  DNA-binding protein  41.56 
 
 		 89 aa  60.1  0.00000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.372154  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1039  hypothetical protein  47.3 
 
 		 94 aa  60.1  0.00000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0953795  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3428  hypothetical protein  43.59 
 
 		 85 aa  59.3  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.450139  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7220  transcriptional regulator, XRE family  44.16 
 
 		 82 aa  57.4  0.00000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0596093  n/a   
 
 
-
 
NC_011760  Mchl_5749  hypothetical protein  40.51 
 
 		 93 aa  55.8  0.0000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5911  putative transcriptional regulator, XRE family  43.42 
 
 		 105 aa  56.2  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.432156 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1818  hypothetical protein  44.12 
 
 		 75 aa  55.5  0.0000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2645  hypothetical protein  41.46 
 
 		 143 aa  55.1  0.0000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1704  hypothetical protein  41.33 
 
 		 100 aa  55.1  0.0000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0207  XRE family transcriptional regulator  49.23 
 
 		 75 aa  54.3  0.0000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0720343  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0264  hypothetical protein  47.22 
 
 		 86 aa  53.5  0.0000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.926101  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1805  hypothetical protein  44.3 
 
 		 97 aa  53.5  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00848511 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3071  transcriptional regulator, XRE family  41.98 
 
 		 84 aa  53.1  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3594  putative PAS/PAC sensor protein  41.77 
 
 		 361 aa  53.1  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.419361  normal  0.346038 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0293  hypothetical protein  41.89 
 
 		 84 aa  52.8  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.770993 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0132  XRE family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 88 aa  52.4  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010374  M446_7049  hypothetical protein  49.23 
 
 		 90 aa  52.8  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5034  XRE family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 69 aa  52.4  0.000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1498  hypothetical protein  42.86 
 
 		 85 aa  52  0.000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.152901  normal  0.507716 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0615  XRE family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 85 aa  52  0.000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0174631 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1517  XRE family transcriptional regulator  41.25 
 
 		 85 aa  51.6  0.000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.788491  normal  0.176287 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8419  transcriptional regulator, XRE family  48.39 
 
 		 490 aa  52  0.000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.310516  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6881  transcriptional regulator, XRE family  39.47 
 
 		 106 aa  51.2  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.879707  normal  0.858405 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0324  hypothetical protein  41.89 
 
 		 99 aa  50.8  0.000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.929331 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3179  XRE family transcriptional regulator  45.07 
 
 		 83 aa  50.8  0.000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.233031  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3020  XRE family transcriptional regulator  41.56 
 
 		 84 aa  50.4  0.000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6201  XRE family transcriptional regulator  44.62 
 
 		 1350 aa  50.4  0.000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.692672  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4134  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 267 aa  50.1  0.00001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3825  GAF domain-containing protein  40 
 
 		 276 aa  50.1  0.00001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0507581  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3679  hypothetical protein  40.54 
 
 		 83 aa  49.3  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1230  helix-turn-helix domain-containing protein  39.47 
 
 		 85 aa  49.3  0.00002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5172  XRE family transcriptional regulator  40.7 
 
 		 104 aa  48.5  0.00003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00460667  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1298  hypothetical protein  40 
 
 		 90 aa  48.1  0.00004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1209  XRE family transcriptional regulator  45.07 
 
 		 88 aa  48.1  0.00004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3526  XRE family transcriptional regulator  45.07 
 
 		 88 aa  48.1  0.00004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.335208  normal  0.820546 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3328  XRE family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 77 aa  47.8  0.00005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0256  hypothetical protein  37.66 
 
 		 81 aa  47.8  0.00005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1557  transcriptional regulator, XRE family  38.55 
 
 		 90 aa  47.8  0.00006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.684199  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0641  XRE family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 90 aa  47.4  0.00006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0228908  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5392  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 107 aa  47  0.00008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.6376  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3920  XRE family transcriptional regulator  39.76 
 
 		 92 aa  45.8  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2611  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 84 aa  46.2  0.0002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3854  hypothetical protein  40 
 
 		 99 aa  45.8  0.0002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1506  transcriptional regulator, XRE family  38.89 
 
 		 78 aa  46.2  0.0002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4052  XRE family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 103 aa  45.1  0.0003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0163  XRE family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 85 aa  44.7  0.0005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.721836  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5345  PAS fold-3 domain protein  43.55 
 
 		 338 aa  44.3  0.0006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.929152 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1666  PAS sensor protein  39.68 
 
 		 341 aa  43.9  0.0007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.239121  hitchhiker  0.00438569 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0714  XRE family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 87 aa  43.9  0.0007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.563976  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3835  hypothetical protein  38.46 
 
 		 89 aa  43.9  0.0007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0821585  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4859  PAS domain-containing protein  32.39 
 
 		 338 aa  44.3  0.0007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0603  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 78 aa  43.1  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.000000347962  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1107  XRE family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 91 aa  43.1  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5399  PAS sensor protein  40.32 
 
 		 338 aa  43.1  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2489  PAS sensor protein  46.88 
 
 		 366 aa  43.5  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.109724 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7725  hypothetical protein  40.85 
 
 		 83 aa  43.5  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0293136  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0399  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 78 aa  43.1  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.0000208338  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5561  transcriptional regulator (lambda repressor-like DNA-binding domain)  40 
 
 		 1346 aa  42.4  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3386  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 83 aa  42.4  0.002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.449636  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2473  helix-turn-helix domain-containing protein  37.04 
 
 		 103 aa  42.7  0.002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3883  transcriptional regulator, XRE family  35 
 
 		 94 aa  42.4  0.002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.105011 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0389  XRE family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 359 aa  42.4  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5399  putative PAS/PAC sensor protein  34.25 
 
 		 74 aa  42  0.003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.686333  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2926  XRE family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 103 aa  42  0.003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0528  XRE family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 87 aa  42  0.003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.16172  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5078  hypothetical protein  38.67 
 
 		 105 aa  42  0.003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5405  XRE family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 86 aa  41.6  0.003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.784504  normal  0.232793 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2280  hypothetical protein  36.62 
 
 		 75 aa  40.8  0.007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>