More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_2978 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3111  sensory box histidine kinase  82.66 
 
 
423 aa  726    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.019274  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2978  PAS  100 
 
 
424 aa  867    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.317341  normal  0.6882 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0655  multi-sensor hybrid histidine kinase  50.25 
 
 
864 aa  372  1e-102  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2026  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.12 
 
 
964 aa  333  2e-90  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3083  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  53.77 
 
 
845 aa  327  3e-88  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3272  multi-sensor hybrid histidine kinase  45.19 
 
 
1011 aa  316  4e-85  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2717  sensory box histidine kinase/response regulator  47.88 
 
 
676 aa  315  9e-85  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.230475  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2450  PAS  48.47 
 
 
676 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00154072 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1053  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.55 
 
 
1059 aa  306  3e-82  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.111783  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2976  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  50.99 
 
 
889 aa  295  1e-78  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.29382  normal  0.115477 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2740  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.54 
 
 
943 aa  294  2e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2045  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  51.58 
 
 
812 aa  293  3e-78  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000148537 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0364  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.8 
 
 
1013 aa  291  1e-77  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2967  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.79 
 
 
949 aa  290  2e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.291071  normal  0.350737 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3532  PAS  46.84 
 
 
691 aa  290  5.0000000000000004e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.804686  normal  0.0772354 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2578  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.99 
 
 
689 aa  288  1e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.800994 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1870  sensory box histidine kinase/response regulator  45.57 
 
 
691 aa  287  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1306  PAS sensor Signal tranduction histidine kinase  41.54 
 
 
949 aa  286  5e-76  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.124542  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0036  histidine kinase  51.92 
 
 
556 aa  284  2.0000000000000002e-75  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.526737  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3336  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  48.62 
 
 
1065 aa  283  5.000000000000001e-75  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.115718  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4776  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.24 
 
 
1086 aa  281  1e-74  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.108623  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4259  PAS sensor protein  43 
 
 
1086 aa  281  2e-74  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.127746 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4625  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43 
 
 
1092 aa  281  2e-74  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0802  PAS sensor protein  48.47 
 
 
1065 aa  281  2e-74  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3355  PAS  54.34 
 
 
646 aa  279  7e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.996652  normal  0.102892 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0770  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  50.62 
 
 
814 aa  278  1e-73  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.486726  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3298  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40 
 
 
922 aa  277  3e-73  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.25103 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4432  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.56 
 
 
858 aa  276  7e-73  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2780  histidine kinase  53 
 
 
558 aa  275  9e-73  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5545  two component sensor kinase/response regulator hybrid  39.95 
 
 
1036 aa  273  3e-72  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1031  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.84 
 
 
689 aa  272  1e-71  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6445  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.92 
 
 
830 aa  272  1e-71  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0224728  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3584  sensory box histidine kinase/response regulator  53.58 
 
 
646 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4732  multi-sensor hybrid histidine kinase  50.68 
 
 
728 aa  270  2.9999999999999997e-71  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4603  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.3 
 
 
783 aa  270  4e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6212  multi-sensor hybrid histidine kinase  52.59 
 
 
999 aa  270  4e-71  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0712  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.59 
 
 
827 aa  270  5e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4307  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.61 
 
 
806 aa  269  5.9999999999999995e-71  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.767019  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2810  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.7 
 
 
998 aa  268  8.999999999999999e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1830  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.05 
 
 
1165 aa  266  8e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3491  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.12 
 
 
966 aa  265  2e-69  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.691252 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1778  PAS  42.97 
 
 
956 aa  264  3e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.584017  normal  0.493951 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0149  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.96 
 
 
957 aa  263  4e-69  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.324886  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2535  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  55.51 
 
 
688 aa  263  4e-69  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.121998  normal  0.468356 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1490  sensory box histidine kinase/response regulator  38.93 
 
 
695 aa  263  6e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.135352  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0098  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  54.07 
 
 
1050 aa  262  6.999999999999999e-69  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6214  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  50.53 
 
 
772 aa  262  8.999999999999999e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.459564 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3696  sensory box histidine kinase/response regulator  42.2 
 
 
827 aa  261  1e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.652711  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3138  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.08 
 
 
647 aa  260  4e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.825955 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3914  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.72 
 
 
1022 aa  259  5.0000000000000005e-68  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.1  normal  0.0660292 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3535  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  53.31 
 
 
695 aa  259  8e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.02065  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0471  multi-sensor hybrid histidine kinase  52.73 
 
 
1225 aa  259  8e-68  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.221036  normal  0.153067 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2137  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  49.81 
 
 
943 aa  258  1e-67  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0146  multi-sensor hybrid histidine kinase  54.24 
 
 
1381 aa  258  1e-67  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.436687 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5761  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.94 
 
 
708 aa  258  1e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3087  ATP-binding region, ATPase-like  42.25 
 
 
847 aa  258  1e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.373882  normal  0.0754896 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0437  PAS sensor protein  51.95 
 
 
1225 aa  256  4e-67  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.719852  normal  0.440419 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2267  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.49 
 
 
721 aa  256  6e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0115994  normal  0.0775846 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3632  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.18 
 
 
686 aa  255  9e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2521  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.07 
 
 
571 aa  255  1.0000000000000001e-66  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0595753 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4268  histidine kinase  40.55 
 
 
575 aa  254  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.396925 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1300  PAS  37.3 
 
 
695 aa  253  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.233563 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0540  multi-sensor hybrid histidine kinase  55 
 
 
1089 aa  253  4.0000000000000004e-66  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0508  multi-sensor hybrid histidine kinase  52.34 
 
 
1215 aa  253  5.000000000000001e-66  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.722414  normal  0.07841 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2652  histidine kinase  51.76 
 
 
556 aa  252  7e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6183  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  53.91 
 
 
916 aa  252  1e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.24256 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4630  multi-sensor hybrid histidine kinase  53.31 
 
 
845 aa  251  2e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.153941 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3791  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  54.32 
 
 
492 aa  250  3e-65  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.107728 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0878  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  52.63 
 
 
754 aa  249  5e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.307069  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0764  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  51.6 
 
 
568 aa  249  6e-65  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1701  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.71 
 
 
571 aa  249  6e-65  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0239416  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0235  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.94 
 
 
941 aa  248  1e-64  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5389  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  52.44 
 
 
762 aa  248  1e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2229  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  50 
 
 
553 aa  247  2e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.638317 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5380  multi-sensor hybrid histidine kinase  48.28 
 
 
890 aa  247  3e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.622794 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1449  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.05 
 
 
977 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.416631 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4108  multi-sensor hybrid histidine kinase  52.32 
 
 
1095 aa  244  3e-63  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4726  multi-sensor hybrid histidine kinase  50.78 
 
 
625 aa  243  3e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.140851  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0541  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  41.96 
 
 
575 aa  243  3.9999999999999997e-63  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3679  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.27 
 
 
979 aa  243  5e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.138825  normal  0.0339746 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5251  histidine kinase  47.59 
 
 
571 aa  242  1e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.782087 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3545  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  49.6 
 
 
553 aa  241  2e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.70141  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3140  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.37 
 
 
703 aa  241  2e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3901  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  49.44 
 
 
661 aa  241  2e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0390399  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5728  multi-sensor hybrid histidine kinase  49.11 
 
 
727 aa  240  2.9999999999999997e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0029  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.46 
 
 
732 aa  240  4e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.598305 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2378  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  49.79 
 
 
551 aa  238  2e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.81922 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3335  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.08 
 
 
942 aa  236  4e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1730  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  53.19 
 
 
1103 aa  237  4e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.747769  normal  0.0625523 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0137  sensory box histidine kinase/response regulator  39.66 
 
 
611 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2043  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.77 
 
 
691 aa  236  5.0000000000000005e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.10086  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1307  sensory box histidine kinase/response regulator  39.66 
 
 
611 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1455  PAS sensor protein  53.19 
 
 
1092 aa  236  5.0000000000000005e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.534076  normal  0.193101 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0114  Signal transduction histidine kinase  52.77 
 
 
939 aa  236  8e-61  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.153209 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0163  sensory box histidine kinase/response regulator  47.62 
 
 
611 aa  236  8e-61  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4889  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.76 
 
 
720 aa  235  1.0000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48160  putative sensor/response regulator hybrid  39.01 
 
 
858 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00217947 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1658  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.61 
 
 
1036 aa  235  1.0000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.705021 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1041  sensory box histidine kinase/response regulator  39.42 
 
 
611 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2778  Signal transduction histidine kinase  39.42 
 
 
611 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>