More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3111 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3111  sensory box histidine kinase  100 
 
 
423 aa  867    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.019274  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2978  PAS  82.66 
 
 
424 aa  705    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.317341  normal  0.6882 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0655  multi-sensor hybrid histidine kinase  50 
 
 
864 aa  370  1e-101  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2026  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.38 
 
 
964 aa  335  1e-90  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3083  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.83 
 
 
845 aa  325  1e-87  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3272  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.87 
 
 
1011 aa  316  6e-85  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2717  sensory box histidine kinase/response regulator  48.31 
 
 
676 aa  311  9e-84  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.230475  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1053  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.65 
 
 
1059 aa  307  2.0000000000000002e-82  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.111783  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2450  PAS  47.24 
 
 
676 aa  305  9.000000000000001e-82  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00154072 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2740  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.54 
 
 
943 aa  299  5e-80  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2967  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.15 
 
 
949 aa  296  3e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.291071  normal  0.350737 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1306  PAS sensor Signal tranduction histidine kinase  40.91 
 
 
949 aa  295  1e-78  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.124542  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2045  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  50.95 
 
 
812 aa  293  5e-78  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000148537 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0364  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.41 
 
 
1013 aa  291  2e-77  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2976  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  48.36 
 
 
889 aa  286  5.999999999999999e-76  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.29382  normal  0.115477 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5545  two component sensor kinase/response regulator hybrid  40.68 
 
 
1036 aa  285  1.0000000000000001e-75  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4776  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.14 
 
 
1086 aa  285  1.0000000000000001e-75  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.108623  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3355  PAS  54.62 
 
 
646 aa  281  2e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.996652  normal  0.102892 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4625  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.01 
 
 
1092 aa  280  3e-74  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0770  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  50.62 
 
 
814 aa  280  3e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.486726  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4259  PAS sensor protein  42.01 
 
 
1086 aa  280  4e-74  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.127746 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2578  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.08 
 
 
689 aa  279  9e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.800994 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3584  sensory box histidine kinase/response regulator  54.23 
 
 
646 aa  278  2e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3532  PAS  44.3 
 
 
691 aa  277  2e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.804686  normal  0.0772354 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4432  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.5 
 
 
858 aa  276  6e-73  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1870  sensory box histidine kinase/response regulator  43.04 
 
 
691 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2780  histidine kinase  51.93 
 
 
558 aa  275  1.0000000000000001e-72  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3336  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.9 
 
 
1065 aa  275  1.0000000000000001e-72  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.115718  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6445  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.48 
 
 
830 aa  275  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0224728  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0802  PAS sensor protein  39.42 
 
 
1065 aa  274  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3298  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.95 
 
 
922 aa  273  6e-72  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.25103 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1031  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.87 
 
 
689 aa  271  1e-71  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2810  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.22 
 
 
998 aa  271  2e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3491  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.27 
 
 
966 aa  270  5e-71  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.691252 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1778  PAS  43.62 
 
 
956 aa  270  5e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.584017  normal  0.493951 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2267  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.06 
 
 
721 aa  269  8e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0115994  normal  0.0775846 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2137  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  52.82 
 
 
943 aa  268  1e-70  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0036  histidine kinase  49.48 
 
 
556 aa  268  1e-70  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.526737  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6212  multi-sensor hybrid histidine kinase  50.74 
 
 
999 aa  267  2e-70  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4603  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.05 
 
 
783 aa  266  5e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3696  sensory box histidine kinase/response regulator  43.01 
 
 
827 aa  266  5.999999999999999e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.652711  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4307  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.9 
 
 
806 aa  265  1e-69  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.767019  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3087  ATP-binding region, ATPase-like  41.97 
 
 
847 aa  265  1e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.373882  normal  0.0754896 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0149  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.19 
 
 
957 aa  264  2e-69  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.324886  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3914  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.95 
 
 
1022 aa  261  1e-68  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.1  normal  0.0660292 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6214  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  49.82 
 
 
772 aa  262  1e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.459564 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3632  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.71 
 
 
686 aa  261  2e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2521  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.34 
 
 
571 aa  260  3e-68  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0595753 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1701  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.47 
 
 
571 aa  260  4e-68  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0239416  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4732  multi-sensor hybrid histidine kinase  48.98 
 
 
728 aa  260  4e-68  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0098  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  53.33 
 
 
1050 aa  259  7e-68  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2535  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  53.66 
 
 
688 aa  258  1e-67  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.121998  normal  0.468356 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1490  sensory box histidine kinase/response regulator  37.76 
 
 
695 aa  258  2e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.135352  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0540  multi-sensor hybrid histidine kinase  53.33 
 
 
1089 aa  257  2e-67  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0146  multi-sensor hybrid histidine kinase  53.39 
 
 
1381 aa  257  2e-67  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.436687 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1830  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.19 
 
 
1165 aa  257  2e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3535  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  52.34 
 
 
695 aa  253  4.0000000000000004e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.02065  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0712  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.4 
 
 
827 aa  253  5.000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0764  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  52.42 
 
 
568 aa  253  7e-66  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1300  PAS  51.45 
 
 
695 aa  252  8.000000000000001e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.233563 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3901  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  50.94 
 
 
661 aa  251  3e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0390399  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5761  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.76 
 
 
708 aa  250  4e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4630  multi-sensor hybrid histidine kinase  52.94 
 
 
845 aa  249  8e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.153941 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2652  histidine kinase  51.42 
 
 
556 aa  248  1e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3545  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  50.4 
 
 
553 aa  247  2e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.70141  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2043  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.35 
 
 
691 aa  247  2e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.10086  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0508  multi-sensor hybrid histidine kinase  51.81 
 
 
1215 aa  247  2e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.722414  normal  0.07841 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3138  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.55 
 
 
647 aa  248  2e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.825955 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2229  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  50.4 
 
 
553 aa  247  3e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.638317 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4108  multi-sensor hybrid histidine kinase  51.48 
 
 
1095 aa  247  4e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5380  multi-sensor hybrid histidine kinase  47.59 
 
 
890 aa  246  6e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.622794 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3140  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.52 
 
 
703 aa  245  9.999999999999999e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1449  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.78 
 
 
977 aa  245  9.999999999999999e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.416631 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6183  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  51.64 
 
 
916 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.24256 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3791  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  52.46 
 
 
492 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.107728 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0471  multi-sensor hybrid histidine kinase  50.6 
 
 
1225 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.221036  normal  0.153067 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0437  PAS sensor protein  49.8 
 
 
1225 aa  243  5e-63  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.719852  normal  0.440419 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0878  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  50.61 
 
 
754 aa  243  6e-63  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.307069  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4268  histidine kinase  39.13 
 
 
575 aa  243  6e-63  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.396925 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5251  histidine kinase  46.55 
 
 
571 aa  243  6e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.782087 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4726  multi-sensor hybrid histidine kinase  50 
 
 
625 aa  242  7.999999999999999e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.140851  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2378  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  49.59 
 
 
551 aa  242  9e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.81922 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5728  multi-sensor hybrid histidine kinase  47.69 
 
 
727 aa  240  4e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3679  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.38 
 
 
979 aa  240  4e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.138825  normal  0.0339746 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2885  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  52.07 
 
 
818 aa  237  2e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0237924  normal  0.0700462 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2399  histidine kinase  48.36 
 
 
564 aa  237  2e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2377  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.88 
 
 
688 aa  237  3e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0541  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  41.18 
 
 
575 aa  237  3e-61  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1939  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.49 
 
 
691 aa  237  3e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0201512 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3335  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.47 
 
 
942 aa  236  5.0000000000000005e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1455  PAS sensor protein  53.19 
 
 
1092 aa  236  5.0000000000000005e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.534076  normal  0.193101 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1730  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  53.19 
 
 
1103 aa  235  9e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.747769  normal  0.0625523 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1139  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.82 
 
 
643 aa  235  9e-61  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.535539  normal  0.0122943 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5389  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  50.81 
 
 
762 aa  235  1.0000000000000001e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0024  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.02 
 
 
734 aa  234  2.0000000000000002e-60  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5170  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.33 
 
 
688 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0500187 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48160  putative sensor/response regulator hybrid  39.1 
 
 
858 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00217947 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0123  PAS sensor protein  49.6 
 
 
692 aa  234  3e-60  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3039  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.47 
 
 
1067 aa  233  4.0000000000000004e-60  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.635771  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0752  ATPase domain-containing protein  49.6 
 
 
537 aa  233  4.0000000000000004e-60  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>