114 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1719 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_3754  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  91.61 
 
 
478 aa  802    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.629066  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1719  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  100 
 
 
515 aa  1038    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.648302  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4387  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  69.82 
 
 
485 aa  564  1.0000000000000001e-159  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0766304  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1274  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  62.59 
 
 
485 aa  540  9.999999999999999e-153  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.843083  normal  0.111493 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5464  caspase domain-containing protein  63.05 
 
 
499 aa  519  1e-146  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.673288  normal  0.689353 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5561  caspase-like domain-containing protein  46.49 
 
 
576 aa  315  9.999999999999999e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.481458  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3182  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  37.43 
 
 
1026 aa  207  3e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.740099  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0137  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  35.55 
 
 
915 aa  206  6e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.193132  normal  0.854443 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0960  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  36.31 
 
 
862 aa  206  1e-51  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.355322  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1332  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  36.8 
 
 
824 aa  198  2.0000000000000003e-49  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0290  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  36.69 
 
 
776 aa  188  3e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.106858  hitchhiker  0.00955586 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0556  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  42.92 
 
 
554 aa  186  1.0000000000000001e-45  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0734765  normal  0.259485 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0572  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  45.74 
 
 
421 aa  182  2e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.229301 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3501  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  43.95 
 
 
445 aa  181  2.9999999999999997e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5502  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  36.02 
 
 
813 aa  181  4e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1080  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  43.17 
 
 
502 aa  181  4e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4521  caspase-like domain-containing protein  32.93 
 
 
798 aa  180  5.999999999999999e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3269  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  33.74 
 
 
828 aa  179  2e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.336347  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2162  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  44.58 
 
 
472 aa  177  3e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0611523 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1810  hypothetical protein  40.23 
 
 
449 aa  171  3e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6045  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  37.86 
 
 
860 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3142  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  37.84 
 
 
971 aa  166  8e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0120555  normal  0.089148 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3497  caspase-1, p20  37.84 
 
 
971 aa  166  1.0000000000000001e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7203  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  38.43 
 
 
859 aa  166  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0476078 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5030  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  38.7 
 
 
479 aa  164  3e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0195468 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4352  hypothetical protein  40 
 
 
486 aa  162  2e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0773  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  38.84 
 
 
481 aa  160  5e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.230608 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2549  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  40.35 
 
 
489 aa  157  4e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.98894  normal  0.217885 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4852  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  40.34 
 
 
766 aa  157  6e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.771827 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5336  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  36.52 
 
 
495 aa  154  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.053898  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4354  hypothetical protein  38.49 
 
 
477 aa  153  7e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7623  hypothetical protein  37.66 
 
 
619 aa  153  8.999999999999999e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0861286  normal  0.398812 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2846  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  35.23 
 
 
708 aa  149  2.0000000000000003e-34  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2399  ICE-like protease  33.97 
 
 
276 aa  145  1e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00930458  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2951  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  40.42 
 
 
784 aa  145  1e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0899  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  30.26 
 
 
713 aa  145  2e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.935654  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1011  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  30.33 
 
 
718 aa  145  2e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.114785 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2431  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  40 
 
 
818 aa  144  3e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7349  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  40.25 
 
 
988 aa  143  7e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0738846  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0920  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  34.01 
 
 
680 aa  143  9e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.800014 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1556  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  38.5 
 
 
486 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.388564  hitchhiker  0.00312965 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2462  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  39.3 
 
 
649 aa  142  9.999999999999999e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.10862  normal  0.986613 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2468  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  37.67 
 
 
629 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0996556  normal  0.406351 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6182  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  38.59 
 
 
1056 aa  140  4.999999999999999e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1326  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  38.94 
 
 
728 aa  140  4.999999999999999e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.164047  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2382  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  36.84 
 
 
778 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2884  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  35.56 
 
 
1155 aa  138  3.0000000000000003e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.158927 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2480  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  38.75 
 
 
1022 aa  136  9e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0540  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  37.08 
 
 
1056 aa  136  9.999999999999999e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0423513  normal  0.0609988 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6666  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  37.44 
 
 
839 aa  134  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.00671712  normal  0.283936 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3482  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  33.47 
 
 
490 aa  133  7.999999999999999e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.268767 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0887  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  33.99 
 
 
504 aa  130  7.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.389457  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5158  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  34.84 
 
 
474 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.927175  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3036  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  34.05 
 
 
295 aa  127  5e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0784  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  35.53 
 
 
291 aa  126  9e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1009  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  34.91 
 
 
528 aa  126  1e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.781757  normal  0.111483 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5032  hypothetical protein  33.19 
 
 
535 aa  125  1e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00427193 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4626  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  35.37 
 
 
291 aa  125  3e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0752  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  36.14 
 
 
479 aa  124  3e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.121113 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3606  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  34.06 
 
 
292 aa  124  4e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.222651  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3029  peptidase C14  31.84 
 
 
527 aa  122  9.999999999999999e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.148896  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0307  hypothetical protein  33.06 
 
 
472 aa  122  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.453732  normal  0.292197 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0554  caspase-like domain- and TPR repeat-containing peptidase  33.76 
 
 
518 aa  122  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.463703 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3976  hypothetical protein  33.09 
 
 
500 aa  122  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.435936  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0897  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  34.36 
 
 
541 aa  121  3.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.713797  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2758  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  32.58 
 
 
501 aa  117  5e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.224771  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2982  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  33.33 
 
 
502 aa  117  6e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0310724 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1894  protein of unknown function DUF323  31.67 
 
 
523 aa  116  6.9999999999999995e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0548  putative peptidase  31.76 
 
 
287 aa  116  7.999999999999999e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5333  protein of unknown function DUF323  30 
 
 
570 aa  114  3e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00984541  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0467  hypothetical protein  29.9 
 
 
654 aa  113  9e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6467  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  34.62 
 
 
511 aa  113  9e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4686  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  33.19 
 
 
289 aa  110  7.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.452049  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1656  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  32.46 
 
 
499 aa  107  5e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.211719  normal 
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4069  caspase-1, p20  34.8 
 
 
482 aa  103  7e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1335  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  29.6 
 
 
522 aa  103  9e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.479436  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0861  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  34.36 
 
 
288 aa  102  1e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2466  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  31.76 
 
 
497 aa  100  6e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.246743  normal  0.257462 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3842  hypothetical protein  26.02 
 
 
616 aa  99.4  1e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.360861 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_3994  protein of unknown function DUF323  29.32 
 
 
657 aa  99.4  2e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0910  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  30.65 
 
 
553 aa  98.2  3e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.354692  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0029  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  33.2 
 
 
397 aa  87  7e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.760745  normal  0.0274344 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3731  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  29.24 
 
 
652 aa  87  8e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.016109  normal  0.736011 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1734  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  32.13 
 
 
570 aa  85.9  0.000000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.055042 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0031  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  32.56 
 
 
442 aa  85.1  0.000000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0940426  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1617  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  31.25 
 
 
798 aa  71.2  0.00000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.154049  normal  0.123391 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2183  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  30.05 
 
 
1557 aa  64.7  0.000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.150849  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1053  GUN4 domain protein  28.08 
 
 
670 aa  58.2  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0234472 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2378  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  24.7 
 
 
658 aa  55.1  0.000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5450  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  24.9 
 
 
652 aa  53.9  0.000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.530037  normal  0.170483 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2005  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  30.23 
 
 
477 aa  53.5  0.000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000000318218  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0722  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  25.75 
 
 
324 aa  51.6  0.00003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1608  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  27.13 
 
 
1088 aa  52  0.00003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3869  WD-40 repeat-containing protein  27.16 
 
 
1553 aa  51.6  0.00004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.113625  normal  0.0582417 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4662  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  28.68 
 
 
322 aa  51.2  0.00005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4042  polysaccharide deacetylase  28.57 
 
 
890 aa  50.8  0.00006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.785227 
 
 
-
 
NC_011656  BCAH187_E0055  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  24.82 
 
 
316 aa  50.4  0.00008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000868193  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2689  hypothetical protein  23.5 
 
 
781 aa  49.7  0.0001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.36496  decreased coverage  0.00230732 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0028  hypothetical protein  26.77 
 
 
331 aa  50.1  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.194493 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0189  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  30.23 
 
 
313 aa  49.7  0.0001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>