225 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4852 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008688  Pden_4852  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  100 
 
 
766 aa  1528    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.771827 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6045  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  37.11 
 
 
860 aa  211  3e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7203  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  35.18 
 
 
859 aa  211  6e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0476078 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4387  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  43.29 
 
 
485 aa  165  3e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0766304  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1719  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  39.84 
 
 
515 aa  160  9e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.648302  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3754  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  40.16 
 
 
478 aa  159  3e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.629066  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3142  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  37.3 
 
 
971 aa  150  6e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0120555  normal  0.089148 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3497  caspase-1, p20  37.3 
 
 
971 aa  150  8e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2399  ICE-like protease  33.2 
 
 
276 aa  146  2e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00930458  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5561  caspase-like domain-containing protein  35.9 
 
 
576 aa  141  4.999999999999999e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.481458  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4352  hypothetical protein  33.72 
 
 
486 aa  139  3.0000000000000003e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5464  caspase domain-containing protein  37.7 
 
 
499 aa  138  5e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.673288  normal  0.689353 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2462  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  33.47 
 
 
649 aa  137  6.0000000000000005e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.10862  normal  0.986613 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1274  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  33.7 
 
 
485 aa  137  9.999999999999999e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.843083  normal  0.111493 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0773  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  37.55 
 
 
481 aa  134  7.999999999999999e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.230608 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1080  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  34.76 
 
 
502 aa  134  9e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0556  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  35.06 
 
 
554 aa  133  1.0000000000000001e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0734765  normal  0.259485 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1556  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  36.02 
 
 
486 aa  132  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.388564  hitchhiker  0.00312965 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4354  hypothetical protein  33.86 
 
 
477 aa  132  3e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2549  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  36.24 
 
 
489 aa  130  7.000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.98894  normal  0.217885 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2382  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  35.44 
 
 
778 aa  125  3e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1011  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  34.31 
 
 
718 aa  125  4e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.114785 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0899  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  33.84 
 
 
713 aa  123  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.935654  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2884  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  35.25 
 
 
1155 aa  122  3e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.158927 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5336  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  32.72 
 
 
495 aa  120  9.999999999999999e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.053898  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3482  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  32.53 
 
 
490 aa  117  6e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.268767 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2846  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  35.87 
 
 
708 aa  117  6.9999999999999995e-25  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0572  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  34.66 
 
 
421 aa  117  8.999999999999998e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.229301 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6666  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  32.77 
 
 
839 aa  117  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.00671712  normal  0.283936 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3501  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  31.64 
 
 
445 aa  115  3e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5030  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  32.39 
 
 
479 aa  114  5e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0195468 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2468  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  34.02 
 
 
629 aa  114  6e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0996556  normal  0.406351 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2162  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  31.63 
 
 
472 aa  113  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0611523 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1810  hypothetical protein  32.2 
 
 
449 aa  112  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1656  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  33.79 
 
 
499 aa  111  4.0000000000000004e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.211719  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2982  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  35.04 
 
 
502 aa  110  8.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0310724 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2758  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  32.53 
 
 
501 aa  108  4e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.224771  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5158  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  31.09 
 
 
474 aa  105  2e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.927175  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3976  hypothetical protein  42.18 
 
 
500 aa  103  8e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.435936  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2951  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  34.02 
 
 
784 aa  103  9e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1335  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  29.52 
 
 
522 aa  103  1e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.479436  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7623  hypothetical protein  31.84 
 
 
619 aa  103  1e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0861286  normal  0.398812 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2431  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  33.9 
 
 
818 aa  102  2e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6182  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  32.63 
 
 
1056 aa  103  2e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2480  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  32.03 
 
 
1022 aa  102  2e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2466  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  34.02 
 
 
497 aa  102  4e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.246743  normal  0.257462 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3842  hypothetical protein  32.94 
 
 
616 aa  101  6e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.360861 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7349  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  33.9 
 
 
988 aa  100  9e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0738846  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0784  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  32.93 
 
 
291 aa  99.4  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4626  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  32.52 
 
 
291 aa  99.4  3e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0548  putative peptidase  30.51 
 
 
287 aa  99  3e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0290  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  33.33 
 
 
776 aa  98.6  4e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.106858  hitchhiker  0.00955586 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3036  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  31.62 
 
 
295 aa  98.6  4e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3029  peptidase C14  28.85 
 
 
527 aa  98.2  5e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.148896  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0554  caspase-like domain- and TPR repeat-containing peptidase  30.12 
 
 
518 aa  97.8  6e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.463703 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0540  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  31.67 
 
 
1056 aa  97.1  1e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0423513  normal  0.0609988 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0137  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  32.26 
 
 
915 aa  97.1  1e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.193132  normal  0.854443 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0960  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  32.82 
 
 
862 aa  95.5  3e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.355322  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3182  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  31.27 
 
 
1026 aa  95.1  4e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.740099  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1009  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  29.64 
 
 
528 aa  94  1e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.781757  normal  0.111483 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1326  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  29.82 
 
 
728 aa  93.6  1e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.164047  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3269  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  31.36 
 
 
828 aa  93.2  2e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.336347  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0861  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  30.93 
 
 
288 aa  92.4  3e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0920  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  30.43 
 
 
680 aa  92.4  3e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.800014 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1332  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  31.39 
 
 
824 aa  92  4e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0307  hypothetical protein  29.7 
 
 
472 aa  90.9  9e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.453732  normal  0.292197 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4521  caspase-like domain-containing protein  30.43 
 
 
798 aa  90.9  9e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0897  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  29.34 
 
 
541 aa  88.6  4e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.713797  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1894  protein of unknown function DUF323  27.63 
 
 
523 aa  88.2  5e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0887  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  28.02 
 
 
504 aa  87.4  8e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.389457  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3606  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  28.7 
 
 
292 aa  87  0.000000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.222651  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0467  hypothetical protein  27.41 
 
 
654 aa  86.7  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6467  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  30.65 
 
 
511 aa  84.7  0.000000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3731  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  27.27 
 
 
652 aa  82  0.00000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.016109  normal  0.736011 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4686  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  28.02 
 
 
289 aa  82  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.452049  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0910  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  30 
 
 
553 aa  82  0.00000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.354692  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5333  protein of unknown function DUF323  27.97 
 
 
570 aa  81.6  0.00000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00984541  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5502  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  32.95 
 
 
813 aa  80.5  0.0000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5032  hypothetical protein  27 
 
 
535 aa  79.7  0.0000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00427193 
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4069  caspase-1, p20  30.62 
 
 
482 aa  77.4  0.0000000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_3994  protein of unknown function DUF323  26.59 
 
 
657 aa  77.4  0.0000000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1734  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  26.34 
 
 
570 aa  76.6  0.000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.055042 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2003  Sel1 domain-containing protein  25.66 
 
 
831 aa  74.3  0.000000000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0515794  normal  0.0202924 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1217  hypothetical protein  25.7 
 
 
1402 aa  71.2  0.00000000006  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000000624156 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1617  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  28.81 
 
 
798 aa  70.9  0.00000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.154049  normal  0.123391 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0752  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  30.62 
 
 
479 aa  68.9  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.121113 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1180  hypothetical protein  25.6 
 
 
490 aa  68.2  0.0000000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1174  hypothetical protein  26.61 
 
 
490 aa  67.8  0.0000000007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0851  hypothetical protein  24.36 
 
 
961 aa  67.8  0.0000000008  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00404215 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0029  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  31.09 
 
 
397 aa  67  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.760745  normal  0.0274344 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0031  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  38.73 
 
 
442 aa  66.6  0.000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0940426  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5450  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  29.82 
 
 
652 aa  65.1  0.000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.530037  normal  0.170483 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0854  hypothetical protein  24.51 
 
 
684 aa  64.3  0.000000008  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00109274 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0664  hypothetical protein  26.67 
 
 
325 aa  63.9  0.00000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.575154  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0843  Sel1 repeat-containing protein  31.25 
 
 
482 aa  63.2  0.00000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.502416 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1512  Sel1 domain protein repeat-containing protein  28.82 
 
 
890 aa  61.6  0.00000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.522788  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1987  Sel1 domain-containing protein  28.95 
 
 
505 aa  61.2  0.00000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.461505  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4233  Sel1  31.37 
 
 
315 aa  61.6  0.00000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0895  hypothetical protein  25.97 
 
 
1493 aa  61.2  0.00000007  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.213201 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0607  hypothetical protein  26.82 
 
 
327 aa  60.8  0.00000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>