120 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2982 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007406  Nwi_1656  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  77.89 
 
 
499 aa  813    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.211719  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2982  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  100 
 
 
502 aa  1019    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0310724 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2466  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  87.85 
 
 
497 aa  864    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.246743  normal  0.257462 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3976  hypothetical protein  79.92 
 
 
500 aa  822    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.435936  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2758  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  84.29 
 
 
501 aa  872    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.224771  n/a   
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4069  caspase-1, p20  43.17 
 
 
482 aa  199  7.999999999999999e-50  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0029  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  40.89 
 
 
397 aa  199  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.760745  normal  0.0274344 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1617  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  44.16 
 
 
798 aa  193  6e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.154049  normal  0.123391 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0031  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  42.32 
 
 
442 aa  192  1e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0940426  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4354  hypothetical protein  36.54 
 
 
477 aa  138  3.0000000000000003e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4352  hypothetical protein  33.45 
 
 
486 aa  134  5e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1810  hypothetical protein  35.43 
 
 
449 aa  133  6e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3501  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  33.71 
 
 
445 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1080  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  33.61 
 
 
502 aa  127  4.0000000000000003e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0556  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  34.17 
 
 
554 aa  125  1e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0734765  normal  0.259485 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1556  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  34.18 
 
 
486 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.388564  hitchhiker  0.00312965 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1719  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  33.08 
 
 
515 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.648302  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0572  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  33.88 
 
 
421 aa  118  3e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.229301 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3497  caspase-1, p20  31.27 
 
 
971 aa  116  6.9999999999999995e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3754  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  32.56 
 
 
478 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.629066  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3142  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  32.93 
 
 
971 aa  115  3e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0120555  normal  0.089148 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4852  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  34.2 
 
 
766 aa  114  4.0000000000000004e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.771827 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0887  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  32.24 
 
 
504 aa  113  7.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.389457  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1009  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  31.69 
 
 
528 aa  113  9e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.781757  normal  0.111483 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5030  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  31.92 
 
 
479 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0195468 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6666  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  33.33 
 
 
839 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.00671712  normal  0.283936 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6045  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  28.84 
 
 
860 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2549  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  29.79 
 
 
489 aa  111  3e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.98894  normal  0.217885 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0307  hypothetical protein  32.12 
 
 
472 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.453732  normal  0.292197 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2884  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  30.08 
 
 
1155 aa  110  7.000000000000001e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.158927 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1011  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  32.8 
 
 
718 aa  108  2e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.114785 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0773  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  31.65 
 
 
481 aa  108  2e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.230608 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2382  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  31.65 
 
 
778 aa  107  3e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7203  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  26.88 
 
 
859 aa  107  4e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0476078 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3029  peptidase C14  32.85 
 
 
527 aa  107  6e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.148896  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1274  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  30.08 
 
 
485 aa  105  1e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.843083  normal  0.111493 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2162  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  30.34 
 
 
472 aa  102  1e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0611523 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5561  caspase-like domain-containing protein  31.32 
 
 
576 aa  102  1e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.481458  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0899  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  31.58 
 
 
713 aa  102  2e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.935654  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4387  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  31.33 
 
 
485 aa  102  2e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0766304  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0897  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  32.62 
 
 
541 aa  101  3e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.713797  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0554  caspase-like domain- and TPR repeat-containing peptidase  32.03 
 
 
518 aa  100  6e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.463703 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5464  caspase domain-containing protein  30.71 
 
 
499 aa  100  6e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.673288  normal  0.689353 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5032  hypothetical protein  32.64 
 
 
535 aa  100  8e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00427193 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5336  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  30.38 
 
 
495 aa  100  9e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.053898  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5158  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  32.13 
 
 
474 aa  98.2  3e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.927175  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1335  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  31.8 
 
 
522 aa  97.8  4e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.479436  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1326  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  31.47 
 
 
728 aa  97.8  4e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.164047  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3606  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  30.36 
 
 
292 aa  97.4  5e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.222651  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0548  putative peptidase  31.35 
 
 
287 aa  97.1  7e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2846  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  30.52 
 
 
708 aa  95.1  2e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0920  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  32.27 
 
 
680 aa  95.9  2e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.800014 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6467  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  36.36 
 
 
511 aa  95.1  3e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1894  protein of unknown function DUF323  31.35 
 
 
523 aa  95.1  3e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0540  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  29.75 
 
 
1056 aa  94.4  4e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0423513  normal  0.0609988 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3036  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  30.31 
 
 
295 aa  93.6  8e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7623  hypothetical protein  32.08 
 
 
619 aa  93.2  1e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0861286  normal  0.398812 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2480  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  33.33 
 
 
1022 aa  92.8  1e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7349  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  29.75 
 
 
988 aa  91.7  3e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0738846  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5333  protein of unknown function DUF323  30.8 
 
 
570 aa  91.7  3e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00984541  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2399  ICE-like protease  29.03 
 
 
276 aa  90.1  8e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00930458  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2951  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  31.53 
 
 
784 aa  90.1  8e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4626  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  29.62 
 
 
291 aa  88.2  3e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2462  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  30.22 
 
 
649 aa  87.8  4e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.10862  normal  0.986613 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0752  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  32.81 
 
 
479 aa  87.4  6e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.121113 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2431  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  32.18 
 
 
818 aa  87  7e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0861  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  29.96 
 
 
288 aa  87  7e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1734  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  30.66 
 
 
570 aa  85.5  0.000000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.055042 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3482  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  27.17 
 
 
490 aa  85.5  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.268767 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4686  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  32.76 
 
 
289 aa  83.2  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.452049  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0784  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  28.68 
 
 
291 aa  82.4  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6182  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  27.76 
 
 
1056 aa  81.3  0.00000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0910  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  34.29 
 
 
553 aa  80.5  0.00000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.354692  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3731  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  28.81 
 
 
652 aa  77.8  0.0000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.016109  normal  0.736011 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2468  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  26.84 
 
 
629 aa  75.1  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0996556  normal  0.406351 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2005  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  27.73 
 
 
477 aa  74.3  0.000000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000000318218  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_3994  protein of unknown function DUF323  26.05 
 
 
657 aa  73.9  0.000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0960  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  27.89 
 
 
862 aa  73.6  0.000000000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.355322  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0467  hypothetical protein  26.38 
 
 
654 aa  73.2  0.000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2689  hypothetical protein  28.8 
 
 
781 aa  72.4  0.00000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.36496  decreased coverage  0.00230732 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5450  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  27.27 
 
 
652 aa  71.6  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.530037  normal  0.170483 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1332  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  28.57 
 
 
824 aa  68.2  0.0000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1053  GUN4 domain protein  27.7 
 
 
670 aa  67.8  0.0000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0234472 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0137  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  29.67 
 
 
915 aa  67  0.0000000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.193132  normal  0.854443 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3269  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  27.51 
 
 
828 aa  67  0.0000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.336347  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4521  caspase-like domain-containing protein  28.09 
 
 
798 aa  66.6  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5502  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  28.52 
 
 
813 aa  65.9  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3182  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  27.16 
 
 
1026 aa  65.9  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.740099  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0670  protein of unknown function DUF323  27.27 
 
 
654 aa  65.5  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3842  hypothetical protein  29.37 
 
 
616 aa  64.3  0.000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.360861 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2077  hypothetical protein  24.79 
 
 
636 aa  62.8  0.00000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.189777  normal  0.779158 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0290  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  29.6 
 
 
776 aa  62  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.106858  hitchhiker  0.00955586 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2378  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  24.08 
 
 
658 aa  60.1  0.00000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03488  polysaccharide deacetylase  31.05 
 
 
898 aa  58.5  0.0000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0722  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  25.36 
 
 
324 aa  57.8  0.0000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0730  hypothetical protein  33.65 
 
 
152 aa  55.8  0.000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2900  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  23.48 
 
 
464 aa  55.1  0.000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000126613  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0867  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  26.84 
 
 
491 aa  52.8  0.00001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0144143  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2513  hypothetical protein  33.64 
 
 
137 aa  52  0.00002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0207939 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2384  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  26.34 
 
 
590 aa  51.6  0.00003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00194573 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>