84 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_p0028 on replicon NC_009475
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009475  BBta_p0028  hypothetical protein  100 
 
 		 331 aa  686    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.194493 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0722  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  64.65 
 
 		 324 aa  422  1e-117  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4384  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  56.19 
 
 		 324 aa  368  1e-101  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4662  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  47.73 
 
 		 322 aa  304  2.0000000000000002e-81  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011656  BCAH187_E0055  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  42.17 
 
 		 316 aa  254  1.0000000000000001e-66  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000868193  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3616  hypothetical protein  41.07 
 
 		 328 aa  241  1e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.666747  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1560  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  39.82 
 
 		 316 aa  221  9.999999999999999e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13750  Caspase domain-containing protein  40.18 
 
 		 325 aa  217  2e-55  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.843399  normal  0.836871 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0189  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  38.23 
 
 		 313 aa  200  3e-50  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0201  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  36.04 
 
 		 325 aa  188  9e-47  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0418553  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1608  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  27.11 
 
 		 1088 aa  73.6  0.000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4042  polysaccharide deacetylase  28.02 
 
 		 890 aa  72.8  0.000000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.785227 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3869  WD-40 repeat-containing protein  33.01 
 
 		 1553 aa  72.4  0.000000000009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.113625  normal  0.0582417 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2940  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  30.92 
 
 		 1196 aa  71.6  0.00000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.408455  hitchhiker  0.000165978 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3079  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  26.73 
 
 		 1760 aa  69.7  0.00000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.606691  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2760  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  26.89 
 
 		 393 aa  69.7  0.00000000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.00577911  normal  0.882306 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3572  diguanylate cyclase  26.97 
 
 		 902 aa  68.2  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03488  polysaccharide deacetylase  27.54 
 
 		 898 aa  67.4  0.0000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2471  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  29.03 
 
 		 1481 aa  67.8  0.0000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.420848  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3078  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  27.95 
 
 		 1711 aa  67  0.0000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.771707  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4110  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  27.59 
 
 		 729 aa  67.4  0.0000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.110256 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0039  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  26.98 
 
 		 1686 aa  66.6  0.0000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0781722  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2223  polysaccharide deacetylase  25.96 
 
 		 900 aa  66.2  0.0000000007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.161248  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2184  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  30.25 
 
 		 1240 aa  64.7  0.000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.653337  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2313  hypothetical protein  25.53 
 
 		 903 aa  63.5  0.000000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.88432  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0287  polysaccharide deacetylase  26.78 
 
 		 871 aa  62  0.00000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3565  protein of unknown function DUF323  25.12 
 
 		 925 aa  61.6  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.233339 
 
 
-
 
NC_011721  PCC8801_4451  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  23.91 
 
 		 795 aa  60.8  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013160  Cyan8802_4542  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  23.91 
 
 		 795 aa  60.5  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5030  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  30.22 
 
 		 479 aa  58.9  0.0000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0195468 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4625  WD-40 repeat-containing protein  30.84 
 
 		 1510 aa  58.2  0.0000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0382  putative Chase2 sensor protein  23.5 
 
 		 783 aa  57  0.0000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0670  protein of unknown function DUF323  27.75 
 
 		 654 aa  57  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3660  WD repeat-containing protein  25.89 
 
 		 1097 aa  56.6  0.0000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5336  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  30.94 
 
 		 495 aa  56.2  0.0000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.053898  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2378  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  25.87 
 
 		 658 aa  56.2  0.0000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2183  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  28.37 
 
 		 1557 aa  55.5  0.000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.150849  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2689  hypothetical protein  25.13 
 
 		 781 aa  55.8  0.000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.36496  decreased coverage  0.00230732 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2846  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  31.11 
 
 		 708 aa  55.5  0.000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2969  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  27.23 
 
 		 261 aa  54.7  0.000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.368497 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1574  hypothetical protein  26.16 
 
 		 587 aa  55.1  0.000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0843  OmpA/MotB  25.25 
 
 		 1619 aa  53.9  0.000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.516542  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2871  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  29.17 
 
 		 1203 aa  53.9  0.000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6789  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  29.23 
 
 		 1554 aa  53.5  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0031  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  28.84 
 
 		 442 aa  52.4  0.00001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0940426  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1011  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  25.76 
 
 		 718 aa  52  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.114785 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4708  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  26.89 
 
 		 1004 aa  52  0.00001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.171644  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2433  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  24 
 
 		 445 aa  52  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4387  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  27.27 
 
 		 485 aa  51.6  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0766304  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2382  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  24 
 
 		 445 aa  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1053  GUN4 domain protein  22.68 
 
 		 670 aa  51.6  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0234472 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0014  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  24.58 
 
 		 363 aa  52  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3644  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  32.12 
 
 		 1740 aa  51.2  0.00003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.511908  normal  0.240887 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1884  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  29.53 
 
 		 907 aa  50.8  0.00003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3754  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  27.27 
 
 		 478 aa  50.8  0.00003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.629066  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2898  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  27.27 
 
 		 428 aa  50.8  0.00003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.180767  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2534  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  28.1 
 
 		 941 aa  50.8  0.00004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.687385  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0029  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  27.78 
 
 		 397 aa  50.1  0.00005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.760745  normal  0.0274344 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1719  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  26.77 
 
 		 515 aa  50.1  0.00006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.648302  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1841  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  24.9 
 
 		 1343 aa  49.7  0.00008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.520685  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1810  hypothetical protein  27.92 
 
 		 449 aa  49.3  0.00008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2005  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  27.61 
 
 		 477 aa  49.3  0.0001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000000318218  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3116  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  30.49 
 
 		 557 aa  48.1  0.0002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.964614 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0899  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  26.67 
 
 		 713 aa  48.5  0.0002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.935654  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5464  caspase domain-containing protein  25.25 
 
 		 499 aa  48.1  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.673288  normal  0.689353 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4352  hypothetical protein  28.09 
 
 		 486 aa  47.4  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2468  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  27.56 
 
 		 629 aa  47.8  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0996556  normal  0.406351 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2384  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  28.78 
 
 		 590 aa  47.4  0.0004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00194573 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5561  caspase-like domain-containing protein  22.22 
 
 		 576 aa  46.2  0.0007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.481458  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2382  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  27.04 
 
 		 778 aa  46.2  0.0007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1274  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  25.25 
 
 		 485 aa  46.2  0.0007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.843083  normal  0.111493 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3254  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  24.18 
 
 		 457 aa  46.2  0.0008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00168227 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1503  diguanylate phosphodiesterase  25.35 
 
 		 731 aa  46.2  0.0008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.293201  hitchhiker  0.000197979 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2399  ICE-like protease  26.21 
 
 		 276 aa  45.8  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00930458  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1326  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  26.29 
 
 		 728 aa  45.8  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.164047  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2899  ankyrin  27.15 
 
 		 442 aa  45.4  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0204269  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0920  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  23.99 
 
 		 680 aa  45.8  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.800014 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6666  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  24.89 
 
 		 839 aa  44.7  0.002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.00671712  normal  0.283936 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2077  hypothetical protein  24.62 
 
 		 636 aa  44.3  0.003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.189777  normal  0.779158 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3501  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  25.41 
 
 		 445 aa  44.3  0.003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0773  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  27.08 
 
 		 481 aa  44.3  0.003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.230608 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0772  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  27.8 
 
 		 902 aa  43.9  0.003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6471  Sel1 domain protein repeat-containing protein  26.32 
 
 		 1274 aa  43.1  0.006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.707662  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3477  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  25.37 
 
 		 830 aa  42.7  0.009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00814329  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>