93 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1038 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_1038  regulatory protein, TetR  100 
 
 		 211 aa  423  1e-117  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0256263  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1988  TetR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 208 aa  65.9  0.0000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3200  TetR family transcriptional regulator  45.31 
 
 		 237 aa  50.4  0.00002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3062  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 199 aa  48.9  0.00005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0638813  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2434  TetR family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 188 aa  48.1  0.00008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3859  TetR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 211 aa  47.8  0.0001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.677666 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0658  TetR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 195 aa  48.1  0.0001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.609022  normal  0.929409 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1987  TetR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 210 aa  47.4  0.0002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4440  transcriptional regulator, TetR family  34.62 
 
 		 220 aa  47  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2036  transcriptional regulator, TetR family  48.98 
 
 		 203 aa  46.6  0.0003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.49858  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4070  TetR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 228 aa  45.8  0.0004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.120429  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0772  transcriptional regulator, TetR family  37.84 
 
 		 223 aa  46.2  0.0004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1149  transcriptional regulator, TetR family protein  23.85 
 
 		 226 aa  46.2  0.0004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3685  transcriptional regulator, TetR family  31.18 
 
 		 199 aa  46.2  0.0004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3996  TetR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 228 aa  45.8  0.0004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.624951  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4107  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 187 aa  45.4  0.0005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.198218  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01665  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 202 aa  45.4  0.0006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.152407  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3673  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 230 aa  45.4  0.0006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3212  TetR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 213 aa  45.1  0.0007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.402928  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16540  transcriptional regulator, tetR family  42.86 
 
 		 219 aa  45.1  0.0009  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.481264  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11243  transcriptional regulator  43.4 
 
 		 212 aa  44.7  0.001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0445311  normal  0.0334035 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0092  transcriptional regulator, TetR family  29.55 
 
 		 207 aa  44.3  0.001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00302716  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1428  TetR family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 204 aa  44.3  0.001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.530378  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3111  TetR family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 210 aa  44.3  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1210  regulatory protein, TetR  44.9 
 
 		 207 aa  44.7  0.001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1297  TetR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 206 aa  44.7  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00583227  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0402  transcriptional regulator, TetR family  39.73 
 
 		 219 aa  44.3  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.67084  normal  0.0771341 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1317  TetR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 206 aa  44.7  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.237455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4630  TetR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 206 aa  43.5  0.002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.110827  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47610  putative transcriptional regulator  43.4 
 
 		 186 aa  43.9  0.002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1955  transcriptional regulator, TetR family  33.78 
 
 		 202 aa  43.9  0.002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.22623  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0410  TetR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 245 aa  43.9  0.002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.560758  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0042  TetR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 219 aa  43.5  0.002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.664551  normal  0.814156 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0836  transcriptional regulator, TetR family  40.26 
 
 		 199 aa  43.9  0.002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8304  transcriptional regulator, TetR family  26.32 
 
 		 223 aa  43.5  0.002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.505381  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3701  TetR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 178 aa  43.9  0.002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.076632  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1247  TetR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 206 aa  43.9  0.002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1981  TetR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 227 aa  43.5  0.002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0412771  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1682  transcriptional regulator, TetR family  41.38 
 
 		 221 aa  43.9  0.002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.274254 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0805  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 204 aa  43.1  0.003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2511  transcriptional regulator, TetR family  36.36 
 
 		 172 aa  43.5  0.003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3548  transcriptional regulator, TetR family  39.06 
 
 		 224 aa  43.1  0.003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0228014 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2402  transcriptional regulator, TetR family  37.5 
 
 		 259 aa  43.1  0.003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0404395  hitchhiker  0.00830545 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0235  transcriptional regulator, TetR family  39.68 
 
 		 199 aa  43.1  0.003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0309861  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5527  transcriptional regulator, TetR family  40.38 
 
 		 203 aa  43.1  0.003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1656  transcriptional regulator, TetR family  38.89 
 
 		 206 aa  43.1  0.003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2693  regulatory protein TetR  48 
 
 		 192 aa  43.1  0.003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0770653  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2546  TetR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 213 aa  43.1  0.003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.768933 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0170  TetR family transcriptional regulator  44.23 
 
 		 192 aa  43.1  0.003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.652591  normal  0.659974 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0074  TetR/AcrR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 196 aa  42.7  0.004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3227  transcriptional regulator, TetR family  40.54 
 
 		 204 aa  42.7  0.004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4836  TetR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 193 aa  42.7  0.004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3495  putative transcriptional regulator, TetR family  31.65 
 
 		 177 aa  42.7  0.004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0070  transcriptional regulator, TetR family  35.44 
 
 		 202 aa  42.7  0.004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00707412 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1922  transcriptional regulator, TetR family  35.8 
 
 		 201 aa  42.7  0.004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35210  TetR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 196 aa  42.7  0.004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.831854 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4400  regulatory protein TetR  26.67 
 
 		 184 aa  42.7  0.004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4432  TetR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 208 aa  42.7  0.004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.21103  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3703  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  40 
 
 		 215 aa  42.7  0.004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.83778 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4010  TetR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 228 aa  42.4  0.005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  hitchhiker  0.00413509  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47520  putative transcriptional regulator  34.72 
 
 		 197 aa  42.4  0.005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0894  TetR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 215 aa  42.4  0.005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0749762 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0479  TetR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 207 aa  42.4  0.005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3397  TetR family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 222 aa  42.4  0.005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.15089  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1904  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 225 aa  42.4  0.005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.550528  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3510  TetR family transcriptional regulator  48.15 
 
 		 197 aa  42.4  0.006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1323  TetR family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 207 aa  42.4  0.006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3280  TetR family transcriptional regulator  24.14 
 
 		 206 aa  42.4  0.006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0233273  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28320  TetR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 193 aa  42  0.006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.115035  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2436  TetR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 243 aa  42.4  0.006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.747053 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1558  regulatory protein TetR  35.85 
 
 		 220 aa  42.4  0.006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2692  TetR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 195 aa  42.4  0.006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.728372  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0666  transcriptional regulator  40 
 
 		 205 aa  42  0.007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3293  regulatory protein TetR  37.5 
 
 		 208 aa  42  0.007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.147599  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4802  TetR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 215 aa  42  0.007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.96494  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2832  transcriptional regulator, TetR family  36.67 
 
 		 210 aa  42  0.007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0992  TetR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 226 aa  42  0.007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000245295 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1909  transcriptional regulator, TetR family  26.27 
 
 		 197 aa  42  0.007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2327  transcriptional regulator, TetR family  31.46 
 
 		 192 aa  41.6  0.008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.215572  normal  0.48242 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3771  TetR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 198 aa  41.6  0.008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.179625  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0538  transcriptional regulator, TetR family  39.62 
 
 		 254 aa  41.6  0.008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3054  TetR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 126 aa  41.6  0.009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0108952 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2461  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 234 aa  41.6  0.009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.460998  normal  0.536684 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15980  transcriptional regulator  51.35 
 
 		 179 aa  41.6  0.009  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.47032  normal  0.185748 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0784  TetR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 204 aa  41.6  0.009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.42035  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5065  TetR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 202 aa  41.6  0.009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.174952  normal  0.51505 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2783  TetR family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 187 aa  41.2  0.01  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1279  regulatory protein, TetR  28.81 
 
 		 206 aa  41.2  0.01  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.211303  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1571  TetR family transcriptional regulator  25.23 
 
 		 207 aa  41.2  0.01  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5174  putative transcriptional regulator, TetR family  27.65 
 
 		 199 aa  41.6  0.01  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0107413  hitchhiker  0.00860579 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3783  TetR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 197 aa  41.6  0.01  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.539516 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0565  transcriptional regulator BetI  39.29 
 
 		 202 aa  41.6  0.01  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.359685 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3457  TetR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 238 aa  41.2  0.01  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>