141 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3771 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_3771  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 198 aa  406  1e-113  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.179625  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0501  transcriptional regulator, TetR family  35.15 
 
 		 204 aa  86.3  3e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.480273  normal  0.933061 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6105  TetR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 201 aa  50.1  0.00002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.93473  normal  0.666323 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2508  TetR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 195 aa  50.4  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0332011  normal  0.924216 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5866  TetR family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 236 aa  49.3  0.00003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1866  TetR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 201 aa  48.9  0.00004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.115406 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3960  TetR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 201 aa  48.9  0.00005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.110455  normal  0.471806 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0027  TetR family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 209 aa  48.5  0.00006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.790094 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2024  transcriptional regulator, TetR family  29.56 
 
 		 192 aa  48.1  0.00007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.180766  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1320  TetR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 199 aa  48.1  0.00007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1581  transcriptional regulator UidR  29.56 
 
 		 192 aa  48.1  0.00007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01587  DNA-binding transcriptional repressor  29.56 
 
 		 196 aa  48.1  0.00009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2330  transcriptional regulator UidR  29.56 
 
 		 195 aa  48.1  0.00009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1693  transcriptional regulator UidR  29.56 
 
 		 196 aa  48.1  0.00009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2012  TetR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 196 aa  48.1  0.00009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.952906  normal  0.615913 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01577  hypothetical protein  29.56 
 
 		 196 aa  48.1  0.00009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.98021  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2838  transcriptional regulator, TetR family  38.46 
 
 		 183 aa  47.4  0.0001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1826  transcriptional regulator UidR  29.56 
 
 		 196 aa  47.8  0.0001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1805  transcriptional regulator UidR  29.56 
 
 		 196 aa  47.8  0.0001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.947665  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0402  transcriptional regulator, TetR family  38.04 
 
 		 219 aa  47  0.0002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.67084  normal  0.0771341 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3570  transcriptional regulator, TetR family  47.62 
 
 		 175 aa  47  0.0002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00083347  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4215  TetR family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 269 aa  47  0.0002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.261755 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3164  transcriptional regulator, TetR family  29.89 
 
 		 208 aa  46.6  0.0002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.859639  normal  0.0513104 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1516  transcriptional regulator BetI  37.31 
 
 		 197 aa  46.2  0.0003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.026336  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2620  TetR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 194 aa  46.2  0.0003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.727172  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5356  transcriptional regulator, TetR family  37.36 
 
 		 201 aa  46.2  0.0003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6545  TetR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 227 aa  46.2  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.129926 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2970  putative transcriptional regulator  25.27 
 
 		 196 aa  45.8  0.0004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0889426  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4836  TetR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 193 aa  45.8  0.0004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5697  TetR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 227 aa  45.4  0.0005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.949992  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6061  TetR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 191 aa  45.4  0.0005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.660328  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1834  transcriptional regulator, TetR family  35.62 
 
 		 196 aa  45.4  0.0005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.353647 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1561  TetR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 214 aa  45.1  0.0006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3856  transcriptional regulator, TetR family  32.63 
 
 		 199 aa  45.1  0.0007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0820  TetR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 219 aa  45.1  0.0008  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0110693  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0235  transcriptional regulator, TetR family  26.45 
 
 		 199 aa  45.1  0.0008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0309861  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2030  TetR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 238 aa  44.7  0.0008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0233695  normal  0.74062 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1139  TetR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 220 aa  44.7  0.0009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0501486 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8111  putative transcriptional regulator, TetR family  39.44 
 
 		 168 aa  44.3  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3239  TetR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 241 aa  44.7  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2000  TetR family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 234 aa  44.3  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.920156  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1137  transcriptional regulator, TetR family  32.18 
 
 		 209 aa  44.3  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.13929  normal  0.961099 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2610  TetR family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 234 aa  44.3  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.341012  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2036  transcriptional regulator, TetR family  46.15 
 
 		 203 aa  44.3  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.49858  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7226  putative transcriptional regulator, TetR family  29.82 
 
 		 209 aa  43.9  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.373834 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5991  TetR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 244 aa  44.3  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0553876 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2639  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 213 aa  44.3  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1320  transcriptional regulator, TetR family  31.94 
 
 		 241 aa  44.7  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0767739  normal  0.281979 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1045  transcriptional regulator, TetR family  32.18 
 
 		 222 aa  44.7  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01891  transcription regulator protein  34.74 
 
 		 219 aa  43.5  0.002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0139537  normal  0.638618 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5941  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 213 aa  43.5  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.272965 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1372  transcriptional regulator, TetR family  25.95 
 
 		 221 aa  43.9  0.002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0658  TetR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 211 aa  43.5  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2311  TetR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 251 aa  43.1  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.287882  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0880  transcriptional regulator, TetR family  40.32 
 
 		 212 aa  43.5  0.002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.987052  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35210  TetR family transcriptional regulator  24.18 
 
 		 196 aa  43.5  0.002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.831854 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0382  TetR family transcriptional regulator  24.16 
 
 		 242 aa  43.5  0.002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.894324  normal  0.190078 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3578  TetR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 198 aa  43.9  0.002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00935563  normal  0.0256006 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2189  TetR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 251 aa  43.1  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.533648  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0880  transcriptional regulator, TetR family  33.93 
 
 		 181 aa  43.5  0.002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1904  transcriptional regulator, TetR family  41.43 
 
 		 225 aa  43.9  0.002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.550528  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1857  TetR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 239 aa  42.7  0.003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1410  TetR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 239 aa  42.7  0.003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0318904  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5677  regulatory protein  25.16 
 
 		 201 aa  43.1  0.003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.106455  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5600  TetR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 252 aa  43.1  0.003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.806355 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1958  putative transcriptional regulator, TetR family  32.88 
 
 		 208 aa  42.7  0.003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.158698  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1848  TetR family transcriptional regulator  24.81 
 
 		 210 aa  43.1  0.003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0658  TetR family transcriptional regulator  43.59 
 
 		 195 aa  43.1  0.003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.609022  normal  0.929409 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1661  TetR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 252 aa  43.1  0.003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5366  transcriptional regulator, TetR family  30.93 
 
 		 210 aa  42.7  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00158369  normal  0.823764 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2273  TetR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 252 aa  43.1  0.003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0843228  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1105  TetR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 253 aa  43.1  0.003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0761  TetR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 239 aa  42.7  0.003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2788  transcriptional regulator, TetR family  30.56 
 
 		 201 aa  42.7  0.003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1265  TetR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 239 aa  42.7  0.003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1272  TetR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 239 aa  42.7  0.003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.492888  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0388  TetR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 239 aa  42.7  0.003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0941  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 239 aa  42.7  0.003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3529  TetR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 224 aa  42.7  0.003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2692  TetR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 195 aa  43.1  0.003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.728372  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1005  TetR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 244 aa  43.1  0.003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.107676  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2296  TetR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 252 aa  43.1  0.003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00269  transcriptional regulator BetI  34.29 
 
 		 195 aa  42.4  0.004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.547366  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3293  transcriptional regulator, TetR family  34.29 
 
 		 195 aa  42.7  0.004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1946  transcriptional regulator, TetR family  38.57 
 
 		 191 aa  42.4  0.004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.173435  hitchhiker  0.00972871 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1387  TetR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 210 aa  42.7  0.004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.649854  normal  0.844436 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00272  hypothetical protein  34.29 
 
 		 195 aa  42.4  0.004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.418668  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1037  TetR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 239 aa  42.7  0.004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.397518  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4287  transcriptional regulator, TetR family  32.88 
 
 		 205 aa  42.7  0.004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6137  transcriptional regulator, TetR family  56.25 
 
 		 196 aa  42.7  0.004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.780623 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1780  transcriptional regulator, TetR family  27.33 
 
 		 200 aa  42.4  0.004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5248  transcriptional regulator, TetR family  44.26 
 
 		 178 aa  42.7  0.004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3397  TetR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 222 aa  42.7  0.004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.15089  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4004  TetR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 209 aa  42.7  0.004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0894492  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2175  TetR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 205 aa  42.4  0.004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0372  transcriptional regulator BetI  34.29 
 
 		 195 aa  42.7  0.004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0328  transcriptional regulator BetI  34.29 
 
 		 195 aa  42.7  0.004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3310  transcriptional regulator BetI  34.29 
 
 		 195 aa  42.7  0.004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0344  transcriptional regulator BetI  34.29 
 
 		 195 aa  42.4  0.004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0375  transcriptional regulator BetI  34.29 
 
 		 195 aa  42.4  0.004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0868398 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>