More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PICST_84338 on replicon NC_009046
Organism: Scheffersomyces stipitis CBS 6054



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009046  PICST_84338  pseudouridine synthase  100 
 
 		 465 aa  971    Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.188482  normal  0.052244 
 
 
-
 
NC_006694  CNI00670  pseudouridylate synthase, putative  35.16 
 
 		 514 aa  261  2e-68  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03170  pseudouridylate synthase 3 (AFU_orthologue; AFUA_3G13350)  32.35 
 
 		 664 aa  254  2.0000000000000002e-66  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_3550  predicted protein  38.81 
 
 		 257 aa  193  7e-48  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.658668  normal  0.123693 
 
 
-
 
NC_011675  PHATRDRAFT_5217  predicted protein  37.77 
 
 		 216 aa  143  7e-33  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0989  tRNA pseudouridine synthase A  34.23 
 
 		 267 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1625  tRNA pseudouridine synthase A  30.89 
 
 		 275 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.875957  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1332  tRNA pseudouridine synthase A  29.73 
 
 		 269 aa  105  1e-21  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2616  tRNA pseudouridine synthase A  30.87 
 
 		 296 aa  100  7e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2400  tRNA pseudouridine synthase ACD  28.2 
 
 		 276 aa  96.3  1e-18  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009373  OSTLU_28572  predicted protein  26.01 
 
 		 286 aa  92.8  1e-17  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0301527  hitchhiker  0.000000212396 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  28.47 
 
 		 263 aa  90.9  4e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0217  tRNA pseudouridine synthase ACD  30.16 
 
 		 276 aa  90.1  8e-17  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0605  tRNA pseudouridine synthase A  29.2 
 
 		 256 aa  89  2e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000709788  hitchhiker  0.00819756 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2714  tRNA pseudouridine synthase ACD  28.4 
 
 		 280 aa  89  2e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.971768  normal  0.823422 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0793  tRNA pseudouridine synthase A  29.87 
 
 		 245 aa  88.2  3e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000229391  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2301  tRNA pseudouridine synthase ACD  29.3 
 
 		 270 aa  88.2  3e-16  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  29.89 
 
 		 259 aa  88.2  3e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0595  tRNA pseudouridine synthase A  29.76 
 
 		 294 aa  87.4  4e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.436943 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0158  tRNA pseudouridine synthase A  30.54 
 
 		 310 aa  87  6e-16  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3380  tRNA pseudouridine synthase A  27.24 
 
 		 273 aa  86.3  0.000000000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0410  tRNA pseudouridine synthase A  29.37 
 
 		 245 aa  84  0.000000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1555  tRNA pseudouridine synthase A  28.26 
 
 		 284 aa  83.6  0.000000000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.406296  normal  0.309308 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23840  tRNA pseudouridine synthase A  30.9 
 
 		 285 aa  83.2  0.000000000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.866913  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5154  tRNA pseudouridine synthase A  27.59 
 
 		 279 aa  83.2  0.000000000000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.195409 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1815  tRNA pseudouridine synthase A  29.27 
 
 		 274 aa  82.8  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0994252  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0911  tRNA pseudouridine synthase A  30.6 
 
 		 250 aa  82.8  0.00000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000123783  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0409  tRNA pseudouridine synthase A  28.85 
 
 		 245 aa  82.8  0.00000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.816199  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2938  tRNA pseudouridine synthase A  29.29 
 
 		 280 aa  82.8  0.00000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.34184  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2019  tRNA pseudouridine synthase A  30.9 
 
 		 285 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0292827  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1652  tRNA pseudouridine synthase A  27.78 
 
 		 261 aa  80.9  0.00000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0407  tRNA pseudouridine synthase A  31.66 
 
 		 245 aa  80.9  0.00000000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1528  tRNA pseudouridine synthase A  26.94 
 
 		 286 aa  80.5  0.00000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.141519  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1896  tRNA pseudouridine synthase A  28.82 
 
 		 274 aa  80.1  0.00000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3767  tRNA pseudouridine synthase A  28.26 
 
 		 332 aa  80.1  0.00000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1675  tRNA pseudouridine synthase ACD  28.97 
 
 		 281 aa  80.1  0.00000000000009  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.352236  hitchhiker  0.000000344781 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1859  tRNA pseudouridine synthase ACD  27.78 
 
 		 245 aa  79.7  0.00000000000009  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.411434  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21360  pseudouridylate synthase I  29.54 
 
 		 271 aa  79.3  0.0000000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0418388  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1452  tRNA pseudouridine synthase A  31.3 
 
 		 256 aa  79.7  0.0000000000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000896278  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4288  tRNA pseudouridine synthase A  27.63 
 
 		 288 aa  79.7  0.0000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.620065  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0381  tRNA pseudouridine synthase A  28.06 
 
 		 264 aa  79.3  0.0000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2040  tRNA pseudouridine synthase A  29.13 
 
 		 274 aa  79.7  0.0000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.545725  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1060  tRNA pseudouridine synthase A  28.02 
 
 		 248 aa  79.3  0.0000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04290  pseudouridylate synthase I  27.23 
 
 		 300 aa  78.6  0.0000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.477492  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29400  pseudouridylate synthase I  28.21 
 
 		 287 aa  79  0.0000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.1432  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3350  tRNA pseudouridine synthase A  28.47 
 
 		 247 aa  79  0.0000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0985621 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2139  tRNA pseudouridine synthase A  28.46 
 
 		 274 aa  79  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.357252  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1491  tRNA pseudouridine synthase A  29.63 
 
 		 261 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.125203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1479  tRNA pseudouridine synthase A  29.63 
 
 		 261 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0778674  normal  0.668888 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2877  tRNA pseudouridine synthase A  30.77 
 
 		 244 aa  78.2  0.0000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00616108  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2159  tRNA pseudouridine synthase A  28.93 
 
 		 260 aa  78.6  0.0000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0844535 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12020  pseudouridylate synthase I  28.47 
 
 		 273 aa  78.2  0.0000000000003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1426  tRNA pseudouridine synthase A  29.26 
 
 		 261 aa  78.2  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0400831  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1248  tRNA pseudouridine synthase A  27.59 
 
 		 248 aa  77.8  0.0000000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0405  tRNA pseudouridine synthase A  31.05 
 
 		 245 aa  77.4  0.0000000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00300726  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3109  tRNA pseudouridine synthase A  25.96 
 
 		 286 aa  77.4  0.0000000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0462  tRNA pseudouridine synthase A  31.05 
 
 		 245 aa  77  0.0000000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0487  tRNA pseudouridine synthase A  31.05 
 
 		 245 aa  77  0.0000000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0336  tRNA pseudouridine synthase A  28.19 
 
 		 297 aa  77  0.0000000000006  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0521282  decreased coverage  0.000493402 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13492  tRNA pseudouridine synthase A  25.99 
 
 		 297 aa  77  0.0000000000006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.39431  normal  0.20778 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  27.86 
 
 		 271 aa  77.4  0.0000000000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1626  tRNA pseudouridine synthase A  29.15 
 
 		 268 aa  77  0.0000000000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.895885  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1617  tRNA pseudouridine synthase A  28.52 
 
 		 261 aa  77  0.0000000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0232986  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0401  tRNA pseudouridine synthase A  31.16 
 
 		 245 aa  76.6  0.0000000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2273  tRNA pseudouridine synthase A  29.72 
 
 		 263 aa  76.6  0.0000000000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000217948 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2426  tRNA pseudouridine synthase A  30.43 
 
 		 246 aa  76.6  0.0000000000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000220887  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3371  Pseudouridine synthase I, TruA, alpha/beta domain protein  25.44 
 
 		 295 aa  75.9  0.000000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1985  tRNA pseudouridine synthase A  28.36 
 
 		 274 aa  76.3  0.000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0543  tRNA pseudouridine synthase A  30.65 
 
 		 245 aa  76.3  0.000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.432297  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3803  tRNA pseudouridine synthase A  30.6 
 
 		 259 aa  75.9  0.000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0473  tRNA pseudouridine synthase A  31.05 
 
 		 245 aa  76.3  0.000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1662  tRNA pseudouridine synthase A  27.95 
 
 		 284 aa  76.3  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.192563  normal  0.747967 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2653  tRNA pseudouridine synthase A  26.79 
 
 		 297 aa  75.9  0.000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1174  tRNA pseudouridine synthase A  28.28 
 
 		 305 aa  75.5  0.000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.329599  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2984  tRNA pseudouridine synthase A  28.57 
 
 		 261 aa  75.1  0.000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.427567 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0139  tRNA pseudouridine synthase A  28 
 
 		 258 aa  75.5  0.000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0684  tRNA pseudouridine synthase A  30.39 
 
 		 262 aa  75.1  0.000000000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1685  tRNA pseudouridine synthase A  25.64 
 
 		 244 aa  75.5  0.000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3871  tRNA pseudouridine synthase A  26.3 
 
 		 268 aa  75.1  0.000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1129  tRNA pseudouridine synthase A  29.18 
 
 		 294 aa  75.5  0.000000000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0543  tRNA pseudouridine synthase A  30.65 
 
 		 245 aa  75.1  0.000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000330857  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1800  tRNA pseudouridine synthase A  27.34 
 
 		 267 aa  74.7  0.000000000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  28.14 
 
 		 244 aa  74.7  0.000000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0801  tRNA pseudouridine synthase A  26.09 
 
 		 262 aa  75.1  0.000000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0247033  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0520  tRNA pseudouridine synthase A  27.5 
 
 		 264 aa  74.7  0.000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4942  tRNA pseudouridine synthase ACD  28.35 
 
 		 272 aa  74.7  0.000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0686  tRNA pseudouridine synthase ACD  30.77 
 
 		 246 aa  74.7  0.000000000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000903127  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3817  tRNA pseudouridine synthase A  27.07 
 
 		 274 aa  74.3  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2620  tRNA pseudouridine synthase A  28.23 
 
 		 306 aa  74.3  0.000000000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0173  tRNA pseudouridine synthase A  28.28 
 
 		 252 aa  74.3  0.000000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000175513  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1234  tRNA pseudouridine synthase A  29.03 
 
 		 261 aa  74.3  0.000000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.512181  normal  0.233712 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0626  tRNA pseudouridine synthase A  26.86 
 
 		 252 aa  74.3  0.000000000004  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.133889  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2742  tRNA pseudouridine synthase A  28.52 
 
 		 261 aa  74.7  0.000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0368715  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3893  tRNA-pseudouridine synthase I  28.14 
 
 		 276 aa  74.3  0.000000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0421  tRNA pseudouridine synthase A  29.15 
 
 		 260 aa  73.9  0.000000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000417493  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2995  tRNA pseudouridine synthase ACD  26.74 
 
 		 278 aa  73.9  0.000000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00964869 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_17411  tRNA pseudouridine synthase A  28.63 
 
 		 268 aa  73.9  0.000000000005  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3148  tRNA pseudouridine synthase A  26.92 
 
 		 253 aa  73.9  0.000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.733437  normal  0.353233 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1617  tRNA pseudouridine synthase A  28.52 
 
 		 261 aa  73.9  0.000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00313277  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2246  tRNA pseudouridine synthase A  25.26 
 
 		 267 aa  73.9  0.000000000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000374145  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>