More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Maeo_0158 on replicon NC_009635
Organism: Methanococcus aeolicus Nankai-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009635  Maeo_0158  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 
310 aa  627  1e-179  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1280  tRNA pseudouridine synthase A  55.56 
 
 
265 aa  292  4e-78  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1404  tRNA pseudouridine synthase A  51.72 
 
 
262 aa  274  2.0000000000000002e-72  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.43342  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0684  tRNA pseudouridine synthase A  51.72 
 
 
262 aa  273  3e-72  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1272  tRNA pseudouridine synthase A  51.72 
 
 
262 aa  270  2e-71  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0989  tRNA pseudouridine synthase A  31.48 
 
 
267 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1332  tRNA pseudouridine synthase A  30.45 
 
 
269 aa  112  8.000000000000001e-24  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0233  tRNA pseudouridine synthase ACD  29.61 
 
 
257 aa  102  9e-21  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.250363  normal  0.206839 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1625  tRNA pseudouridine synthase A  30.49 
 
 
275 aa  100  3e-20  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.875957  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0213  tRNA pseudouridine synthase ACD  28.15 
 
 
255 aa  95.1  1e-18  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.0717474  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1280  tRNA pseudouridine synthase ACD  28.57 
 
 
255 aa  92.4  8e-18  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.528542  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1675  tRNA pseudouridine synthase ACD  27.88 
 
 
281 aa  91.7  1e-17  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.352236  hitchhiker  0.000000344781 
 
 
-
 
NC_009046  PICST_84338  pseudouridine synthase  29.71 
 
 
465 aa  87  4e-16  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.188482  normal  0.052244 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2714  tRNA pseudouridine synthase ACD  25.43 
 
 
280 aa  86.3  7e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.971768  normal  0.823422 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1525  Pseudouridine synthase I, TruA, alpha/beta domain protein  30.04 
 
 
253 aa  85.9  8e-16  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0700  tRNA pseudouridine synthase ACD  25.4 
 
 
257 aa  85.1  0.000000000000001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00000544038 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1815  tRNA pseudouridine synthase A  26.4 
 
 
274 aa  82.8  0.000000000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0994252  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2139  tRNA pseudouridine synthase A  26.8 
 
 
274 aa  81.6  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.357252  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2400  tRNA pseudouridine synthase ACD  25.33 
 
 
276 aa  82  0.00000000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1486  tRNA pseudouridine synthase A  37.74 
 
 
261 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0039876  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1985  tRNA pseudouridine synthase A  26.4 
 
 
274 aa  80.5  0.00000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02450  pseudouridylate synthase I  28.28 
 
 
246 aa  78.2  0.0000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000086341  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3634  tRNA pseudouridine synthase A  29.55 
 
 
245 aa  77.8  0.0000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01500  pseudouridylate synthase I  28.28 
 
 
246 aa  78.2  0.0000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  8.6087e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2301  tRNA pseudouridine synthase ACD  27.47 
 
 
270 aa  77.4  0.0000000000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0622  tRNA pseudouridine synthase A  29.67 
 
 
245 aa  77  0.0000000000003  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.939748  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0217  tRNA pseudouridine synthase ACD  22.81 
 
 
276 aa  76.6  0.0000000000005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1426  tRNA pseudouridine synthase A  26.44 
 
 
261 aa  75.9  0.0000000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0400831  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1491  tRNA pseudouridine synthase A  25.98 
 
 
261 aa  75.9  0.0000000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.125203  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1479  tRNA pseudouridine synthase A  25.98 
 
 
261 aa  75.9  0.0000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0778674  normal  0.668888 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2469  tRNA pseudouridine synthase A  26.74 
 
 
278 aa  75.9  0.0000000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.371859 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  27.67 
 
 
263 aa  75.9  0.0000000000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3371  Pseudouridine synthase I, TruA, alpha/beta domain protein  26.24 
 
 
295 aa  74.7  0.000000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1060  tRNA pseudouridine synthase A  28.86 
 
 
248 aa  74.3  0.000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1129  tRNA pseudouridine synthase A  25.09 
 
 
294 aa  74.7  0.000000000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1665  tRNA pseudouridine synthase A  25.9 
 
 
293 aa  73.6  0.000000000004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.298328  normal  0.709625 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1248  tRNA pseudouridine synthase A  28.46 
 
 
248 aa  72.8  0.000000000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3380  tRNA pseudouridine synthase A  26.64 
 
 
273 aa  72.4  0.000000000009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2759  tRNA pseudouridine synthase A  24.9 
 
 
261 aa  72.4  0.000000000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00729091  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2441  tRNA pseudouridine synthase A  25.67 
 
 
261 aa  72  0.00000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.238005  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2836  tRNA pseudouridine synthase A  24.9 
 
 
261 aa  72.4  0.00000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0418534  hitchhiker  0.00932261 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1452  tRNA pseudouridine synthase A  29.06 
 
 
256 aa  71.6  0.00000000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000896278  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1652  tRNA pseudouridine synthase A  33.33 
 
 
261 aa  72.4  0.00000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2742  tRNA pseudouridine synthase A  25.29 
 
 
261 aa  72  0.00000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0368715  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2002  tRNA pseudouridine synthase A  25.4 
 
 
275 aa  71.2  0.00000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.402759  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1617  tRNA pseudouridine synthase A  25.29 
 
 
261 aa  71.2  0.00000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00313277  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2306  tRNA pseudouridine synthase A  33.05 
 
 
261 aa  71.2  0.00000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0438465  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  25.96 
 
 
261 aa  71.2  0.00000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD1068  tRNA pseudouridine synthase A  29.27 
 
 
245 aa  70.9  0.00000000003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0454345  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1395  tRNA pseudouridine synthase A  32.14 
 
 
261 aa  69.7  0.00000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1358  Pseudouridine synthase I, TruA, alpha/beta domain protein  22.56 
 
 
293 aa  69.7  0.00000000007  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  29.67 
 
 
244 aa  68.6  0.0000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4968  tRNA pseudouridine synthase A  25.45 
 
 
298 aa  68.9  0.0000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0803704  normal  0.567804 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3817  tRNA pseudouridine synthase A  23.88 
 
 
274 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1617  tRNA pseudouridine synthase A  23.85 
 
 
261 aa  68.2  0.0000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0232986  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0321  tRNA pseudouridine synthase A  28.78 
 
 
264 aa  67.8  0.0000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000566898  hitchhiker  1.98611e-17 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0419  tRNA pseudouridine synthase A  26.83 
 
 
245 aa  67.4  0.0000000003  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.293905  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17151  tRNA pseudouridine synthase A  28.8 
 
 
268 aa  67.4  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.137278  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1104  tRNA pseudouridine synthase A  27.59 
 
 
276 aa  67  0.0000000004  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.723318  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1914  tRNA pseudouridine synthase A  27.17 
 
 
351 aa  67  0.0000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2717  tRNA pseudouridine synthase A  31.19 
 
 
287 aa  67  0.0000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0374382 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2426  tRNA pseudouridine synthase A  25.31 
 
 
246 aa  66.6  0.0000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000220887  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19791  tRNA pseudouridine synthase A  27.2 
 
 
276 aa  66.6  0.0000000005  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0255  tRNA pseudouridine synthase A  29.2 
 
 
247 aa  66.6  0.0000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000251416  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0770  tRNA pseudouridine synthase A  25.69 
 
 
275 aa  66.6  0.0000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  27.84 
 
 
259 aa  66.6  0.0000000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1237  tRNA pseudouridine synthase ACD  31.02 
 
 
245 aa  66.2  0.0000000006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0714167  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  28.97 
 
 
244 aa  66.6  0.0000000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1305  tRNA pseudouridine synthase A  25.21 
 
 
263 aa  66.2  0.0000000007  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0505813  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1662  tRNA pseudouridine synthase A  22.96 
 
 
284 aa  66.2  0.0000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.192563  normal  0.747967 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2308  tRNA pseudouridine synthase A  23.74 
 
 
273 aa  66.2  0.0000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.742773  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3803  tRNA pseudouridine synthase A  26.32 
 
 
259 aa  65.9  0.0000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3767  tRNA pseudouridine synthase A  31.19 
 
 
332 aa  65.9  0.0000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1018  pseudouridylate synthase  26.27 
 
 
259 aa  65.9  0.0000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1234  tRNA pseudouridine synthase A  25 
 
 
261 aa  65.9  0.0000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.512181  normal  0.233712 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2040  tRNA pseudouridine synthase A  29.36 
 
 
274 aa  65.1  0.000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.545725  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1528  tRNA pseudouridine synthase A  31.19 
 
 
286 aa  65.5  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.141519  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2883  tRNA pseudouridine synthase A  24.8 
 
 
270 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0101662  normal  0.88579 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2984  tRNA pseudouridine synthase A  33.96 
 
 
261 aa  65.1  0.000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.427567 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02243  tRNA pseudouridine synthase A  24.51 
 
 
270 aa  64.7  0.000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1338  tRNA pseudouridine synthase A  24.51 
 
 
270 aa  64.3  0.000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.556339  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01204  tRNA pseudouridine synthase A  25.48 
 
 
264 aa  65.1  0.000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0012  tRNA pseudouridine synthase A  30.52 
 
 
246 aa  64.7  0.000000002  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.732766  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2469  tRNA pseudouridine synthase A  24.51 
 
 
270 aa  64.7  0.000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02203  hypothetical protein  24.51 
 
 
270 aa  64.7  0.000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1051  tRNA pseudouridine synthase A  24.61 
 
 
255 aa  65.1  0.000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00000873816  hitchhiker  0.00519599 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1334  tRNA pseudouridine synthase A  24.51 
 
 
270 aa  64.7  0.000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.673735 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12020  pseudouridylate synthase I  25.24 
 
 
273 aa  65.1  0.000000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2510  tRNA pseudouridine synthase A  24.03 
 
 
270 aa  63.9  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0405  tRNA pseudouridine synthase A  28.29 
 
 
245 aa  63.9  0.000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00300726  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2719  tRNA pseudouridine synthase A  24.03 
 
 
270 aa  63.9  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.152064  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2610  tRNA pseudouridine synthase A  24.03 
 
 
270 aa  63.9  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.422355  normal  0.0539335 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2556  tRNA pseudouridine synthase A  24.03 
 
 
270 aa  63.9  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23840  tRNA pseudouridine synthase A  26.53 
 
 
285 aa  64.3  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.866913  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2598  tRNA pseudouridine synthase A  24.03 
 
 
270 aa  63.9  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.814522  normal  0.68197 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21360  pseudouridylate synthase I  23.94 
 
 
271 aa  63.5  0.000000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0418388  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0462  tRNA pseudouridine synthase A  28.29 
 
 
245 aa  63.5  0.000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0487  tRNA pseudouridine synthase A  28.29 
 
 
245 aa  63.5  0.000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2474  tRNA pseudouridine synthase A  24.11 
 
 
270 aa  63.5  0.000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3064  tRNA pseudouridine synthase A  23.74 
 
 
265 aa  63.5  0.000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>