More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcal_0700 on replicon NC_009073
Organism: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009073  Pcal_0700  tRNA pseudouridine synthase ACD  100 
 
 
257 aa  509  1e-143  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00000544038 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0233  tRNA pseudouridine synthase ACD  68.91 
 
 
257 aa  340  1e-92  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.250363  normal  0.206839 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1280  tRNA pseudouridine synthase ACD  64.84 
 
 
255 aa  338  4e-92  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.528542  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0213  tRNA pseudouridine synthase ACD  64.84 
 
 
255 aa  324  8.000000000000001e-88  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.0717474  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1332  tRNA pseudouridine synthase A  33.19 
 
 
269 aa  101  1e-20  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1625  tRNA pseudouridine synthase A  33.05 
 
 
275 aa  99.4  5e-20  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.875957  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1280  tRNA pseudouridine synthase A  27.27 
 
 
265 aa  98.2  1e-19  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3634  tRNA pseudouridine synthase A  31.12 
 
 
245 aa  93.2  3e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1525  Pseudouridine synthase I, TruA, alpha/beta domain protein  28.57 
 
 
253 aa  90.1  3e-17  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0158  tRNA pseudouridine synthase A  25.4 
 
 
310 aa  89.7  4e-17  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1272  tRNA pseudouridine synthase A  26.58 
 
 
262 aa  89  7e-17  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1859  tRNA pseudouridine synthase ACD  29.18 
 
 
245 aa  89  8e-17  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.411434  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0989  tRNA pseudouridine synthase A  28.25 
 
 
267 aa  87.8  1e-16  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1404  tRNA pseudouridine synthase A  26.58 
 
 
262 aa  88.2  1e-16  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.43342  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0684  tRNA pseudouridine synthase A  27 
 
 
262 aa  87.4  2e-16  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0217  tRNA pseudouridine synthase ACD  31.23 
 
 
276 aa  86.3  4e-16  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2081  pseudouridylate synthase  30.28 
 
 
289 aa  85.1  0.000000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.999551 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1675  tRNA pseudouridine synthase ACD  36.46 
 
 
281 aa  84  0.000000000000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.352236  hitchhiker  0.000000344781 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0937  tRNA pseudouridine synthase ACD  29.83 
 
 
244 aa  82.8  0.000000000000004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1815  tRNA pseudouridine synthase A  30.89 
 
 
274 aa  81.3  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0994252  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  28.57 
 
 
244 aa  81.6  0.00000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1700  tRNA pseudouridine synthase A  30.54 
 
 
261 aa  81.6  0.00000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.125972 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2400  tRNA pseudouridine synthase ACD  30.74 
 
 
276 aa  80.9  0.00000000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1060  tRNA pseudouridine synthase A  26.45 
 
 
248 aa  80.9  0.00000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  27.5 
 
 
244 aa  80.5  0.00000000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1248  tRNA pseudouridine synthase A  26.45 
 
 
248 aa  80.5  0.00000000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0263  tRNA pseudouridine synthase A  28.34 
 
 
246 aa  79.7  0.00000000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2469  tRNA pseudouridine synthase A  28.02 
 
 
278 aa  79.3  0.00000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.371859 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0677  tRNA pseudouridine synthase A  28.92 
 
 
270 aa  79.3  0.00000000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.873291  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0228  tRNA pseudouridine synthase A  29.39 
 
 
253 aa  79  0.00000000000007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000401865  normal  0.634585 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1075  tRNA pseudouridine synthase A  27.64 
 
 
262 aa  78.6  0.00000000000009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2301  tRNA pseudouridine synthase ACD  32.42 
 
 
270 aa  78.2  0.0000000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0389  tRNA pseudouridine synthase A  29.6 
 
 
265 aa  78.2  0.0000000000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  32.64 
 
 
259 aa  78.2  0.0000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0401  tRNA pseudouridine synthase A  25.31 
 
 
245 aa  77.4  0.0000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0473  tRNA pseudouridine synthase A  25.31 
 
 
245 aa  77.4  0.0000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1237  tRNA pseudouridine synthase ACD  29.06 
 
 
245 aa  77  0.0000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0714167  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0543  tRNA pseudouridine synthase A  26.32 
 
 
245 aa  77.4  0.0000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000330857  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0139  tRNA pseudouridine synthase A  30.96 
 
 
258 aa  77.4  0.0000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0462  tRNA pseudouridine synthase A  25.31 
 
 
245 aa  77  0.0000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1723  tRNA pseudouridine synthase A  28.51 
 
 
270 aa  76.6  0.0000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2309  tRNA pseudouridine synthase A  28.51 
 
 
270 aa  76.6  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0622933  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0771  tRNA pseudouridine synthase A  28.51 
 
 
270 aa  76.6  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0487  tRNA pseudouridine synthase A  25.31 
 
 
245 aa  77  0.0000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2447  tRNA pseudouridine synthase A  28.51 
 
 
270 aa  76.6  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.808323  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1647  tRNA pseudouridine synthase A  28.51 
 
 
270 aa  76.6  0.0000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0527  tRNA pseudouridine synthase A  28.51 
 
 
271 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0543  tRNA pseudouridine synthase A  25.31 
 
 
245 aa  76.6  0.0000000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.432297  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2139  tRNA pseudouridine synthase A  29.67 
 
 
274 aa  76.3  0.0000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.357252  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1856  tRNA pseudouridine synthase A  28.51 
 
 
271 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0227794  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02450  pseudouridylate synthase I  28.63 
 
 
246 aa  76.3  0.0000000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000086341  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1665  tRNA pseudouridine synthase A  31.84 
 
 
293 aa  76.3  0.0000000000005  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.298328  normal  0.709625 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01500  pseudouridylate synthase I  28.63 
 
 
246 aa  76.3  0.0000000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  8.6087e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4830  tRNA pseudouridine synthase A  25.91 
 
 
245 aa  75.9  0.0000000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0152439  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3382  tRNA pseudouridine synthase A  32.08 
 
 
244 aa  76.3  0.0000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000753277  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1985  tRNA pseudouridine synthase A  31.58 
 
 
274 aa  75.9  0.0000000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0405  tRNA pseudouridine synthase A  25.31 
 
 
245 aa  75.9  0.0000000000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00300726  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0346  tRNA pseudouridine synthase A  30.99 
 
 
262 aa  75.9  0.0000000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000224311  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0492  tRNA pseudouridine synthase A  25.91 
 
 
245 aa  75.5  0.0000000000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.138657  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2365  tRNA pseudouridine synthase A  27.92 
 
 
244 aa  75.5  0.0000000000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000187105  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0407  tRNA pseudouridine synthase A  24.49 
 
 
245 aa  75.5  0.0000000000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1218  tRNA pseudouridine synthase ACD  29.06 
 
 
245 aa  74.3  0.000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000567145  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0143  tRNA pseudouridine synthase A  26.97 
 
 
248 aa  74.3  0.000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000160558  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2680  tRNA pseudouridine synthase A  27.92 
 
 
244 aa  74.3  0.000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000443367  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1652  tRNA pseudouridine synthase A  27.35 
 
 
261 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0770  tRNA pseudouridine synthase A  26.24 
 
 
275 aa  73.2  0.000000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1395  tRNA pseudouridine synthase A  27.31 
 
 
261 aa  73.2  0.000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0793  tRNA pseudouridine synthase A  29.51 
 
 
245 aa  72.8  0.000000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000229391  n/a   
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_3550  predicted protein  32.63 
 
 
257 aa  72.4  0.000000000007  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.658668  normal  0.123693 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2299  pseudouridylate synthase  27.31 
 
 
249 aa  72.4  0.000000000007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000390138  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1051  tRNA pseudouridine synthase A  25.56 
 
 
276 aa  72  0.000000000008  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.238902 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0419  tRNA pseudouridine synthase A  27.6 
 
 
245 aa  72  0.000000000009  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.293905  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2984  tRNA pseudouridine synthase A  27.13 
 
 
261 aa  72  0.000000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.427567 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3064  tRNA pseudouridine synthase A  29.34 
 
 
265 aa  72  0.000000000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2681  tRNA pseudouridine synthase A  31.51 
 
 
262 aa  72  0.000000000009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0556679  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0319  tRNA pseudouridine synthase A  26.56 
 
 
250 aa  71.6  0.00000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000352927  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0255  tRNA pseudouridine synthase A  28.98 
 
 
250 aa  71.2  0.00000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00104612  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1259  tRNA pseudouridine synthase A  32.57 
 
 
290 aa  71.2  0.00000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1150  tRNA pseudouridine synthase A  31.43 
 
 
251 aa  71.2  0.00000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00189497  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0686  tRNA pseudouridine synthase ACD  28.57 
 
 
246 aa  71.2  0.00000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000903127  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0626  tRNA pseudouridine synthase A  28.23 
 
 
252 aa  71.6  0.00000000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.133889  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4567  tRNA pseudouridine synthase A  28.34 
 
 
249 aa  71.6  0.00000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0163  tRNA pseudouridine synthase A  27.8 
 
 
252 aa  71.6  0.00000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000189836  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2040  tRNA pseudouridine synthase A  27.2 
 
 
274 aa  70.9  0.00000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.545725  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2714  tRNA pseudouridine synthase ACD  28.27 
 
 
280 aa  70.9  0.00000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.971768  normal  0.823422 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0421  tRNA pseudouridine synthase A  23.58 
 
 
260 aa  70.9  0.00000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000417493  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2308  tRNA pseudouridine synthase A  29.27 
 
 
273 aa  70.5  0.00000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.742773  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0136  tRNA pseudouridine synthase A  27.8 
 
 
247 aa  70.1  0.00000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000296429  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0059  tRNA pseudouridine synthase A  31.33 
 
 
268 aa  70.1  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.933928  normal  0.0174964 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0622  tRNA pseudouridine synthase A  24.39 
 
 
245 aa  69.7  0.00000000004  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.939748  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2306  tRNA pseudouridine synthase A  28.45 
 
 
261 aa  69.7  0.00000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0438465  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0447  tRNA pseudouridine synthase A  30.12 
 
 
249 aa  70.1  0.00000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.801238 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0498  tRNA pseudouridine synthase A  32.46 
 
 
260 aa  69.7  0.00000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.276937  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0173  tRNA pseudouridine synthase A  27.8 
 
 
252 aa  69.3  0.00000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000175513  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0142  tRNA pseudouridine synthase A  27.8 
 
 
247 aa  69.7  0.00000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000629315  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0868  tRNA pseudouridine synthase A  29 
 
 
262 aa  69.3  0.00000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00469579  hitchhiker  0.00315924 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0137  tRNA pseudouridine synthase A  27.8 
 
 
252 aa  69.3  0.00000000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2002  tRNA pseudouridine synthase A  30.59 
 
 
275 aa  68.9  0.00000000007  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.402759  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1452  tRNA pseudouridine synthase A  28.46 
 
 
256 aa  68.6  0.00000000009  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000896278  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2883  tRNA pseudouridine synthase A  27.46 
 
 
270 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0101662  normal  0.88579 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>