More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mlab_1675 on replicon NC_008942
Organism: Methanocorpusculum labreanum Z



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008942  Mlab_1675  tRNA pseudouridine synthase ACD  100 
 
 
281 aa  580  1.0000000000000001e-165  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.352236  hitchhiker  0.000000344781 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2714  tRNA pseudouridine synthase ACD  50.21 
 
 
280 aa  215  7e-55  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.971768  normal  0.823422 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2301  tRNA pseudouridine synthase ACD  50.85 
 
 
270 aa  211  7.999999999999999e-54  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2400  tRNA pseudouridine synthase ACD  45.45 
 
 
276 aa  209  5e-53  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0217  tRNA pseudouridine synthase ACD  45.11 
 
 
276 aa  189  5.999999999999999e-47  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1625  tRNA pseudouridine synthase A  37.44 
 
 
275 aa  142  7e-33  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.875957  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1332  tRNA pseudouridine synthase A  36.84 
 
 
269 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1237  tRNA pseudouridine synthase ACD  34.13 
 
 
245 aa  133  3.9999999999999996e-30  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0714167  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0989  tRNA pseudouridine synthase A  38.34 
 
 
267 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1218  tRNA pseudouridine synthase ACD  33.74 
 
 
245 aa  128  9.000000000000001e-29  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000567145  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0937  tRNA pseudouridine synthase ACD  34.55 
 
 
244 aa  124  3e-27  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0136  tRNA pseudouridine synthase A  32.92 
 
 
247 aa  122  9e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000296429  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0137  tRNA pseudouridine synthase A  31.45 
 
 
252 aa  119  3.9999999999999996e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0163  tRNA pseudouridine synthase A  31.02 
 
 
252 aa  119  6e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000189836  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0142  tRNA pseudouridine synthase A  31.45 
 
 
247 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000419417  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0137  tRNA pseudouridine synthase A  31.45 
 
 
247 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000139661  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0135  tRNA pseudouridine synthase A  31.45 
 
 
247 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000154872  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1859  tRNA pseudouridine synthase ACD  33.05 
 
 
245 aa  118  9.999999999999999e-26  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.411434  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0142  tRNA pseudouridine synthase A  31.45 
 
 
247 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000771013  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0155  tRNA pseudouridine synthase A  31.45 
 
 
252 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.18067e-36 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0142  tRNA pseudouridine synthase A  31.05 
 
 
247 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000629315  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0173  tRNA pseudouridine synthase A  31.05 
 
 
252 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000175513  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5163  tRNA pseudouridine synthase A  31.82 
 
 
252 aa  117  3e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000176686  hitchhiker  0.0000000000431811 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0139  tRNA pseudouridine synthase A  34.41 
 
 
258 aa  115  7.999999999999999e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0686  tRNA pseudouridine synthase ACD  33.33 
 
 
246 aa  114  1.0000000000000001e-24  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000903127  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2246  tRNA pseudouridine synthase A  32.28 
 
 
267 aa  114  2.0000000000000002e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000374145  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2287  tRNA pseudouridine synthase A  32.28 
 
 
267 aa  114  2.0000000000000002e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0252642  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  32.52 
 
 
244 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1665  tRNA pseudouridine synthase A  35.12 
 
 
293 aa  112  7.000000000000001e-24  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.298328  normal  0.709625 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  37.8 
 
 
259 aa  110  3e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0143  tRNA pseudouridine synthase A  31.95 
 
 
248 aa  105  6e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000160558  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0868  tRNA pseudouridine synthase A  33.77 
 
 
262 aa  103  2e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00469579  hitchhiker  0.00315924 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3997  tRNA pseudouridine synthase ACD  34 
 
 
270 aa  103  2e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.541279  hitchhiker  0.00061511 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1916  tRNA pseudouridine synthase A  36.28 
 
 
260 aa  103  4e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.974239 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  33.06 
 
 
244 aa  103  4e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1700  tRNA pseudouridine synthase A  32.62 
 
 
261 aa  102  8e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.125972 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3634  tRNA pseudouridine synthase A  33.2 
 
 
245 aa  101  1e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1280  tRNA pseudouridine synthase A  34.09 
 
 
265 aa  101  2e-20  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0319  tRNA pseudouridine synthase A  32.38 
 
 
250 aa  100  2e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000352927  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1914  tRNA pseudouridine synthase A  34.36 
 
 
351 aa  101  2e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0165  tRNA pseudouridine synthase A  33.98 
 
 
248 aa  101  2e-20  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0956  tRNA pseudouridine synthase A  34.78 
 
 
261 aa  100  3e-20  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0850507  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1055  tRNA pseudouridine synthase A  34.78 
 
 
261 aa  100  3e-20  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.859222  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2681  tRNA pseudouridine synthase A  32.52 
 
 
262 aa  99  8e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0556679  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0964  tRNA pseudouridine synthase A  33.06 
 
 
243 aa  98.2  1e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3148  tRNA pseudouridine synthase A  34.73 
 
 
253 aa  98.6  1e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.733437  normal  0.353233 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1523  tRNA pseudouridine synthase A  34.58 
 
 
243 aa  98.6  1e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000575068  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2995  tRNA pseudouridine synthase ACD  33.61 
 
 
278 aa  98.6  1e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00964869 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3803  tRNA pseudouridine synthase A  30.49 
 
 
259 aa  97.4  2e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1175  tRNA pseudouridine synthase A  33.61 
 
 
253 aa  97.8  2e-19  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.261971  normal  0.0900523 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3380  tRNA pseudouridine synthase A  32.48 
 
 
273 aa  97.4  2e-19  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1018  pseudouridylate synthase  33.48 
 
 
259 aa  97.1  3e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0255  tRNA pseudouridine synthase A  32.23 
 
 
247 aa  97.1  3e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000251416  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01500  pseudouridylate synthase I  33.98 
 
 
246 aa  96.7  4e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  8.6087e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02450  pseudouridylate synthase I  33.98 
 
 
246 aa  96.7  4e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000086341  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3382  tRNA pseudouridine synthase A  34.17 
 
 
244 aa  96.7  4e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000753277  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0100  tRNA pseudouridine synthase A  29.08 
 
 
258 aa  96.3  5e-19  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1380  tRNA pseudouridine synthase A  32.07 
 
 
243 aa  96.3  5e-19  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1685  tRNA pseudouridine synthase A  31.25 
 
 
244 aa  96.3  5e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1452  tRNA pseudouridine synthase A  31.71 
 
 
256 aa  96.3  5e-19  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000896278  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1156  tRNA pseudouridine synthase ACD  30.4 
 
 
270 aa  96.3  5e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.133341  normal  0.0146408 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0012  tRNA pseudouridine synthase A  29.96 
 
 
246 aa  96.3  6e-19  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.732766  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2081  pseudouridylate synthase  33.88 
 
 
289 aa  95.9  6e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.999551 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1272  tRNA pseudouridine synthase A  31.48 
 
 
262 aa  95.9  7e-19  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2426  tRNA pseudouridine synthase A  34.96 
 
 
246 aa  95.5  9e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000220887  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0684  tRNA pseudouridine synthase A  31.02 
 
 
262 aa  95.1  1e-18  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0321  tRNA pseudouridine synthase A  30.71 
 
 
264 aa  95.1  1e-18  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000566898  hitchhiker  1.98611e-17 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2497  tRNA pseudouridine synthase A  33.48 
 
 
271 aa  94.4  2e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_3550  predicted protein  30.89 
 
 
257 aa  94  2e-18  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.658668  normal  0.123693 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1404  tRNA pseudouridine synthase A  30.3 
 
 
262 aa  93.6  3e-18  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.43342  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3828  tRNA pseudouridine synthase A  28.99 
 
 
244 aa  92.8  5e-18  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1800  tRNA pseudouridine synthase A  31.71 
 
 
267 aa  92.8  6e-18  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0158  tRNA pseudouridine synthase A  26.95 
 
 
310 aa  92.8  6e-18  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4942  tRNA pseudouridine synthase ACD  30.35 
 
 
272 aa  92.4  7e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0466  tRNA pseudouridine synthase A  30.73 
 
 
252 aa  92.4  7e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000184743  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2159  tRNA pseudouridine synthase A  32.76 
 
 
260 aa  92  9e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0844535 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2384  tRNA pseudouridine synthase A  31.88 
 
 
259 aa  92  9e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1916  tRNA pseudouridine synthase A  34.17 
 
 
250 aa  90.9  2e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.220235 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1544  tRNA pseudouridine synthase A  32.89 
 
 
272 aa  90.9  2e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.14908  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1600  tRNA pseudouridine synthase A  34.17 
 
 
252 aa  91.3  2e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.535619  normal  0.0774828 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1048  tRNA pseudouridine synthase A  32.39 
 
 
244 aa  90.9  2e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000774285  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2984  tRNA pseudouridine synthase A  31.69 
 
 
261 aa  91.3  2e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.427567 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0793  tRNA pseudouridine synthase A  30.77 
 
 
245 aa  90.5  3e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000229391  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1417  tRNA pseudouridine synthase A  34.82 
 
 
270 aa  90.5  3e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0223  tRNA pseudouridine synthase A  28.93 
 
 
293 aa  90.1  3e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00472694  normal  0.027676 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0226  tRNA pseudouridine synthase A  28.93 
 
 
293 aa  90.5  3e-17  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2299  pseudouridylate synthase  32.26 
 
 
249 aa  90.1  3e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000390138  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  32.28 
 
 
261 aa  90.5  3e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2322  tRNA pseudouridine synthase A  33.33 
 
 
272 aa  90.1  4e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0612  tRNA pseudouridine synthase A  32 
 
 
274 aa  89.7  5e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1251  tRNA pseudouridine synthase A  31.72 
 
 
259 aa  89.4  6e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.124214  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0233  tRNA pseudouridine synthase ACD  35.91 
 
 
257 aa  89.4  6e-17  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.250363  normal  0.206839 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2717  tRNA pseudouridine synthase A  32.73 
 
 
287 aa  89.4  6e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0374382 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1248  tRNA pseudouridine synthase A  27.2 
 
 
248 aa  89.4  7e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4288  tRNA pseudouridine synthase A  30.89 
 
 
288 aa  89  7e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.620065  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  32.61 
 
 
271 aa  88.6  1e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1395  tRNA pseudouridine synthase A  31.62 
 
 
261 aa  88.2  1e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2410  tRNA pseudouridine synthase A  32.89 
 
 
272 aa  87.8  2e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.293969  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0622  tRNA pseudouridine synthase A  27.53 
 
 
245 aa  87.8  2e-16  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.939748  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3334  tRNA pseudouridine synthase A  31.48 
 
 
273 aa  87.8  2e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000208005  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>