More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MmarC5_1404 on replicon NC_009135
Organism: Methanococcus maripaludis C5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009135  MmarC5_1404  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 
262 aa  537  9.999999999999999e-153  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.43342  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0684  tRNA pseudouridine synthase A  93.13 
 
 
262 aa  513  1e-144  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1272  tRNA pseudouridine synthase A  91.98 
 
 
262 aa  504  9.999999999999999e-143  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1280  tRNA pseudouridine synthase A  59.39 
 
 
265 aa  332  4e-90  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0158  tRNA pseudouridine synthase A  51.72 
 
 
310 aa  274  1.0000000000000001e-72  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1332  tRNA pseudouridine synthase A  34.66 
 
 
269 aa  129  4.0000000000000003e-29  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3634  tRNA pseudouridine synthase A  31.84 
 
 
245 aa  105  8e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1625  tRNA pseudouridine synthase A  30.08 
 
 
275 aa  103  2e-21  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.875957  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0989  tRNA pseudouridine synthase A  33.05 
 
 
267 aa  103  3e-21  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0233  tRNA pseudouridine synthase ACD  29.22 
 
 
257 aa  97.4  2e-19  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.250363  normal  0.206839 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0213  tRNA pseudouridine synthase ACD  27.5 
 
 
255 aa  97.1  3e-19  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.0717474  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2714  tRNA pseudouridine synthase ACD  29.26 
 
 
280 aa  93.6  3e-18  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.971768  normal  0.823422 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1675  tRNA pseudouridine synthase ACD  30.3 
 
 
281 aa  94  3e-18  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.352236  hitchhiker  0.000000344781 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1280  tRNA pseudouridine synthase ACD  27.5 
 
 
255 aa  87.8  2e-16  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.528542  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2400  tRNA pseudouridine synthase ACD  29 
 
 
276 aa  86.7  4e-16  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  29.34 
 
 
244 aa  84.3  0.000000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0700  tRNA pseudouridine synthase ACD  26.58 
 
 
257 aa  84  0.000000000000002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00000544038 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1525  Pseudouridine synthase I, TruA, alpha/beta domain protein  29 
 
 
253 aa  84.3  0.000000000000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1048  tRNA pseudouridine synthase A  28.05 
 
 
244 aa  82.8  0.000000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000774285  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  29.05 
 
 
244 aa  81.3  0.00000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1068  tRNA pseudouridine synthase A  28.4 
 
 
245 aa  79.7  0.00000000000004  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0454345  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2301  tRNA pseudouridine synthase ACD  27.27 
 
 
270 aa  79.3  0.00000000000006  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1815  tRNA pseudouridine synthase A  27.13 
 
 
274 aa  79  0.00000000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0994252  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0217  tRNA pseudouridine synthase ACD  25.87 
 
 
276 aa  79  0.00000000000007  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2426  tRNA pseudouridine synthase A  27.13 
 
 
246 aa  78.6  0.00000000000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000220887  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1985  tRNA pseudouridine synthase A  27.63 
 
 
274 aa  78.2  0.0000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2246  tRNA pseudouridine synthase A  29.67 
 
 
267 aa  78.2  0.0000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000374145  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2287  tRNA pseudouridine synthase A  29.67 
 
 
267 aa  78.2  0.0000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0252642  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2139  tRNA pseudouridine synthase A  27.13 
 
 
274 aa  78.2  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.357252  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0255  tRNA pseudouridine synthase A  28.93 
 
 
247 aa  76.3  0.0000000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000251416  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3382  tRNA pseudouridine synthase A  29.1 
 
 
244 aa  75.5  0.0000000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000753277  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  29.48 
 
 
259 aa  74.7  0.000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0321  tRNA pseudouridine synthase A  30.08 
 
 
264 aa  75.1  0.000000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000566898  hitchhiker  1.98611e-17 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2002  tRNA pseudouridine synthase A  29.26 
 
 
275 aa  74.3  0.000000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.402759  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2680  tRNA pseudouridine synthase A  31.69 
 
 
244 aa  74.3  0.000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000443367  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0012  tRNA pseudouridine synthase A  28.81 
 
 
246 aa  73.9  0.000000000003  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.732766  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0491  tRNA pseudouridine synthase A  30.52 
 
 
253 aa  73.6  0.000000000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0677  tRNA pseudouridine synthase A  28.57 
 
 
270 aa  73.2  0.000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.873291  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1060  tRNA pseudouridine synthase A  28.76 
 
 
248 aa  73.2  0.000000000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0468  tRNA pseudouridine synthase A  27.69 
 
 
271 aa  72.8  0.000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000442967  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2365  tRNA pseudouridine synthase A  31.69 
 
 
244 aa  72.8  0.000000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000187105  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3350  tRNA pseudouridine synthase A  27.16 
 
 
247 aa  72.4  0.000000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0985621 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1248  tRNA pseudouridine synthase A  28.51 
 
 
248 aa  72.8  0.000000000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0770  tRNA pseudouridine synthase A  27.03 
 
 
275 aa  72.4  0.000000000007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0911  tRNA pseudouridine synthase A  26.75 
 
 
250 aa  72  0.000000000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000123783  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2877  tRNA pseudouridine synthase A  24.49 
 
 
244 aa  71.6  0.00000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00616108  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0137  tRNA pseudouridine synthase A  29.92 
 
 
252 aa  71.6  0.00000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1358  Pseudouridine synthase I, TruA, alpha/beta domain protein  25.45 
 
 
293 aa  71.6  0.00000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1665  tRNA pseudouridine synthase A  27.98 
 
 
293 aa  70.5  0.00000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.298328  normal  0.709625 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5163  tRNA pseudouridine synthase A  28.92 
 
 
252 aa  70.9  0.00000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000176686  hitchhiker  0.0000000000431811 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1652  tRNA pseudouridine synthase A  24.3 
 
 
261 aa  71.2  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0142  tRNA pseudouridine synthase A  28.69 
 
 
247 aa  70.5  0.00000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000419417  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0137  tRNA pseudouridine synthase A  28.69 
 
 
247 aa  70.5  0.00000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000139661  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0135  tRNA pseudouridine synthase A  28.69 
 
 
247 aa  70.5  0.00000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000154872  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0142  tRNA pseudouridine synthase A  28.69 
 
 
247 aa  70.5  0.00000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000771013  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1237  tRNA pseudouridine synthase ACD  29.2 
 
 
245 aa  70.5  0.00000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0714167  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0248  tRNA pseudouridine synthase A  26.27 
 
 
246 aa  70.1  0.00000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.262775 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0155  tRNA pseudouridine synthase A  28.69 
 
 
252 aa  70.5  0.00000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.18067e-36 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2447  tRNA pseudouridine synthase A  27.78 
 
 
270 aa  69.7  0.00000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.808323  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0142  tRNA pseudouridine synthase A  28.8 
 
 
247 aa  69.7  0.00000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000629315  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1723  tRNA pseudouridine synthase A  27.78 
 
 
270 aa  69.7  0.00000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1856  tRNA pseudouridine synthase A  27.78 
 
 
271 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0227794  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0771  tRNA pseudouridine synthase A  27.78 
 
 
270 aa  69.7  0.00000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0527  tRNA pseudouridine synthase A  27.78 
 
 
271 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0136  tRNA pseudouridine synthase A  27.89 
 
 
247 aa  70.1  0.00000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000296429  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2469  tRNA pseudouridine synthase A  26.64 
 
 
278 aa  69.7  0.00000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.371859 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1647  tRNA pseudouridine synthase A  27.78 
 
 
270 aa  69.7  0.00000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2309  tRNA pseudouridine synthase A  27.78 
 
 
270 aa  69.7  0.00000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0622933  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0163  tRNA pseudouridine synthase A  28.69 
 
 
252 aa  69.3  0.00000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000189836  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17151  tRNA pseudouridine synthase A  28.16 
 
 
268 aa  69.7  0.00000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.137278  n/a   
 
 
-
 
NC_009046  PICST_84338  pseudouridine synthase  28.43 
 
 
465 aa  69.7  0.00000000005  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.188482  normal  0.052244 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1175  tRNA pseudouridine synthase A  26.34 
 
 
253 aa  69.3  0.00000000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.261971  normal  0.0900523 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0173  tRNA pseudouridine synthase A  28.28 
 
 
252 aa  69.3  0.00000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000175513  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1700  tRNA pseudouridine synthase A  27.6 
 
 
261 aa  68.9  0.00000000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.125972 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1218  tRNA pseudouridine synthase ACD  28.57 
 
 
245 aa  68.9  0.00000000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000567145  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0139  tRNA pseudouridine synthase A  28.4 
 
 
258 aa  68.6  0.0000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2883  tRNA pseudouridine synthase A  27.27 
 
 
270 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0101662  normal  0.88579 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02243  tRNA pseudouridine synthase A  25.1 
 
 
270 aa  67.8  0.0000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1338  tRNA pseudouridine synthase A  25.1 
 
 
270 aa  67.8  0.0000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.556339  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1337  tRNA pseudouridine synthase A  25.97 
 
 
269 aa  67.8  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.354676  normal  0.497364 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02203  hypothetical protein  25.1 
 
 
270 aa  67.8  0.0000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2469  tRNA pseudouridine synthase A  25.1 
 
 
270 aa  67.8  0.0000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1931  tRNA pseudouridine synthase A  30.28 
 
 
302 aa  67.4  0.0000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000797555  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0421  tRNA pseudouridine synthase A  29.23 
 
 
260 aa  67.4  0.0000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000417493  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1334  tRNA pseudouridine synthase A  25.1 
 
 
270 aa  67.8  0.0000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.673735 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2719  tRNA pseudouridine synthase A  25.09 
 
 
270 aa  67  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.152064  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2610  tRNA pseudouridine synthase A  25.09 
 
 
270 aa  67  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.422355  normal  0.0539335 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2510  tRNA pseudouridine synthase A  25.09 
 
 
270 aa  67  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3817  tRNA pseudouridine synthase A  26.94 
 
 
274 aa  67  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1685  tRNA pseudouridine synthase A  28.46 
 
 
244 aa  67  0.0000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2556  tRNA pseudouridine synthase A  25.09 
 
 
270 aa  67  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1129  tRNA pseudouridine synthase A  26.85 
 
 
294 aa  66.6  0.0000000003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2598  tRNA pseudouridine synthase A  25.09 
 
 
270 aa  67  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.814522  normal  0.68197 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0419  tRNA pseudouridine synthase A  28.05 
 
 
245 aa  66.6  0.0000000004  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.293905  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2696  tRNA pseudouridine synthase A  24.71 
 
 
270 aa  66.2  0.0000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4372  tRNA pseudouridine synthase A  26.98 
 
 
267 aa  66.2  0.0000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1130  tRNA pseudouridine synthase A  26.12 
 
 
248 aa  66.2  0.0000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.131343 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2308  tRNA pseudouridine synthase A  24.18 
 
 
273 aa  66.2  0.0000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.742773  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1914  tRNA pseudouridine synthase A  24.51 
 
 
351 aa  66.2  0.0000000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2612  tRNA pseudouridine synthase A  24.71 
 
 
270 aa  65.9  0.0000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>