More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Aboo_1525 on replicon NC_013926
Organism: Aciduliprofundum boonei T469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013926  Aboo_1525  Pseudouridine synthase I, TruA, alpha/beta domain protein  100 
 
 
253 aa  519  1e-146  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0989  tRNA pseudouridine synthase A  37.23 
 
 
267 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1625  tRNA pseudouridine synthase A  33.77 
 
 
275 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.875957  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1332  tRNA pseudouridine synthase A  34.27 
 
 
269 aa  119  6e-26  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0217  tRNA pseudouridine synthase ACD  31.47 
 
 
276 aa  105  5e-22  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2400  tRNA pseudouridine synthase ACD  31.9 
 
 
276 aa  102  7e-21  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0213  tRNA pseudouridine synthase ACD  31.2 
 
 
255 aa  99.4  5e-20  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.0717474  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2301  tRNA pseudouridine synthase ACD  31.8 
 
 
270 aa  97.8  1e-19  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0233  tRNA pseudouridine synthase ACD  31.25 
 
 
257 aa  97.8  1e-19  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.250363  normal  0.206839 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3371  Pseudouridine synthase I, TruA, alpha/beta domain protein  28.08 
 
 
295 aa  96.7  3e-19  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1665  tRNA pseudouridine synthase A  27.88 
 
 
293 aa  92.4  6e-18  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.298328  normal  0.709625 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1280  tRNA pseudouridine synthase ACD  30.13 
 
 
255 aa  92.4  7e-18  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.528542  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1305  tRNA pseudouridine synthase A  28.24 
 
 
263 aa  91.3  1e-17  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0505813  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0937  tRNA pseudouridine synthase ACD  31.22 
 
 
244 aa  90.5  2e-17  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2984  tRNA pseudouridine synthase A  27.24 
 
 
261 aa  90.1  3e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.427567 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2714  tRNA pseudouridine synthase ACD  29.39 
 
 
280 aa  89.7  4e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.971768  normal  0.823422 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1280  tRNA pseudouridine synthase A  32.17 
 
 
265 aa  89  6e-17  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1272  tRNA pseudouridine synthase A  30.3 
 
 
262 aa  88.2  1e-16  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0158  tRNA pseudouridine synthase A  30.04 
 
 
310 aa  85.9  6e-16  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1404  tRNA pseudouridine synthase A  29 
 
 
262 aa  84.3  0.000000000000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.43342  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0684  tRNA pseudouridine synthase A  29.44 
 
 
262 aa  84.7  0.000000000000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2002  tRNA pseudouridine synthase A  26.51 
 
 
275 aa  84  0.000000000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.402759  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1395  tRNA pseudouridine synthase A  29.2 
 
 
261 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3634  tRNA pseudouridine synthase A  30.29 
 
 
245 aa  84.3  0.000000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  27.35 
 
 
261 aa  82.8  0.000000000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1358  Pseudouridine synthase I, TruA, alpha/beta domain protein  26.72 
 
 
293 aa  82.8  0.000000000000005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0700  tRNA pseudouridine synthase ACD  28.57 
 
 
257 aa  82.4  0.000000000000006  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00000544038 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1048  tRNA pseudouridine synthase A  32.77 
 
 
244 aa  82.4  0.000000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000774285  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  28.1 
 
 
259 aa  80.5  0.00000000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0012  tRNA pseudouridine synthase A  28.81 
 
 
246 aa  80.1  0.00000000000003  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.732766  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0139  tRNA pseudouridine synthase A  29.83 
 
 
258 aa  80.1  0.00000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1652  tRNA pseudouridine synthase A  25.5 
 
 
261 aa  79.7  0.00000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0686  tRNA pseudouridine synthase ACD  29.92 
 
 
246 aa  79.7  0.00000000000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000903127  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1337  tRNA pseudouridine synthase A  28.11 
 
 
269 aa  79.7  0.00000000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.354676  normal  0.497364 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1617  tRNA pseudouridine synthase A  27.2 
 
 
261 aa  79.3  0.00000000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0232986  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2441  tRNA pseudouridine synthase A  26 
 
 
261 aa  79  0.00000000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.238005  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2410  tRNA pseudouridine synthase A  28.51 
 
 
272 aa  79  0.00000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.293969  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23840  tRNA pseudouridine synthase A  27.17 
 
 
285 aa  78.6  0.00000000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.866913  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2306  tRNA pseudouridine synthase A  25.73 
 
 
261 aa  78.2  0.0000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0438465  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2759  tRNA pseudouridine synthase A  26.4 
 
 
261 aa  78.2  0.0000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00729091  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3350  tRNA pseudouridine synthase A  29.54 
 
 
247 aa  78.2  0.0000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0985621 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1426  tRNA pseudouridine synthase A  26.4 
 
 
261 aa  78.2  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0400831  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  30.96 
 
 
244 aa  78.2  0.0000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1675  tRNA pseudouridine synthase ACD  29.92 
 
 
281 aa  77.8  0.0000000000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.352236  hitchhiker  0.000000344781 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1544  tRNA pseudouridine synthase A  28.07 
 
 
272 aa  77  0.0000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.14908  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2019  tRNA pseudouridine synthase A  26.04 
 
 
285 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0292827  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1491  tRNA pseudouridine synthase A  26 
 
 
261 aa  77.4  0.0000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.125203  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1479  tRNA pseudouridine synthase A  26 
 
 
261 aa  77.4  0.0000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0778674  normal  0.668888 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0911  tRNA pseudouridine synthase A  30.13 
 
 
250 aa  76.6  0.0000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000123783  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1969  tRNA pseudouridine synthase A  26.42 
 
 
261 aa  76.6  0.0000000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.755925 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1896  tRNA pseudouridine synthase A  27.72 
 
 
274 aa  75.9  0.0000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2680  tRNA pseudouridine synthase A  28.93 
 
 
244 aa  76.3  0.0000000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000443367  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2836  tRNA pseudouridine synthase A  26 
 
 
261 aa  75.9  0.0000000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0418534  hitchhiker  0.00932261 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3334  tRNA pseudouridine synthase A  26.44 
 
 
273 aa  75.5  0.0000000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000208005  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2742  tRNA pseudouridine synthase A  26 
 
 
261 aa  75.5  0.0000000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0368715  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2365  tRNA pseudouridine synthase A  28.93 
 
 
244 aa  75.1  0.0000000000009  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000187105  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1617  tRNA pseudouridine synthase A  26 
 
 
261 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00313277  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0143  tRNA pseudouridine synthase A  27.87 
 
 
248 aa  74.7  0.000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000160558  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2322  tRNA pseudouridine synthase A  28.07 
 
 
272 aa  74.7  0.000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1486  tRNA pseudouridine synthase A  27.87 
 
 
261 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0039876  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0502  tRNA pseudouridine synthase A  28.69 
 
 
257 aa  75.1  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.317383  normal  0.200286 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4372  tRNA pseudouridine synthase A  26.53 
 
 
267 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5141  tRNA pseudouridine synthase A  27.57 
 
 
264 aa  73.9  0.000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.11531  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1237  tRNA pseudouridine synthase ACD  29.78 
 
 
245 aa  73.9  0.000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0714167  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2040  tRNA pseudouridine synthase A  28.1 
 
 
274 aa  74.3  0.000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.545725  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03101  tRNA pseudouridine synthase A  26.53 
 
 
264 aa  73.9  0.000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01204  tRNA pseudouridine synthase A  27.8 
 
 
264 aa  73.6  0.000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2800  tRNA pseudouridine synthase A  27.54 
 
 
283 aa  73.6  0.000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.420943  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  28.51 
 
 
244 aa  73.6  0.000000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1033  tRNA pseudouridine synthase A  26.59 
 
 
251 aa  73.6  0.000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0974  tRNA pseudouridine synthase A  26.59 
 
 
251 aa  73.6  0.000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1662  tRNA pseudouridine synthase A  28.05 
 
 
284 aa  73.2  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.192563  normal  0.747967 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3462  tRNA pseudouridine synthase A  27.87 
 
 
261 aa  73.2  0.000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.209779  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1901  tRNA pseudouridine synthase A  26.45 
 
 
252 aa  72.8  0.000000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.48254e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3817  tRNA pseudouridine synthase A  27.24 
 
 
274 aa  72.4  0.000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2616  tRNA pseudouridine synthase A  25.98 
 
 
296 aa  72.8  0.000000000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0627  tRNA pseudouridine synthase A  28.63 
 
 
245 aa  72.4  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.801846  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1218  tRNA pseudouridine synthase ACD  29.33 
 
 
245 aa  72.4  0.000000000007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000567145  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1018  pseudouridylate synthase  27.13 
 
 
259 aa  72  0.000000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1465  tRNA pseudouridine synthase A  27.05 
 
 
283 aa  72  0.000000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0319  tRNA pseudouridine synthase A  27.16 
 
 
250 aa  72  0.000000000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000352927  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3803  tRNA pseudouridine synthase A  26.94 
 
 
259 aa  72  0.000000000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0612  tRNA pseudouridine synthase A  26.67 
 
 
274 aa  72  0.000000000009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6844  tRNA pseudouridine synthase A  25.71 
 
 
270 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000523123  normal  0.307747 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0675  tRNA pseudouridine synthase A  27.98 
 
 
245 aa  71.6  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2893  tRNA pseudouridine synthase A  27.16 
 
 
254 aa  71.6  0.00000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2081  pseudouridylate synthase  25.4 
 
 
289 aa  71.2  0.00000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.999551 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2883  tRNA pseudouridine synthase A  26.12 
 
 
270 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0101662  normal  0.88579 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1555  tRNA pseudouridine synthase A  25.47 
 
 
284 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.406296  normal  0.309308 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0346  tRNA pseudouridine synthase A  26.36 
 
 
262 aa  71.6  0.00000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000224311  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  25.6 
 
 
271 aa  70.9  0.00000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01500  pseudouridylate synthase I  28.22 
 
 
246 aa  70.5  0.00000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  8.6087e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2681  tRNA pseudouridine synthase A  26.83 
 
 
262 aa  70.9  0.00000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0556679  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13492  tRNA pseudouridine synthase A  24.32 
 
 
297 aa  70.9  0.00000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.39431  normal  0.20778 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2612  tRNA pseudouridine synthase A  28 
 
 
270 aa  70.9  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02450  pseudouridylate synthase I  28.22 
 
 
246 aa  70.5  0.00000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000086341  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1938  tRNA pseudouridine synthase A  27.46 
 
 
257 aa  70.5  0.00000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.615148  hitchhiker  0.0000799616 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1859  tRNA pseudouridine synthase ACD  30.46 
 
 
245 aa  71.2  0.00000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.411434  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1234  tRNA pseudouridine synthase A  27.31 
 
 
261 aa  70.9  0.00000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.512181  normal  0.233712 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2576  tRNA pseudouridine synthase A  27.27 
 
 
275 aa  70.9  0.00000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>