More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mboo_0217 on replicon NC_009712
Organism: Candidatus Methanoregula boonei 6A8



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009712  Mboo_0217  tRNA pseudouridine synthase ACD  100 
 
 		 276 aa  574  1.0000000000000001e-163  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2301  tRNA pseudouridine synthase ACD  52.55 
 
 		 270 aa  259  4e-68  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2714  tRNA pseudouridine synthase ACD  49.81 
 
 		 280 aa  244  9.999999999999999e-64  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.971768  normal  0.823422 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2400  tRNA pseudouridine synthase ACD  47.08 
 
 		 276 aa  219  5e-56  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1675  tRNA pseudouridine synthase ACD  45.11 
 
 		 281 aa  188  7e-47  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.352236  hitchhiker  0.000000344781 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1625  tRNA pseudouridine synthase A  40.53 
 
 		 275 aa  175  6e-43  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.875957  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1332  tRNA pseudouridine synthase A  36.06 
 
 		 269 aa  156  4e-37  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0989  tRNA pseudouridine synthase A  36.43 
 
 		 267 aa  142  6e-33  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  35.91 
 
 		 259 aa  129  4.0000000000000003e-29  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0139  tRNA pseudouridine synthase A  34.8 
 
 		 258 aa  124  1e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0937  tRNA pseudouridine synthase ACD  34.55 
 
 		 244 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1859  tRNA pseudouridine synthase ACD  34.57 
 
 		 245 aa  120  1.9999999999999998e-26  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.411434  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0520  tRNA pseudouridine synthase A  31.68 
 
 		 264 aa  118  9.999999999999999e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002874  tRNA pseudouridine synthase A  30.92 
 
 		 264 aa  117  1.9999999999999998e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.28642  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1237  tRNA pseudouridine synthase ACD  32.38 
 
 		 245 aa  116  3.9999999999999997e-25  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0714167  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2867  tRNA pseudouridine synthase A  31.98 
 
 		 270 aa  115  6e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.42429 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1218  tRNA pseudouridine synthase ACD  32.38 
 
 		 245 aa  115  6e-25  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000567145  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0143  tRNA pseudouridine synthase A  32.93 
 
 		 248 aa  115  6.9999999999999995e-25  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000160558  n/a   
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_3550  predicted protein  32.52 
 
 		 257 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.658668  normal  0.123693 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1368  tRNA pseudouridine synthase A  31.42 
 
 		 276 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0717  tRNA pseudouridine synthase A  30.99 
 
 		 282 aa  111  1.0000000000000001e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000371927  normal  0.874871 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1075  tRNA pseudouridine synthase A  29.25 
 
 		 262 aa  111  2.0000000000000002e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2612  tRNA pseudouridine synthase A  32.42 
 
 		 270 aa  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1251  tRNA pseudouridine synthase A  32.82 
 
 		 259 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.124214  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0361  tRNA pseudouridine synthase A  30.47 
 
 		 293 aa  110  3e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1529  tRNA pseudouridine synthase A  30.47 
 
 		 293 aa  110  3e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2696  tRNA pseudouridine synthase A  33.07 
 
 		 270 aa  110  3e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3334  tRNA pseudouridine synthase A  31.2 
 
 		 273 aa  110  3e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000208005  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3458  tRNA pseudouridine synthase A  32.03 
 
 		 270 aa  110  3e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2474  tRNA pseudouridine synthase A  32.03 
 
 		 270 aa  110  3e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2681  tRNA pseudouridine synthase A  32.11 
 
 		 262 aa  110  4.0000000000000004e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0556679  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1896  tRNA pseudouridine synthase A  32.61 
 
 		 274 aa  108  7.000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1338  tRNA pseudouridine synthase A  31.91 
 
 		 270 aa  108  8.000000000000001e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.556339  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0605  tRNA pseudouridine synthase A  34.31 
 
 		 256 aa  108  8.000000000000001e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000709788  hitchhiker  0.00819756 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02243  tRNA pseudouridine synthase A  31.91 
 
 		 270 aa  108  9.000000000000001e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03101  tRNA pseudouridine synthase A  30.15 
 
 		 264 aa  108  9.000000000000001e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02203  hypothetical protein  31.91 
 
 		 270 aa  108  9.000000000000001e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1334  tRNA pseudouridine synthase A  31.91 
 
 		 270 aa  108  9.000000000000001e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.673735 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2469  tRNA pseudouridine synthase A  31.91 
 
 		 270 aa  108  9.000000000000001e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0686  tRNA pseudouridine synthase ACD  30.74 
 
 		 246 aa  108  1e-22  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000903127  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2556  tRNA pseudouridine synthase A  31.98 
 
 		 270 aa  107  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  32.23 
 
 		 271 aa  107  2e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2719  tRNA pseudouridine synthase A  31.98 
 
 		 270 aa  107  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.152064  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0801  tRNA pseudouridine synthase A  31.51 
 
 		 262 aa  107  2e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0247033  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2510  tRNA pseudouridine synthase A  31.98 
 
 		 270 aa  107  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1420  tRNA pseudouridine synthase A  30.04 
 
 		 264 aa  107  2e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2610  tRNA pseudouridine synthase A  31.98 
 
 		 270 aa  107  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.422355  normal  0.0539335 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2598  tRNA pseudouridine synthase A  31.98 
 
 		 270 aa  107  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.814522  normal  0.68197 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1305  tRNA pseudouridine synthase A  33.91 
 
 		 263 aa  106  3e-22  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0505813  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0223  tRNA pseudouridine synthase A  30.99 
 
 		 293 aa  106  3e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00472694  normal  0.027676 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2246  tRNA pseudouridine synthase A  31.97 
 
 		 267 aa  107  3e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000374145  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2287  tRNA pseudouridine synthase A  31.97 
 
 		 267 aa  107  3e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0252642  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0226  tRNA pseudouridine synthase A  30.99 
 
 		 293 aa  107  3e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1652  tRNA pseudouridine synthase A  30.36 
 
 		 261 aa  106  3e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  30.96 
 
 		 244 aa  106  4e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  31.45 
 
 		 261 aa  106  5e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1525  Pseudouridine synthase I, TruA, alpha/beta domain protein  31.47 
 
 		 253 aa  105  6e-22  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0173  tRNA pseudouridine synthase A  32.24 
 
 		 252 aa  105  6e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000175513  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2984  tRNA pseudouridine synthase A  29.39 
 
 		 261 aa  105  6e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.427567 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1055  tRNA pseudouridine synthase A  33.59 
 
 		 261 aa  105  7e-22  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.859222  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0956  tRNA pseudouridine synthase A  33.59 
 
 		 261 aa  105  7e-22  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0850507  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0142  tRNA pseudouridine synthase A  31.84 
 
 		 247 aa  105  8e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000629315  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1486  tRNA pseudouridine synthase A  30.36 
 
 		 261 aa  105  1e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0039876  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0793  tRNA pseudouridine synthase A  31.02 
 
 		 245 aa  104  1e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000229391  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0163  tRNA pseudouridine synthase A  31.02 
 
 		 252 aa  105  1e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000189836  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0136  tRNA pseudouridine synthase A  32.24 
 
 		 247 aa  103  2e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000296429  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1662  tRNA pseudouridine synthase A  32.51 
 
 		 284 aa  104  2e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.192563  normal  0.747967 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0137  tRNA pseudouridine synthase A  31.43 
 
 		 252 aa  103  2e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1452  tRNA pseudouridine synthase A  33.2 
 
 		 256 aa  103  2e-21  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000896278  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1395  tRNA pseudouridine synthase A  30.77 
 
 		 261 aa  103  2e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2299  pseudouridylate synthase  31.95 
 
 		 249 aa  103  2e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000390138  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01204  tRNA pseudouridine synthase A  30.33 
 
 		 264 aa  103  2e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3634  tRNA pseudouridine synthase A  31.02 
 
 		 245 aa  103  2e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1358  Pseudouridine synthase I, TruA, alpha/beta domain protein  34.9 
 
 		 293 aa  104  2e-21  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1465  tRNA pseudouridine synthase A  30.49 
 
 		 283 aa  103  2e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2040  tRNA pseudouridine synthase A  32.86 
 
 		 274 aa  103  3e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.545725  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0100  tRNA pseudouridine synthase A  32.1 
 
 		 258 aa  103  3e-21  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0142  tRNA pseudouridine synthase A  31.02 
 
 		 247 aa  103  3e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000419417  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0137  tRNA pseudouridine synthase A  31.02 
 
 		 247 aa  103  3e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000139661  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0135  tRNA pseudouridine synthase A  31.02 
 
 		 247 aa  103  3e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000154872  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2019  tRNA pseudouridine synthase A  34.11 
 
 		 285 aa  103  3e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0292827  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0142  tRNA pseudouridine synthase A  31.02 
 
 		 247 aa  103  3e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000771013  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2576  tRNA pseudouridine synthase A  30.77 
 
 		 275 aa  103  3e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  33.18 
 
 		 263 aa  103  3e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1258  tRNA pseudouridine synthase A  29.63 
 
 		 269 aa  103  3e-21  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0155  tRNA pseudouridine synthase A  31.43 
 
 		 252 aa  103  3e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.18067e-36 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2207  tRNA pseudouridine synthase A  29.53 
 
 		 294 aa  103  4e-21  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23840  tRNA pseudouridine synthase A  33.64 
 
 		 285 aa  103  4e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.866913  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2800  tRNA pseudouridine synthase A  29.91 
 
 		 283 aa  102  5e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.420943  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3350  tRNA pseudouridine synthase A  33.33 
 
 		 247 aa  102  7e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0985621 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1617  tRNA pseudouridine synthase A  30.92 
 
 		 261 aa  102  9e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0232986  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2717  tRNA pseudouridine synthase A  31.88 
 
 		 287 aa  102  9e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0374382 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0407  tRNA pseudouridine synthase A  29.46 
 
 		 245 aa  102  9e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3817  tRNA pseudouridine synthase A  32.47 
 
 		 274 aa  102  1e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1665  tRNA pseudouridine synthase A  35.98 
 
 		 293 aa  101  1e-20  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.298328  normal  0.709625 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5163  tRNA pseudouridine synthase A  30.2 
 
 		 252 aa  101  1e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000176686  hitchhiker  0.0000000000431811 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1086  tRNA pseudouridine synthase A  31.95 
 
 		 258 aa  101  1e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0863956  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0319  tRNA pseudouridine synthase A  32.22 
 
 		 250 aa  101  1e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000352927  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3828  tRNA pseudouridine synthase A  30.25 
 
 		 244 aa  100  2e-20  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1426  tRNA pseudouridine synthase A  29.48 
 
 		 261 aa  100  2e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0400831  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>