More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Memar_2301 on replicon NC_009051
Organism: Methanoculleus marisnigri JR1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009051  Memar_2301  tRNA pseudouridine synthase ACD  100 
 
 		 270 aa  554  1e-157  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0217  tRNA pseudouridine synthase ACD  52.55 
 
 		 276 aa  259  4e-68  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2714  tRNA pseudouridine synthase ACD  50.58 
 
 		 280 aa  248  7e-65  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.971768  normal  0.823422 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1675  tRNA pseudouridine synthase ACD  50.85 
 
 		 281 aa  211  1e-53  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.352236  hitchhiker  0.000000344781 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2400  tRNA pseudouridine synthase ACD  46.58 
 
 		 276 aa  208  6e-53  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1332  tRNA pseudouridine synthase A  37.74 
 
 		 269 aa  169  6e-41  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1625  tRNA pseudouridine synthase A  35.71 
 
 		 275 aa  149  5e-35  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.875957  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0989  tRNA pseudouridine synthase A  40.17 
 
 		 267 aa  140  3e-32  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  37.8 
 
 		 259 aa  129  7.000000000000001e-29  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0605  tRNA pseudouridine synthase A  36.59 
 
 		 256 aa  124  2e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000709788  hitchhiker  0.00819756 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2681  tRNA pseudouridine synthase A  37.7 
 
 		 262 aa  122  5e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0556679  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1523  tRNA pseudouridine synthase A  32.93 
 
 		 243 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000575068  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0139  tRNA pseudouridine synthase A  35.8 
 
 		 258 aa  119  3.9999999999999996e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3382  tRNA pseudouridine synthase A  36.99 
 
 		 244 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000753277  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3350  tRNA pseudouridine synthase A  34.41 
 
 		 247 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0985621 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0937  tRNA pseudouridine synthase ACD  36.07 
 
 		 244 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002874  tRNA pseudouridine synthase A  32.05 
 
 		 264 aa  117  1.9999999999999998e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.28642  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1086  tRNA pseudouridine synthase A  34.27 
 
 		 258 aa  115  5e-25  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0863956  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2877  tRNA pseudouridine synthase A  34.55 
 
 		 244 aa  115  6e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00616108  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0466  tRNA pseudouridine synthase A  34.82 
 
 		 252 aa  115  7.999999999999999e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000184743  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  31.3 
 
 		 244 aa  113  3e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2275  tRNA pseudouridine synthase A  33.33 
 
 		 268 aa  113  4.0000000000000004e-24  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0551657  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1685  tRNA pseudouridine synthase A  31.3 
 
 		 244 aa  113  4.0000000000000004e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03101  tRNA pseudouridine synthase A  31.66 
 
 		 264 aa  112  5e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1452  tRNA pseudouridine synthase A  32.16 
 
 		 256 aa  112  7.000000000000001e-24  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000896278  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  32.93 
 
 		 244 aa  112  7.000000000000001e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0143  tRNA pseudouridine synthase A  33.06 
 
 		 248 aa  112  8.000000000000001e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000160558  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1048  tRNA pseudouridine synthase A  33.33 
 
 		 244 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000774285  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0911  tRNA pseudouridine synthase A  33.6 
 
 		 250 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000123783  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1358  Pseudouridine synthase I, TruA, alpha/beta domain protein  34.65 
 
 		 293 aa  111  2.0000000000000002e-23  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1123  tRNA pseudouridine synthase A  35.15 
 
 		 233 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0266785  normal  0.378732 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2365  tRNA pseudouridine synthase A  30.89 
 
 		 244 aa  110  2.0000000000000002e-23  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000187105  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2246  tRNA pseudouridine synthase A  30.61 
 
 		 267 aa  110  3e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000374145  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2287  tRNA pseudouridine synthase A  30.61 
 
 		 267 aa  110  3e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0252642  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  34.66 
 
 		 271 aa  109  4.0000000000000004e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0793  tRNA pseudouridine synthase A  34.01 
 
 		 245 aa  109  4.0000000000000004e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000229391  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1859  tRNA pseudouridine synthase ACD  33.61 
 
 		 245 aa  108  7.000000000000001e-23  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.411434  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4942  tRNA pseudouridine synthase ACD  35.85 
 
 		 272 aa  108  7.000000000000001e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1265  tRNA pseudouridine synthase A  33.97 
 
 		 262 aa  108  8.000000000000001e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1266  tRNA pseudouridine synthase A  33.97 
 
 		 262 aa  108  9.000000000000001e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0223  tRNA pseudouridine synthase A  32.41 
 
 		 293 aa  107  1e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00472694  normal  0.027676 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2426  tRNA pseudouridine synthase A  36.44 
 
 		 246 aa  108  1e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000220887  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0226  tRNA pseudouridine synthase A  32.41 
 
 		 293 aa  108  1e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1156  tRNA pseudouridine synthase ACD  33.06 
 
 		 270 aa  108  1e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.133341  normal  0.0146408 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0319  tRNA pseudouridine synthase A  33.2 
 
 		 250 aa  108  1e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000352927  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2680  tRNA pseudouridine synthase A  30.49 
 
 		 244 aa  108  1e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000443367  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3828  tRNA pseudouridine synthase A  32.39 
 
 		 244 aa  107  2e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1075  tRNA pseudouridine synthase A  31.66 
 
 		 262 aa  107  2e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0136  tRNA pseudouridine synthase A  32.38 
 
 		 247 aa  107  2e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000296429  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0686  tRNA pseudouridine synthase ACD  35.34 
 
 		 246 aa  107  2e-22  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000903127  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1901  tRNA pseudouridine synthase A  34.02 
 
 		 252 aa  107  3e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.48254e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3634  tRNA pseudouridine synthase A  32.93 
 
 		 245 aa  106  4e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1665  tRNA pseudouridine synthase A  33.46 
 
 		 293 aa  105  5e-22  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.298328  normal  0.709625 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2002  tRNA pseudouridine synthase A  35.9 
 
 		 275 aa  105  8e-22  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.402759  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3997  tRNA pseudouridine synthase ACD  33.47 
 
 		 270 aa  105  1e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.541279  hitchhiker  0.00061511 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0717  tRNA pseudouridine synthase A  31.62 
 
 		 282 aa  105  1e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000371927  normal  0.874871 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0255  tRNA pseudouridine synthase A  30.8 
 
 		 247 aa  104  1e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000251416  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1800  tRNA pseudouridine synthase A  30.61 
 
 		 267 aa  103  2e-21  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0228  tRNA pseudouridine synthase A  30.12 
 
 		 253 aa  104  2e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000401865  normal  0.634585 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2984  tRNA pseudouridine synthase A  33.2 
 
 		 261 aa  104  2e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.427567 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1218  tRNA pseudouridine synthase ACD  32.37 
 
 		 245 aa  103  3e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000567145  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0401  tRNA pseudouridine synthase A  28.74 
 
 		 245 aa  103  4e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1560  tRNA pseudouridine synthase A  36.47 
 
 		 302 aa  103  4e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.949883  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1258  tRNA pseudouridine synthase A  32.31 
 
 		 269 aa  103  4e-21  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1931  tRNA pseudouridine synthase A  33.66 
 
 		 302 aa  103  4e-21  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000797555  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3803  tRNA pseudouridine synthase A  31.45 
 
 		 259 aa  102  5e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0543  tRNA pseudouridine synthase A  28.35 
 
 		 245 aa  102  6e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.432297  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2040  tRNA pseudouridine synthase A  36.06 
 
 		 274 aa  102  6e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.545725  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0677  tRNA pseudouridine synthase A  33.83 
 
 		 270 aa  102  7e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.873291  n/a   
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_3550  predicted protein  33.03 
 
 		 257 aa  102  7e-21  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.658668  normal  0.123693 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0407  tRNA pseudouridine synthase A  28.35 
 
 		 245 aa  102  8e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1055  tRNA pseudouridine synthase A  33.72 
 
 		 261 aa  102  9e-21  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.859222  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0956  tRNA pseudouridine synthase A  33.72 
 
 		 261 aa  102  9e-21  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0850507  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0163  tRNA pseudouridine synthase A  30.17 
 
 		 252 aa  101  1e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000189836  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1355  tRNA pseudouridine synthase A  32.91 
 
 		 237 aa  101  1e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0794079  normal  0.0223344 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0462  tRNA pseudouridine synthase A  28.35 
 
 		 245 aa  101  1e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0487  tRNA pseudouridine synthase A  28.35 
 
 		 245 aa  101  1e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1426  tRNA pseudouridine synthase A  31.58 
 
 		 261 aa  101  1e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0400831  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0473  tRNA pseudouridine synthase A  28.74 
 
 		 245 aa  102  1e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1305  tRNA pseudouridine synthase A  32.9 
 
 		 263 aa  101  1e-20  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0505813  normal  1 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0012  tRNA pseudouridine synthase A  28.1 
 
 		 246 aa  100  2e-20  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.732766  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2081  pseudouridylate synthase  34.3 
 
 		 289 aa  100  2e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.999551 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0543  tRNA pseudouridine synthase A  28.35 
 
 		 245 aa  100  2e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000330857  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1237  tRNA pseudouridine synthase ACD  32.37 
 
 		 245 aa  100  2e-20  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0714167  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1248  tRNA pseudouridine synthase A  29.88 
 
 		 248 aa  100  2e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2995  tRNA pseudouridine synthase ACD  32.27 
 
 		 278 aa  100  2e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00964869 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1491  tRNA pseudouridine synthase A  31.58 
 
 		 261 aa  100  2e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.125203  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12020  pseudouridylate synthase I  35 
 
 		 273 aa  101  2e-20  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0173  tRNA pseudouridine synthase A  31.15 
 
 		 252 aa  100  3e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000175513  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3334  tRNA pseudouridine synthase A  32.27 
 
 		 273 aa  100  3e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000208005  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0421  tRNA pseudouridine synthase A  30.47 
 
 		 260 aa  100  3e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000417493  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01204  tRNA pseudouridine synthase A  32.03 
 
 		 264 aa  100  3e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0964  tRNA pseudouridine synthase A  31.84 
 
 		 243 aa  100  3e-20  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2612  tRNA pseudouridine synthase A  32.66 
 
 		 270 aa  99.8  4e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0520  tRNA pseudouridine synthase A  31.92 
 
 		 264 aa  100  4e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0155  tRNA pseudouridine synthase A  30.74 
 
 		 252 aa  99.8  4e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.18067e-36 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1368  tRNA pseudouridine synthase A  32.81 
 
 		 276 aa  99.8  4e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0135  tRNA pseudouridine synthase A  30.74 
 
 		 247 aa  99.4  5e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000154872  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0142  tRNA pseudouridine synthase A  30.74 
 
 		 247 aa  99.4  5e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000771013  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2759  tRNA pseudouridine synthase A  31.58 
 
 		 261 aa  99.4  5e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00729091  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>