More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Huta_2002 on replicon NC_013158
Organism: Halorhabdus utahensis DSM 12940



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013158  Huta_2002  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 275 aa  541  1e-153  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.402759  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1305  tRNA pseudouridine synthase A  58.49 
 
 		 263 aa  288  6e-77  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0505813  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3371  Pseudouridine synthase I, TruA, alpha/beta domain protein  57.73 
 
 		 295 aa  284  9e-76  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1358  Pseudouridine synthase I, TruA, alpha/beta domain protein  53.63 
 
 		 293 aa  276  2e-73  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1665  tRNA pseudouridine synthase A  53.42 
 
 		 293 aa  265  4e-70  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.298328  normal  0.709625 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1332  tRNA pseudouridine synthase A  35.47 
 
 		 269 aa  143  3e-33  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0989  tRNA pseudouridine synthase A  38.84 
 
 		 267 aa  141  9.999999999999999e-33  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1625  tRNA pseudouridine synthase A  33.58 
 
 		 275 aa  132  5e-30  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.875957  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2301  tRNA pseudouridine synthase ACD  35.9 
 
 		 270 aa  105  8e-22  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  35.11 
 
 		 259 aa  105  1e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0217  tRNA pseudouridine synthase ACD  34.51 
 
 		 276 aa  99.4  6e-20  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1544  tRNA pseudouridine synthase A  35.63 
 
 		 272 aa  97.4  2e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.14908  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2322  tRNA pseudouridine synthase A  35.25 
 
 		 272 aa  94.7  1e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2410  tRNA pseudouridine synthase A  35.25 
 
 		 272 aa  94.7  2e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.293969  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1280  tRNA pseudouridine synthase ACD  33.73 
 
 		 255 aa  93.6  3e-18  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.528542  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2081  pseudouridylate synthase  29.77 
 
 		 289 aa  92.8  5e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.999551 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0520  tRNA pseudouridine synthase A  31.68 
 
 		 264 aa  92  8e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19791  tRNA pseudouridine synthase A  29.32 
 
 		 276 aa  91.3  1e-17  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1368  tRNA pseudouridine synthase A  35.66 
 
 		 261 aa  91.7  1e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17151  tRNA pseudouridine synthase A  31.43 
 
 		 268 aa  91.7  1e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.137278  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2585  tRNA pseudouridine synthase A  32.71 
 
 		 275 aa  91.3  2e-17  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1980  tRNA pseudouridine synthase A  34.47 
 
 		 300 aa  90.5  3e-17  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0478647  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4288  tRNA pseudouridine synthase A  32.51 
 
 		 288 aa  90.1  3e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.620065  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0351  tRNA pseudouridine synthase A  30.74 
 
 		 293 aa  90.1  4e-17  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.89141 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  30.04 
 
 		 263 aa  90.1  4e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2867  tRNA pseudouridine synthase A  29.57 
 
 		 270 aa  89.7  5e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.42429 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1280  tRNA pseudouridine synthase A  27.69 
 
 		 265 aa  89.7  5e-17  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  29.44 
 
 		 244 aa  89  7e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1355  tRNA pseudouridine synthase A  31.15 
 
 		 237 aa  89  8e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0794079  normal  0.0223344 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3350  tRNA pseudouridine synthase A  30.77 
 
 		 247 aa  88.2  1e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0985621 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1104  tRNA pseudouridine synthase A  29.63 
 
 		 276 aa  88.6  1e-16  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.723318  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2883  tRNA pseudouridine synthase A  31.76 
 
 		 270 aa  88.2  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0101662  normal  0.88579 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1666  tRNA pseudouridine synthase A  31.76 
 
 		 261 aa  88.6  1e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0056205  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34220  tRNA pseudouridine synthase A  32.05 
 
 		 288 aa  87.4  2e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.823963  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2717  tRNA pseudouridine synthase A  31.4 
 
 		 287 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0374382 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1150  tRNA pseudouridine synthase A  33.73 
 
 		 251 aa  87.8  2e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00189497  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1075  tRNA pseudouridine synthase A  30.2 
 
 		 262 aa  87.8  2e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0228  tRNA pseudouridine synthase A  27.45 
 
 		 253 aa  87.8  2e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000401865  normal  0.634585 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2224  tRNA pseudouridine synthase A  35.34 
 
 		 255 aa  87  3e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0737509  normal  0.881162 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0319  tRNA pseudouridine synthase A  30.56 
 
 		 250 aa  87  3e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000352927  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0100  tRNA pseudouridine synthase A  26.74 
 
 		 258 aa  87  3e-16  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_23281  tRNA pseudouridine synthase A  30 
 
 		 295 aa  87  3e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1662  tRNA pseudouridine synthase A  31.37 
 
 		 284 aa  86.7  4e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.192563  normal  0.747967 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0255  tRNA pseudouridine synthase A  29.6 
 
 		 247 aa  86.7  4e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000251416  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23840  tRNA pseudouridine synthase A  30.69 
 
 		 285 aa  86.7  4e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.866913  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0571  tRNA pseudouridine synthase A  35.34 
 
 		 255 aa  86.3  5e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.217469  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2400  tRNA pseudouridine synthase ACD  31.23 
 
 		 276 aa  86.3  5e-16  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1218  tRNA pseudouridine synthase ACD  30.51 
 
 		 245 aa  86.3  5e-16  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000567145  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  32.14 
 
 		 261 aa  86.3  5e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3803  tRNA pseudouridine synthase A  30.34 
 
 		 259 aa  85.9  6e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1175  tRNA pseudouridine synthase A  33.47 
 
 		 253 aa  85.9  6e-16  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.261971  normal  0.0900523 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0686  tRNA pseudouridine synthase ACD  28.51 
 
 		 246 aa  85.9  6e-16  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000903127  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16531  tRNA pseudouridine synthase A  31.3 
 
 		 289 aa  85.9  6e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0673067  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1265  tRNA pseudouridine synthase A  28.85 
 
 		 262 aa  85.9  7e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1675  tRNA pseudouridine synthase ACD  33.91 
 
 		 281 aa  85.5  8e-16  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.352236  hitchhiker  0.000000344781 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0255  tRNA pseudouridine synthase A  32.94 
 
 		 250 aa  85.5  9e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00104612  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2123  tRNA pseudouridine synthase A  34.82 
 
 		 257 aa  84.7  0.000000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.521479  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0389  tRNA pseudouridine synthase A  29.96 
 
 		 265 aa  85.1  0.000000000000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1266  tRNA pseudouridine synthase A  28.46 
 
 		 262 aa  84.7  0.000000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3380  tRNA pseudouridine synthase A  34.65 
 
 		 273 aa  84  0.000000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0717  tRNA pseudouridine synthase A  30.68 
 
 		 282 aa  84.3  0.000000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000371927  normal  0.874871 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1896  tRNA pseudouridine synthase A  29.53 
 
 		 274 aa  84  0.000000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4870  tRNA pseudouridine synthase A  31.38 
 
 		 272 aa  84  0.000000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.440295 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0964  tRNA pseudouridine synthase A  33.88 
 
 		 243 aa  84.3  0.000000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4372  tRNA pseudouridine synthase A  32.3 
 
 		 267 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0165  tRNA pseudouridine synthase A  28.51 
 
 		 248 aa  84.3  0.000000000000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2681  tRNA pseudouridine synthase A  31.54 
 
 		 262 aa  84.3  0.000000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0556679  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6844  tRNA pseudouridine synthase A  30.74 
 
 		 270 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000523123  normal  0.307747 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0868  tRNA pseudouridine synthase A  33.19 
 
 		 262 aa  84  0.000000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00469579  hitchhiker  0.00315924 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1525  Pseudouridine synthase I, TruA, alpha/beta domain protein  26.51 
 
 		 253 aa  84  0.000000000000003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1444  tRNA pseudouridine synthase A  32.6 
 
 		 257 aa  83.6  0.000000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01204  tRNA pseudouridine synthase A  29.64 
 
 		 264 aa  84  0.000000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0226  tRNA pseudouridine synthase A  30.15 
 
 		 293 aa  83.2  0.000000000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0213  tRNA pseudouridine synthase ACD  33.47 
 
 		 255 aa  83.6  0.000000000000004  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.0717474  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3817  tRNA pseudouridine synthase A  31.64 
 
 		 274 aa  83.2  0.000000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0233  tRNA pseudouridine synthase ACD  32.94 
 
 		 257 aa  83.2  0.000000000000005  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.250363  normal  0.206839 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0223  tRNA pseudouridine synthase A  30.15 
 
 		 293 aa  83.2  0.000000000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00472694  normal  0.027676 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3871  tRNA pseudouridine synthase A  34.65 
 
 		 268 aa  82.4  0.000000000000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1617  tRNA pseudouridine synthase A  31.08 
 
 		 261 aa  82  0.000000000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0232986  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1237  tRNA pseudouridine synthase ACD  29.91 
 
 		 245 aa  82.4  0.000000000000008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0714167  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2139  tRNA pseudouridine synthase A  30.62 
 
 		 274 aa  82.4  0.000000000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.357252  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2019  tRNA pseudouridine synthase A  29.7 
 
 		 285 aa  82  0.000000000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0292827  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0136  tRNA pseudouridine synthase A  29.55 
 
 		 247 aa  82  0.000000000000009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000296429  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0139  tRNA pseudouridine synthase A  31.85 
 
 		 258 aa  81.6  0.00000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0911  tRNA pseudouridine synthase A  29.55 
 
 		 250 aa  81.6  0.00000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000123783  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0163  tRNA pseudouridine synthase A  28.85 
 
 		 252 aa  81.6  0.00000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000189836  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3334  tRNA pseudouridine synthase A  29.2 
 
 		 273 aa  81.3  0.00000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000208005  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1465  tRNA pseudouridine synthase A  30.95 
 
 		 283 aa  81.6  0.00000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0137  tRNA pseudouridine synthase A  29.64 
 
 		 252 aa  82  0.00000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  29.02 
 
 		 271 aa  81.3  0.00000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1652  tRNA pseudouridine synthase A  30.2 
 
 		 261 aa  81.3  0.00000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1338  tRNA pseudouridine synthase A  29.13 
 
 		 270 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.556339  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02203  hypothetical protein  29.8 
 
 		 270 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1018  pseudouridylate synthase  31.23 
 
 		 259 aa  81.3  0.00000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2556  tRNA pseudouridine synthase A  29.13 
 
 		 270 aa  80.9  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2696  tRNA pseudouridine synthase A  29.8 
 
 		 270 aa  81.3  0.00000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2598  tRNA pseudouridine synthase A  29.13 
 
 		 270 aa  80.9  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.814522  normal  0.68197 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5163  tRNA pseudouridine synthase A  29.64 
 
 		 252 aa  80.5  0.00000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000176686  hitchhiker  0.0000000000431811 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3458  tRNA pseudouridine synthase A  29.8 
 
 		 270 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1334  tRNA pseudouridine synthase A  29.8 
 
 		 270 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.673735 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>