More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pars_0233 on replicon NC_009376
Organism: Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009376  Pars_0233  tRNA pseudouridine synthase ACD  100 
 
 		 257 aa  517  1e-146  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.250363  normal  0.206839 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0213  tRNA pseudouridine synthase ACD  73.02 
 
 		 255 aa  369  1e-101  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.0717474  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1280  tRNA pseudouridine synthase ACD  72.62 
 
 		 255 aa  365  1e-100  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.528542  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0700  tRNA pseudouridine synthase ACD  68.24 
 
 		 257 aa  332  3e-90  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00000544038 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1332  tRNA pseudouridine synthase A  34.78 
 
 		 269 aa  113  3e-24  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1280  tRNA pseudouridine synthase A  28.36 
 
 		 265 aa  113  3e-24  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0989  tRNA pseudouridine synthase A  34.04 
 
 		 267 aa  107  2e-22  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3634  tRNA pseudouridine synthase A  31.95 
 
 		 245 aa  105  6e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0158  tRNA pseudouridine synthase A  27.74 
 
 		 310 aa  102  5e-21  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1625  tRNA pseudouridine synthase A  34.76 
 
 		 275 aa  101  1e-20  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.875957  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0407  tRNA pseudouridine synthase A  28.57 
 
 		 245 aa  101  1e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0473  tRNA pseudouridine synthase A  28.98 
 
 		 245 aa  100  2e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0401  tRNA pseudouridine synthase A  28.98 
 
 		 245 aa  100  2e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0684  tRNA pseudouridine synthase A  29.58 
 
 		 262 aa  100  3e-20  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0543  tRNA pseudouridine synthase A  28.98 
 
 		 245 aa  100  3e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.432297  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0462  tRNA pseudouridine synthase A  28.98 
 
 		 245 aa  100  3e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0487  tRNA pseudouridine synthase A  28.98 
 
 		 245 aa  100  3e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2301  tRNA pseudouridine synthase ACD  31.38 
 
 		 270 aa  98.6  8e-20  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1525  Pseudouridine synthase I, TruA, alpha/beta domain protein  31.7 
 
 		 253 aa  98.2  1e-19  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0543  tRNA pseudouridine synthase A  28.57 
 
 		 245 aa  98.2  1e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000330857  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1859  tRNA pseudouridine synthase ACD  29.49 
 
 		 245 aa  97.8  1e-19  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.411434  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0405  tRNA pseudouridine synthase A  28.57 
 
 		 245 aa  97.8  2e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00300726  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1404  tRNA pseudouridine synthase A  29.22 
 
 		 262 aa  97.4  2e-19  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.43342  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4830  tRNA pseudouridine synthase A  28.16 
 
 		 245 aa  96.7  3e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0152439  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1272  tRNA pseudouridine synthase A  28.93 
 
 		 262 aa  96.7  3e-19  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0492  tRNA pseudouridine synthase A  28.16 
 
 		 245 aa  96.3  4e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.138657  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0421  tRNA pseudouridine synthase A  28.98 
 
 		 260 aa  95.9  5e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000417493  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  34.44 
 
 		 259 aa  95.1  1e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2081  pseudouridylate synthase  31.08 
 
 		 289 aa  94.7  1e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.999551 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1815  tRNA pseudouridine synthase A  32.11 
 
 		 274 aa  94.7  1e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0994252  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0937  tRNA pseudouridine synthase ACD  32.91 
 
 		 244 aa  93.6  3e-18  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2883  tRNA pseudouridine synthase A  30.33 
 
 		 270 aa  93.6  3e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0101662  normal  0.88579 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2714  tRNA pseudouridine synthase ACD  31.54 
 
 		 280 aa  93.6  3e-18  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.971768  normal  0.823422 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1723  tRNA pseudouridine synthase A  32.38 
 
 		 270 aa  92.8  4e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1647  tRNA pseudouridine synthase A  32.38 
 
 		 270 aa  92.8  4e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0771  tRNA pseudouridine synthase A  32.38 
 
 		 270 aa  92.8  4e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0527  tRNA pseudouridine synthase A  32.38 
 
 		 271 aa  93.2  4e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0677  tRNA pseudouridine synthase A  32.79 
 
 		 270 aa  93.2  4e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.873291  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2447  tRNA pseudouridine synthase A  32.38 
 
 		 270 aa  92.8  4e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.808323  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1856  tRNA pseudouridine synthase A  32.38 
 
 		 271 aa  93.2  4e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0227794  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2309  tRNA pseudouridine synthase A  32.38 
 
 		 270 aa  92.8  4e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0622933  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4372  tRNA pseudouridine synthase A  31.15 
 
 		 267 aa  92  8e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1985  tRNA pseudouridine synthase A  32.26 
 
 		 274 aa  91.3  1e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2139  tRNA pseudouridine synthase A  31.71 
 
 		 274 aa  90.9  2e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.357252  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0217  tRNA pseudouridine synthase ACD  30.92 
 
 		 276 aa  90.5  2e-17  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1218  tRNA pseudouridine synthase ACD  30.64 
 
 		 245 aa  90.5  3e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000567145  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2680  tRNA pseudouridine synthase A  30.54 
 
 		 244 aa  90.1  3e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000443367  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0770  tRNA pseudouridine synthase A  28.63 
 
 		 275 aa  89.7  4e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1237  tRNA pseudouridine synthase ACD  29.79 
 
 		 245 aa  89.4  5e-17  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0714167  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1675  tRNA pseudouridine synthase ACD  35.91 
 
 		 281 aa  89.4  5e-17  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.352236  hitchhiker  0.000000344781 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2365  tRNA pseudouridine synthase A  30.54 
 
 		 244 aa  89.4  5e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000187105  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0139  tRNA pseudouridine synthase A  31.43 
 
 		 258 aa  89.7  5e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  27.62 
 
 		 244 aa  89  7e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1452  tRNA pseudouridine synthase A  31.64 
 
 		 256 aa  89  8e-17  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000896278  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1700  tRNA pseudouridine synthase A  32.35 
 
 		 261 aa  88.2  1e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.125972 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6844  tRNA pseudouridine synthase A  29.51 
 
 		 270 aa  88.2  1e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000523123  normal  0.307747 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  30 
 
 		 244 aa  87.8  2e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2400  tRNA pseudouridine synthase ACD  29.82 
 
 		 276 aa  87.8  2e-16  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2469  tRNA pseudouridine synthase A  29.34 
 
 		 278 aa  87.8  2e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.371859 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1060  tRNA pseudouridine synthase A  28.69 
 
 		 248 aa  87  3e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0346  tRNA pseudouridine synthase A  32.67 
 
 		 262 aa  86.3  4e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000224311  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1248  tRNA pseudouridine synthase A  28.69 
 
 		 248 aa  86.7  4e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02450  pseudouridylate synthase I  31.69 
 
 		 246 aa  86.3  5e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000086341  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01500  pseudouridylate synthase I  31.69 
 
 		 246 aa  86.3  5e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  8.6087e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0255  tRNA pseudouridine synthase A  29.63 
 
 		 247 aa  85.5  8e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000251416  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0605  tRNA pseudouridine synthase A  29.41 
 
 		 256 aa  84.7  0.000000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000709788  hitchhiker  0.00819756 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0143  tRNA pseudouridine synthase A  28.98 
 
 		 248 aa  84  0.000000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000160558  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0163  tRNA pseudouridine synthase A  28.63 
 
 		 252 aa  84.3  0.000000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000189836  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1075  tRNA pseudouridine synthase A  29.39 
 
 		 262 aa  83.2  0.000000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0626  tRNA pseudouridine synthase A  28.74 
 
 		 252 aa  83.6  0.000000000000003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.133889  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0173  tRNA pseudouridine synthase A  29.75 
 
 		 252 aa  82.8  0.000000000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000175513  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2002  tRNA pseudouridine synthase A  32.94 
 
 		 275 aa  82.8  0.000000000000005  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.402759  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0142  tRNA pseudouridine synthase A  29.75 
 
 		 247 aa  82.4  0.000000000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000629315  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3382  tRNA pseudouridine synthase A  33.61 
 
 		 244 aa  82.4  0.000000000000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000753277  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1259  tRNA pseudouridine synthase A  33.33 
 
 		 290 aa  82  0.000000000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2717  tRNA pseudouridine synthase A  31.17 
 
 		 287 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0374382 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2867  tRNA pseudouridine synthase A  29.92 
 
 		 270 aa  81.6  0.00000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.42429 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2681  tRNA pseudouridine synthase A  32.39 
 
 		 262 aa  82  0.00000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0556679  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0137  tRNA pseudouridine synthase A  29.75 
 
 		 252 aa  81.6  0.00000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0520  tRNA pseudouridine synthase A  30.04 
 
 		 264 aa  81.3  0.00000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0142  tRNA pseudouridine synthase A  29.75 
 
 		 247 aa  80.9  0.00000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000419417  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0137  tRNA pseudouridine synthase A  29.75 
 
 		 247 aa  80.9  0.00000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000139661  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0135  tRNA pseudouridine synthase A  29.75 
 
 		 247 aa  80.9  0.00000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000154872  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0155  tRNA pseudouridine synthase A  29.75 
 
 		 252 aa  80.9  0.00000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.18067e-36 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0142  tRNA pseudouridine synthase A  29.75 
 
 		 247 aa  80.9  0.00000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000771013  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0911  tRNA pseudouridine synthase A  29.29 
 
 		 250 aa  80.9  0.00000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000123783  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1051  tRNA pseudouridine synthase A  26.62 
 
 		 276 aa  80.5  0.00000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.238902 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1234  tRNA pseudouridine synthase A  31.71 
 
 		 261 aa  81.3  0.00000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.512181  normal  0.233712 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0319  tRNA pseudouridine synthase A  27.8 
 
 		 250 aa  80.9  0.00000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000352927  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0793  tRNA pseudouridine synthase A  29.46 
 
 		 245 aa  80.1  0.00000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000229391  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0100  tRNA pseudouridine synthase A  28.51 
 
 		 258 aa  79.7  0.00000000000004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1033  tRNA pseudouridine synthase A  28.57 
 
 		 251 aa  79.7  0.00000000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0974  tRNA pseudouridine synthase A  28.57 
 
 		 251 aa  79.7  0.00000000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5163  tRNA pseudouridine synthase A  29.75 
 
 		 252 aa  79.7  0.00000000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000176686  hitchhiker  0.0000000000431811 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0686  tRNA pseudouridine synthase ACD  28.99 
 
 		 246 aa  79.7  0.00000000000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000903127  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1665  tRNA pseudouridine synthase A  30.83 
 
 		 293 aa  79.3  0.00000000000005  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.298328  normal  0.709625 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0612  tRNA pseudouridine synthase A  32.8 
 
 		 274 aa  79.3  0.00000000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0498  tRNA pseudouridine synthase A  34.39 
 
 		 260 aa  79.3  0.00000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.276937  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2287  tRNA pseudouridine synthase A  28.4 
 
 		 267 aa  79  0.00000000000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0252642  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2246  tRNA pseudouridine synthase A  28.4 
 
 		 267 aa  79  0.00000000000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000374145  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>