More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mevan_1280 on replicon NC_009634
Organism: Methanococcus vannielii SB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009634  Mevan_1280  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 
265 aa  545  1e-154  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1272  tRNA pseudouridine synthase A  61.69 
 
 
262 aa  339  2.9999999999999998e-92  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0684  tRNA pseudouridine synthase A  61.69 
 
 
262 aa  337  9.999999999999999e-92  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1404  tRNA pseudouridine synthase A  59.39 
 
 
262 aa  332  4e-90  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.43342  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0158  tRNA pseudouridine synthase A  55.56 
 
 
310 aa  292  3e-78  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0213  tRNA pseudouridine synthase ACD  29.34 
 
 
255 aa  112  6e-24  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.0717474  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0233  tRNA pseudouridine synthase ACD  30.17 
 
 
257 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.250363  normal  0.206839 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0989  tRNA pseudouridine synthase A  30.77 
 
 
267 aa  109  4.0000000000000004e-23  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1332  tRNA pseudouridine synthase A  33.59 
 
 
269 aa  104  2e-21  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1280  tRNA pseudouridine synthase ACD  30.45 
 
 
255 aa  101  1e-20  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.528542  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1675  tRNA pseudouridine synthase ACD  34.09 
 
 
281 aa  101  2e-20  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.352236  hitchhiker  0.000000344781 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0700  tRNA pseudouridine synthase ACD  27.27 
 
 
257 aa  94.4  2e-18  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00000544038 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2400  tRNA pseudouridine synthase ACD  30.9 
 
 
276 aa  92.8  5e-18  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2714  tRNA pseudouridine synthase ACD  28.34 
 
 
280 aa  90.1  3e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.971768  normal  0.823422 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2002  tRNA pseudouridine synthase A  27.69 
 
 
275 aa  89.7  5e-17  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.402759  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1625  tRNA pseudouridine synthase A  32.65 
 
 
275 aa  89.4  5e-17  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.875957  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1525  Pseudouridine synthase I, TruA, alpha/beta domain protein  32.17 
 
 
253 aa  89  7e-17  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3634  tRNA pseudouridine synthase A  31.05 
 
 
245 aa  88.2  1e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1358  Pseudouridine synthase I, TruA, alpha/beta domain protein  26.16 
 
 
293 aa  85.5  8e-16  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2301  tRNA pseudouridine synthase ACD  29.31 
 
 
270 aa  83.2  0.000000000000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2867  tRNA pseudouridine synthase A  27.41 
 
 
270 aa  82  0.000000000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.42429 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1305  tRNA pseudouridine synthase A  29.1 
 
 
263 aa  81.6  0.00000000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0505813  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1815  tRNA pseudouridine synthase A  26.05 
 
 
274 aa  81.6  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0994252  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2139  tRNA pseudouridine synthase A  26.05 
 
 
274 aa  80.9  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.357252  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1218  tRNA pseudouridine synthase ACD  32.77 
 
 
245 aa  80.9  0.00000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000567145  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1237  tRNA pseudouridine synthase ACD  31.93 
 
 
245 aa  79.3  0.00000000000006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0714167  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  46.79 
 
 
244 aa  79  0.00000000000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2308  tRNA pseudouridine synthase A  25.97 
 
 
273 aa  78.6  0.00000000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.742773  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0217  tRNA pseudouridine synthase ACD  29.51 
 
 
276 aa  78.6  0.0000000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0677  tRNA pseudouridine synthase A  26.54 
 
 
270 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.873291  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2469  tRNA pseudouridine synthase A  26.88 
 
 
278 aa  78.2  0.0000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.371859 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1859  tRNA pseudouridine synthase ACD  33.47 
 
 
245 aa  78.6  0.0000000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.411434  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1985  tRNA pseudouridine synthase A  24.82 
 
 
274 aa  77.8  0.0000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2510  tRNA pseudouridine synthase A  27.07 
 
 
270 aa  77.8  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2598  tRNA pseudouridine synthase A  27.07 
 
 
270 aa  77.8  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.814522  normal  0.68197 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3371  Pseudouridine synthase I, TruA, alpha/beta domain protein  27.11 
 
 
295 aa  77.8  0.0000000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2556  tRNA pseudouridine synthase A  27.07 
 
 
270 aa  77.8  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1248  tRNA pseudouridine synthase A  30.08 
 
 
248 aa  77.4  0.0000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2719  tRNA pseudouridine synthase A  27.07 
 
 
270 aa  77.8  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.152064  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2610  tRNA pseudouridine synthase A  27.07 
 
 
270 aa  77.8  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.422355  normal  0.0539335 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1060  tRNA pseudouridine synthase A  30.08 
 
 
248 aa  77.4  0.0000000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02243  tRNA pseudouridine synthase A  27.13 
 
 
270 aa  76.6  0.0000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1334  tRNA pseudouridine synthase A  27.13 
 
 
270 aa  76.6  0.0000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.673735 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1723  tRNA pseudouridine synthase A  26.15 
 
 
270 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2309  tRNA pseudouridine synthase A  26.15 
 
 
270 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0622933  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2469  tRNA pseudouridine synthase A  27.13 
 
 
270 aa  76.6  0.0000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0771  tRNA pseudouridine synthase A  26.15 
 
 
270 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0527  tRNA pseudouridine synthase A  26.15 
 
 
271 aa  76.3  0.0000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1647  tRNA pseudouridine synthase A  26.15 
 
 
270 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1856  tRNA pseudouridine synthase A  26.15 
 
 
271 aa  76.3  0.0000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0227794  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2447  tRNA pseudouridine synthase A  26.15 
 
 
270 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.808323  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02203  hypothetical protein  27.13 
 
 
270 aa  76.6  0.0000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1338  tRNA pseudouridine synthase A  27.13 
 
 
270 aa  76.3  0.0000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.556339  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3380  tRNA pseudouridine synthase A  25.61 
 
 
273 aa  75.9  0.0000000000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0770  tRNA pseudouridine synthase A  26.22 
 
 
275 aa  75.9  0.0000000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6844  tRNA pseudouridine synthase A  24.71 
 
 
270 aa  75.9  0.0000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000523123  normal  0.307747 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2696  tRNA pseudouridine synthase A  26.74 
 
 
270 aa  75.5  0.0000000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2474  tRNA pseudouridine synthase A  26.74 
 
 
270 aa  75.5  0.0000000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3458  tRNA pseudouridine synthase A  26.74 
 
 
270 aa  75.5  0.0000000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2612  tRNA pseudouridine synthase A  26.74 
 
 
270 aa  75.5  0.000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0468  tRNA pseudouridine synthase A  27.11 
 
 
271 aa  74.3  0.000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000442967  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1075  tRNA pseudouridine synthase A  25.87 
 
 
262 aa  74.3  0.000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1914  tRNA pseudouridine synthase A  27.6 
 
 
351 aa  74.3  0.000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009046  PICST_84338  pseudouridine synthase  30.18 
 
 
465 aa  73.2  0.000000000004  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.188482  normal  0.052244 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0407  tRNA pseudouridine synthase A  28.74 
 
 
245 aa  73.2  0.000000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2883  tRNA pseudouridine synthase A  24.32 
 
 
270 aa  73.2  0.000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0101662  normal  0.88579 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1652  tRNA pseudouridine synthase A  24.52 
 
 
261 aa  72.8  0.000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3334  tRNA pseudouridine synthase A  27.09 
 
 
273 aa  72.8  0.000000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000208005  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21360  pseudouridylate synthase I  26.27 
 
 
271 aa  72.8  0.000000000006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0418388  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0421  tRNA pseudouridine synthase A  30.08 
 
 
260 aa  72.4  0.000000000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000417493  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3817  tRNA pseudouridine synthase A  26.07 
 
 
274 aa  72.4  0.000000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2019  tRNA pseudouridine synthase A  26.61 
 
 
285 aa  72  0.000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0292827  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3572  tRNA pseudouridine synthase A  26.05 
 
 
270 aa  72.4  0.000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00438278  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4411  tRNA pseudouridine synthase A  26.05 
 
 
270 aa  72.4  0.000000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3956  tRNA pseudouridine synthase A  26.05 
 
 
270 aa  72.4  0.000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0536594  normal  0.184707 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1051  tRNA pseudouridine synthase A  25.76 
 
 
276 aa  72  0.00000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.238902 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  24.91 
 
 
261 aa  71.6  0.00000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1560  tRNA pseudouridine synthase A  28.9 
 
 
302 aa  71.2  0.00000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.949883  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1665  tRNA pseudouridine synthase A  27.34 
 
 
293 aa  71.2  0.00000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.298328  normal  0.709625 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1896  tRNA pseudouridine synthase A  26.5 
 
 
274 aa  70.1  0.00000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1452  tRNA pseudouridine synthase A  28.3 
 
 
256 aa  70.5  0.00000000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000896278  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1486  tRNA pseudouridine synthase A  25.67 
 
 
261 aa  70.5  0.00000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0039876  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2717  tRNA pseudouridine synthase A  26.55 
 
 
287 aa  69.7  0.00000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0374382 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17151  tRNA pseudouridine synthase A  28.91 
 
 
268 aa  69.7  0.00000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.137278  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  28.22 
 
 
244 aa  69.3  0.00000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002874  tRNA pseudouridine synthase A  25.56 
 
 
264 aa  68.9  0.00000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.28642  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1048  tRNA pseudouridine synthase A  29.92 
 
 
244 aa  69.3  0.00000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000774285  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1729  tRNA pseudouridine synthase A  24.53 
 
 
271 aa  68.9  0.00000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0992895  hitchhiker  0.00555362 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2071  tRNA pseudouridine synthase A  24.53 
 
 
271 aa  68.9  0.00000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.179151  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1426  tRNA pseudouridine synthase A  25.38 
 
 
261 aa  68.9  0.00000000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0400831  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1265  tRNA pseudouridine synthase A  25.87 
 
 
262 aa  68.2  0.0000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1662  tRNA pseudouridine synthase A  24.79 
 
 
284 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.192563  normal  0.747967 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1700  tRNA pseudouridine synthase A  26.45 
 
 
261 aa  68.6  0.0000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.125972 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2984  tRNA pseudouridine synthase A  26.82 
 
 
261 aa  68.2  0.0000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.427567 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1491  tRNA pseudouridine synthase A  25.38 
 
 
261 aa  68.6  0.0000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.125203  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23840  tRNA pseudouridine synthase A  25.69 
 
 
285 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.866913  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1479  tRNA pseudouridine synthase A  25.38 
 
 
261 aa  68.6  0.0000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0778674  normal  0.668888 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4372  tRNA pseudouridine synthase A  26.25 
 
 
267 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3851  tRNA pseudouridine synthase A  26.64 
 
 
270 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.845811 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0520  tRNA pseudouridine synthase A  24.53 
 
 
264 aa  67.4  0.0000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>