More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pisl_1280 on replicon NC_008701
Organism: Pyrobaculum islandicum DSM 4184



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008701  Pisl_1280  tRNA pseudouridine synthase ACD  100 
 
 		 255 aa  521  1e-147  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.528542  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0213  tRNA pseudouridine synthase ACD  73.73 
 
 		 255 aa  385  1e-106  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.0717474  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0233  tRNA pseudouridine synthase ACD  72.77 
 
 		 257 aa  361  5.0000000000000005e-99  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.250363  normal  0.206839 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0700  tRNA pseudouridine synthase ACD  64.84 
 
 		 257 aa  329  3e-89  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00000544038 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1332  tRNA pseudouridine synthase A  36.55 
 
 		 269 aa  120  3e-26  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1280  tRNA pseudouridine synthase A  30.45 
 
 		 265 aa  102  6e-21  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3634  tRNA pseudouridine synthase A  29.88 
 
 		 245 aa  97.1  3e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1859  tRNA pseudouridine synthase ACD  30.04 
 
 		 245 aa  96.3  4e-19  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.411434  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1625  tRNA pseudouridine synthase A  31.9 
 
 		 275 aa  95.5  8e-19  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.875957  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0989  tRNA pseudouridine synthase A  30.65 
 
 		 267 aa  95.1  1e-18  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2002  tRNA pseudouridine synthase A  33.73 
 
 		 275 aa  93.6  3e-18  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.402759  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1525  Pseudouridine synthase I, TruA, alpha/beta domain protein  30.13 
 
 		 253 aa  92.8  5e-18  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0158  tRNA pseudouridine synthase A  27.69 
 
 		 310 aa  92.8  5e-18  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1272  tRNA pseudouridine synthase A  27.85 
 
 		 262 aa  92.4  6e-18  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0684  tRNA pseudouridine synthase A  28.87 
 
 		 262 aa  91.7  1e-17  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1237  tRNA pseudouridine synthase ACD  28.57 
 
 		 245 aa  91.3  2e-17  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0714167  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1665  tRNA pseudouridine synthase A  31.47 
 
 		 293 aa  90.5  2e-17  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.298328  normal  0.709625 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1218  tRNA pseudouridine synthase ACD  29.71 
 
 		 245 aa  90.1  3e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000567145  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0937  tRNA pseudouridine synthase ACD  31.65 
 
 		 244 aa  90.1  3e-17  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0540  tRNA pseudouridine synthase A  32 
 
 		 259 aa  90.1  3e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.999285  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0217  tRNA pseudouridine synthase ACD  30.62 
 
 		 276 aa  89.4  5e-17  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0263  tRNA pseudouridine synthase A  31.58 
 
 		 246 aa  89.4  5e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  30.29 
 
 		 244 aa  89.4  5e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0677  tRNA pseudouridine synthase A  29.2 
 
 		 270 aa  89  6e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.873291  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  33.74 
 
 		 259 aa  87.4  2e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2400  tRNA pseudouridine synthase ACD  29.18 
 
 		 276 aa  87  2e-16  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1404  tRNA pseudouridine synthase A  27.5 
 
 		 262 aa  87.4  2e-16  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.43342  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2287  tRNA pseudouridine synthase A  28.28 
 
 		 267 aa  86.7  3e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0252642  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2246  tRNA pseudouridine synthase A  28.28 
 
 		 267 aa  86.7  3e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000374145  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2301  tRNA pseudouridine synthase ACD  29.41 
 
 		 270 aa  86.7  4e-16  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0527  tRNA pseudouridine synthase A  28.8 
 
 		 271 aa  85.9  6e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1723  tRNA pseudouridine synthase A  28.8 
 
 		 270 aa  85.9  6e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2447  tRNA pseudouridine synthase A  28.8 
 
 		 270 aa  85.9  6e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.808323  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0771  tRNA pseudouridine synthase A  28.8 
 
 		 270 aa  85.9  6e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2309  tRNA pseudouridine synthase A  28.8 
 
 		 270 aa  85.9  6e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0622933  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1647  tRNA pseudouridine synthase A  28.8 
 
 		 270 aa  85.9  6e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1856  tRNA pseudouridine synthase A  28.8 
 
 		 271 aa  85.9  6e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0227794  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0407  tRNA pseudouridine synthase A  27.35 
 
 		 245 aa  85.5  7e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0401  tRNA pseudouridine synthase A  28.98 
 
 		 245 aa  85.5  8e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0346  tRNA pseudouridine synthase A  30.99 
 
 		 262 aa  85.5  8e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000224311  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0543  tRNA pseudouridine synthase A  27.76 
 
 		 245 aa  85.1  0.000000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.432297  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0143  tRNA pseudouridine synthase A  26.67 
 
 		 248 aa  84.7  0.000000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000160558  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0405  tRNA pseudouridine synthase A  28.98 
 
 		 245 aa  84.3  0.000000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00300726  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0498  tRNA pseudouridine synthase A  34.01 
 
 		 260 aa  84  0.000000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.276937  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0139  tRNA pseudouridine synthase A  29.1 
 
 		 258 aa  84  0.000000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0543  tRNA pseudouridine synthase A  27.76 
 
 		 245 aa  83.6  0.000000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000330857  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0473  tRNA pseudouridine synthase A  28.98 
 
 		 245 aa  83.6  0.000000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3382  tRNA pseudouridine synthase A  31.22 
 
 		 244 aa  83.6  0.000000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000753277  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02450  pseudouridylate synthase I  30.17 
 
 		 246 aa  83.2  0.000000000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000086341  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0462  tRNA pseudouridine synthase A  28.98 
 
 		 245 aa  83.2  0.000000000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0487  tRNA pseudouridine synthase A  28.98 
 
 		 245 aa  83.2  0.000000000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3303  tRNA pseudouridine synthase A  30.65 
 
 		 245 aa  83.2  0.000000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0316618  normal  0.649703 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01500  pseudouridylate synthase I  30.17 
 
 		 246 aa  83.2  0.000000000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  8.6087e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0974  tRNA pseudouridine synthase A  30.65 
 
 		 251 aa  82.8  0.000000000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1033  tRNA pseudouridine synthase A  30.65 
 
 		 251 aa  82.8  0.000000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2365  tRNA pseudouridine synthase A  30.17 
 
 		 244 aa  82.4  0.000000000000007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000187105  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2681  tRNA pseudouridine synthase A  31.8 
 
 		 262 aa  82  0.000000000000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0556679  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2680  tRNA pseudouridine synthase A  29.05 
 
 		 244 aa  81.3  0.00000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000443367  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0626  tRNA pseudouridine synthase A  29.55 
 
 		 252 aa  81.6  0.00000000000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.133889  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4830  tRNA pseudouridine synthase A  27.35 
 
 		 245 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0152439  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3064  tRNA pseudouridine synthase A  29.11 
 
 		 265 aa  80.9  0.00000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0605  tRNA pseudouridine synthase A  28.57 
 
 		 256 aa  80.9  0.00000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000709788  hitchhiker  0.00819756 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1248  tRNA pseudouridine synthase A  27.98 
 
 		 248 aa  80.9  0.00000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1060  tRNA pseudouridine synthase A  27.98 
 
 		 248 aa  80.5  0.00000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0492  tRNA pseudouridine synthase A  27.35 
 
 		 245 aa  80.9  0.00000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.138657  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0228  tRNA pseudouridine synthase A  30.89 
 
 		 253 aa  80.9  0.00000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000401865  normal  0.634585 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1675  tRNA pseudouridine synthase ACD  33.89 
 
 		 281 aa  80.1  0.00000000000003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.352236  hitchhiker  0.000000344781 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1305  tRNA pseudouridine synthase A  28.62 
 
 		 263 aa  80.1  0.00000000000003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0505813  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2714  tRNA pseudouridine synthase ACD  31.67 
 
 		 280 aa  80.1  0.00000000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.971768  normal  0.823422 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1358  Pseudouridine synthase I, TruA, alpha/beta domain protein  28.87 
 
 		 293 aa  79.7  0.00000000000004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1075  tRNA pseudouridine synthase A  28.69 
 
 		 262 aa  79.7  0.00000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1219  tRNA pseudouridine synthase A  31.6 
 
 		 300 aa  79.7  0.00000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0289108 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1346  tRNA pseudouridine synthase A  29.84 
 
 		 251 aa  79.3  0.00000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2299  pseudouridylate synthase  28.28 
 
 		 249 aa  79.7  0.00000000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000390138  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0255  tRNA pseudouridine synthase A  28.98 
 
 		 250 aa  79.3  0.00000000000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00104612  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0793  tRNA pseudouridine synthase A  27.92 
 
 		 245 aa  79  0.00000000000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000229391  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1985  tRNA pseudouridine synthase A  27.52 
 
 		 274 aa  77.8  0.0000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4372  tRNA pseudouridine synthase A  27.57 
 
 		 267 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2883  tRNA pseudouridine synthase A  26.34 
 
 		 270 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0101662  normal  0.88579 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0746  tRNA pseudouridine synthase A  30.47 
 
 		 247 aa  77.4  0.0000000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  unclonable  3.57289e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2139  tRNA pseudouridine synthase A  27.35 
 
 		 274 aa  77.8  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.357252  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1700  tRNA pseudouridine synthase A  30.67 
 
 		 261 aa  77.8  0.0000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.125972 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0389  tRNA pseudouridine synthase A  27.09 
 
 		 265 aa  76.6  0.0000000000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1685  tRNA pseudouridine synthase A  28.4 
 
 		 244 aa  76.6  0.0000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1452  tRNA pseudouridine synthase A  28.29 
 
 		 256 aa  76.6  0.0000000000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000896278  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3371  Pseudouridine synthase I, TruA, alpha/beta domain protein  28.68 
 
 		 295 aa  76.6  0.0000000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0255  tRNA pseudouridine synthase A  29.1 
 
 		 247 aa  77  0.0000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000251416  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0421  tRNA pseudouridine synthase A  27.35 
 
 		 260 aa  76.3  0.0000000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000417493  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4476  tRNA pseudouridine synthase A  31.73 
 
 		 282 aa  75.5  0.0000000000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1815  tRNA pseudouridine synthase A  27.76 
 
 		 274 aa  75.5  0.0000000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0994252  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3380  tRNA pseudouridine synthase A  30.65 
 
 		 273 aa  75.1  0.0000000000009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  27.92 
 
 		 244 aa  75.1  0.0000000000009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1130  tRNA pseudouridine synthase A  29.05 
 
 		 248 aa  75.1  0.000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.131343 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0686  tRNA pseudouridine synthase ACD  28.99 
 
 		 246 aa  75.1  0.000000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000903127  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2081  pseudouridylate synthase  29.48 
 
 		 289 aa  75.1  0.000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.999551 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  25.69 
 
 		 271 aa  74.7  0.000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0520  tRNA pseudouridine synthase A  27.27 
 
 		 264 aa  75.1  0.000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1416  tRNA pseudouridine synthase A  26.97 
 
 		 246 aa  74.3  0.000000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0447  tRNA pseudouridine synthase A  29.84 
 
 		 249 aa  74.3  0.000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.801238 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03101  tRNA pseudouridine synthase A  26.86 
 
 		 264 aa  74.7  0.000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>