More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene A2cp1_2410 on replicon NC_011891
Organism: Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011891  A2cp1_2410  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 
272 aa  521  1e-147  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.293969  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2322  tRNA pseudouridine synthase A  98.53 
 
 
272 aa  513  1e-144  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1544  tRNA pseudouridine synthase A  96.5 
 
 
272 aa  475  1e-133  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.14908  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2269  tRNA-pseudouridine synthase I  74.32 
 
 
265 aa  343  1e-93  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.584541  normal  0.109156 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1666  tRNA pseudouridine synthase A  42.48 
 
 
261 aa  169  6e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0056205  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0100  tRNA pseudouridine synthase A  37.26 
 
 
258 aa  157  2e-37  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0165  tRNA pseudouridine synthase A  38.43 
 
 
248 aa  151  1e-35  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0937  tRNA pseudouridine synthase ACD  37.21 
 
 
244 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0466  tRNA pseudouridine synthase A  37.41 
 
 
252 aa  146  4.0000000000000006e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000184743  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  40.59 
 
 
259 aa  145  1e-33  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0143  tRNA pseudouridine synthase A  38.34 
 
 
248 aa  143  3e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000160558  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2680  tRNA pseudouridine synthase A  31.4 
 
 
244 aa  143  3e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000443367  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2365  tRNA pseudouridine synthase A  31.4 
 
 
244 aa  142  7e-33  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000187105  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0142  tRNA pseudouridine synthase A  34.78 
 
 
247 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000629315  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2681  tRNA pseudouridine synthase A  42.02 
 
 
262 aa  140  1.9999999999999998e-32  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0556679  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0163  tRNA pseudouridine synthase A  34.39 
 
 
252 aa  140  3e-32  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000189836  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0142  tRNA pseudouridine synthase A  34.78 
 
 
247 aa  139  3e-32  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000419417  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0137  tRNA pseudouridine synthase A  34.78 
 
 
247 aa  139  3e-32  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000139661  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0135  tRNA pseudouridine synthase A  34.78 
 
 
247 aa  139  3e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000154872  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0155  tRNA pseudouridine synthase A  34.78 
 
 
252 aa  140  3e-32  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.18067e-36 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0137  tRNA pseudouridine synthase A  34.35 
 
 
252 aa  140  3e-32  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0142  tRNA pseudouridine synthase A  34.78 
 
 
247 aa  139  3e-32  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000771013  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0173  tRNA pseudouridine synthase A  34.78 
 
 
252 aa  140  3e-32  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000175513  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1237  tRNA pseudouridine synthase ACD  34 
 
 
245 aa  139  3.9999999999999997e-32  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0714167  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1060  tRNA pseudouridine synthase A  32.31 
 
 
248 aa  139  3.9999999999999997e-32  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5141  tRNA pseudouridine synthase A  39.26 
 
 
264 aa  139  4.999999999999999e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.11531  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1248  tRNA pseudouridine synthase A  32.31 
 
 
248 aa  139  4.999999999999999e-32  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1218  tRNA pseudouridine synthase ACD  34 
 
 
245 aa  139  6e-32  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000567145  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5163  tRNA pseudouridine synthase A  34.39 
 
 
252 aa  139  6e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000176686  hitchhiker  0.0000000000431811 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3997  tRNA pseudouridine synthase ACD  40.31 
 
 
270 aa  139  6e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.541279  hitchhiker  0.00061511 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  33.46 
 
 
244 aa  138  1e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0136  tRNA pseudouridine synthase A  33.59 
 
 
247 aa  138  1e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000296429  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0401  tRNA pseudouridine synthase A  31.91 
 
 
245 aa  137  2e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  37.98 
 
 
271 aa  137  2e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0473  tRNA pseudouridine synthase A  31.91 
 
 
245 aa  136  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0686  tRNA pseudouridine synthase ACD  33.85 
 
 
246 aa  137  3.0000000000000003e-31  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000903127  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0543  tRNA pseudouridine synthase A  31.91 
 
 
245 aa  136  4e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.432297  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0462  tRNA pseudouridine synthase A  31.91 
 
 
245 aa  136  4e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0419  tRNA pseudouridine synthase A  33.2 
 
 
245 aa  136  4e-31  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.293905  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0487  tRNA pseudouridine synthase A  31.91 
 
 
245 aa  136  4e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4238  tRNA pseudouridine synthase A  41.09 
 
 
250 aa  135  7.000000000000001e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00146243 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1859  tRNA pseudouridine synthase ACD  33.19 
 
 
245 aa  135  8e-31  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.411434  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1156  tRNA pseudouridine synthase ACD  39.42 
 
 
270 aa  134  9.999999999999999e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.133341  normal  0.0146408 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0405  tRNA pseudouridine synthase A  31.52 
 
 
245 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00300726  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0139  tRNA pseudouridine synthase A  40.15 
 
 
258 aa  134  9.999999999999999e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0255  tRNA pseudouridine synthase A  41.96 
 
 
250 aa  134  1.9999999999999998e-30  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00104612  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0543  tRNA pseudouridine synthase A  31.52 
 
 
245 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000330857  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0255  tRNA pseudouridine synthase A  37.26 
 
 
247 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000251416  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2995  tRNA pseudouridine synthase ACD  40.77 
 
 
278 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00964869 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1700  tRNA pseudouridine synthase A  38.85 
 
 
261 aa  133  3e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.125972 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4830  tRNA pseudouridine synthase A  31.13 
 
 
245 aa  133  3.9999999999999996e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0152439  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0492  tRNA pseudouridine synthase A  31.13 
 
 
245 aa  132  6.999999999999999e-30  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.138657  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1729  tRNA pseudouridine synthase A  41.25 
 
 
271 aa  131  1.0000000000000001e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0992895  hitchhiker  0.00555362 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2071  tRNA pseudouridine synthase A  41.25 
 
 
271 aa  131  1.0000000000000001e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.179151  n/a   
 
 
-
 
NC_009373  OSTLU_28572  predicted protein  36.98 
 
 
286 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0301527  hitchhiker  0.000000212396 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0622  tRNA pseudouridine synthase A  30.86 
 
 
245 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.939748  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3350  tRNA pseudouridine synthase A  37.31 
 
 
247 aa  131  1.0000000000000001e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0985621 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1018  pseudouridylate synthase  39.3 
 
 
259 aa  130  2.0000000000000002e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0421  tRNA pseudouridine synthase A  30.35 
 
 
260 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000417493  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2081  pseudouridylate synthase  36.43 
 
 
289 aa  130  2.0000000000000002e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.999551 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3382  tRNA pseudouridine synthase A  38.28 
 
 
244 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000753277  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0407  tRNA pseudouridine synthase A  31.13 
 
 
245 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2040  tRNA pseudouridine synthase A  33.46 
 
 
274 aa  129  4.0000000000000003e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.545725  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0319  tRNA pseudouridine synthase A  35.85 
 
 
250 aa  129  4.0000000000000003e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000352927  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2139  tRNA pseudouridine synthase A  41.8 
 
 
274 aa  129  4.0000000000000003e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.357252  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4747  tRNA pseudouridine synthase A  41.09 
 
 
254 aa  129  6e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.771886  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2497  tRNA pseudouridine synthase A  37.8 
 
 
271 aa  128  8.000000000000001e-29  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0612  tRNA pseudouridine synthase A  41.8 
 
 
274 aa  128  1.0000000000000001e-28  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2299  pseudouridylate synthase  35.55 
 
 
249 aa  128  1.0000000000000001e-28  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000390138  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1901  tRNA pseudouridine synthase A  39.13 
 
 
252 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.48254e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1914  tRNA pseudouridine synthase A  39.26 
 
 
351 aa  127  2.0000000000000002e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1969  tRNA pseudouridine synthase A  34.36 
 
 
261 aa  126  3e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.755925 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1815  tRNA pseudouridine synthase A  40.78 
 
 
274 aa  127  3e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0994252  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3803  tRNA pseudouridine synthase A  32.94 
 
 
259 aa  126  4.0000000000000003e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2984  tRNA pseudouridine synthase A  35.43 
 
 
261 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.427567 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0321  tRNA pseudouridine synthase A  36.12 
 
 
264 aa  126  4.0000000000000003e-28  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000566898  hitchhiker  1.98611e-17 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1634  tRNA pseudouridine synthase A  36.82 
 
 
250 aa  125  5e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.228905  normal  0.120897 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0346  tRNA pseudouridine synthase A  35.27 
 
 
262 aa  125  7e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000224311  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2585  tRNA pseudouridine synthase A  34.48 
 
 
275 aa  125  8.000000000000001e-28  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0956  tRNA pseudouridine synthase A  35.42 
 
 
261 aa  125  9e-28  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0850507  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1055  tRNA pseudouridine synthase A  35.42 
 
 
261 aa  125  9e-28  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.859222  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1985  tRNA pseudouridine synthase A  41.15 
 
 
274 aa  125  1e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1528  tRNA pseudouridine synthase A  36.29 
 
 
286 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.141519  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3614  tRNA pseudouridine synthase A  38.89 
 
 
264 aa  124  1e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.421656  normal  0.842605 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3634  tRNA pseudouridine synthase A  32.94 
 
 
245 aa  125  1e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  36.61 
 
 
263 aa  124  1e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2426  tRNA pseudouridine synthase A  39.76 
 
 
246 aa  124  2e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000220887  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3237  tRNA pseudouridine synthase A  36.29 
 
 
274 aa  124  2e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2469  tRNA pseudouridine synthase A  37.23 
 
 
278 aa  124  2e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.371859 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0696  tRNA pseudouridine synthase A  37.64 
 
 
259 aa  124  2e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.214001  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17151  tRNA pseudouridine synthase A  32.44 
 
 
268 aa  124  2e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.137278  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3767  tRNA pseudouridine synthase A  36.68 
 
 
332 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1048  tRNA pseudouridine synthase A  36.58 
 
 
244 aa  124  2e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000774285  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0868  tRNA pseudouridine synthase A  39.7 
 
 
262 aa  123  3e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00469579  hitchhiker  0.00315924 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0717  tRNA pseudouridine synthase A  36.02 
 
 
282 aa  123  3e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000371927  normal  0.874871 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0571  tRNA pseudouridine synthase A  39.92 
 
 
255 aa  123  3e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.217469  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0364  tRNA pseudouridine synthase A  37.21 
 
 
267 aa  123  3e-27  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2098  tRNA pseudouridine synthase A  37.35 
 
 
270 aa  123  3e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.831526 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0770  tRNA pseudouridine synthase A  35.36 
 
 
275 aa  123  3e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2159  tRNA pseudouridine synthase A  39.17 
 
 
260 aa  123  4e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0844535 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>