More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_5025 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_5025  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 		 234 aa  482  1e-135  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4164  hypothetical protein  52.15 
 
 		 234 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8476  transcriptional regulator, GntR family  33.01 
 
 		 246 aa  112  7.000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.610669  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1831  transcriptional regulator, GntR family  23.87 
 
 		 239 aa  68.9  0.00000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.185738  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9612  transcriptional regulatory protein  38.16 
 
 		 222 aa  67  0.0000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.350752  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0623  GntR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 211 aa  63.2  0.000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4963  transcriptional regulator, GntR family  25.81 
 
 		 234 aa  61.2  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.16936  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1021  GntR family transcriptional regulator  22.69 
 
 		 231 aa  59.3  0.00000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.698861  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0276  transcriptional regulator, GntR family  27.5 
 
 		 254 aa  57.8  0.0000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0241099  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5768  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 221 aa  57  0.0000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0496  GntR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 214 aa  57.4  0.0000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.118787  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5040  GntR family transcriptional regulator  23.92 
 
 		 243 aa  57.4  0.0000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.435911  normal  0.566869 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0481  GntR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 214 aa  57.4  0.0000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1768  GntR family transcriptional regulator  23.76 
 
 		 227 aa  57  0.0000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000893003  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0855  transcriptional regulator, GntR family  26.42 
 
 		 238 aa  57  0.0000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.894475  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2908  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  31.52 
 
 		 231 aa  56.2  0.0000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00158542  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2875  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  31.52 
 
 		 231 aa  56.2  0.0000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3127  GntR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 228 aa  55.8  0.0000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4086  transcriptional regulator, GntR family  30.43 
 
 		 231 aa  55.8  0.0000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.129918 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6280  transcriptional regulator, GntR family  25.39 
 
 		 233 aa  55.8  0.0000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  unclonable  0.00000068764  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2783  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  31.52 
 
 		 266 aa  55.8  0.0000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.987951  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9244  transcriptional regulator GntR family  31.46 
 
 		 226 aa  55.1  0.0000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.173978  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5798  GntR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 234 aa  55.1  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1997  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  23.64 
 
 		 226 aa  54.7  0.000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4345  GntR family transcriptional regulator  24.75 
 
 		 230 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.49969 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1375  GntR family transcriptional regulator  22.63 
 
 		 252 aa  53.9  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.473972  normal  0.0210118 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0694  transcriptional regulator, GntR family  19.68 
 
 		 215 aa  53.9  0.000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5037  GntR family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 216 aa  53.5  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.641243  hitchhiker  0.00313463 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3165  GntR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 246 aa  53.5  0.000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.728398  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0795  GntR family transcriptional regulator  24.29 
 
 		 232 aa  53.5  0.000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4063  GntR family transcriptional regulator  21.13 
 
 		 243 aa  53.5  0.000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.299746  normal  0.629082 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3903  GntR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 246 aa  53.5  0.000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3891  transcriptional regulator, GntR family  30.59 
 
 		 263 aa  53.1  0.000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.354634 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4416  GntR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 217 aa  52.8  0.000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4602  GntR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 229 aa  53.1  0.000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.933486 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5583  GntR family transcriptional regulator  20.47 
 
 		 241 aa  52.8  0.000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.42685 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4140  GntR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 219 aa  52.8  0.000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00242001  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5344  transcriptional regulator, GntR family  31.33 
 
 		 216 aa  52.4  0.000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.227261  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7582  GntR family transcriptional regulator  25.56 
 
 		 234 aa  52.4  0.000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2023  transcriptional regulator, GntR family  25.24 
 
 		 251 aa  52.4  0.000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3217  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  26.67 
 
 		 220 aa  52  0.000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4544  GntR family transcriptional regulator  21.32 
 
 		 260 aa  52  0.000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.377364 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3731  GntR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 229 aa  51.6  0.000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01499  predicted DNA-binding transcriptional regulator  28.87 
 
 		 228 aa  51.2  0.00001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000422433  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2105  transcriptional regulator, GntR family  28.87 
 
 		 228 aa  51.2  0.00001  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  1.45704e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 223 aa  51.2  0.00001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1522  GntR family transcriptional regulator  23.74 
 
 		 267 aa  51.2  0.00001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.383522 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5406  transcriptional regulator, GntR family  24.06 
 
 		 239 aa  51.2  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.723673  hitchhiker  0.00193724 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2118  GntR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 228 aa  51.2  0.00001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000151748  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1700  transcriptional regulator, GntR family  28.87 
 
 		 228 aa  51.2  0.00001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.00000000855657  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1028  GntR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 230 aa  51.2  0.00001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.000000104073  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2156  transcriptional regulator, GntR family  28.87 
 
 		 228 aa  51.2  0.00001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000156729  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5719  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 238 aa  51.2  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2569  GntR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 251 aa  51.6  0.00001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3096  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  23.89 
 
 		 225 aa  51.2  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1749  GntR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 228 aa  51.2  0.00001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000222448  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0156  GntR family transcriptional regulator  21.39 
 
 		 241 aa  51.2  0.00001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3671  GntR family transcriptional regulator  24.75 
 
 		 247 aa  51.6  0.00001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.483393  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8046  transcriptional regulator, GntR family  34.33 
 
 		 224 aa  51.6  0.00001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.529008  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1630  GntR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 228 aa  51.2  0.00001  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  3.79226e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0483  transcriptional regulator, GntR family  32.53 
 
 		 227 aa  51.6  0.00001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01510  hypothetical protein  28.87 
 
 		 228 aa  51.2  0.00001  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000749692  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1625  GntR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 228 aa  51.2  0.00001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000899292  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0238  GntR family transcriptional regulator  26.58 
 
 		 225 aa  50.4  0.00002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0670401  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0813  GntR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 257 aa  50.4  0.00002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5092  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 217 aa  50.8  0.00002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00344916 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0081  GntR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 240 aa  50.8  0.00002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0384322 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5191  transcriptional regulator, GntR family  25.41 
 
 		 225 aa  50.8  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.000155009  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5575  transcriptional regulator GntR family  23.42 
 
 		 237 aa  50.4  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.804429  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2162  transcriptional regulator, GntR family  27.39 
 
 		 262 aa  50.4  0.00002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.173243  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2991  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  23.89 
 
 		 225 aa  50.8  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0247222 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2939  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  23.89 
 
 		 225 aa  50.8  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.150864 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2639  transcriptional regulator, GntR family  31.58 
 
 		 228 aa  50.4  0.00002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.995505  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3595  GntR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 222 aa  50.8  0.00002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1266  transcriptional regulator, GntR family  32.63 
 
 		 228 aa  50.4  0.00002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3567  GntR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 228 aa  50.4  0.00002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0806  transcriptional regulator, GntR family  32.43 
 
 		 228 aa  50.8  0.00002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.459024  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2974  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  23.89 
 
 		 225 aa  50.8  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.554532  normal  0.0581705 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1040  transcriptional regulator, GntR family  32.43 
 
 		 228 aa  50.4  0.00002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0217  GntR family transcriptional regulator  26.58 
 
 		 233 aa  50.8  0.00002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2372  GntR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 226 aa  50.4  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.126259  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2907  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  23.89 
 
 		 225 aa  50.8  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02520  DNA-binding transcriptional dual regulator  25.71 
 
 		 220 aa  50.1  0.00003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1019  transcriptional regulator, GntR family  25.71 
 
 		 220 aa  50.1  0.00003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1352  transcriptional regulator, GntR family  30.34 
 
 		 228 aa  50.1  0.00003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0978  transcriptional regulator, GntR family  38.18 
 
 		 234 aa  50.1  0.00003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.134109  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1161  transcriptional regulator GntR  32.05 
 
 		 228 aa  50.4  0.00003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.480758  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1042  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  25.71 
 
 		 220 aa  50.1  0.00003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2944  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  25.71 
 
 		 220 aa  50.1  0.00003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1622  GntR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 228 aa  49.7  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.62397  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2552  GntR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 245 aa  50.1  0.00003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000205206  normal  0.288206 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0763  GntR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 261 aa  50.1  0.00003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.661871  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2799  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  25.71 
 
 		 220 aa  50.1  0.00003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2784  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  25.71 
 
 		 220 aa  50.1  0.00003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.220351 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4654  GntR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 238 aa  50.1  0.00003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.456786  normal  0.661063 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3906  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  25.71 
 
 		 220 aa  50.1  0.00003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.429563 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2752  GntR family transcriptional regulator  21.55 
 
 		 240 aa  50.4  0.00003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.868488 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00828  hypothetical protein  30.34 
 
 		 225 aa  50.4  0.00003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0841  GntR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 247 aa  50.1  0.00003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.938482 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3523  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 275 aa  50.1  0.00003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.33471  normal  0.169398 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>