More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_9612 on replicon NC_011991
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011991  Avi_9612  transcriptional regulatory protein  100 
 
 		 222 aa  457  9.999999999999999e-129  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.350752  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8476  transcriptional regulator, GntR family  31 
 
 		 246 aa  108  9.000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.610669  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1831  transcriptional regulator, GntR family  21.49 
 
 		 239 aa  83.6  0.000000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.185738  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0855  transcriptional regulator, GntR family  32.05 
 
 		 238 aa  82.8  0.000000000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.894475  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6406  GntR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 233 aa  81.6  0.000000000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.507804  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6639  GntR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 233 aa  81.6  0.000000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.497673  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6237  GntR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 233 aa  81.6  0.000000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.223321  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1829  GntR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 246 aa  79.7  0.00000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0795  GntR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 232 aa  79  0.00000000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3396  GntR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 233 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.296167  normal  0.56362 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5025  transcriptional regulator, GntR family  24.89 
 
 		 234 aa  70.9  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4063  GntR family transcriptional regulator  23.5 
 
 		 243 aa  70.5  0.00000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.299746  normal  0.629082 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3095  GntR family transcriptional regulator  37.66 
 
 		 222 aa  70.1  0.00000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000525729  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3523  GntR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 239 aa  68.9  0.00000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0140617  normal  0.356265 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 229 aa  67.4  0.0000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0572  transcriptional regulator, GntR family  38.67 
 
 		 216 aa  66.2  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.666259  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30150  transcriptional regulator, GntR family  32.99 
 
 		 233 aa  65.9  0.0000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.132781  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5984  GntR family transcriptional regulator  37.35 
 
 		 226 aa  65.9  0.0000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0745493  normal  0.107513 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1768  GntR family transcriptional regulator  24.77 
 
 		 227 aa  65.9  0.0000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000893003  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3183  Transcriptional regulators-like protein  38.96 
 
 		 242 aa  65.9  0.0000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.138815  normal  0.149663 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0483  transcriptional regulator, GntR family  34.04 
 
 		 227 aa  65.5  0.0000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6001  transcriptional regulator, GntR family  42.68 
 
 		 240 aa  65.9  0.0000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0081  transcriptional regulator, GntR family  31.07 
 
 		 231 aa  65.5  0.0000000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4402  transcriptional regulator, GntR family  26.82 
 
 		 223 aa  65.5  0.0000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.225327  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5881  GntR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 226 aa  65.1  0.0000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.453374  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5092  GntR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 217 aa  65.1  0.0000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00344916 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5099  GntR family transcriptional regulator  26.22 
 
 		 240 aa  65.1  0.0000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408259  normal  0.367137 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3094  transcriptional regulator, GntR family  34.69 
 
 		 233 aa  65.1  0.0000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00936803  normal  0.247599 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6120  GntR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 226 aa  65.1  0.0000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.105627  normal  0.0219652 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  22.42 
 
 		 225 aa  64.3  0.000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6491  transcriptional regulator, GntR family  41.46 
 
 		 239 aa  63.9  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4674  GntR family transcriptional regulator  40.79 
 
 		 230 aa  63.5  0.000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5768  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 221 aa  63.5  0.000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5040  GntR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 243 aa  63.9  0.000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.435911  normal  0.566869 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2552  GntR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 245 aa  63.9  0.000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000205206  normal  0.288206 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0694  transcriptional regulator, GntR family  21.08 
 
 		 215 aa  63.5  0.000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5583  GntR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 241 aa  63.5  0.000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.42685 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1021  GntR family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 231 aa  63.5  0.000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.698861  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4963  transcriptional regulator, GntR family  35.63 
 
 		 234 aa  63.5  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.16936  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3496  GntR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 237 aa  63.2  0.000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2707  GntR family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 223 aa  63.5  0.000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.755904  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5100  GntR family transcriptional regulator  40.24 
 
 		 226 aa  63.5  0.000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.2531  normal  0.563225 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2569  GntR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 251 aa  63.2  0.000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2816  GntR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 235 aa  63.2  0.000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00368325  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2513  GntR family transcriptional regulator  41.77 
 
 		 268 aa  62.8  0.000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.761478  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4931  GntR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 231 aa  62.8  0.000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.558054  hitchhiker  0.000443766 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0614  transcriptional regulator, GntR family  37.33 
 
 		 216 aa  62.4  0.000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.22125  normal  0.431633 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4057  transcriptional regulator, GntR family  37.18 
 
 		 227 aa  62.8  0.000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2570  transcriptional regulator  39.29 
 
 		 213 aa  62.4  0.000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.565298  hitchhiker  0.000000111966 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4142  GntR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 222 aa  62  0.000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.209682  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5373  transcriptional regulator GntR family  39.13 
 
 		 216 aa  62.4  0.000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.693668  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5061  transcriptional regulator, GntR family  38.55 
 
 		 236 aa  62  0.000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000035042  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1970  GntR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 225 aa  62  0.000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.968442  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5097  GntR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 216 aa  62  0.000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4836  transcriptional regulator, GntR family  42.86 
 
 		 239 aa  61.6  0.000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.035326 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3814  GntR family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 229 aa  61.2  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3004  transcriptional regulator  34.52 
 
 		 218 aa  61.2  0.00000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.729807  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0450  GntR family transcriptional regulator  37.18 
 
 		 222 aa  60.8  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2211  transcriptional regulator, GntR family  28.8 
 
 		 222 aa  61.2  0.00000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0153172  decreased coverage  0.00038585 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0737  GntR family transcriptional regulator  26.02 
 
 		 242 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.268562  normal  0.925546 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4353  GntR family transcriptional regulator  39.47 
 
 		 290 aa  61.2  0.00000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6449  transcriptional regulator, GntR family  29.38 
 
 		 236 aa  61.6  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.110693  normal  0.091376 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3604  GntR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 214 aa  61.6  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.463907 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02430  transcriptional regulator, GntR family  35.44 
 
 		 237 aa  60.1  0.00000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0732513  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5947  GntR family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 218 aa  60.5  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.386506  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1669  transcriptional regulator, GntR family  34.07 
 
 		 225 aa  60.5  0.00000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.072531  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1405  GntR family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 222 aa  60.5  0.00000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0359865 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1421  GntR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 217 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00674258  normal  0.128717 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003675  predicted regulator PutR for proline utilization GntR family  37.04 
 
 		 224 aa  60.8  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6285  transcriptional regulator, GntR family  33.01 
 
 		 234 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5798  GntR family transcriptional regulator  45.33 
 
 		 234 aa  60.1  0.00000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4656  transcriptional regulator, GntR family  37.14 
 
 		 237 aa  60.1  0.00000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.741615 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2175  transcriptional regulator, GntR family  28.41 
 
 		 223 aa  59.7  0.00000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000546644  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0520  GntR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 225 aa  59.7  0.00000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.656964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0623  GntR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 211 aa  60.1  0.00000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3874  GntR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 236 aa  60.1  0.00000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.692905  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1028  GntR family transcriptional regulator  39.36 
 
 		 230 aa  60.1  0.00000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.000000104073  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1988  GntR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 221 aa  59.7  0.00000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0497005  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5067  GntR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 226 aa  60.1  0.00000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.722709 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2899  GntR family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 226 aa  60.1  0.00000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.0000458154  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9244  transcriptional regulator GntR family  37.66 
 
 		 226 aa  60.1  0.00000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.173978  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4083  GntR domain protein  32.26 
 
 		 222 aa  60.1  0.00000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1161  transcriptional regulator GntR  40.54 
 
 		 228 aa  59.3  0.00000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.480758  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3784  GntR family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 222 aa  59.3  0.00000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.142846  normal  0.227758 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1495  regulatory protein GntR HTH  33.77 
 
 		 231 aa  59.3  0.00000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.635233  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3984  transcriptional regulator, GntR family  33.7 
 
 		 216 aa  59.7  0.00000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5037  GntR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 216 aa  59.3  0.00000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.641243  hitchhiker  0.00313463 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4755  transcriptional regulator, GntR family  31.58 
 
 		 227 aa  59.3  0.00000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2737  transcriptional regulator, GntR family  36.36 
 
 		 231 aa  59.3  0.00000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.224257 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0051  GntR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 227 aa  59.3  0.00000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.331225 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2641  GntR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 219 aa  58.9  0.00000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3127  GntR family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 228 aa  58.9  0.00000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1104  transcriptional regulator, GntR family  26.11 
 
 		 266 aa  58.9  0.00000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2852  GntR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 223 aa  58.9  0.00000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0551  transcriptional regulator, GntR family  35.06 
 
 		 219 aa  58.5  0.00000007  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3711  GntR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 228 aa  58.5  0.00000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.572132  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2464  GntR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 219 aa  58.9  0.00000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1722  GntR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 218 aa  58.5  0.00000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.622001 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6266  transcriptional regulator, GntR family  30.11 
 
 		 244 aa  58.9  0.00000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0316911  normal  0.300787 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 230 aa  58.5  0.00000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>