More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_3955 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_3955  FAD dependent oxidoreductase  100 
 
 		 411 aa  835    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3847  FAD dependent oxidoreductase  88.56 
 
 		 411 aa  758    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3970  FAD dependent oxidoreductase  66.18 
 
 		 411 aa  565  1e-160  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0507  amino acid dehydrogenase transmembrane protein  37.16 
 
 		 423 aa  256  6e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.133123 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0383  FAD dependent oxidoreductase  34.95 
 
 		 427 aa  245  9.999999999999999e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0398  FAD dependent oxidoreductase  34.55 
 
 		 427 aa  241  2e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.588797 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1843  FAD dependent oxidoreductase  36.14 
 
 		 420 aa  238  1e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4364  FAD dependent oxidoreductase  35.45 
 
 		 431 aa  235  1.0000000000000001e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4261  FAD dependent oxidoreductase  33.66 
 
 		 423 aa  225  1e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5338  FAD dependent oxidoreductase  31.77 
 
 		 409 aa  219  7.999999999999999e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.18927  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1706  FAD dependent oxidoreductase  30.92 
 
 		 420 aa  215  9e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.612598  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0395  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.56 
 
 		 421 aa  215  9e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0240  FAD dependent oxidoreductase  35.21 
 
 		 425 aa  213  3.9999999999999995e-54  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2064  FAD dependent oxidoreductase  36.22 
 
 		 422 aa  212  1e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0107883  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1447  putative D-amino acid dehydrogenase, small subunit  30.68 
 
 		 427 aa  210  4e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.272098  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2880  FAD dependent oxidoreductase  30.05 
 
 		 412 aa  209  8e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.402173  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6394  D-amino-acid dehydrogenase  34.49 
 
 		 409 aa  208  1e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1434  D-amino-acid dehydrogenase  34.49 
 
 		 409 aa  208  1e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.221465  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2360  D-amino-acid dehydrogenase  29.86 
 
 		 446 aa  207  3e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0223413  normal  0.51106 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6455  FAD dependent oxidoreductase  34 
 
 		 409 aa  207  3e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.470028  normal  0.375061 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1416  D-amino-acid dehydrogenase  32.07 
 
 		 424 aa  207  4e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000529434  normal  0.0258271 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1533  D-amino-acid dehydrogenase  31.39 
 
 		 428 aa  206  6e-52  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000097225  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1764  D-amino-acid dehydrogenase  30.83 
 
 		 422 aa  204  2e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.124563  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3464  FAD dependent oxidoreductase  36.8 
 
 		 416 aa  198  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.135026 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3651  FAD dependent oxidoreductase  34.47 
 
 		 426 aa  194  2e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.02824  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2820  FAD dependent oxidoreductase  28.54 
 
 		 432 aa  192  1e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00368627  normal  0.483121 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6619  FAD dependent oxidoreductase  31.94 
 
 		 410 aa  188  1e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.664029 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003672  D-amino acid dehydrogenase family protein in hydroxy-L-proline catabolic cluster  27.83 
 
 		 405 aa  188  2e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0116  D-amino-acid dehydrogenase  31.81 
 
 		 416 aa  187  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.658269  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1259  putative D-amino-acid dehydrogenase, FAD dependent  32.69 
 
 		 435 aa  186  7e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00889371 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6396  FAD dependent oxidoreductase  31.08 
 
 		 424 aa  186  9e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5589  D-amino-acid dehydrogenase  33.67 
 
 		 418 aa  185  1.0000000000000001e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0932448  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4843  FAD dependent oxidoreductase  30.9 
 
 		 416 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.570392  normal  0.0122538 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1613  FAD dependent oxidoreductase  30.81 
 
 		 414 aa  183  4.0000000000000006e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0355  D-amino-acid dehydrogenase  28.86 
 
 		 415 aa  177  3e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3636  FAD dependent oxidoreductase  33.57 
 
 		 423 aa  176  6e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0728154 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3864  D-amino-acid dehydrogenase  30.77 
 
 		 413 aa  175  9.999999999999999e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6265  FAD dependent oxidoreductase  28.5 
 
 		 413 aa  175  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00674063  normal  0.363363 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1410  D-amino-acid dehydrogenase  26.89 
 
 		 415 aa  174  1.9999999999999998e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.320893  normal  0.0817919 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4901  FAD dependent oxidoreductase  28.61 
 
 		 416 aa  174  2.9999999999999996e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3824  FAD dependent oxidoreductase  28.61 
 
 		 416 aa  174  2.9999999999999996e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3322  FAD dependent oxidoreductase  28.97 
 
 		 435 aa  174  2.9999999999999996e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2305  D-amino-acid dehydrogenase  32.41 
 
 		 420 aa  173  5.999999999999999e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.467185  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1110  D-amino-acid dehydrogenase  30.1 
 
 		 420 aa  172  6.999999999999999e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0990  D-amino-acid dehydrogenase  28.83 
 
 		 413 aa  172  1e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1866  FAD dependent oxidoreductase  30.4 
 
 		 434 aa  172  1e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.619946  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1727  putative D-amino acid dehydrogenase, small subunit  30.1 
 
 		 420 aa  170  3e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2708  D-amino-acid dehydrogenase  30.71 
 
 		 440 aa  171  3e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1255  FAD dependent oxidoreductase  30.61 
 
 		 415 aa  169  8e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.621856  normal  0.317392 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0106  FAD dependent oxidoreductase  30.69 
 
 		 416 aa  168  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0203  FAD dependent oxidoreductase  31.48 
 
 		 430 aa  167  2.9999999999999998e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2316  D-amino acid dehydrogenase  28.83 
 
 		 413 aa  167  4e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.944178  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3676  D-amino-acid dehydrogenase  32.05 
 
 		 432 aa  166  6.9999999999999995e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5199  FAD dependent oxidoreductase  29.2 
 
 		 440 aa  166  9e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.494361 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1282  FAD dependent oxidoreductase  30.1 
 
 		 415 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.783246  normal  0.547311 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4136  FAD dependent oxidoreductase  30.83 
 
 		 415 aa  164  3e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0499  FAD dependent oxidoreductase  30.4 
 
 		 415 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2256  D-amino acid dehydrogenase small subunit  30.25 
 
 		 428 aa  163  5.0000000000000005e-39  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000681381  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3200  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.52 
 
 		 428 aa  162  9e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0905906  normal  0.889782 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2797  d-amino-acid dehydrogenase  30.12 
 
 		 419 aa  161  2e-38  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.337327  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2282  FAD dependent oxidoreductase  28.82 
 
 		 417 aa  160  4e-38  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.877617  normal  0.634031 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2554  D-amino-acid dehydrogenase  32.38 
 
 		 434 aa  160  6e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.100435  hitchhiker  0.00601757 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4860  D-amino-acid dehydrogenase  31.37 
 
 		 406 aa  159  8e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.643864 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0396  FAD dependent oxidoreductase  26.96 
 
 		 415 aa  157  3e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.128604 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1477  FAD dependent oxidoreductase  25.95 
 
 		 420 aa  157  4e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.699089  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0064  FAD dependent oxidoreductase  29.2 
 
 		 416 aa  153  5.9999999999999996e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.711671  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0793  D-amino-acid dehydrogenase  30.5 
 
 		 438 aa  153  5.9999999999999996e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.186326  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1652  D-amino-acid dehydrogenase  27.21 
 
 		 418 aa  152  7e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.205537  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1218  FAD dependent oxidoreductase  28 
 
 		 415 aa  152  1e-35  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0198  FAD dependent oxidoreductase  31.22 
 
 		 408 aa  152  1e-35  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.777626  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3648  D-amino-acid dehydrogenase  28.71 
 
 		 417 aa  151  2e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.581265 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2698  D-amino-acid dehydrogenase  28.43 
 
 		 433 aa  152  2e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4074  FAD dependent oxidoreductase  29.65 
 
 		 419 aa  150  3e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2597  FAD dependent oxidoreductase  28.01 
 
 		 415 aa  149  6e-35  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2746  oxidoreductase, FAD-dependent  28.18 
 
 		 416 aa  149  7e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.381224  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3709  FAD dependent oxidoreductase  26.28 
 
 		 416 aa  149  1.0000000000000001e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.189981  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0428  FAD dependent oxidoreductase  25.98 
 
 		 415 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.163324 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2320  FAD dependent oxidoreductase  26.12 
 
 		 414 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.63288  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3227  FAD dependent oxidoreductase  28.11 
 
 		 430 aa  146  7.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2811  FAD dependent oxidoreductase  25.99 
 
 		 414 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.630542  normal  0.814601 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3545  D-amino acid dehydrogenase  24.16 
 
 		 462 aa  145  2e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01910  D-amino acid dehydrogenase subunit  27.27 
 
 		 416 aa  143  4e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.492063  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2176  FAD dependent oxidoreductase  25.62 
 
 		 414 aa  142  8e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0832957  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3596  FAD dependent oxidoreductase  25.62 
 
 		 414 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.953552  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1816  D-amino-acid dehydrogenase  26.52 
 
 		 417 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.230934  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0844  D-amino acid dehydrogenase small subunit  25.62 
 
 		 415 aa  140  3e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1542  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.92 
 
 		 420 aa  140  3e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.224585  normal  0.0396544 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1818  D-amino-acid dehydrogenase  30.05 
 
 		 419 aa  141  3e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23290  glycine/D-amino acid oxidase, deaminating  29.78 
 
 		 420 aa  140  3e-32  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4295  FAD dependent oxidoreductase  29.06 
 
 		 417 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000269255  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0630  amino acid dehydrogenase, putative  26.09 
 
 		 416 aa  139  7e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.131096  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3433  FAD dependent oxidoreductase  26.65 
 
 		 414 aa  139  7e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5266  FAD dependent oxidoreductase  28.32 
 
 		 427 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.600372  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0799  D-amino-acid dehydrogenase  27.32 
 
 		 410 aa  138  1e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.491257 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4480  FAD dependent oxidoreductase  26.24 
 
 		 414 aa  138  2e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1546  FAD dependent oxidoreductase  30.07 
 
 		 419 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2537  FAD dependent oxidoreductase  27.07 
 
 		 414 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.654937  normal  0.300039 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0813  FAD dependent oxidoreductase  25.94 
 
 		 441 aa  137  4e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5562  FAD dependent oxidoreductase  28.75 
 
 		 425 aa  137  5e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0592  putative amino acid dehydrogenase  26.09 
 
 		 416 aa  137  5e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>