More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrad2831_1542 on replicon NC_010505
Organism: Methylobacterium radiotolerans JCM 2831



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010505  Mrad2831_1542  D-amino acid dehydrogenase small subunit  100 
 
 
420 aa  857    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.224585  normal  0.0396544 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1348  D-amino acid dehydrogenase small subunit  67.85 
 
 
403 aa  548  1e-155  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0107564  normal  0.0434292 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4417  D-amino acid dehydrogenase small subunit  65.53 
 
 
417 aa  550  1e-155  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0828859  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4307  D-amino acid dehydrogenase small subunit  65.53 
 
 
417 aa  550  1e-155  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3726  D-amino acid dehydrogenase small subunit  65.06 
 
 
416 aa  543  1e-153  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5580  D-amino acid dehydrogenase small subunit  63.7 
 
 
422 aa  528  1e-149  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4194  D-amino acid dehydrogenase small subunit  63.21 
 
 
419 aa  524  1e-147  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1124  D-amino acid dehydrogenase small subunit  62.65 
 
 
411 aa  514  1e-144  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.548821 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0404  D-amino acid dehydrogenase small subunit  65.32 
 
 
409 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0183  D-amino acid dehydrogenase small subunit  57.62 
 
 
433 aa  457  1e-127  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.618165  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1408  D-amino-acid dehydrogenase  43.35 
 
 
422 aa  296  5e-79  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0168  D-amino-acid dehydrogenase  37.64 
 
 
439 aa  275  8e-73  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0158  D-amino acid dehydrogenase subunit  37.18 
 
 
443 aa  274  3e-72  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000347437 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2380  D-amino-acid dehydrogenase  38.92 
 
 
428 aa  269  8e-71  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0751  D-amino-acid dehydrogenase  39 
 
 
433 aa  266  5.999999999999999e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3842  D-amino acid dehydrogenase small subunit  40.38 
 
 
418 aa  261  1e-68  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4507  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.8 
 
 
439 aa  261  1e-68  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.251273 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2864  D-amino-acid dehydrogenase  37.02 
 
 
417 aa  258  1e-67  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.30815  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0148  D-amino-acid dehydrogenase  38.64 
 
 
445 aa  256  7e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.739629  normal  0.382397 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_5009  D-amino-acid dehydrogenase  37.59 
 
 
448 aa  255  1.0000000000000001e-66  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.435309  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3520  D-amino-acid dehydrogenase  38.85 
 
 
444 aa  249  5e-65  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.553559  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4777  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.41 
 
 
416 aa  246  4.9999999999999997e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.565064  normal  0.111911 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1546  FAD dependent oxidoreductase  38.55 
 
 
419 aa  246  6e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0094  D-amino-acid dehydrogenase  37.53 
 
 
455 aa  246  6e-64  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.79359 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0090  D-amino-acid dehydrogenase  36.94 
 
 
446 aa  244  1.9999999999999999e-63  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0071  D-amino-acid dehydrogenase  36.94 
 
 
454 aa  244  1.9999999999999999e-63  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3159  D-amino-acid dehydrogenase  37.25 
 
 
436 aa  244  1.9999999999999999e-63  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2240  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.65 
 
 
428 aa  243  3e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3886  D-amino-acid dehydrogenase  37.01 
 
 
436 aa  243  3.9999999999999997e-63  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.694538 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0804  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.14 
 
 
433 aa  242  9e-63  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.452249  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1023  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.41 
 
 
428 aa  241  1e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4831  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.04 
 
 
416 aa  241  2e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0419861  normal  0.105025 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0948  D-amino-acid dehydrogenase  37.95 
 
 
435 aa  241  2e-62  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4178  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.01 
 
 
428 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.157527  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0585  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.17 
 
 
428 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1064  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.17 
 
 
428 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0528  D-amino-acid dehydrogenase  37.98 
 
 
443 aa  239  6.999999999999999e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.0091768  hitchhiker  0.00000110387 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2304  D-amino-acid dehydrogenase  35.9 
 
 
421 aa  238  2e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.018021 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4821  D-amino-acid dehydrogenase  36.54 
 
 
419 aa  238  2e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0052408 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0131  D-amino-acid dehydrogenase  36.43 
 
 
444 aa  237  3e-61  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.814059  normal  0.406976 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3659  FAD dependent oxidoreductase  37.14 
 
 
423 aa  236  4e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3967  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.06 
 
 
433 aa  236  5.0000000000000005e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.194472  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1997  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.76 
 
 
434 aa  236  7e-61  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.990336  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2107  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.76 
 
 
434 aa  236  7e-61  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.625399  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2361  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.76 
 
 
434 aa  236  7e-61  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0438978  normal  0.320379 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4229  D-amino-acid dehydrogenase  36.78 
 
 
415 aa  236  8e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.825619  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1981  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.68 
 
 
416 aa  235  1.0000000000000001e-60  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.200719  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1001  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.41 
 
 
429 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.835424 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1444  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.47 
 
 
416 aa  234  2.0000000000000002e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.492956  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6079  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.95 
 
 
421 aa  234  3e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2982  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.91 
 
 
428 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00652065 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1957  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.94 
 
 
417 aa  233  5e-60  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1656  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.17 
 
 
428 aa  233  6e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0408  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.92 
 
 
428 aa  232  8.000000000000001e-60  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2864  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.92 
 
 
428 aa  232  8.000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.367842  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2974  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.92 
 
 
428 aa  232  8.000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2925  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.92 
 
 
428 aa  232  8.000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2551  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.92 
 
 
428 aa  232  8.000000000000001e-60  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0927  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.92 
 
 
428 aa  232  8.000000000000001e-60  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0222  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.92 
 
 
428 aa  232  8.000000000000001e-60  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2082  D-amino-acid dehydrogenase  32.44 
 
 
418 aa  232  1e-59  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0152588  normal  0.581205 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1941  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.12 
 
 
432 aa  232  1e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.377151  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1330  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.12 
 
 
432 aa  232  1e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000545747  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2001  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.12 
 
 
432 aa  232  1e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.21848  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1945  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.12 
 
 
432 aa  232  1e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.290196  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1515  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.12 
 
 
432 aa  232  1e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.684243  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3117  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.63 
 
 
432 aa  231  2e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.459659  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3994  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.42 
 
 
441 aa  231  2e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2005  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.28 
 
 
416 aa  230  3e-59  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.143364  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01164  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.84 
 
 
432 aa  230  4e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000419065  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2459  Methylated-DNA--(protein)-cysteine S-methyltransferase  35.84 
 
 
432 aa  230  4e-59  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000162707  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1334  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.84 
 
 
432 aa  230  4e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.000000000195044  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1676  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.84 
 
 
434 aa  230  4e-59  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000458622  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2436  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.84 
 
 
432 aa  230  4e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0019507  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1292  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.84 
 
 
432 aa  230  4e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000190637  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2746  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.35 
 
 
434 aa  230  4e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0984937  decreased coverage  0.0000603863 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01174  hypothetical protein  35.84 
 
 
432 aa  230  4e-59  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000272828  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1960  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.84 
 
 
434 aa  230  4e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00842903  normal  0.752905 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0940  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.5 
 
 
428 aa  230  4e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0886  FAD dependent oxidoreductase  38.58 
 
 
439 aa  230  5e-59  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.204512 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2093  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.89 
 
 
416 aa  229  5e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.59754  normal  0.0350619 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0765  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.5 
 
 
428 aa  229  7e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.555163 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0944  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.5 
 
 
428 aa  229  7e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.972933  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1347  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.59 
 
 
432 aa  229  9e-59  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.15982  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2253  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.62 
 
 
417 aa  227  2e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.299864  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1094  FAD dependent oxidoreductase  37.47 
 
 
421 aa  227  3e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.293126  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0313  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.33 
 
 
421 aa  227  3e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2122  D-amino-acid dehydrogenase  36.63 
 
 
421 aa  224  3e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.17481  normal  0.029766 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3630  D-amino-acid dehydrogenase  33.25 
 
 
417 aa  224  3e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000258766 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47980  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.77 
 
 
432 aa  223  7e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1318  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.28 
 
 
419 aa  223  7e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0866  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.45 
 
 
416 aa  222  9.999999999999999e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0290796  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1301  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.12 
 
 
418 aa  222  9.999999999999999e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0867  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.55 
 
 
429 aa  221  1.9999999999999999e-56  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.872467  normal  0.695937 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2363  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.25 
 
 
432 aa  221  1.9999999999999999e-56  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.28713  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0740  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.22 
 
 
434 aa  221  1.9999999999999999e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.968608  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0924  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.45 
 
 
416 aa  220  3.9999999999999997e-56  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0791  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.06 
 
 
417 aa  220  3.9999999999999997e-56  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000194872 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0796  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.31 
 
 
429 aa  219  5e-56  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.661102  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3842  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.27 
 
 
436 aa  219  7.999999999999999e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.190955  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>