More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_3842 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007298  Daro_3842  D-amino acid dehydrogenase small subunit  100 
 
 
418 aa  849    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3886  D-amino-acid dehydrogenase  59.19 
 
 
436 aa  479  1e-134  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.694538 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3159  D-amino-acid dehydrogenase  59.43 
 
 
436 aa  481  1e-134  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4507  D-amino acid dehydrogenase small subunit  56.94 
 
 
439 aa  474  1e-132  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.251273 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0528  D-amino-acid dehydrogenase  55.66 
 
 
443 aa  459  9.999999999999999e-129  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.0091768  hitchhiker  0.00000110387 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0751  D-amino-acid dehydrogenase  56.09 
 
 
433 aa  461  9.999999999999999e-129  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2380  D-amino-acid dehydrogenase  55.06 
 
 
428 aa  461  9.999999999999999e-129  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2864  D-amino-acid dehydrogenase  54.46 
 
 
417 aa  456  1e-127  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.30815  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1408  D-amino-acid dehydrogenase  54.2 
 
 
422 aa  431  1e-119  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0158  D-amino acid dehydrogenase subunit  49.2 
 
 
443 aa  427  1e-118  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000347437 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0168  D-amino-acid dehydrogenase  49.43 
 
 
439 aa  419  1e-116  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3520  D-amino-acid dehydrogenase  50.36 
 
 
444 aa  412  1e-114  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.553559  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0948  D-amino-acid dehydrogenase  50.12 
 
 
435 aa  399  9.999999999999999e-111  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0148  D-amino-acid dehydrogenase  48.84 
 
 
445 aa  396  1e-109  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.739629  normal  0.382397 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_5009  D-amino-acid dehydrogenase  48.72 
 
 
448 aa  390  1e-107  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.435309  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0094  D-amino-acid dehydrogenase  47.95 
 
 
455 aa  382  1e-105  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.79359 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0131  D-amino-acid dehydrogenase  47.43 
 
 
444 aa  382  1e-105  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.814059  normal  0.406976 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0090  D-amino-acid dehydrogenase  48.03 
 
 
446 aa  379  1e-104  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0071  D-amino-acid dehydrogenase  48.03 
 
 
454 aa  379  1e-104  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1546  FAD dependent oxidoreductase  51.46 
 
 
419 aa  369  1e-101  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6079  D-amino acid dehydrogenase small subunit  45.61 
 
 
421 aa  368  1e-100  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1301  D-amino acid dehydrogenase small subunit  47.93 
 
 
418 aa  365  1e-100  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6078  D-amino acid dehydrogenase small subunit  45.85 
 
 
432 aa  359  6e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4821  D-amino-acid dehydrogenase  46.34 
 
 
419 aa  358  9.999999999999999e-98  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0052408 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70040  D-amino acid dehydrogenase small subunit  45.61 
 
 
432 aa  357  2.9999999999999997e-97  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0808  D-amino acid dehydrogenase small subunit  44.9 
 
 
416 aa  352  8.999999999999999e-96  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4777  D-amino acid dehydrogenase small subunit  44.63 
 
 
416 aa  350  2e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.565064  normal  0.111911 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0200  D-amino acid dehydrogenase small subunit  44.63 
 
 
433 aa  348  1e-94  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00229652 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5180  D-amino acid dehydrogenase small subunit  44.15 
 
 
434 aa  347  2e-94  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0763537 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0245  D-amino acid dehydrogenase small subunit  44.88 
 
 
432 aa  347  2e-94  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5270  D-amino acid dehydrogenase small subunit  43.9 
 
 
434 aa  347  3e-94  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0829502  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5322  D-amino acid dehydrogenase small subunit  43.9 
 
 
434 aa  346  5e-94  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.116126 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0235  D-amino acid dehydrogenase small subunit  45.72 
 
 
433 aa  345  1e-93  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0924  D-amino acid dehydrogenase small subunit  42.93 
 
 
416 aa  343  4e-93  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0866  D-amino acid dehydrogenase small subunit  42.93 
 
 
416 aa  343  5e-93  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0290796  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0804  D-amino acid dehydrogenase small subunit  43.9 
 
 
433 aa  342  8e-93  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.452249  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1444  D-amino acid dehydrogenase small subunit  42.44 
 
 
416 aa  341  1e-92  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.492956  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0101  D-amino acid dehydrogenase, small subunit  44.39 
 
 
433 aa  340  2e-92  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2304  D-amino-acid dehydrogenase  44.88 
 
 
421 aa  341  2e-92  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.018021 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4831  D-amino acid dehydrogenase small subunit  43.66 
 
 
416 aa  340  2.9999999999999998e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0419861  normal  0.105025 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3174  FAD dependent oxidoreductase  42.54 
 
 
418 aa  338  9.999999999999999e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3967  D-amino acid dehydrogenase small subunit  44.15 
 
 
433 aa  338  9.999999999999999e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.194472  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5526  D-amino acid dehydrogenase small subunit  42.93 
 
 
434 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.46762 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2093  D-amino acid dehydrogenase small subunit  43.9 
 
 
416 aa  336  3.9999999999999995e-91  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.59754  normal  0.0350619 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01164  D-amino acid dehydrogenase small subunit  43.77 
 
 
432 aa  335  7.999999999999999e-91  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000419065  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2459  Methylated-DNA--(protein)-cysteine S-methyltransferase  43.77 
 
 
432 aa  335  7.999999999999999e-91  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000162707  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1292  D-amino acid dehydrogenase small subunit  43.77 
 
 
432 aa  335  7.999999999999999e-91  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000190637  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1676  D-amino acid dehydrogenase small subunit  43.77 
 
 
434 aa  335  7.999999999999999e-91  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000458622  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1334  D-amino acid dehydrogenase small subunit  43.77 
 
 
432 aa  335  7.999999999999999e-91  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.000000000195044  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2436  D-amino acid dehydrogenase small subunit  43.77 
 
 
432 aa  335  7.999999999999999e-91  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0019507  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1960  D-amino acid dehydrogenase small subunit  43.77 
 
 
434 aa  335  7.999999999999999e-91  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00842903  normal  0.752905 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01174  hypothetical protein  43.77 
 
 
432 aa  335  7.999999999999999e-91  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000272828  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1347  D-amino acid dehydrogenase small subunit  43.77 
 
 
432 aa  335  9e-91  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.15982  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0313  D-amino acid dehydrogenase small subunit  43.66 
 
 
421 aa  335  1e-90  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1094  FAD dependent oxidoreductase  45.45 
 
 
421 aa  333  4e-90  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.293126  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47980  D-amino acid dehydrogenase small subunit  44.63 
 
 
432 aa  332  7.000000000000001e-90  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2746  D-amino acid dehydrogenase small subunit  43.28 
 
 
434 aa  332  9e-90  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0984937  decreased coverage  0.0000603863 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4434  D-amino acid dehydrogenase small subunit  41.22 
 
 
432 aa  331  2e-89  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.615719  hitchhiker  0.00000811455 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2389  D-amino-acid dehydrogenase  43.49 
 
 
439 aa  331  2e-89  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3117  D-amino acid dehydrogenase small subunit  43.9 
 
 
432 aa  330  4e-89  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.459659  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1503  D-amino acid dehydrogenase small subunit  41.71 
 
 
425 aa  329  6e-89  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.839298  normal  0.265321 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004326  D-amino acid dehydrogenase small subunit  41.42 
 
 
418 aa  329  6e-89  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0673  D-amino-acid dehydrogenase  42.93 
 
 
417 aa  328  8e-89  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.180164  hitchhiker  0.00553067 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3842  D-amino acid dehydrogenase small subunit  45.87 
 
 
436 aa  328  9e-89  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.190955  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2122  D-amino-acid dehydrogenase  44.33 
 
 
421 aa  327  2.0000000000000001e-88  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.17481  normal  0.029766 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3113  D-amino acid dehydrogenase small subunit  45.63 
 
 
436 aa  327  3e-88  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1945  D-amino acid dehydrogenase small subunit  42.79 
 
 
432 aa  327  3e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.290196  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1330  D-amino acid dehydrogenase small subunit  42.79 
 
 
432 aa  327  3e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000545747  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2001  D-amino acid dehydrogenase small subunit  42.79 
 
 
432 aa  326  4.0000000000000003e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.21848  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1941  D-amino acid dehydrogenase small subunit  42.79 
 
 
432 aa  326  4.0000000000000003e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.377151  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1515  D-amino acid dehydrogenase small subunit  42.79 
 
 
432 aa  326  4.0000000000000003e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.684243  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1318  D-amino acid dehydrogenase small subunit  41.95 
 
 
419 aa  326  6e-88  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0444  D-amino-acid dehydrogenase  42.44 
 
 
434 aa  321  9.999999999999999e-87  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2547  D-amino acid dehydrogenase small subunit  41.99 
 
 
434 aa  319  6e-86  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2361  D-amino acid dehydrogenase small subunit  41.81 
 
 
434 aa  318  9e-86  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0438978  normal  0.320379 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2107  D-amino acid dehydrogenase small subunit  41.81 
 
 
434 aa  318  9e-86  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.625399  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1997  D-amino acid dehydrogenase small subunit  41.81 
 
 
434 aa  318  9e-86  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.990336  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1981  D-amino acid dehydrogenase small subunit  41.26 
 
 
416 aa  318  1e-85  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.200719  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3994  D-amino acid dehydrogenase small subunit  42.05 
 
 
441 aa  317  2e-85  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03073  D-amino acid dehydrogenase small subunit  43.9 
 
 
428 aa  317  4e-85  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0415  D-amino acid dehydrogenase small subunit  44.47 
 
 
421 aa  315  8e-85  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000453609  normal  0.158502 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3630  D-amino-acid dehydrogenase  39.56 
 
 
417 aa  313  1.9999999999999998e-84  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000258766 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0558  D-amino-acid dehydrogenase small subunit  39.51 
 
 
419 aa  313  4.999999999999999e-84  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1023  D-amino acid dehydrogenase small subunit  41.81 
 
 
428 aa  312  5.999999999999999e-84  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2240  D-amino acid dehydrogenase small subunit  42.05 
 
 
428 aa  312  7.999999999999999e-84  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2363  D-amino acid dehydrogenase small subunit  42.37 
 
 
432 aa  312  7.999999999999999e-84  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.28713  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0585  D-amino acid dehydrogenase small subunit  41.81 
 
 
428 aa  312  9e-84  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1064  D-amino acid dehydrogenase small subunit  41.81 
 
 
428 aa  312  9e-84  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1957  D-amino acid dehydrogenase small subunit  41.5 
 
 
417 aa  311  1e-83  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2253  D-amino acid dehydrogenase small subunit  41.5 
 
 
417 aa  311  1e-83  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.299864  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0867  D-amino acid dehydrogenase small subunit  41.56 
 
 
429 aa  311  1e-83  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.872467  normal  0.695937 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0926  D-amino acid dehydrogenase small subunit  41.08 
 
 
429 aa  310  2e-83  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.531144  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2551  D-amino acid dehydrogenase small subunit  42.05 
 
 
428 aa  310  2e-83  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0408  D-amino acid dehydrogenase small subunit  42.05 
 
 
428 aa  310  2e-83  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0222  D-amino acid dehydrogenase small subunit  42.05 
 
 
428 aa  310  2e-83  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2864  D-amino acid dehydrogenase small subunit  42.05 
 
 
428 aa  310  2e-83  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.367842  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0927  D-amino acid dehydrogenase small subunit  42.05 
 
 
428 aa  310  2e-83  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2974  D-amino acid dehydrogenase small subunit  42.05 
 
 
428 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2925  D-amino acid dehydrogenase small subunit  42.05 
 
 
428 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0796  D-amino acid dehydrogenase small subunit  41.56 
 
 
429 aa  310  2.9999999999999997e-83  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.661102  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>