More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0183 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0183  D-amino acid dehydrogenase small subunit  100 
 
 		 433 aa  883    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.618165  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4194  D-amino acid dehydrogenase small subunit  59.46 
 
 		 419 aa  482  1e-135  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5580  D-amino acid dehydrogenase small subunit  59.45 
 
 		 422 aa  476  1e-133  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1348  D-amino acid dehydrogenase small subunit  60.87 
 
 		 403 aa  473  1e-132  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0107564  normal  0.0434292 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3726  D-amino acid dehydrogenase small subunit  58.05 
 
 		 416 aa  458  9.999999999999999e-129  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1124  D-amino acid dehydrogenase small subunit  57.74 
 
 		 411 aa  455  1e-127  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.548821 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1542  D-amino acid dehydrogenase small subunit  57.62 
 
 		 420 aa  457  1e-127  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.224585  normal  0.0396544 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0404  D-amino acid dehydrogenase small subunit  59.69 
 
 		 409 aa  449  1e-125  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4307  D-amino acid dehydrogenase small subunit  54.99 
 
 		 417 aa  444  1e-123  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4417  D-amino acid dehydrogenase small subunit  54.99 
 
 		 417 aa  444  1e-123  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0828859  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1408  D-amino-acid dehydrogenase  40.9 
 
 		 422 aa  266  4e-70  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0751  D-amino-acid dehydrogenase  37.9 
 
 		 433 aa  247  3e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4831  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.68 
 
 		 416 aa  246  6e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0419861  normal  0.105025 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4777  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.93 
 
 		 416 aa  244  3e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.565064  normal  0.111911 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4821  D-amino-acid dehydrogenase  39.02 
 
 		 419 aa  244  3e-63  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0052408 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2304  D-amino-acid dehydrogenase  38.54 
 
 		 421 aa  242  7e-63  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.018021 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1444  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.99 
 
 		 416 aa  241  1e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.492956  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4507  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.59 
 
 		 439 aa  241  2e-62  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.251273 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2093  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.08 
 
 		 416 aa  241  2e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.59754  normal  0.0350619 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3886  D-amino-acid dehydrogenase  37.41 
 
 		 436 aa  236  6e-61  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.694538 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3159  D-amino-acid dehydrogenase  37.65 
 
 		 436 aa  236  6e-61  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0528  D-amino-acid dehydrogenase  36.53 
 
 		 443 aa  236  9e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.0091768  hitchhiker  0.00000110387 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0158  D-amino acid dehydrogenase subunit  35.57 
 
 		 443 aa  235  1.0000000000000001e-60  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000347437 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2380  D-amino-acid dehydrogenase  36.54 
 
 		 428 aa  234  2.0000000000000002e-60  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2082  D-amino-acid dehydrogenase  34.96 
 
 		 418 aa  234  3e-60  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0152588  normal  0.581205 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0866  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.01 
 
 		 416 aa  233  4.0000000000000004e-60  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0290796  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0924  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.01 
 
 		 416 aa  231  1e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3994  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.08 
 
 		 441 aa  232  1e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0168  D-amino-acid dehydrogenase  35.1 
 
 		 439 aa  231  1e-59  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1094  FAD dependent oxidoreductase  39.34 
 
 		 421 aa  232  1e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.293126  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2864  D-amino-acid dehydrogenase  37.35 
 
 		 417 aa  231  1e-59  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.30815  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0804  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.51 
 
 		 433 aa  230  3e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.452249  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3842  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.08 
 
 		 418 aa  228  1e-58  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0948  D-amino-acid dehydrogenase  36.36 
 
 		 435 aa  224  2e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3967  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.89 
 
 		 433 aa  222  8e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.194472  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0200  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.05 
 
 		 433 aa  222  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00229652 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1301  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.59 
 
 		 418 aa  221  1.9999999999999999e-56  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3659  FAD dependent oxidoreductase  35.64 
 
 		 423 aa  221  1.9999999999999999e-56  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2122  D-amino-acid dehydrogenase  38.29 
 
 		 421 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.17481  normal  0.029766 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1546  FAD dependent oxidoreductase  37.17 
 
 		 419 aa  219  6e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5270  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.8 
 
 		 434 aa  219  1e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0829502  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5180  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.8 
 
 		 434 aa  218  1e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0763537 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47980  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.06 
 
 		 432 aa  218  2e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5322  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.8 
 
 		 434 aa  218  2e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.116126 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3630  D-amino-acid dehydrogenase  34.08 
 
 		 417 aa  218  2e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000258766 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1318  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.63 
 
 		 419 aa  217  2.9999999999999998e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0235  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.8 
 
 		 433 aa  216  7e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6079  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.8 
 
 		 421 aa  214  1.9999999999999998e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70040  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.8 
 
 		 432 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5526  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.57 
 
 		 434 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.46762 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6078  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.8 
 
 		 432 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1981  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.5 
 
 		 416 aa  213  5.999999999999999e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.200719  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0101  D-amino acid dehydrogenase, small subunit  34.64 
 
 		 433 aa  212  1e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3842  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.69 
 
 		 436 aa  211  1e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.190955  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0673  D-amino-acid dehydrogenase  36.52 
 
 		 417 aa  211  1e-53  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.180164  hitchhiker  0.00553067 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3113  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.69 
 
 		 436 aa  211  2e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1503  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.84 
 
 		 425 aa  211  3e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.839298  normal  0.265321 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4434  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.08 
 
 		 432 aa  210  4e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.615719  hitchhiker  0.00000811455 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2389  D-amino-acid dehydrogenase  34.46 
 
 		 439 aa  210  4e-53  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3117  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.31 
 
 		 432 aa  210  4e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.459659  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0886  FAD dependent oxidoreductase  36.79 
 
 		 439 aa  208  1e-52  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.204512 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0071  D-amino-acid dehydrogenase  33.71 
 
 		 454 aa  209  1e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0808  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.41 
 
 		 416 aa  209  1e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0867  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.12 
 
 		 429 aa  208  1e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.872467  normal  0.695937 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4178  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.96 
 
 		 428 aa  207  2e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.157527  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0796  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.05 
 
 		 429 aa  208  2e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.661102  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0090  D-amino-acid dehydrogenase  33.48 
 
 		 446 aa  207  2e-52  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3520  D-amino-acid dehydrogenase  35.24 
 
 		 444 aa  207  4e-52  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.553559  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3174  FAD dependent oxidoreductase  33.74 
 
 		 418 aa  207  4e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1023  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.56 
 
 		 428 aa  206  8e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0585  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.29 
 
 		 428 aa  206  9e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1064  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.29 
 
 		 428 aa  206  9e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0245  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.98 
 
 		 432 aa  205  1e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2240  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.29 
 
 		 428 aa  205  1e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_5009  D-amino-acid dehydrogenase  33.02 
 
 		 448 aa  204  2e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.435309  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004326  D-amino acid dehydrogenase small subunit  31.02 
 
 		 418 aa  203  4e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1330  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.83 
 
 		 432 aa  202  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000545747  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1957  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.83 
 
 		 417 aa  202  9.999999999999999e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1945  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.83 
 
 		 432 aa  202  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.290196  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1515  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.58 
 
 		 432 aa  201  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.684243  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1941  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.58 
 
 		 432 aa  201  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.377151  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2001  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.58 
 
 		 432 aa  201  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.21848  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0444  D-amino-acid dehydrogenase  34.69 
 
 		 434 aa  201  1.9999999999999998e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0926  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.9 
 
 		 429 aa  201  3e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.531144  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3394  FAD dependent oxidoreductase  34.22 
 
 		 414 aa  201  3e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.361362 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03073  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.06 
 
 		 428 aa  200  3.9999999999999996e-50  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1676  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.5 
 
 		 434 aa  200  5e-50  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000458622  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1960  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.5 
 
 		 434 aa  200  5e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00842903  normal  0.752905 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01164  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.5 
 
 		 432 aa  199  6e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000419065  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2459  Methylated-DNA--(protein)-cysteine S-methyltransferase  33.5 
 
 		 432 aa  199  6e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000162707  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2436  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.5 
 
 		 432 aa  199  6e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0019507  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1292  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.5 
 
 		 432 aa  199  6e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000190637  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1334  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.5 
 
 		 432 aa  199  6e-50  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.000000000195044  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01174  hypothetical protein  33.5 
 
 		 432 aa  199  6e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000272828  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1347  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.5 
 
 		 432 aa  199  7.999999999999999e-50  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.15982  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1656  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.83 
 
 		 428 aa  199  9e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0408  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.83 
 
 		 428 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0927  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.83 
 
 		 428 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2974  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.83 
 
 		 428 aa  199  1.0000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0222  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.83 
 
 		 428 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>