More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_0235 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4434  D-amino acid dehydrogenase small subunit  78.42 
 
 		 432 aa  720    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.615719  hitchhiker  0.00000811455 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5270  D-amino acid dehydrogenase small subunit  89.84 
 
 		 434 aa  808    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0829502  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0101  D-amino acid dehydrogenase, small subunit  94.23 
 
 		 433 aa  842    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0235  D-amino acid dehydrogenase small subunit  100 
 
 		 433 aa  886    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5526  D-amino acid dehydrogenase small subunit  91.24 
 
 		 434 aa  821    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.46762 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5322  D-amino acid dehydrogenase small subunit  89.84 
 
 		 434 aa  807    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.116126 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6078  D-amino acid dehydrogenase small subunit  85.42 
 
 		 432 aa  762    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0245  D-amino acid dehydrogenase small subunit  87.2 
 
 		 432 aa  761    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47980  D-amino acid dehydrogenase small subunit  83.1 
 
 		 432 aa  742    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0444  D-amino-acid dehydrogenase  72.24 
 
 		 434 aa  641    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0200  D-amino acid dehydrogenase small subunit  89.84 
 
 		 433 aa  808    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00229652 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5180  D-amino acid dehydrogenase small subunit  89.84 
 
 		 434 aa  807    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0763537 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70040  D-amino acid dehydrogenase small subunit  85.42 
 
 		 432 aa  764    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03073  D-amino acid dehydrogenase small subunit  71.88 
 
 		 428 aa  610  1e-173  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3117  D-amino acid dehydrogenase small subunit  67.14 
 
 		 432 aa  595  1e-169  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.459659  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2389  D-amino-acid dehydrogenase  68.17 
 
 		 439 aa  593  1e-168  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3994  D-amino acid dehydrogenase small subunit  67.45 
 
 		 441 aa  585  1e-166  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3967  D-amino acid dehydrogenase small subunit  64.81 
 
 		 433 aa  582  1.0000000000000001e-165  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.194472  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0926  D-amino acid dehydrogenase small subunit  66.11 
 
 		 429 aa  569  1e-161  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.531144  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4178  D-amino acid dehydrogenase small subunit  65.2 
 
 		 428 aa  568  1e-161  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.157527  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0796  D-amino acid dehydrogenase small subunit  65.56 
 
 		 429 aa  567  1e-160  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.661102  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2547  D-amino acid dehydrogenase small subunit  63.82 
 
 		 434 aa  564  1e-160  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1023  D-amino acid dehydrogenase small subunit  66.35 
 
 		 428 aa  567  1e-160  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0585  D-amino acid dehydrogenase small subunit  66.35 
 
 		 428 aa  567  1e-160  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0867  D-amino acid dehydrogenase small subunit  65.87 
 
 		 429 aa  565  1e-160  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.872467  normal  0.695937 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1064  D-amino acid dehydrogenase small subunit  66.35 
 
 		 428 aa  567  1e-160  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2240  D-amino acid dehydrogenase small subunit  64.97 
 
 		 428 aa  563  1.0000000000000001e-159  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0408  D-amino acid dehydrogenase small subunit  65.62 
 
 		 428 aa  560  1e-158  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2551  D-amino acid dehydrogenase small subunit  65.62 
 
 		 428 aa  560  1e-158  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2925  D-amino acid dehydrogenase small subunit  65.62 
 
 		 428 aa  560  1e-158  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2974  D-amino acid dehydrogenase small subunit  65.62 
 
 		 428 aa  560  1e-158  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2107  D-amino acid dehydrogenase small subunit  63.66 
 
 		 434 aa  560  1e-158  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.625399  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2361  D-amino acid dehydrogenase small subunit  63.66 
 
 		 434 aa  560  1e-158  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0438978  normal  0.320379 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2864  D-amino acid dehydrogenase small subunit  65.62 
 
 		 428 aa  560  1e-158  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.367842  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2746  D-amino acid dehydrogenase small subunit  64.9 
 
 		 434 aa  560  1e-158  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0984937  decreased coverage  0.0000603863 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1997  D-amino acid dehydrogenase small subunit  63.66 
 
 		 434 aa  560  1e-158  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.990336  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0222  D-amino acid dehydrogenase small subunit  65.62 
 
 		 428 aa  560  1e-158  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0927  D-amino acid dehydrogenase small subunit  65.62 
 
 		 428 aa  560  1e-158  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0804  D-amino acid dehydrogenase small subunit  65.14 
 
 		 433 aa  559  1e-158  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.452249  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2982  D-amino acid dehydrogenase small subunit  67.74 
 
 		 428 aa  556  1e-157  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00652065 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1656  D-amino acid dehydrogenase small subunit  65.14 
 
 		 428 aa  557  1e-157  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1924  D-amino acid dehydrogenase small subunit  63.45 
 
 		 435 aa  555  1e-157  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.385338  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2000  D-amino acid dehydrogenase small subunit  63.22 
 
 		 435 aa  554  1e-157  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.881788  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0765  D-amino acid dehydrogenase small subunit  66.03 
 
 		 428 aa  552  1e-156  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.555163 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1001  D-amino acid dehydrogenase small subunit  67 
 
 		 429 aa  553  1e-156  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.835424 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2253  D-amino acid dehydrogenase small subunit  63.22 
 
 		 417 aa  551  1e-156  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.299864  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01164  D-amino acid dehydrogenase small subunit  63.11 
 
 		 432 aa  549  1e-155  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000419065  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2459  Methylated-DNA--(protein)-cysteine S-methyltransferase  63.11 
 
 		 432 aa  549  1e-155  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000162707  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1334  D-amino acid dehydrogenase small subunit  63.11 
 
 		 432 aa  549  1e-155  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.000000000195044  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2436  D-amino acid dehydrogenase small subunit  63.11 
 
 		 432 aa  549  1e-155  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0019507  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1292  D-amino acid dehydrogenase small subunit  63.11 
 
 		 432 aa  549  1e-155  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000190637  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01174  hypothetical protein  63.11 
 
 		 432 aa  549  1e-155  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000272828  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1676  D-amino acid dehydrogenase small subunit  63.11 
 
 		 434 aa  549  1e-155  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000458622  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1957  D-amino acid dehydrogenase small subunit  62.98 
 
 		 417 aa  549  1e-155  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1347  D-amino acid dehydrogenase small subunit  62.88 
 
 		 432 aa  548  1e-155  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.15982  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1960  D-amino acid dehydrogenase small subunit  63.11 
 
 		 434 aa  549  1e-155  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00842903  normal  0.752905 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0944  D-amino acid dehydrogenase small subunit  66.92 
 
 		 428 aa  546  1e-154  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.972933  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0740  D-amino acid dehydrogenase small subunit  61.52 
 
 		 434 aa  544  1e-154  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.968608  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0940  D-amino acid dehydrogenase small subunit  65.47 
 
 		 428 aa  547  1e-154  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1981  D-amino acid dehydrogenase small subunit  63.46 
 
 		 416 aa  546  1e-154  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.200719  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1941  D-amino acid dehydrogenase small subunit  62.18 
 
 		 432 aa  541  1e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.377151  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2005  D-amino acid dehydrogenase small subunit  64.66 
 
 		 416 aa  542  1e-153  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.143364  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1330  D-amino acid dehydrogenase small subunit  62.18 
 
 		 432 aa  541  1e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000545747  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1515  D-amino acid dehydrogenase small subunit  62.18 
 
 		 432 aa  541  1e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.684243  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1945  D-amino acid dehydrogenase small subunit  62.18 
 
 		 432 aa  541  1e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.290196  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2001  D-amino acid dehydrogenase small subunit  62.18 
 
 		 432 aa  541  1e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.21848  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1444  D-amino acid dehydrogenase small subunit  62.26 
 
 		 416 aa  540  9.999999999999999e-153  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.492956  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0924  D-amino acid dehydrogenase small subunit  62.74 
 
 		 416 aa  535  1e-151  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0866  D-amino acid dehydrogenase small subunit  62.74 
 
 		 416 aa  537  1e-151  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0290796  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2363  D-amino acid dehydrogenase small subunit  63.4 
 
 		 432 aa  533  1e-150  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.28713  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2304  D-amino-acid dehydrogenase  63.07 
 
 		 421 aa  532  1e-150  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.018021 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3174  FAD dependent oxidoreductase  60.67 
 
 		 418 aa  531  1e-150  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4821  D-amino-acid dehydrogenase  62.83 
 
 		 419 aa  526  1e-148  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0052408 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6079  D-amino acid dehydrogenase small subunit  60.58 
 
 		 421 aa  519  1e-146  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0791  D-amino acid dehydrogenase small subunit  62.44 
 
 		 417 aa  518  1e-146  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000194872 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1301  D-amino acid dehydrogenase small subunit  60.62 
 
 		 418 aa  513  1e-144  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4777  D-amino acid dehydrogenase small subunit  60.19 
 
 		 416 aa  512  1e-144  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.565064  normal  0.111911 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0808  D-amino acid dehydrogenase small subunit  60.58 
 
 		 416 aa  508  1e-143  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1503  D-amino acid dehydrogenase small subunit  58.65 
 
 		 425 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.839298  normal  0.265321 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4831  D-amino acid dehydrogenase small subunit  59.95 
 
 		 416 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0419861  normal  0.105025 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1318  D-amino acid dehydrogenase small subunit  58.03 
 
 		 419 aa  500  1e-140  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1094  FAD dependent oxidoreductase  61.79 
 
 		 421 aa  499  1e-140  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.293126  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3113  D-amino acid dehydrogenase small subunit  59.22 
 
 		 436 aa  495  1e-139  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004326  D-amino acid dehydrogenase small subunit  55.26 
 
 		 418 aa  491  9.999999999999999e-139  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3842  D-amino acid dehydrogenase small subunit  59.22 
 
 		 436 aa  494  9.999999999999999e-139  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.190955  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2122  D-amino-acid dehydrogenase  60.15 
 
 		 421 aa  488  1e-137  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.17481  normal  0.029766 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2093  D-amino acid dehydrogenase small subunit  57.79 
 
 		 416 aa  486  1e-136  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.59754  normal  0.0350619 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0673  D-amino-acid dehydrogenase  56.73 
 
 		 417 aa  483  1e-135  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.180164  hitchhiker  0.00553067 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0558  D-amino-acid dehydrogenase small subunit  55.02 
 
 		 419 aa  480  1e-134  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0313  D-amino acid dehydrogenase small subunit  56.49 
 
 		 421 aa  478  1e-134  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2082  D-amino-acid dehydrogenase  53.85 
 
 		 418 aa  476  1e-133  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0152588  normal  0.581205 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3630  D-amino-acid dehydrogenase  52.88 
 
 		 417 aa  461  9.999999999999999e-129  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000258766 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0528  D-amino-acid dehydrogenase  45.05 
 
 		 443 aa  374  1e-102  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.0091768  hitchhiker  0.00000110387 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3886  D-amino-acid dehydrogenase  44.58 
 
 		 436 aa  360  2e-98  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.694538 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1813  FAD dependent oxidoreductase  45.78 
 
 		 417 aa  361  2e-98  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3159  D-amino-acid dehydrogenase  44.58 
 
 		 436 aa  360  3e-98  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0751  D-amino-acid dehydrogenase  43.61 
 
 		 433 aa  359  7e-98  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4507  D-amino acid dehydrogenase small subunit  43.94 
 
 		 439 aa  358  9.999999999999999e-98  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.251273 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0369  D-amino-acid dehydrogenase  43.03 
 
 		 421 aa  355  5.999999999999999e-97  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.621585  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3589  D-amino-acid dehydrogenase  41.27 
 
 		 424 aa  349  6e-95  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0959455  hitchhiker  0.00000935542 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>