More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2380 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008752  Aave_4507  D-amino acid dehydrogenase small subunit  78.69 
 
 
439 aa  708    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.251273 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0751  D-amino-acid dehydrogenase  82.9 
 
 
433 aa  738    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2380  D-amino-acid dehydrogenase  100 
 
 
428 aa  879    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3159  D-amino-acid dehydrogenase  75.18 
 
 
436 aa  664    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3886  D-amino-acid dehydrogenase  74.71 
 
 
436 aa  662    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.694538 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0528  D-amino-acid dehydrogenase  70.37 
 
 
443 aa  634  1e-180  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.0091768  hitchhiker  0.00000110387 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2864  D-amino-acid dehydrogenase  59.25 
 
 
417 aa  516  1.0000000000000001e-145  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.30815  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0158  D-amino acid dehydrogenase subunit  51.24 
 
 
443 aa  460  9.999999999999999e-129  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000347437 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3842  D-amino acid dehydrogenase small subunit  55.06 
 
 
418 aa  461  9.999999999999999e-129  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0168  D-amino-acid dehydrogenase  52.13 
 
 
439 aa  457  1e-127  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3520  D-amino-acid dehydrogenase  51.85 
 
 
444 aa  447  1.0000000000000001e-124  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.553559  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0948  D-amino-acid dehydrogenase  47.69 
 
 
435 aa  406  1.0000000000000001e-112  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_5009  D-amino-acid dehydrogenase  47.29 
 
 
448 aa  404  1e-111  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.435309  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0094  D-amino-acid dehydrogenase  47.35 
 
 
455 aa  403  1e-111  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.79359 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0090  D-amino-acid dehydrogenase  47.51 
 
 
446 aa  400  9.999999999999999e-111  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0148  D-amino-acid dehydrogenase  47.51 
 
 
445 aa  401  9.999999999999999e-111  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.739629  normal  0.382397 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0071  D-amino-acid dehydrogenase  47.51 
 
 
454 aa  400  9.999999999999999e-111  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0131  D-amino-acid dehydrogenase  46.7 
 
 
444 aa  398  9.999999999999999e-111  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.814059  normal  0.406976 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1408  D-amino-acid dehydrogenase  48.25 
 
 
422 aa  381  1e-104  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1546  FAD dependent oxidoreductase  49.65 
 
 
419 aa  376  1e-103  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3117  D-amino acid dehydrogenase small subunit  45.37 
 
 
432 aa  368  1e-101  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.459659  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6079  D-amino acid dehydrogenase small subunit  43.4 
 
 
421 aa  366  1e-100  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0245  D-amino acid dehydrogenase small subunit  42.99 
 
 
432 aa  363  4e-99  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4777  D-amino acid dehydrogenase small subunit  43.6 
 
 
416 aa  363  4e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.565064  normal  0.111911 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4434  D-amino acid dehydrogenase small subunit  42.04 
 
 
432 aa  362  5.0000000000000005e-99  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.615719  hitchhiker  0.00000811455 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2240  D-amino acid dehydrogenase small subunit  43.94 
 
 
428 aa  362  5.0000000000000005e-99  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1023  D-amino acid dehydrogenase small subunit  43.94 
 
 
428 aa  363  5.0000000000000005e-99  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1503  D-amino acid dehydrogenase small subunit  43.13 
 
 
425 aa  362  6e-99  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.839298  normal  0.265321 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0585  D-amino acid dehydrogenase small subunit  43.94 
 
 
428 aa  361  1e-98  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1064  D-amino acid dehydrogenase small subunit  43.94 
 
 
428 aa  361  1e-98  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0222  D-amino acid dehydrogenase small subunit  44.18 
 
 
428 aa  360  3e-98  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0408  D-amino acid dehydrogenase small subunit  44.18 
 
 
428 aa  360  3e-98  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0927  D-amino acid dehydrogenase small subunit  44.18 
 
 
428 aa  360  3e-98  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2864  D-amino acid dehydrogenase small subunit  44.18 
 
 
428 aa  360  3e-98  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.367842  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2551  D-amino acid dehydrogenase small subunit  44.18 
 
 
428 aa  360  3e-98  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2925  D-amino acid dehydrogenase small subunit  44.18 
 
 
428 aa  360  4e-98  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2974  D-amino acid dehydrogenase small subunit  44.18 
 
 
428 aa  360  4e-98  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1656  D-amino acid dehydrogenase small subunit  43.71 
 
 
428 aa  359  5e-98  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0200  D-amino acid dehydrogenase small subunit  43.23 
 
 
433 aa  358  9.999999999999999e-98  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00229652 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4178  D-amino acid dehydrogenase small subunit  43.23 
 
 
428 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.157527  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6078  D-amino acid dehydrogenase small subunit  42.99 
 
 
432 aa  357  2.9999999999999997e-97  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70040  D-amino acid dehydrogenase small subunit  42.99 
 
 
432 aa  357  2.9999999999999997e-97  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0804  D-amino acid dehydrogenase small subunit  44.06 
 
 
433 aa  356  3.9999999999999996e-97  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.452249  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0673  D-amino-acid dehydrogenase  42.66 
 
 
417 aa  356  3.9999999999999996e-97  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.180164  hitchhiker  0.00553067 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0924  D-amino acid dehydrogenase small subunit  41.57 
 
 
416 aa  355  7.999999999999999e-97  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0866  D-amino acid dehydrogenase small subunit  41.57 
 
 
416 aa  354  2e-96  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0290796  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4821  D-amino-acid dehydrogenase  43.23 
 
 
419 aa  353  2e-96  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0052408 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0867  D-amino acid dehydrogenase small subunit  43.23 
 
 
429 aa  354  2e-96  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.872467  normal  0.695937 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0808  D-amino acid dehydrogenase small subunit  43.13 
 
 
416 aa  354  2e-96  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4831  D-amino acid dehydrogenase small subunit  42.89 
 
 
416 aa  354  2e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0419861  normal  0.105025 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5180  D-amino acid dehydrogenase small subunit  42.76 
 
 
434 aa  353  2.9999999999999997e-96  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0763537 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47980  D-amino acid dehydrogenase small subunit  44.1 
 
 
432 aa  353  5e-96  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5270  D-amino acid dehydrogenase small subunit  42.52 
 
 
434 aa  352  5.9999999999999994e-96  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0829502  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5322  D-amino acid dehydrogenase small subunit  42.52 
 
 
434 aa  352  8e-96  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.116126 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1318  D-amino acid dehydrogenase small subunit  41.84 
 
 
419 aa  350  2e-95  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2547  D-amino acid dehydrogenase small subunit  42.69 
 
 
434 aa  350  3e-95  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1444  D-amino acid dehydrogenase small subunit  40.86 
 
 
416 aa  350  4e-95  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.492956  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0796  D-amino acid dehydrogenase small subunit  42.52 
 
 
429 aa  349  5e-95  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.661102  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2093  D-amino acid dehydrogenase small subunit  42.65 
 
 
416 aa  349  5e-95  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.59754  normal  0.0350619 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0235  D-amino acid dehydrogenase small subunit  42.52 
 
 
433 aa  348  9e-95  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3994  D-amino acid dehydrogenase small subunit  43.23 
 
 
441 aa  346  5e-94  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2304  D-amino-acid dehydrogenase  41.75 
 
 
421 aa  345  1e-93  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.018021 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3174  FAD dependent oxidoreductase  39.95 
 
 
418 aa  345  1e-93  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3967  D-amino acid dehydrogenase small subunit  42.28 
 
 
433 aa  345  1e-93  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.194472  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0101  D-amino acid dehydrogenase, small subunit  41.75 
 
 
433 aa  344  2e-93  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5526  D-amino acid dehydrogenase small subunit  41.57 
 
 
434 aa  343  2.9999999999999997e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.46762 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2982  D-amino acid dehydrogenase small subunit  42.89 
 
 
428 aa  342  9e-93  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00652065 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0558  D-amino-acid dehydrogenase small subunit  40.19 
 
 
419 aa  340  2e-92  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2361  D-amino acid dehydrogenase small subunit  40.86 
 
 
434 aa  340  2.9999999999999998e-92  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0438978  normal  0.320379 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2107  D-amino acid dehydrogenase small subunit  40.86 
 
 
434 aa  340  2.9999999999999998e-92  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.625399  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0944  D-amino acid dehydrogenase small subunit  43.24 
 
 
428 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.972933  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1997  D-amino acid dehydrogenase small subunit  40.86 
 
 
434 aa  340  2.9999999999999998e-92  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.990336  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0926  D-amino acid dehydrogenase small subunit  41.33 
 
 
429 aa  339  5e-92  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.531144  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0444  D-amino-acid dehydrogenase  41.33 
 
 
434 aa  339  5e-92  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0940  D-amino acid dehydrogenase small subunit  43 
 
 
428 aa  338  7e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0765  D-amino acid dehydrogenase small subunit  42.65 
 
 
428 aa  338  8e-92  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.555163 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1001  D-amino acid dehydrogenase small subunit  42.4 
 
 
429 aa  338  9e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.835424 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0740  D-amino acid dehydrogenase small subunit  41.27 
 
 
434 aa  338  9e-92  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.968608  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1957  D-amino acid dehydrogenase small subunit  41.71 
 
 
417 aa  338  9.999999999999999e-92  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2253  D-amino acid dehydrogenase small subunit  41.94 
 
 
417 aa  338  9.999999999999999e-92  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.299864  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3842  D-amino acid dehydrogenase small subunit  43.86 
 
 
436 aa  335  7e-91  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.190955  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3113  D-amino acid dehydrogenase small subunit  43.86 
 
 
436 aa  334  2e-90  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1094  FAD dependent oxidoreductase  42.75 
 
 
421 aa  333  3e-90  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.293126  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2746  D-amino acid dehydrogenase small subunit  39.19 
 
 
434 aa  333  4e-90  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0984937  decreased coverage  0.0000603863 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03073  D-amino acid dehydrogenase small subunit  41.94 
 
 
428 aa  332  9e-90  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1981  D-amino acid dehydrogenase small subunit  41.61 
 
 
416 aa  332  1e-89  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.200719  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1301  D-amino acid dehydrogenase small subunit  41.23 
 
 
418 aa  329  5.0000000000000004e-89  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2005  D-amino acid dehydrogenase small subunit  40.85 
 
 
416 aa  329  6e-89  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.143364  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1945  D-amino acid dehydrogenase small subunit  39.44 
 
 
432 aa  325  1e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.290196  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1330  D-amino acid dehydrogenase small subunit  39.44 
 
 
432 aa  325  1e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000545747  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1941  D-amino acid dehydrogenase small subunit  39.2 
 
 
432 aa  324  2e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.377151  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1515  D-amino acid dehydrogenase small subunit  39.2 
 
 
432 aa  324  2e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.684243  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2001  D-amino acid dehydrogenase small subunit  39.2 
 
 
432 aa  324  2e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.21848  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2122  D-amino-acid dehydrogenase  40.82 
 
 
421 aa  321  1.9999999999999998e-86  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.17481  normal  0.029766 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2389  D-amino-acid dehydrogenase  39.9 
 
 
439 aa  319  5e-86  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3630  D-amino-acid dehydrogenase  38.86 
 
 
417 aa  319  7e-86  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000258766 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0791  D-amino acid dehydrogenase small subunit  39.67 
 
 
417 aa  318  1e-85  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000194872 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004326  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.46 
 
 
418 aa  316  4e-85  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2459  Methylated-DNA--(protein)-cysteine S-methyltransferase  37.35 
 
 
432 aa  315  8e-85  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000162707  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1676  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.35 
 
 
434 aa  315  8e-85  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000458622  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>