More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1124 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1124  D-amino acid dehydrogenase small subunit  100 
 
 		 411 aa  843    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.548821 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1348  D-amino acid dehydrogenase small subunit  64.48 
 
 		 403 aa  515  1.0000000000000001e-145  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0107564  normal  0.0434292 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1542  D-amino acid dehydrogenase small subunit  62.65 
 
 		 420 aa  514  1e-144  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.224585  normal  0.0396544 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5580  D-amino acid dehydrogenase small subunit  60.79 
 
 		 422 aa  504  9.999999999999999e-143  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4194  D-amino acid dehydrogenase small subunit  60 
 
 		 419 aa  502  1e-141  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4307  D-amino acid dehydrogenase small subunit  60.44 
 
 		 417 aa  499  1e-140  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4417  D-amino acid dehydrogenase small subunit  60.44 
 
 		 417 aa  499  1e-140  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0828859  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3726  D-amino acid dehydrogenase small subunit  61.07 
 
 		 416 aa  491  1e-137  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0404  D-amino acid dehydrogenase small subunit  60.35 
 
 		 409 aa  474  1e-132  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0183  D-amino acid dehydrogenase small subunit  57.74 
 
 		 433 aa  455  1e-127  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.618165  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2380  D-amino-acid dehydrogenase  37.89 
 
 		 428 aa  257  3e-67  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1408  D-amino-acid dehydrogenase  38.98 
 
 		 422 aa  254  1.0000000000000001e-66  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0751  D-amino-acid dehydrogenase  37.71 
 
 		 433 aa  251  2e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3886  D-amino-acid dehydrogenase  38.2 
 
 		 436 aa  249  6e-65  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.694538 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0168  D-amino-acid dehydrogenase  36.07 
 
 		 439 aa  249  6e-65  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3159  D-amino-acid dehydrogenase  38.2 
 
 		 436 aa  248  1e-64  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0158  D-amino acid dehydrogenase subunit  36.07 
 
 		 443 aa  247  3e-64  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000347437 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_5009  D-amino-acid dehydrogenase  37.03 
 
 		 448 aa  246  6.999999999999999e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.435309  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2864  D-amino-acid dehydrogenase  38.01 
 
 		 417 aa  245  9.999999999999999e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.30815  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3842  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.68 
 
 		 418 aa  244  1.9999999999999999e-63  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4507  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.69 
 
 		 439 aa  241  1e-62  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.251273 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0528  D-amino-acid dehydrogenase  36.87 
 
 		 443 aa  240  4e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.0091768  hitchhiker  0.00000110387 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0148  D-amino-acid dehydrogenase  37.18 
 
 		 445 aa  239  5e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.739629  normal  0.382397 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0866  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.86 
 
 		 416 aa  239  5.999999999999999e-62  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0290796  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1444  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.1 
 
 		 416 aa  239  9e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.492956  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0924  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.86 
 
 		 416 aa  237  2e-61  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4831  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.96 
 
 		 416 aa  237  2e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0419861  normal  0.105025 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4777  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.41 
 
 		 416 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.565064  normal  0.111911 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6079  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.85 
 
 		 421 aa  233  3e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0071  D-amino-acid dehydrogenase  35.98 
 
 		 454 aa  231  1e-59  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2093  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.35 
 
 		 416 aa  231  1e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.59754  normal  0.0350619 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0090  D-amino-acid dehydrogenase  35.98 
 
 		 446 aa  231  2e-59  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0131  D-amino-acid dehydrogenase  35.65 
 
 		 444 aa  229  8e-59  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.814059  normal  0.406976 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3630  D-amino-acid dehydrogenase  33.58 
 
 		 417 aa  228  2e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000258766 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3520  D-amino-acid dehydrogenase  36.82 
 
 		 444 aa  226  4e-58  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.553559  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0094  D-amino-acid dehydrogenase  34.4 
 
 		 455 aa  225  1e-57  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.79359 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1318  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.21 
 
 		 419 aa  224  3e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2082  D-amino-acid dehydrogenase  32.36 
 
 		 418 aa  223  3e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0152588  normal  0.581205 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0948  D-amino-acid dehydrogenase  36.28 
 
 		 435 aa  221  1.9999999999999999e-56  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0808  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.66 
 
 		 416 aa  220  3.9999999999999997e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3659  FAD dependent oxidoreductase  35.29 
 
 		 423 aa  220  3.9999999999999997e-56  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0804  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.22 
 
 		 433 aa  218  1e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.452249  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47980  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.31 
 
 		 432 aa  216  4e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1957  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.58 
 
 		 417 aa  216  5e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1546  FAD dependent oxidoreductase  36.54 
 
 		 419 aa  216  5e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0585  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.45 
 
 		 428 aa  216  5e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1064  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.45 
 
 		 428 aa  216  5e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2253  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.6 
 
 		 417 aa  216  5e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.299864  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1023  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.21 
 
 		 428 aa  216  8e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0408  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.21 
 
 		 428 aa  216  9e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0222  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.21 
 
 		 428 aa  216  9e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4178  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.21 
 
 		 428 aa  216  9e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.157527  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2551  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.21 
 
 		 428 aa  216  9e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0927  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.21 
 
 		 428 aa  216  9e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2864  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.21 
 
 		 428 aa  216  9e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.367842  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2974  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.21 
 
 		 428 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2925  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.21 
 
 		 428 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2240  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.21 
 
 		 428 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3994  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.88 
 
 		 441 aa  213  3.9999999999999995e-54  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4821  D-amino-acid dehydrogenase  35.14 
 
 		 419 aa  211  1e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0052408 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1656  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.96 
 
 		 428 aa  211  3e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2982  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.35 
 
 		 428 aa  209  7e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00652065 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1001  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.35 
 
 		 429 aa  209  9e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.835424 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2304  D-amino-acid dehydrogenase  33.65 
 
 		 421 aa  209  9e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.018021 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1301  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.58 
 
 		 418 aa  208  1e-52  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1981  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.36 
 
 		 416 aa  208  2e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.200719  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2746  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.85 
 
 		 434 aa  207  2e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0984937  decreased coverage  0.0000603863 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3117  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.93 
 
 		 432 aa  207  3e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.459659  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3967  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.44 
 
 		 433 aa  207  3e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.194472  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2107  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.82 
 
 		 434 aa  206  5e-52  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.625399  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1997  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.82 
 
 		 434 aa  206  6e-52  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.990336  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0558  D-amino-acid dehydrogenase small subunit  33.33 
 
 		 419 aa  206  6e-52  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2361  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.82 
 
 		 434 aa  206  6e-52  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0438978  normal  0.320379 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0245  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.05 
 
 		 432 aa  203  4e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0313  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.85 
 
 		 421 aa  203  4e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1515  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.99 
 
 		 432 aa  202  8e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.684243  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1945  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.99 
 
 		 432 aa  202  8e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.290196  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1941  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.99 
 
 		 432 aa  202  8e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.377151  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1330  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.99 
 
 		 432 aa  202  8e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000545747  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2001  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.99 
 
 		 432 aa  202  8e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.21848  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0235  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.93 
 
 		 433 aa  202  9e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0101  D-amino acid dehydrogenase, small subunit  31.86 
 
 		 433 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0867  D-amino acid dehydrogenase small subunit  31.87 
 
 		 429 aa  201  1.9999999999999998e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.872467  normal  0.695937 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3174  FAD dependent oxidoreductase  32.12 
 
 		 418 aa  201  1.9999999999999998e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3113  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.66 
 
 		 436 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2005  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.09 
 
 		 416 aa  200  3e-50  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.143364  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0200  D-amino acid dehydrogenase small subunit  31.62 
 
 		 433 aa  200  3e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00229652 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0944  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.1 
 
 		 428 aa  200  3.9999999999999996e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.972933  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4434  D-amino acid dehydrogenase small subunit  31.14 
 
 		 432 aa  200  5e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.615719  hitchhiker  0.00000811455 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5270  D-amino acid dehydrogenase small subunit  31.86 
 
 		 434 aa  199  6e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0829502  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0940  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.1 
 
 		 428 aa  199  6e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2000  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.85 
 
 		 435 aa  199  7e-50  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.881788  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01164  D-amino acid dehydrogenase small subunit  31.63 
 
 		 432 aa  199  7.999999999999999e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000419065  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2459  Methylated-DNA--(protein)-cysteine S-methyltransferase  31.63 
 
 		 432 aa  199  7.999999999999999e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000162707  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1334  D-amino acid dehydrogenase small subunit  31.63 
 
 		 432 aa  199  7.999999999999999e-50  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.000000000195044  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1292  D-amino acid dehydrogenase small subunit  31.63 
 
 		 432 aa  199  7.999999999999999e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000190637  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2436  D-amino acid dehydrogenase small subunit  31.63 
 
 		 432 aa  199  7.999999999999999e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0019507  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01174  hypothetical protein  31.63 
 
 		 432 aa  199  7.999999999999999e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000272828  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5322  D-amino acid dehydrogenase small subunit  31.37 
 
 		 434 aa  199  9e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.116126 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1676  D-amino acid dehydrogenase small subunit  31.63 
 
 		 434 aa  199  9e-50  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000458622  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>