More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5580 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007948  Bpro_4194  D-amino acid dehydrogenase small subunit  77.42 
 
 		 419 aa  661    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5580  D-amino acid dehydrogenase small subunit  100 
 
 		 422 aa  864    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1348  D-amino acid dehydrogenase small subunit  65.73 
 
 		 403 aa  536  1e-151  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0107564  normal  0.0434292 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4417  D-amino acid dehydrogenase small subunit  63.26 
 
 		 417 aa  529  1e-149  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0828859  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1542  D-amino acid dehydrogenase small subunit  63.7 
 
 		 420 aa  528  1e-149  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.224585  normal  0.0396544 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4307  D-amino acid dehydrogenase small subunit  63.26 
 
 		 417 aa  529  1e-149  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3726  D-amino acid dehydrogenase small subunit  63.41 
 
 		 416 aa  526  1e-148  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1124  D-amino acid dehydrogenase small subunit  60.79 
 
 		 411 aa  504  1e-141  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.548821 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0404  D-amino acid dehydrogenase small subunit  63.52 
 
 		 409 aa  502  1e-141  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0183  D-amino acid dehydrogenase small subunit  59.45 
 
 		 433 aa  475  1e-133  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.618165  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1408  D-amino-acid dehydrogenase  40.29 
 
 		 422 aa  265  1e-69  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3842  D-amino acid dehydrogenase small subunit  39.9 
 
 		 418 aa  264  2e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2864  D-amino-acid dehydrogenase  38.02 
 
 		 417 aa  262  1e-68  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.30815  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2380  D-amino-acid dehydrogenase  37.98 
 
 		 428 aa  256  5e-67  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0158  D-amino acid dehydrogenase subunit  36.05 
 
 		 443 aa  251  1e-65  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000347437 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0751  D-amino-acid dehydrogenase  37.9 
 
 		 433 aa  251  2e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0168  D-amino-acid dehydrogenase  36.05 
 
 		 439 aa  250  3e-65  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4507  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.35 
 
 		 439 aa  244  1.9999999999999999e-63  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.251273 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_5009  D-amino-acid dehydrogenase  36.56 
 
 		 448 aa  241  2e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.435309  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2093  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.95 
 
 		 416 aa  240  2.9999999999999997e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.59754  normal  0.0350619 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0528  D-amino-acid dehydrogenase  38.01 
 
 		 443 aa  239  5.999999999999999e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.0091768  hitchhiker  0.00000110387 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0804  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.81 
 
 		 433 aa  237  3e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.452249  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1444  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.74 
 
 		 416 aa  236  4e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.492956  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3159  D-amino-acid dehydrogenase  37.56 
 
 		 436 aa  236  5.0000000000000005e-61  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0948  D-amino-acid dehydrogenase  36.74 
 
 		 435 aa  236  5.0000000000000005e-61  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3886  D-amino-acid dehydrogenase  37.32 
 
 		 436 aa  236  6e-61  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.694538 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4831  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.96 
 
 		 416 aa  235  9e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0419861  normal  0.105025 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4777  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.96 
 
 		 416 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.565064  normal  0.111911 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0148  D-amino-acid dehydrogenase  35.07 
 
 		 445 aa  234  3e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.739629  normal  0.382397 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4821  D-amino-acid dehydrogenase  35.4 
 
 		 419 aa  233  6e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0052408 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1023  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.44 
 
 		 428 aa  233  6e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0886  FAD dependent oxidoreductase  37.44 
 
 		 439 aa  233  7.000000000000001e-60  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.204512 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0585  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.44 
 
 		 428 aa  232  9e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1064  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.44 
 
 		 428 aa  232  9e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3967  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.61 
 
 		 433 aa  232  1e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.194472  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2082  D-amino-acid dehydrogenase  31.54 
 
 		 418 aa  231  1e-59  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0152588  normal  0.581205 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3630  D-amino-acid dehydrogenase  33.17 
 
 		 417 aa  231  2e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000258766 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6079  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.74 
 
 		 421 aa  230  3e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0866  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.17 
 
 		 416 aa  230  4e-59  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0290796  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0094  D-amino-acid dehydrogenase  34.95 
 
 		 455 aa  230  4e-59  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.79359 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2240  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.95 
 
 		 428 aa  229  8e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0924  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.17 
 
 		 416 aa  228  1e-58  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4178  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.71 
 
 		 428 aa  228  2e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.157527  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3520  D-amino-acid dehydrogenase  35.51 
 
 		 444 aa  226  6e-58  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.553559  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1001  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.13 
 
 		 429 aa  224  2e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.835424 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0090  D-amino-acid dehydrogenase  35.61 
 
 		 446 aa  224  3e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0071  D-amino-acid dehydrogenase  35.38 
 
 		 454 aa  223  4e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2982  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.13 
 
 		 428 aa  223  4e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00652065 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3659  FAD dependent oxidoreductase  35.7 
 
 		 423 aa  223  4.9999999999999996e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3117  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.65 
 
 		 432 aa  223  7e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.459659  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1546  FAD dependent oxidoreductase  34.94 
 
 		 419 aa  222  8e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1301  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.38 
 
 		 418 aa  221  1.9999999999999999e-56  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2389  D-amino-acid dehydrogenase  33.66 
 
 		 439 aa  221  3e-56  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0944  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.91 
 
 		 428 aa  220  3.9999999999999997e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.972933  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1318  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.64 
 
 		 419 aa  220  3.9999999999999997e-56  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0408  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.91 
 
 		 428 aa  218  1e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2864  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.91 
 
 		 428 aa  218  1e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.367842  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2551  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.91 
 
 		 428 aa  218  1e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0222  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.91 
 
 		 428 aa  218  1e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0927  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.91 
 
 		 428 aa  218  1e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0940  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.66 
 
 		 428 aa  219  1e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2974  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.91 
 
 		 428 aa  218  2e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1957  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.42 
 
 		 417 aa  218  2e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2925  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.91 
 
 		 428 aa  218  2e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0765  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.86 
 
 		 428 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.555163 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1656  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.66 
 
 		 428 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0415  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.81 
 
 		 421 aa  216  4e-55  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000453609  normal  0.158502 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2253  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.42 
 
 		 417 aa  216  7e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.299864  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0131  D-amino-acid dehydrogenase  34.44 
 
 		 444 aa  216  8e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.814059  normal  0.406976 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3994  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.89 
 
 		 441 aa  215  9e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0673  D-amino-acid dehydrogenase  34.07 
 
 		 417 aa  215  9.999999999999999e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.180164  hitchhiker  0.00553067 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0740  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.74 
 
 		 434 aa  215  9.999999999999999e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.968608  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2304  D-amino-acid dehydrogenase  33.66 
 
 		 421 aa  214  2.9999999999999995e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.018021 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3394  FAD dependent oxidoreductase  34.15 
 
 		 414 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.361362 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2547  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.66 
 
 		 434 aa  213  4.9999999999999996e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47980  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.41 
 
 		 432 aa  212  7.999999999999999e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0808  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.33 
 
 		 416 aa  212  9e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0791  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.65 
 
 		 417 aa  212  1e-53  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000194872 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3842  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.88 
 
 		 436 aa  211  2e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.190955  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0313  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.27 
 
 		 421 aa  211  3e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0867  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.5 
 
 		 429 aa  210  4e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.872467  normal  0.695937 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1094  FAD dependent oxidoreductase  33.93 
 
 		 421 aa  210  4e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.293126  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3113  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.62 
 
 		 436 aa  209  5e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03073  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.92 
 
 		 428 aa  209  8e-53  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1981  D-amino acid dehydrogenase small subunit  31.11 
 
 		 416 aa  209  8e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.200719  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2005  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.59 
 
 		 416 aa  209  9e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.143364  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5180  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.43 
 
 		 434 aa  208  1e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0763537 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0200  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.43 
 
 		 433 aa  208  1e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00229652 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2746  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.02 
 
 		 434 aa  209  1e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0984937  decreased coverage  0.0000603863 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0926  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.17 
 
 		 429 aa  207  2e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.531144  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0796  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.25 
 
 		 429 aa  208  2e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.661102  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5270  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.18 
 
 		 434 aa  207  3e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0829502  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2107  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.1 
 
 		 434 aa  207  3e-52  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.625399  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2361  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.1 
 
 		 434 aa  207  3e-52  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0438978  normal  0.320379 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1997  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.1 
 
 		 434 aa  207  3e-52  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.990336  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5322  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.18 
 
 		 434 aa  207  4e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.116126 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0235  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.92 
 
 		 433 aa  206  5e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6408  FAD dependent oxidoreductase  34.15 
 
 		 414 aa  206  6e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.874497  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6239  FAD dependent oxidoreductase  34.15 
 
 		 414 aa  206  6e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6641  FAD dependent oxidoreductase  34.15 
 
 		 414 aa  206  6e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>