More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_6079 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012848  Rleg_4777  D-amino acid dehydrogenase small subunit  80.48 
 
 		 416 aa  689    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.565064  normal  0.111911 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4831  D-amino acid dehydrogenase small subunit  79.76 
 
 		 416 aa  683    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0419861  normal  0.105025 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2093  D-amino acid dehydrogenase small subunit  78.07 
 
 		 416 aa  673    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.59754  normal  0.0350619 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6079  D-amino acid dehydrogenase small subunit  100 
 
 		 421 aa  858    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1444  D-amino acid dehydrogenase small subunit  67.47 
 
 		 416 aa  593  1e-168  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.492956  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0866  D-amino acid dehydrogenase small subunit  67.23 
 
 		 416 aa  588  1e-167  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0290796  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0924  D-amino acid dehydrogenase small subunit  66.99 
 
 		 416 aa  585  1e-166  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0808  D-amino acid dehydrogenase small subunit  65.62 
 
 		 416 aa  575  1.0000000000000001e-163  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0804  D-amino acid dehydrogenase small subunit  64.68 
 
 		 433 aa  569  1e-161  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.452249  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3174  FAD dependent oxidoreductase  62.44 
 
 		 418 aa  543  1e-153  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3113  D-amino acid dehydrogenase small subunit  63.64 
 
 		 436 aa  535  1e-151  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3842  D-amino acid dehydrogenase small subunit  63.64 
 
 		 436 aa  535  1e-151  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.190955  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4821  D-amino-acid dehydrogenase  63.96 
 
 		 419 aa  535  1e-151  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0052408 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1503  D-amino acid dehydrogenase small subunit  62.05 
 
 		 425 aa  532  1e-150  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.839298  normal  0.265321 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3117  D-amino acid dehydrogenase small subunit  61.93 
 
 		 432 aa  534  1e-150  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.459659  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47980  D-amino acid dehydrogenase small subunit  61.06 
 
 		 432 aa  528  1e-149  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0245  D-amino acid dehydrogenase small subunit  59.47 
 
 		 432 aa  530  1e-149  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6078  D-amino acid dehydrogenase small subunit  60.67 
 
 		 432 aa  528  1e-149  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2547  D-amino acid dehydrogenase small subunit  61.1 
 
 		 434 aa  525  1e-148  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70040  D-amino acid dehydrogenase small subunit  60.43 
 
 		 432 aa  526  1e-148  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1301  D-amino acid dehydrogenase small subunit  59.33 
 
 		 418 aa  523  1e-147  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3967  D-amino acid dehydrogenase small subunit  60.14 
 
 		 433 aa  524  1e-147  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.194472  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2304  D-amino-acid dehydrogenase  60.77 
 
 		 421 aa  519  1e-146  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.018021 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0235  D-amino acid dehydrogenase small subunit  60.58 
 
 		 433 aa  519  1e-146  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0673  D-amino-acid dehydrogenase  60.34 
 
 		 417 aa  519  1e-146  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.180164  hitchhiker  0.00553067 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4434  D-amino acid dehydrogenase small subunit  57.79 
 
 		 432 aa  514  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.615719  hitchhiker  0.00000811455 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5180  D-amino acid dehydrogenase small subunit  58.1 
 
 		 434 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0763537 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0200  D-amino acid dehydrogenase small subunit  58.33 
 
 		 433 aa  515  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00229652 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0444  D-amino-acid dehydrogenase  59.62 
 
 		 434 aa  516  1.0000000000000001e-145  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1023  D-amino acid dehydrogenase small subunit  60.58 
 
 		 428 aa  515  1.0000000000000001e-145  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5270  D-amino acid dehydrogenase small subunit  57.86 
 
 		 434 aa  514  1e-144  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0829502  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5322  D-amino acid dehydrogenase small subunit  57.86 
 
 		 434 aa  513  1e-144  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.116126 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0101  D-amino acid dehydrogenase, small subunit  59.62 
 
 		 433 aa  514  1e-144  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2389  D-amino-acid dehydrogenase  59.95 
 
 		 439 aa  513  1e-144  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5526  D-amino acid dehydrogenase small subunit  58.89 
 
 		 434 aa  513  1e-144  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.46762 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4178  D-amino acid dehydrogenase small subunit  60.34 
 
 		 428 aa  512  1e-144  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.157527  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2240  D-amino acid dehydrogenase small subunit  60.82 
 
 		 428 aa  513  1e-144  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0740  D-amino acid dehydrogenase small subunit  60.14 
 
 		 434 aa  513  1e-144  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.968608  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0585  D-amino acid dehydrogenase small subunit  60.58 
 
 		 428 aa  514  1e-144  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0867  D-amino acid dehydrogenase small subunit  58.47 
 
 		 429 aa  511  1e-144  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.872467  normal  0.695937 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1064  D-amino acid dehydrogenase small subunit  60.58 
 
 		 428 aa  514  1e-144  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0926  D-amino acid dehydrogenase small subunit  58.95 
 
 		 429 aa  510  1e-143  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.531144  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2122  D-amino-acid dehydrogenase  61.88 
 
 		 421 aa  510  1e-143  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.17481  normal  0.029766 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0796  D-amino acid dehydrogenase small subunit  58.47 
 
 		 429 aa  509  1e-143  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.661102  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0408  D-amino acid dehydrogenase small subunit  60.1 
 
 		 428 aa  507  9.999999999999999e-143  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0927  D-amino acid dehydrogenase small subunit  60.1 
 
 		 428 aa  507  9.999999999999999e-143  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1997  D-amino acid dehydrogenase small subunit  58.95 
 
 		 434 aa  504  9.999999999999999e-143  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.990336  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2974  D-amino acid dehydrogenase small subunit  60.1 
 
 		 428 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2925  D-amino acid dehydrogenase small subunit  60.1 
 
 		 428 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0222  D-amino acid dehydrogenase small subunit  60.1 
 
 		 428 aa  507  9.999999999999999e-143  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2551  D-amino acid dehydrogenase small subunit  60.1 
 
 		 428 aa  507  9.999999999999999e-143  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2864  D-amino acid dehydrogenase small subunit  60.1 
 
 		 428 aa  507  9.999999999999999e-143  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.367842  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2361  D-amino acid dehydrogenase small subunit  58.95 
 
 		 434 aa  504  9.999999999999999e-143  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0438978  normal  0.320379 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03073  D-amino acid dehydrogenase small subunit  60.48 
 
 		 428 aa  506  9.999999999999999e-143  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2746  D-amino acid dehydrogenase small subunit  58.71 
 
 		 434 aa  504  1e-141  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0984937  decreased coverage  0.0000603863 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1656  D-amino acid dehydrogenase small subunit  59.38 
 
 		 428 aa  504  1e-141  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2107  D-amino acid dehydrogenase small subunit  58.71 
 
 		 434 aa  503  1e-141  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.625399  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1094  FAD dependent oxidoreductase  61.04 
 
 		 421 aa  500  1e-140  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.293126  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0765  D-amino acid dehydrogenase small subunit  60.55 
 
 		 428 aa  498  1e-140  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.555163 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0558  D-amino-acid dehydrogenase small subunit  57.89 
 
 		 419 aa  494  1e-139  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004326  D-amino acid dehydrogenase small subunit  55.74 
 
 		 418 aa  496  1e-139  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1318  D-amino acid dehydrogenase small subunit  57.04 
 
 		 419 aa  496  1e-139  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2982  D-amino acid dehydrogenase small subunit  59.66 
 
 		 428 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00652065 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2253  D-amino acid dehydrogenase small subunit  57.45 
 
 		 417 aa  491  9.999999999999999e-139  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.299864  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1001  D-amino acid dehydrogenase small subunit  59.55 
 
 		 429 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.835424 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0940  D-amino acid dehydrogenase small subunit  59.95 
 
 		 428 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0944  D-amino acid dehydrogenase small subunit  59.95 
 
 		 428 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.972933  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3994  D-amino acid dehydrogenase small subunit  57.68 
 
 		 441 aa  488  1e-137  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0313  D-amino acid dehydrogenase small subunit  56.25 
 
 		 421 aa  490  1e-137  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1957  D-amino acid dehydrogenase small subunit  57.21 
 
 		 417 aa  487  1e-136  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0791  D-amino acid dehydrogenase small subunit  57.79 
 
 		 417 aa  483  1e-135  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000194872 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2082  D-amino-acid dehydrogenase  56.94 
 
 		 418 aa  481  1e-135  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0152588  normal  0.581205 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1981  D-amino acid dehydrogenase small subunit  56.73 
 
 		 416 aa  482  1e-135  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.200719  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2001  D-amino acid dehydrogenase small subunit  56.25 
 
 		 432 aa  475  1e-133  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.21848  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1941  D-amino acid dehydrogenase small subunit  56.25 
 
 		 432 aa  475  1e-133  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.377151  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1330  D-amino acid dehydrogenase small subunit  56.25 
 
 		 432 aa  475  1e-133  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000545747  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3630  D-amino-acid dehydrogenase  55.77 
 
 		 417 aa  475  1e-133  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000258766 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1945  D-amino acid dehydrogenase small subunit  56.25 
 
 		 432 aa  475  1e-133  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.290196  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1515  D-amino acid dehydrogenase small subunit  56.25 
 
 		 432 aa  475  1e-133  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.684243  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01164  D-amino acid dehydrogenase small subunit  55.37 
 
 		 432 aa  473  1e-132  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000419065  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2459  Methylated-DNA--(protein)-cysteine S-methyltransferase  55.37 
 
 		 432 aa  473  1e-132  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000162707  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1292  D-amino acid dehydrogenase small subunit  55.37 
 
 		 432 aa  473  1e-132  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000190637  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1960  D-amino acid dehydrogenase small subunit  55.37 
 
 		 434 aa  473  1e-132  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00842903  normal  0.752905 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1676  D-amino acid dehydrogenase small subunit  55.37 
 
 		 434 aa  473  1e-132  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000458622  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2436  D-amino acid dehydrogenase small subunit  55.37 
 
 		 432 aa  473  1e-132  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0019507  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1334  D-amino acid dehydrogenase small subunit  55.37 
 
 		 432 aa  473  1e-132  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.000000000195044  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1347  D-amino acid dehydrogenase small subunit  55.37 
 
 		 432 aa  472  1e-132  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.15982  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01174  hypothetical protein  55.37 
 
 		 432 aa  473  1e-132  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000272828  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1924  D-amino acid dehydrogenase small subunit  57.69 
 
 		 435 aa  469  1.0000000000000001e-131  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.385338  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2000  D-amino acid dehydrogenase small subunit  57.45 
 
 		 435 aa  469  1.0000000000000001e-131  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.881788  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2005  D-amino acid dehydrogenase small subunit  57.31 
 
 		 416 aa  471  1.0000000000000001e-131  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.143364  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2363  D-amino acid dehydrogenase small subunit  54.93 
 
 		 432 aa  453  1.0000000000000001e-126  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.28713  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0528  D-amino-acid dehydrogenase  45.48 
 
 		 443 aa  384  1e-105  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.0091768  hitchhiker  0.00000110387 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2864  D-amino-acid dehydrogenase  44.04 
 
 		 417 aa  375  1e-103  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.30815  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0751  D-amino-acid dehydrogenase  44.74 
 
 		 433 aa  375  1e-103  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1813  FAD dependent oxidoreductase  47.47 
 
 		 417 aa  370  1e-101  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3159  D-amino-acid dehydrogenase  45.5 
 
 		 436 aa  371  1e-101  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3886  D-amino-acid dehydrogenase  45.5 
 
 		 436 aa  371  1e-101  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.694538 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3842  D-amino acid dehydrogenase small subunit  45.61 
 
 		 418 aa  368  1e-100  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2380  D-amino-acid dehydrogenase  43.4 
 
 		 428 aa  366  1e-100  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>