More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_3394 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008544  Bcen2424_6641  FAD dependent oxidoreductase  95.89 
 
 
414 aa  793    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6239  FAD dependent oxidoreductase  96.14 
 
 
414 aa  796    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6408  FAD dependent oxidoreductase  95.89 
 
 
414 aa  793    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.874497  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3394  FAD dependent oxidoreductase  100 
 
 
414 aa  850    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.361362 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4473  D-amino-acid dehydrogenase  63.83 
 
 
417 aa  531  1e-149  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0808  D-amino acid dehydrogenase small subunit  44.47 
 
 
416 aa  355  5.999999999999999e-97  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1301  D-amino acid dehydrogenase small subunit  44.72 
 
 
418 aa  352  5e-96  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0866  D-amino acid dehydrogenase small subunit  44.83 
 
 
416 aa  350  2e-95  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0290796  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0924  D-amino acid dehydrogenase small subunit  44.58 
 
 
416 aa  347  2e-94  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3967  D-amino acid dehydrogenase small subunit  42.79 
 
 
433 aa  345  6e-94  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.194472  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0804  D-amino acid dehydrogenase small subunit  43.84 
 
 
433 aa  345  8e-94  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.452249  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1444  D-amino acid dehydrogenase small subunit  43.35 
 
 
416 aa  344  2e-93  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.492956  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4821  D-amino-acid dehydrogenase  44.23 
 
 
419 aa  341  1e-92  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0052408 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70040  D-amino acid dehydrogenase small subunit  41.89 
 
 
432 aa  342  1e-92  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1318  D-amino acid dehydrogenase small subunit  42.27 
 
 
419 aa  341  2e-92  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0245  D-amino acid dehydrogenase small subunit  41.65 
 
 
432 aa  340  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6078  D-amino acid dehydrogenase small subunit  41.65 
 
 
432 aa  340  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4831  D-amino acid dehydrogenase small subunit  43.49 
 
 
416 aa  337  2.9999999999999997e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0419861  normal  0.105025 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4777  D-amino acid dehydrogenase small subunit  42.75 
 
 
416 aa  337  2.9999999999999997e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.565064  normal  0.111911 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5270  D-amino acid dehydrogenase small subunit  41.65 
 
 
434 aa  336  3.9999999999999995e-91  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0829502  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3117  D-amino acid dehydrogenase small subunit  41.89 
 
 
432 aa  336  3.9999999999999995e-91  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.459659  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0200  D-amino acid dehydrogenase small subunit  41.65 
 
 
433 aa  335  5.999999999999999e-91  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00229652 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5180  D-amino acid dehydrogenase small subunit  41.65 
 
 
434 aa  335  7.999999999999999e-91  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0763537 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0101  D-amino acid dehydrogenase, small subunit  41.16 
 
 
433 aa  335  9e-91  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5322  D-amino acid dehydrogenase small subunit  41.65 
 
 
434 aa  335  1e-90  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.116126 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3174  FAD dependent oxidoreductase  41.65 
 
 
418 aa  334  2e-90  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47980  D-amino acid dehydrogenase small subunit  41.89 
 
 
432 aa  334  2e-90  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6079  D-amino acid dehydrogenase small subunit  42.27 
 
 
421 aa  332  6e-90  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1503  D-amino acid dehydrogenase small subunit  41.89 
 
 
425 aa  332  7.000000000000001e-90  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.839298  normal  0.265321 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0235  D-amino acid dehydrogenase small subunit  41.16 
 
 
433 aa  332  8e-90  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0444  D-amino-acid dehydrogenase  41.85 
 
 
434 aa  330  3e-89  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5526  D-amino acid dehydrogenase small subunit  40.19 
 
 
434 aa  330  4e-89  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.46762 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2304  D-amino-acid dehydrogenase  41.55 
 
 
421 aa  329  5.0000000000000004e-89  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.018021 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0558  D-amino-acid dehydrogenase small subunit  40.92 
 
 
419 aa  328  7e-89  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4434  D-amino acid dehydrogenase small subunit  39.23 
 
 
432 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.615719  hitchhiker  0.00000811455 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2093  D-amino acid dehydrogenase small subunit  42.62 
 
 
416 aa  326  4.0000000000000003e-88  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.59754  normal  0.0350619 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3159  D-amino-acid dehydrogenase  41.73 
 
 
436 aa  326  6e-88  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2240  D-amino acid dehydrogenase small subunit  41.93 
 
 
428 aa  325  1e-87  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2389  D-amino-acid dehydrogenase  42.47 
 
 
439 aa  324  1e-87  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3886  D-amino-acid dehydrogenase  41.25 
 
 
436 aa  324  2e-87  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.694538 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1023  D-amino acid dehydrogenase small subunit  40.92 
 
 
428 aa  323  3e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0585  D-amino acid dehydrogenase small subunit  40.92 
 
 
428 aa  322  9.000000000000001e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1064  D-amino acid dehydrogenase small subunit  40.92 
 
 
428 aa  322  9.000000000000001e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0751  D-amino-acid dehydrogenase  40.76 
 
 
433 aa  321  9.999999999999999e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0673  D-amino-acid dehydrogenase  41.13 
 
 
417 aa  320  3.9999999999999996e-86  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.180164  hitchhiker  0.00553067 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0408  D-amino acid dehydrogenase small subunit  41.18 
 
 
428 aa  319  6e-86  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2551  D-amino acid dehydrogenase small subunit  41.18 
 
 
428 aa  319  6e-86  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0222  D-amino acid dehydrogenase small subunit  41.18 
 
 
428 aa  319  6e-86  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0927  D-amino acid dehydrogenase small subunit  41.18 
 
 
428 aa  319  6e-86  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2864  D-amino acid dehydrogenase small subunit  41.18 
 
 
428 aa  319  6e-86  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.367842  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2974  D-amino acid dehydrogenase small subunit  41.18 
 
 
428 aa  318  9e-86  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2925  D-amino acid dehydrogenase small subunit  41.18 
 
 
428 aa  318  9e-86  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4178  D-amino acid dehydrogenase small subunit  40.44 
 
 
428 aa  317  2e-85  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.157527  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0528  D-amino-acid dehydrogenase  40.86 
 
 
443 aa  318  2e-85  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.0091768  hitchhiker  0.00000110387 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004326  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.44 
 
 
418 aa  318  2e-85  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4507  D-amino acid dehydrogenase small subunit  39.95 
 
 
439 aa  316  6e-85  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.251273 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1094  FAD dependent oxidoreductase  42.5 
 
 
421 aa  315  7e-85  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.293126  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1656  D-amino acid dehydrogenase small subunit  40.69 
 
 
428 aa  314  1.9999999999999998e-84  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1546  FAD dependent oxidoreductase  42.79 
 
 
419 aa  313  2.9999999999999996e-84  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3994  D-amino acid dehydrogenase small subunit  41.25 
 
 
441 aa  312  9e-84  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3630  D-amino-acid dehydrogenase  38.41 
 
 
417 aa  310  2e-83  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000258766 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1997  D-amino acid dehydrogenase small subunit  39.28 
 
 
434 aa  309  6.999999999999999e-83  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.990336  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2107  D-amino acid dehydrogenase small subunit  39.28 
 
 
434 aa  309  6.999999999999999e-83  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.625399  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2361  D-amino acid dehydrogenase small subunit  39.28 
 
 
434 aa  309  6.999999999999999e-83  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0438978  normal  0.320379 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2082  D-amino-acid dehydrogenase  39.04 
 
 
418 aa  308  9e-83  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0152588  normal  0.581205 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03073  D-amino acid dehydrogenase small subunit  39.52 
 
 
428 aa  308  1.0000000000000001e-82  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0313  D-amino acid dehydrogenase small subunit  39.51 
 
 
421 aa  307  2.0000000000000002e-82  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2122  D-amino-acid dehydrogenase  42.03 
 
 
421 aa  307  2.0000000000000002e-82  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.17481  normal  0.029766 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2746  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.55 
 
 
434 aa  308  2.0000000000000002e-82  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0984937  decreased coverage  0.0000603863 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2864  D-amino-acid dehydrogenase  39.23 
 
 
417 aa  305  8.000000000000001e-82  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.30815  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0791  D-amino acid dehydrogenase small subunit  40.89 
 
 
417 aa  305  1.0000000000000001e-81  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000194872 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3842  D-amino acid dehydrogenase small subunit  39.51 
 
 
418 aa  304  2.0000000000000002e-81  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2547  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.2 
 
 
434 aa  304  2.0000000000000002e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2380  D-amino-acid dehydrogenase  39.01 
 
 
428 aa  304  2.0000000000000002e-81  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0765  D-amino acid dehydrogenase small subunit  41.67 
 
 
428 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.555163 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0867  D-amino acid dehydrogenase small subunit  39.04 
 
 
429 aa  303  4.0000000000000003e-81  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.872467  normal  0.695937 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0740  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.69 
 
 
434 aa  303  5.000000000000001e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.968608  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2982  D-amino acid dehydrogenase small subunit  40.05 
 
 
428 aa  301  1e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00652065 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1001  D-amino acid dehydrogenase small subunit  39.8 
 
 
429 aa  301  1e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.835424 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0926  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.63 
 
 
429 aa  301  2e-80  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.531144  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0796  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.55 
 
 
429 aa  301  2e-80  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.661102  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0944  D-amino acid dehydrogenase small subunit  40.65 
 
 
428 aa  300  4e-80  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.972933  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0940  D-amino acid dehydrogenase small subunit  40.65 
 
 
428 aa  299  5e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1960  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.11 
 
 
434 aa  299  6e-80  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00842903  normal  0.752905 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1676  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.11 
 
 
434 aa  299  6e-80  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000458622  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01164  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.11 
 
 
432 aa  299  7e-80  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000419065  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2459  Methylated-DNA--(protein)-cysteine S-methyltransferase  37.11 
 
 
432 aa  299  7e-80  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000162707  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01174  hypothetical protein  37.11 
 
 
432 aa  299  7e-80  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000272828  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1334  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.11 
 
 
432 aa  299  7e-80  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.000000000195044  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2436  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.11 
 
 
432 aa  299  7e-80  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0019507  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1292  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.11 
 
 
432 aa  299  7e-80  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000190637  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1347  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.11 
 
 
432 aa  298  8e-80  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.15982  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1330  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.99 
 
 
432 aa  298  1e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000545747  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1945  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.99 
 
 
432 aa  298  1e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.290196  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1515  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.75 
 
 
432 aa  297  3e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.684243  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1941  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.75 
 
 
432 aa  297  3e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.377151  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2001  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.75 
 
 
432 aa  297  3e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.21848  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1408  D-amino-acid dehydrogenase  40.53 
 
 
422 aa  295  9e-79  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1813  FAD dependent oxidoreductase  42.07 
 
 
417 aa  291  2e-77  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0369  D-amino-acid dehydrogenase  39.33 
 
 
421 aa  290  3e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.621585  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>