More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A1546 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A1546  FAD dependent oxidoreductase  100 
 
 		 419 aa  833    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0751  D-amino-acid dehydrogenase  51.53 
 
 		 433 aa  401  1e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0804  D-amino acid dehydrogenase small subunit  49.88 
 
 		 433 aa  389  1e-107  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.452249  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3159  D-amino-acid dehydrogenase  51.06 
 
 		 436 aa  390  1e-107  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3886  D-amino-acid dehydrogenase  50.59 
 
 		 436 aa  388  1e-106  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.694538 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0673  D-amino-acid dehydrogenase  49.29 
 
 		 417 aa  385  1e-106  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.180164  hitchhiker  0.00553067 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0528  D-amino-acid dehydrogenase  49.53 
 
 		 443 aa  385  1e-105  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.0091768  hitchhiker  0.00000110387 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4821  D-amino-acid dehydrogenase  50.24 
 
 		 419 aa  380  1e-104  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0052408 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4507  D-amino acid dehydrogenase small subunit  48.96 
 
 		 439 aa  380  1e-104  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.251273 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2380  D-amino-acid dehydrogenase  49.65 
 
 		 428 aa  376  1e-103  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2304  D-amino-acid dehydrogenase  47.62 
 
 		 421 aa  373  1e-102  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.018021 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3842  D-amino acid dehydrogenase small subunit  51.46 
 
 		 418 aa  369  1e-101  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0808  D-amino acid dehydrogenase small subunit  48.69 
 
 		 416 aa  371  1e-101  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4777  D-amino acid dehydrogenase small subunit  46.06 
 
 		 416 aa  363  2e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.565064  normal  0.111911 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6079  D-amino acid dehydrogenase small subunit  45.58 
 
 		 421 aa  363  4e-99  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3174  FAD dependent oxidoreductase  45.58 
 
 		 418 aa  362  5.0000000000000005e-99  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4831  D-amino acid dehydrogenase small subunit  45.82 
 
 		 416 aa  362  8e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0419861  normal  0.105025 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2122  D-amino-acid dehydrogenase  49.14 
 
 		 421 aa  359  4e-98  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.17481  normal  0.029766 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2864  D-amino-acid dehydrogenase  46.43 
 
 		 417 aa  358  9.999999999999999e-98  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.30815  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1094  FAD dependent oxidoreductase  49.51 
 
 		 421 aa  357  1.9999999999999998e-97  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.293126  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1503  D-amino acid dehydrogenase small subunit  45.82 
 
 		 425 aa  355  5.999999999999999e-97  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.839298  normal  0.265321 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3842  D-amino acid dehydrogenase small subunit  49.01 
 
 		 436 aa  355  5.999999999999999e-97  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.190955  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1444  D-amino acid dehydrogenase small subunit  45.35 
 
 		 416 aa  354  1e-96  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.492956  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3113  D-amino acid dehydrogenase small subunit  49.01 
 
 		 436 aa  353  2e-96  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0866  D-amino acid dehydrogenase small subunit  45.28 
 
 		 416 aa  353  5e-96  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0290796  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1301  D-amino acid dehydrogenase small subunit  45.82 
 
 		 418 aa  352  1e-95  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2093  D-amino acid dehydrogenase small subunit  45.82 
 
 		 416 aa  352  1e-95  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.59754  normal  0.0350619 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1408  D-amino-acid dehydrogenase  51.08 
 
 		 422 aa  351  2e-95  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1318  D-amino acid dehydrogenase small subunit  45.24 
 
 		 419 aa  350  2e-95  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0313  D-amino acid dehydrogenase small subunit  45.11 
 
 		 421 aa  350  3e-95  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0924  D-amino acid dehydrogenase small subunit  45.05 
 
 		 416 aa  350  4e-95  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3117  D-amino acid dehydrogenase small subunit  48.12 
 
 		 432 aa  350  4e-95  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.459659  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70040  D-amino acid dehydrogenase small subunit  45.26 
 
 		 432 aa  348  1e-94  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6078  D-amino acid dehydrogenase small subunit  45.26 
 
 		 432 aa  347  2e-94  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3967  D-amino acid dehydrogenase small subunit  46.68 
 
 		 433 aa  345  1e-93  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.194472  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0245  D-amino acid dehydrogenase small subunit  45.35 
 
 		 432 aa  342  7e-93  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004326  D-amino acid dehydrogenase small subunit  42.38 
 
 		 418 aa  340  4e-92  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0158  D-amino acid dehydrogenase subunit  42.33 
 
 		 443 aa  338  7e-92  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000347437 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0444  D-amino-acid dehydrogenase  45.35 
 
 		 434 aa  338  9e-92  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0101  D-amino acid dehydrogenase, small subunit  44.39 
 
 		 433 aa  338  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2240  D-amino acid dehydrogenase small subunit  44.96 
 
 		 428 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0168  D-amino-acid dehydrogenase  41.65 
 
 		 439 aa  337  1.9999999999999998e-91  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0867  D-amino acid dehydrogenase small subunit  43.97 
 
 		 429 aa  337  2.9999999999999997e-91  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.872467  normal  0.695937 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1023  D-amino acid dehydrogenase small subunit  43.94 
 
 		 428 aa  336  3.9999999999999995e-91  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0796  D-amino acid dehydrogenase small subunit  43.74 
 
 		 429 aa  336  3.9999999999999995e-91  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.661102  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0235  D-amino acid dehydrogenase small subunit  44.87 
 
 		 433 aa  336  5e-91  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5180  D-amino acid dehydrogenase small subunit  44.39 
 
 		 434 aa  335  7e-91  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0763537 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5526  D-amino acid dehydrogenase small subunit  43.68 
 
 		 434 aa  335  9e-91  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.46762 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0200  D-amino acid dehydrogenase small subunit  44.39 
 
 		 433 aa  335  1e-90  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00229652 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0585  D-amino acid dehydrogenase small subunit  43.94 
 
 		 428 aa  335  1e-90  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1064  D-amino acid dehydrogenase small subunit  43.94 
 
 		 428 aa  335  1e-90  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47980  D-amino acid dehydrogenase small subunit  45.15 
 
 		 432 aa  333  2e-90  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3994  D-amino acid dehydrogenase small subunit  46.01 
 
 		 441 aa  334  2e-90  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0791  D-amino acid dehydrogenase small subunit  44.76 
 
 		 417 aa  333  3e-90  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000194872 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5322  D-amino acid dehydrogenase small subunit  44.15 
 
 		 434 aa  333  3e-90  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.116126 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5270  D-amino acid dehydrogenase small subunit  43.91 
 
 		 434 aa  333  4e-90  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0829502  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4178  D-amino acid dehydrogenase small subunit  43.47 
 
 		 428 aa  331  2e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.157527  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3630  D-amino-acid dehydrogenase  42.04 
 
 		 417 aa  330  4e-89  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000258766 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3520  D-amino-acid dehydrogenase  45.69 
 
 		 444 aa  328  1.0000000000000001e-88  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.553559  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2389  D-amino-acid dehydrogenase  43.13 
 
 		 439 aa  328  1.0000000000000001e-88  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0558  D-amino-acid dehydrogenase small subunit  42.38 
 
 		 419 aa  327  2.0000000000000001e-88  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2746  D-amino acid dehydrogenase small subunit  42.28 
 
 		 434 aa  327  3e-88  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0984937  decreased coverage  0.0000603863 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4434  D-amino acid dehydrogenase small subunit  41.65 
 
 		 432 aa  326  4.0000000000000003e-88  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.615719  hitchhiker  0.00000811455 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0740  D-amino acid dehydrogenase small subunit  42.96 
 
 		 434 aa  326  4.0000000000000003e-88  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.968608  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0408  D-amino acid dehydrogenase small subunit  43.66 
 
 		 428 aa  325  7e-88  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0222  D-amino acid dehydrogenase small subunit  43.66 
 
 		 428 aa  325  7e-88  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2551  D-amino acid dehydrogenase small subunit  43.66 
 
 		 428 aa  325  7e-88  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0927  D-amino acid dehydrogenase small subunit  43.66 
 
 		 428 aa  325  7e-88  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2864  D-amino acid dehydrogenase small subunit  43.66 
 
 		 428 aa  325  7e-88  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.367842  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2974  D-amino acid dehydrogenase small subunit  43.66 
 
 		 428 aa  325  8.000000000000001e-88  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2925  D-amino acid dehydrogenase small subunit  43.66 
 
 		 428 aa  325  8.000000000000001e-88  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03073  D-amino acid dehydrogenase small subunit  45.35 
 
 		 428 aa  325  9e-88  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1656  D-amino acid dehydrogenase small subunit  43.66 
 
 		 428 aa  324  1e-87  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2000  D-amino acid dehydrogenase small subunit  43.5 
 
 		 435 aa  325  1e-87  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.881788  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1924  D-amino acid dehydrogenase small subunit  43.5 
 
 		 435 aa  323  3e-87  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.385338  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1997  D-amino acid dehydrogenase small subunit  42.14 
 
 		 434 aa  323  3e-87  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.990336  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2107  D-amino acid dehydrogenase small subunit  42.14 
 
 		 434 aa  323  3e-87  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.625399  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2361  D-amino acid dehydrogenase small subunit  42.14 
 
 		 434 aa  323  3e-87  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0438978  normal  0.320379 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0926  D-amino acid dehydrogenase small subunit  42.45 
 
 		 429 aa  322  9.999999999999999e-87  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.531144  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1957  D-amino acid dehydrogenase small subunit  41.43 
 
 		 417 aa  322  9.999999999999999e-87  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0765  D-amino acid dehydrogenase small subunit  44.36 
 
 		 428 aa  321  1.9999999999999998e-86  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.555163 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2253  D-amino acid dehydrogenase small subunit  41.47 
 
 		 417 aa  320  3.9999999999999996e-86  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.299864  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2547  D-amino acid dehydrogenase small subunit  42.49 
 
 		 434 aa  319  5e-86  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2982  D-amino acid dehydrogenase small subunit  43.63 
 
 		 428 aa  319  5e-86  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00652065 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1001  D-amino acid dehydrogenase small subunit  43.58 
 
 		 429 aa  319  6e-86  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.835424 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0944  D-amino acid dehydrogenase small subunit  43.98 
 
 		 428 aa  318  1e-85  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.972933  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0940  D-amino acid dehydrogenase small subunit  43.98 
 
 		 428 aa  318  1e-85  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1813  FAD dependent oxidoreductase  43.6 
 
 		 417 aa  316  6e-85  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01164  D-amino acid dehydrogenase small subunit  40.86 
 
 		 432 aa  313  2.9999999999999996e-84  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000419065  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2459  Methylated-DNA--(protein)-cysteine S-methyltransferase  40.86 
 
 		 432 aa  313  2.9999999999999996e-84  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000162707  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1981  D-amino acid dehydrogenase small subunit  40.57 
 
 		 416 aa  313  2.9999999999999996e-84  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.200719  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1960  D-amino acid dehydrogenase small subunit  40.86 
 
 		 434 aa  313  2.9999999999999996e-84  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00842903  normal  0.752905 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1334  D-amino acid dehydrogenase small subunit  40.86 
 
 		 432 aa  313  2.9999999999999996e-84  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.000000000195044  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1292  D-amino acid dehydrogenase small subunit  40.86 
 
 		 432 aa  313  2.9999999999999996e-84  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000190637  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01174  hypothetical protein  40.86 
 
 		 432 aa  313  2.9999999999999996e-84  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000272828  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2005  D-amino acid dehydrogenase small subunit  42.86 
 
 		 416 aa  313  2.9999999999999996e-84  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.143364  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2436  D-amino acid dehydrogenase small subunit  40.86 
 
 		 432 aa  313  2.9999999999999996e-84  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0019507  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1676  D-amino acid dehydrogenase small subunit  40.86 
 
 		 434 aa  313  2.9999999999999996e-84  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000458622  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3394  FAD dependent oxidoreductase  42.79 
 
 		 414 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.361362 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1347  D-amino acid dehydrogenase small subunit  40.86 
 
 		 432 aa  313  3.9999999999999997e-84  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.15982  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>