More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_4417 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010678  Rpic_4307  D-amino acid dehydrogenase small subunit  100 
 
 		 417 aa  859    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4417  D-amino acid dehydrogenase small subunit  100 
 
 		 417 aa  859    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0828859  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3726  D-amino acid dehydrogenase small subunit  71.7 
 
 		 416 aa  625  1e-178  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1542  D-amino acid dehydrogenase small subunit  65.53 
 
 		 420 aa  550  1e-155  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.224585  normal  0.0396544 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0404  D-amino acid dehydrogenase small subunit  65 
 
 		 409 aa  528  1e-149  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5580  D-amino acid dehydrogenase small subunit  63.26 
 
 		 422 aa  530  1e-149  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1348  D-amino acid dehydrogenase small subunit  63.84 
 
 		 403 aa  526  1e-148  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0107564  normal  0.0434292 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4194  D-amino acid dehydrogenase small subunit  61.8 
 
 		 419 aa  518  1e-146  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1124  D-amino acid dehydrogenase small subunit  60.44 
 
 		 411 aa  499  1e-140  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.548821 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0183  D-amino acid dehydrogenase small subunit  54.99 
 
 		 433 aa  444  1e-123  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.618165  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1408  D-amino-acid dehydrogenase  39.42 
 
 		 422 aa  281  1e-74  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3842  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.76 
 
 		 418 aa  253  5.000000000000001e-66  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4507  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.43 
 
 		 439 aa  250  3e-65  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.251273 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2864  D-amino-acid dehydrogenase  36.45 
 
 		 417 aa  249  9e-65  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.30815  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0148  D-amino-acid dehydrogenase  36.66 
 
 		 445 aa  248  2e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.739629  normal  0.382397 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_5009  D-amino-acid dehydrogenase  35.35 
 
 		 448 aa  248  2e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.435309  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2380  D-amino-acid dehydrogenase  35.51 
 
 		 428 aa  247  3e-64  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0528  D-amino-acid dehydrogenase  36.88 
 
 		 443 aa  246  4.9999999999999997e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.0091768  hitchhiker  0.00000110387 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1444  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.52 
 
 		 416 aa  245  9.999999999999999e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.492956  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0751  D-amino-acid dehydrogenase  34.6 
 
 		 433 aa  241  2e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0168  D-amino-acid dehydrogenase  33.87 
 
 		 439 aa  240  2.9999999999999997e-62  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3159  D-amino-acid dehydrogenase  35.41 
 
 		 436 aa  239  5e-62  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2082  D-amino-acid dehydrogenase  34.38 
 
 		 418 aa  239  5e-62  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0152588  normal  0.581205 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0158  D-amino acid dehydrogenase subunit  33.26 
 
 		 443 aa  239  5.999999999999999e-62  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000347437 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3886  D-amino-acid dehydrogenase  35.17 
 
 		 436 aa  239  5.999999999999999e-62  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.694538 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1318  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.49 
 
 		 419 aa  237  2e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2093  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.9 
 
 		 416 aa  236  4e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.59754  normal  0.0350619 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4777  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.84 
 
 		 416 aa  236  5.0000000000000005e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.565064  normal  0.111911 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3630  D-amino-acid dehydrogenase  34.53 
 
 		 417 aa  236  6e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000258766 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0094  D-amino-acid dehydrogenase  34.32 
 
 		 455 aa  235  1.0000000000000001e-60  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.79359 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0131  D-amino-acid dehydrogenase  35.35 
 
 		 444 aa  234  2.0000000000000002e-60  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.814059  normal  0.406976 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0866  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.46 
 
 		 416 aa  232  1e-59  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0290796  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0804  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.52 
 
 		 433 aa  231  2e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.452249  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0924  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.46 
 
 		 416 aa  229  5e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0071  D-amino-acid dehydrogenase  34.19 
 
 		 454 aa  227  2e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4831  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.37 
 
 		 416 aa  226  4e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0419861  normal  0.105025 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0090  D-amino-acid dehydrogenase  33.95 
 
 		 446 aa  225  1e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1546  FAD dependent oxidoreductase  35.39 
 
 		 419 aa  225  1e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4821  D-amino-acid dehydrogenase  33.57 
 
 		 419 aa  224  2e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0052408 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1981  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.2 
 
 		 416 aa  224  3e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.200719  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6079  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.98 
 
 		 421 aa  219  5e-56  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47980  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.33 
 
 		 432 aa  219  7.999999999999999e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3659  FAD dependent oxidoreductase  33.8 
 
 		 423 aa  218  1e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2122  D-amino-acid dehydrogenase  34.99 
 
 		 421 aa  218  2e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.17481  normal  0.029766 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2304  D-amino-acid dehydrogenase  33.65 
 
 		 421 aa  218  2e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.018021 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3967  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.55 
 
 		 433 aa  217  2.9999999999999998e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.194472  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1957  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.65 
 
 		 417 aa  217  2.9999999999999998e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4434  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.14 
 
 		 432 aa  216  4e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.615719  hitchhiker  0.00000811455 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0558  D-amino-acid dehydrogenase small subunit  32.94 
 
 		 419 aa  216  7e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2240  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.44 
 
 		 428 aa  216  8e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0948  D-amino-acid dehydrogenase  33.96 
 
 		 435 aa  216  9e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3520  D-amino-acid dehydrogenase  33.49 
 
 		 444 aa  216  9e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.553559  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1094  FAD dependent oxidoreductase  33.91 
 
 		 421 aa  215  9.999999999999999e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.293126  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2253  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.57 
 
 		 417 aa  215  9.999999999999999e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.299864  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4178  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.44 
 
 		 428 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.157527  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0313  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.85 
 
 		 421 aa  214  1.9999999999999998e-54  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1023  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.44 
 
 		 428 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2746  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.73 
 
 		 434 aa  214  2.9999999999999995e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0984937  decreased coverage  0.0000603863 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0585  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.92 
 
 		 428 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1064  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.92 
 
 		 428 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4229  D-amino-acid dehydrogenase  33.65 
 
 		 415 aa  213  5.999999999999999e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.825619  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0808  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.52 
 
 		 416 aa  212  7.999999999999999e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3994  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.46 
 
 		 441 aa  212  1e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3842  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.19 
 
 		 436 aa  212  1e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.190955  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0886  FAD dependent oxidoreductase  35.51 
 
 		 439 aa  212  1e-53  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.204512 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3174  FAD dependent oxidoreductase  33.25 
 
 		 418 aa  211  2e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3113  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.19 
 
 		 436 aa  211  2e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1001  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.37 
 
 		 429 aa  211  2e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.835424 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1301  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.77 
 
 		 418 aa  211  2e-53  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2107  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.7 
 
 		 434 aa  210  4e-53  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.625399  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1997  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.7 
 
 		 434 aa  210  5e-53  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.990336  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2361  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.7 
 
 		 434 aa  210  5e-53  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0438978  normal  0.320379 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3117  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.92 
 
 		 432 aa  209  7e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.459659  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1330  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.37 
 
 		 432 aa  208  1e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000545747  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1945  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.37 
 
 		 432 aa  208  1e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.290196  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1515  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.37 
 
 		 432 aa  208  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.684243  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2982  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.12 
 
 		 428 aa  208  2e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00652065 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2001  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.37 
 
 		 432 aa  208  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.21848  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0791  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.53 
 
 		 417 aa  208  2e-52  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000194872 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1941  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.37 
 
 		 432 aa  208  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.377151  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6239  FAD dependent oxidoreductase  32.69 
 
 		 414 aa  206  4e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6641  FAD dependent oxidoreductase  32.69 
 
 		 414 aa  207  4e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6408  FAD dependent oxidoreductase  32.69 
 
 		 414 aa  207  4e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.874497  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3394  FAD dependent oxidoreductase  32.45 
 
 		 414 aa  207  4e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.361362 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004326  D-amino acid dehydrogenase small subunit  31.49 
 
 		 418 aa  206  5e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1656  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.2 
 
 		 428 aa  206  6e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2974  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.36 
 
 		 428 aa  206  7e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2925  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.36 
 
 		 428 aa  206  7e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01164  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.46 
 
 		 432 aa  205  1e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000419065  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2459  Methylated-DNA--(protein)-cysteine S-methyltransferase  32.46 
 
 		 432 aa  205  1e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000162707  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2436  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.46 
 
 		 432 aa  205  1e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0019507  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1960  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.46 
 
 		 434 aa  205  1e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00842903  normal  0.752905 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1334  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.46 
 
 		 432 aa  205  1e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.000000000195044  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1676  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.46 
 
 		 434 aa  205  1e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000458622  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01174  hypothetical protein  32.46 
 
 		 432 aa  205  1e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000272828  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1292  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.46 
 
 		 432 aa  205  1e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000190637  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0408  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.2 
 
 		 428 aa  204  2e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2547  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.1 
 
 		 434 aa  204  2e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2864  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.2 
 
 		 428 aa  204  2e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.367842  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2551  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.2 
 
 		 428 aa  204  2e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>