More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4860 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008688  Pden_4860  D-amino-acid dehydrogenase  100 
 
 		 406 aa  807    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.643864 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3864  D-amino-acid dehydrogenase  75.49 
 
 		 413 aa  572  1.0000000000000001e-162  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3200  D-amino acid dehydrogenase small subunit  56.56 
 
 		 428 aa  437  1e-121  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0905906  normal  0.889782 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1110  D-amino-acid dehydrogenase  50.12 
 
 		 420 aa  393  1e-108  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1727  putative D-amino acid dehydrogenase, small subunit  50.62 
 
 		 420 aa  390  1e-107  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3322  FAD dependent oxidoreductase  47.94 
 
 		 435 aa  352  7e-96  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3464  FAD dependent oxidoreductase  44.88 
 
 		 416 aa  308  8e-83  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.135026 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2064  FAD dependent oxidoreductase  45.74 
 
 		 422 aa  293  3e-78  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0107883  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6265  FAD dependent oxidoreductase  38.78 
 
 		 413 aa  292  7e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00674063  normal  0.363363 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4843  FAD dependent oxidoreductase  40 
 
 		 416 aa  289  7e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.570392  normal  0.0122538 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1416  D-amino-acid dehydrogenase  39.35 
 
 		 424 aa  281  1e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000529434  normal  0.0258271 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2360  D-amino-acid dehydrogenase  38.48 
 
 		 446 aa  279  6e-74  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0223413  normal  0.51106 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0116  D-amino-acid dehydrogenase  38.14 
 
 		 416 aa  266  5e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.658269  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4364  FAD dependent oxidoreductase  38.74 
 
 		 431 aa  263  3e-69  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2820  FAD dependent oxidoreductase  37.32 
 
 		 432 aa  262  8e-69  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00368627  normal  0.483121 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1843  FAD dependent oxidoreductase  39.47 
 
 		 420 aa  260  3e-68  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1764  D-amino-acid dehydrogenase  37.95 
 
 		 422 aa  260  4e-68  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.124563  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0395  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.22 
 
 		 421 aa  259  4e-68  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1533  D-amino-acid dehydrogenase  40.33 
 
 		 428 aa  256  6e-67  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000097225  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1706  FAD dependent oxidoreductase  36.75 
 
 		 420 aa  253  4.0000000000000004e-66  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.612598  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0106  FAD dependent oxidoreductase  36.93 
 
 		 416 aa  248  2e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0507  amino acid dehydrogenase transmembrane protein  37.41 
 
 		 423 aa  246  4.9999999999999997e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.133123 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0398  FAD dependent oxidoreductase  36.08 
 
 		 427 aa  241  2e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.588797 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4261  FAD dependent oxidoreductase  37.65 
 
 		 423 aa  239  5.999999999999999e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0383  FAD dependent oxidoreductase  35.84 
 
 		 427 aa  238  1e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0203  FAD dependent oxidoreductase  35.99 
 
 		 430 aa  236  4e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2554  D-amino-acid dehydrogenase  40.33 
 
 		 434 aa  236  4e-61  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.100435  hitchhiker  0.00601757 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0240  FAD dependent oxidoreductase  37.83 
 
 		 425 aa  228  2e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1613  FAD dependent oxidoreductase  36.98 
 
 		 414 aa  225  9e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3651  FAD dependent oxidoreductase  38.57 
 
 		 426 aa  224  2e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.02824  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6396  FAD dependent oxidoreductase  35.08 
 
 		 424 aa  224  2e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003672  D-amino acid dehydrogenase family protein in hydroxy-L-proline catabolic cluster  33.09 
 
 		 405 aa  220  3e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3227  FAD dependent oxidoreductase  34.67 
 
 		 430 aa  220  3.9999999999999997e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5338  FAD dependent oxidoreductase  33.82 
 
 		 409 aa  219  6e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.18927  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0990  D-amino-acid dehydrogenase  36.78 
 
 		 413 aa  219  8.999999999999998e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0793  D-amino-acid dehydrogenase  36.45 
 
 		 438 aa  217  2.9999999999999998e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.186326  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5266  FAD dependent oxidoreductase  34.42 
 
 		 427 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.600372  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2316  D-amino acid dehydrogenase  36.52 
 
 		 413 aa  215  9.999999999999999e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.944178  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3676  D-amino-acid dehydrogenase  36.75 
 
 		 432 aa  214  1.9999999999999998e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1866  FAD dependent oxidoreductase  35.15 
 
 		 434 aa  212  9e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.619946  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6455  FAD dependent oxidoreductase  36.27 
 
 		 409 aa  211  3e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.470028  normal  0.375061 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1447  putative D-amino acid dehydrogenase, small subunit  31.8 
 
 		 427 aa  210  3e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.272098  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2746  oxidoreductase, FAD-dependent  32.84 
 
 		 416 aa  207  3e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.381224  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2880  FAD dependent oxidoreductase  32.35 
 
 		 412 aa  207  3e-52  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.402173  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6619  FAD dependent oxidoreductase  34.55 
 
 		 410 aa  204  2e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.664029 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1255  FAD dependent oxidoreductase  35.85 
 
 		 415 aa  204  3e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.621856  normal  0.317392 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1282  FAD dependent oxidoreductase  35.85 
 
 		 415 aa  203  6e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.783246  normal  0.547311 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2708  D-amino-acid dehydrogenase  35.11 
 
 		 440 aa  201  9.999999999999999e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5589  D-amino-acid dehydrogenase  34.84 
 
 		 418 aa  201  3e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0932448  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4136  FAD dependent oxidoreductase  35.12 
 
 		 415 aa  201  3e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1434  D-amino-acid dehydrogenase  34.56 
 
 		 409 aa  199  9e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.221465  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6394  D-amino-acid dehydrogenase  34.56 
 
 		 409 aa  199  9e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4074  FAD dependent oxidoreductase  34.05 
 
 		 419 aa  198  1.0000000000000001e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1410  D-amino-acid dehydrogenase  31.86 
 
 		 415 aa  195  1e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.320893  normal  0.0817919 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1259  putative D-amino-acid dehydrogenase, FAD dependent  32.29 
 
 		 435 aa  194  3e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00889371 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3970  FAD dependent oxidoreductase  33.42 
 
 		 411 aa  191  1e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1218  FAD dependent oxidoreductase  32.18 
 
 		 415 aa  189  5.999999999999999e-47  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0064  FAD dependent oxidoreductase  33.74 
 
 		 416 aa  189  8e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.711671  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3847  FAD dependent oxidoreductase  31.62 
 
 		 411 aa  188  2e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0355  D-amino-acid dehydrogenase  30.41 
 
 		 415 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3636  FAD dependent oxidoreductase  34.29 
 
 		 423 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0728154 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4901  FAD dependent oxidoreductase  31.31 
 
 		 416 aa  184  3e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3824  FAD dependent oxidoreductase  31.31 
 
 		 416 aa  184  3e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2305  D-amino-acid dehydrogenase  34.32 
 
 		 420 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.467185  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3709  FAD dependent oxidoreductase  29.83 
 
 		 416 aa  182  7e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.189981  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3955  FAD dependent oxidoreductase  31.3 
 
 		 411 aa  181  1e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2811  FAD dependent oxidoreductase  30.94 
 
 		 414 aa  180  4.999999999999999e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.630542  normal  0.814601 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4295  FAD dependent oxidoreductase  34.62 
 
 		 417 aa  177  4e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000269255  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1652  D-amino-acid dehydrogenase  33.25 
 
 		 418 aa  176  5e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.205537  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0725  D-amino-acid dehydrogenase  33.81 
 
 		 414 aa  176  7e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0605876  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3940  D-amino-acid dehydrogenase  33.33 
 
 		 414 aa  176  9e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.401149  hitchhiker  0.00412438 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0474  FAD dependent oxidoreductase  27.92 
 
 		 421 aa  176  9.999999999999999e-43  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2537  FAD dependent oxidoreductase  33.33 
 
 		 414 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.654937  normal  0.300039 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0742  FAD dependent oxidoreductase  33.57 
 
 		 414 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0018802 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5465  FAD dependent oxidoreductase  31.4 
 
 		 410 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0375458 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0630  amino acid dehydrogenase, putative  28.88 
 
 		 416 aa  173  3.9999999999999995e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.131096  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3596  FAD dependent oxidoreductase  30.29 
 
 		 414 aa  173  5e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.953552  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2176  FAD dependent oxidoreductase  30.29 
 
 		 414 aa  173  5e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0832957  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0367  D-amino-acid dehydrogenase  33.57 
 
 		 414 aa  173  5e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0850  D-amino-acid dehydrogenase  33.57 
 
 		 414 aa  173  5e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.173092  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2320  FAD dependent oxidoreductase  29.81 
 
 		 414 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.63288  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3648  D-amino-acid dehydrogenase  31.55 
 
 		 417 aa  172  1e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.581265 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2698  D-amino-acid dehydrogenase  32.13 
 
 		 433 aa  172  1e-41  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2070  FAD dependent oxidoreductase  32.13 
 
 		 413 aa  171  2e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0259945 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0822  FAD dependent oxidoreductase  33.57 
 
 		 414 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.193909  normal  0.0469773 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3967  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.43 
 
 		 433 aa  170  5e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.194472  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0499  FAD dependent oxidoreductase  31.59 
 
 		 415 aa  169  9e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0592  putative amino acid dehydrogenase  28.64 
 
 		 416 aa  168  1e-40  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4831  D-amino acid dehydrogenase small subunit  30.77 
 
 		 416 aa  169  1e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0419861  normal  0.105025 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0799  D-amino-acid dehydrogenase  31.22 
 
 		 410 aa  168  1e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.491257 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1816  D-amino-acid dehydrogenase  30.83 
 
 		 417 aa  169  1e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.230934  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0900  FAD dependent oxidoreductase  28.09 
 
 		 417 aa  169  1e-40  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1655  D-amino-acid dehydrogenase  30.05 
 
 		 414 aa  168  2e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0719166  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4777  D-amino acid dehydrogenase small subunit  30.77 
 
 		 416 aa  168  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.565064  normal  0.111911 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4442  D-amino-acid dehydrogenase  30.86 
 
 		 413 aa  167  2e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000997757 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0428  FAD dependent oxidoreductase  30.57 
 
 		 415 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.163324 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2282  FAD dependent oxidoreductase  31.89 
 
 		 417 aa  167  4e-40  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.877617  normal  0.634031 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0342  FAD dependent oxidoreductase  29.62 
 
 		 417 aa  167  4e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.413406  normal  0.188233 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0396  FAD dependent oxidoreductase  29.62 
 
 		 415 aa  166  9e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.128604 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2093  D-amino acid dehydrogenase small subunit  31.25 
 
 		 416 aa  166  9e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.59754  normal  0.0350619 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>