More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_0499 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_0499  FAD dependent oxidoreductase  100 
 
 		 415 aa  818    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0813  FAD dependent oxidoreductase  39.95 
 
 		 441 aa  325  1e-87  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5571  FAD dependent oxidoreductase  40.1 
 
 		 415 aa  315  9.999999999999999e-85  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.0000397488  normal  0.22054 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3545  D-amino acid dehydrogenase  36.1 
 
 		 462 aa  311  1e-83  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1477  FAD dependent oxidoreductase  39.95 
 
 		 420 aa  308  1.0000000000000001e-82  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.699089  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5199  FAD dependent oxidoreductase  41.97 
 
 		 440 aa  291  2e-77  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.494361 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4274  FAD dependent oxidoreductase  36.47 
 
 		 418 aa  275  2.0000000000000002e-72  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01910  D-amino acid dehydrogenase subunit  41.29 
 
 		 416 aa  260  3e-68  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.492063  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2712  FAD dependent oxidoreductase  38.29 
 
 		 415 aa  257  3e-67  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3032  FAD dependent oxidoreductase  34.41 
 
 		 437 aa  248  2e-64  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.451614  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2256  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.26 
 
 		 428 aa  220  3.9999999999999997e-56  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000681381  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0369  D-amino-acid dehydrogenase  36.45 
 
 		 421 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.621585  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1330  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.57 
 
 		 432 aa  211  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000545747  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2082  D-amino-acid dehydrogenase  32.54 
 
 		 418 aa  211  2e-53  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0152588  normal  0.581205 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1945  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.57 
 
 		 432 aa  211  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.290196  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1515  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.33 
 
 		 432 aa  210  3e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.684243  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1941  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.33 
 
 		 432 aa  210  3e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.377151  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2001  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.33 
 
 		 432 aa  210  3e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.21848  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004326  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.18 
 
 		 418 aa  208  1e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01164  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.97 
 
 		 432 aa  207  3e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000419065  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2459  Methylated-DNA--(protein)-cysteine S-methyltransferase  33.97 
 
 		 432 aa  207  3e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000162707  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1676  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.97 
 
 		 434 aa  207  3e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000458622  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1334  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.97 
 
 		 432 aa  207  3e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.000000000195044  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1960  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.97 
 
 		 434 aa  207  3e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00842903  normal  0.752905 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01174  hypothetical protein  33.97 
 
 		 432 aa  207  3e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000272828  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1347  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.97 
 
 		 432 aa  207  3e-52  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.15982  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2436  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.97 
 
 		 432 aa  207  3e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0019507  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1292  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.97 
 
 		 432 aa  207  3e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000190637  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1301  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.75 
 
 		 418 aa  206  8e-52  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6265  FAD dependent oxidoreductase  34.67 
 
 		 413 aa  204  3e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00674063  normal  0.363363 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1997  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.33 
 
 		 434 aa  202  7e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.990336  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2361  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.33 
 
 		 434 aa  202  7e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0438978  normal  0.320379 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3589  D-amino-acid dehydrogenase  35.43 
 
 		 424 aa  202  8e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0959455  hitchhiker  0.00000935542 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1546  FAD dependent oxidoreductase  36.51 
 
 		 419 aa  202  9e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2107  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.33 
 
 		 434 aa  202  9e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.625399  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1981  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.04 
 
 		 416 aa  201  1.9999999999999998e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.200719  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1318  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.96 
 
 		 419 aa  200  3e-50  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1843  FAD dependent oxidoreductase  34.37 
 
 		 420 aa  200  3.9999999999999996e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0673  D-amino-acid dehydrogenase  33.81 
 
 		 417 aa  200  3.9999999999999996e-50  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.180164  hitchhiker  0.00553067 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0804  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.49 
 
 		 433 aa  199  7e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.452249  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2005  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.04 
 
 		 416 aa  197  3e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.143364  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2363  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.01 
 
 		 432 aa  197  4.0000000000000005e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.28713  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0444  D-amino-acid dehydrogenase  33.17 
 
 		 434 aa  196  5.000000000000001e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3174  FAD dependent oxidoreductase  32.86 
 
 		 418 aa  196  7e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2389  D-amino-acid dehydrogenase  31.75 
 
 		 439 aa  196  7e-49  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0313  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.45 
 
 		 421 aa  195  1e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2746  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.46 
 
 		 434 aa  195  1e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0984937  decreased coverage  0.0000603863 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5180  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.3 
 
 		 434 aa  195  1e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0763537 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0808  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.89 
 
 		 416 aa  194  3e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5270  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.06 
 
 		 434 aa  194  3e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0829502  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3630  D-amino-acid dehydrogenase  30.88 
 
 		 417 aa  194  3e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000258766 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2304  D-amino-acid dehydrogenase  33.88 
 
 		 421 aa  193  4e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.018021 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3967  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.41 
 
 		 433 aa  193  5e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.194472  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4434  D-amino acid dehydrogenase small subunit  31.03 
 
 		 432 aa  193  6e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.615719  hitchhiker  0.00000811455 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5322  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.06 
 
 		 434 aa  192  8e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.116126 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0200  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.06 
 
 		 433 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00229652 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1957  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.06 
 
 		 417 aa  192  1e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0101  D-amino acid dehydrogenase, small subunit  33.33 
 
 		 433 aa  191  2e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2240  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.71 
 
 		 428 aa  191  2e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4821  D-amino-acid dehydrogenase  33.97 
 
 		 419 aa  191  2e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0052408 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1727  putative D-amino acid dehydrogenase, small subunit  34.31 
 
 		 420 aa  190  2.9999999999999997e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0408  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.94 
 
 		 428 aa  189  1e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0235  D-amino acid dehydrogenase small subunit  31.98 
 
 		 433 aa  188  1e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2551  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.94 
 
 		 428 aa  189  1e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2974  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.94 
 
 		 428 aa  188  1e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2864  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.94 
 
 		 428 aa  189  1e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.367842  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2253  D-amino acid dehydrogenase small subunit  31.82 
 
 		 417 aa  188  1e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.299864  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0927  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.94 
 
 		 428 aa  189  1e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2925  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.94 
 
 		 428 aa  188  1e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1023  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.86 
 
 		 428 aa  188  1e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0222  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.94 
 
 		 428 aa  189  1e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47980  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.04 
 
 		 432 aa  187  2e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0796  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.55 
 
 		 429 aa  187  2e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.661102  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4178  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.39 
 
 		 428 aa  187  2e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.157527  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0867  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.86 
 
 		 429 aa  187  3e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.872467  normal  0.695937 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0585  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.86 
 
 		 428 aa  187  3e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1064  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.86 
 
 		 428 aa  187  3e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1656  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.18 
 
 		 428 aa  186  4e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3994  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.89 
 
 		 441 aa  186  5e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0355  D-amino-acid dehydrogenase  31.58 
 
 		 415 aa  186  5e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0245  D-amino acid dehydrogenase small subunit  31.89 
 
 		 432 aa  186  8e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4229  D-amino-acid dehydrogenase  33.01 
 
 		 415 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.825619  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0926  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.63 
 
 		 429 aa  185  2.0000000000000003e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.531144  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3117  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.24 
 
 		 432 aa  183  4.0000000000000006e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.459659  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0765  D-amino acid dehydrogenase small subunit  31.45 
 
 		 428 aa  182  7e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.555163 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03073  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.41 
 
 		 428 aa  182  1e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1444  D-amino acid dehydrogenase small subunit  30.33 
 
 		 416 aa  182  1e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.492956  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4843  FAD dependent oxidoreductase  33.49 
 
 		 416 aa  181  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.570392  normal  0.0122538 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0240  FAD dependent oxidoreductase  32.37 
 
 		 425 aa  181  2.9999999999999997e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2360  D-amino-acid dehydrogenase  31.13 
 
 		 446 aa  180  4e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0223413  normal  0.51106 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0740  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32 
 
 		 434 aa  180  4e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.968608  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70040  D-amino acid dehydrogenase small subunit  31.03 
 
 		 432 aa  180  4e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3842  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.79 
 
 		 436 aa  180  4e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.190955  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1001  D-amino acid dehydrogenase small subunit  31.71 
 
 		 429 aa  180  4.999999999999999e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.835424 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1094  FAD dependent oxidoreductase  34.22 
 
 		 421 aa  179  5.999999999999999e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.293126  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6078  D-amino acid dehydrogenase small subunit  31.03 
 
 		 432 aa  179  7e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0886  FAD dependent oxidoreductase  33.41 
 
 		 439 aa  179  8e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.204512 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2547  D-amino acid dehydrogenase small subunit  31.92 
 
 		 434 aa  178  1e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5526  D-amino acid dehydrogenase small subunit  31.37 
 
 		 434 aa  179  1e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.46762 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3113  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.79 
 
 		 436 aa  178  1e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>