More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_5571 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_5571  FAD dependent oxidoreductase  100 
 
 
415 aa  861    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.0000397488  normal  0.22054 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4274  FAD dependent oxidoreductase  44.53 
 
 
418 aa  384  1e-105  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1477  FAD dependent oxidoreductase  44.91 
 
 
420 aa  377  1e-103  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.699089  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3545  D-amino acid dehydrogenase  42.79 
 
 
462 aa  369  1e-101  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0813  FAD dependent oxidoreductase  42.86 
 
 
441 aa  365  1e-99  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0499  FAD dependent oxidoreductase  41.06 
 
 
415 aa  317  3e-85  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5199  FAD dependent oxidoreductase  34.94 
 
 
440 aa  271  1e-71  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.494361 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3032  FAD dependent oxidoreductase  35.06 
 
 
437 aa  240  4e-62  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.451614  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01910  D-amino acid dehydrogenase subunit  33.41 
 
 
416 aa  227  3e-58  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.492063  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004326  D-amino acid dehydrogenase small subunit  30.57 
 
 
418 aa  206  5e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2712  FAD dependent oxidoreductase  31.59 
 
 
415 aa  204  3e-51  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3117  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.22 
 
 
432 aa  193  6e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.459659  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4229  D-amino-acid dehydrogenase  31.17 
 
 
415 aa  190  4e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.825619  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2256  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.58 
 
 
428 aa  190  5e-47  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000681381  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1410  D-amino-acid dehydrogenase  30.48 
 
 
415 aa  189  1e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.320893  normal  0.0817919 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6265  FAD dependent oxidoreductase  30.5 
 
 
413 aa  187  3e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00674063  normal  0.363363 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1843  FAD dependent oxidoreductase  31.12 
 
 
420 aa  187  3e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1957  D-amino acid dehydrogenase small subunit  30.84 
 
 
417 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0444  D-amino-acid dehydrogenase  29.44 
 
 
434 aa  184  3e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0313  D-amino acid dehydrogenase small subunit  30.94 
 
 
421 aa  183  4.0000000000000006e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2253  D-amino acid dehydrogenase small subunit  30.84 
 
 
417 aa  183  6e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.299864  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4843  FAD dependent oxidoreductase  29.69 
 
 
416 aa  182  9.000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.570392  normal  0.0122538 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3967  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.38 
 
 
433 aa  182  9.000000000000001e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.194472  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3174  FAD dependent oxidoreductase  28.81 
 
 
418 aa  182  1e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2746  D-amino acid dehydrogenase small subunit  30.47 
 
 
434 aa  182  1e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0984937  decreased coverage  0.0000603863 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1110  D-amino-acid dehydrogenase  27.74 
 
 
420 aa  180  4e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1444  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.95 
 
 
416 aa  180  4.999999999999999e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.492956  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2082  D-amino-acid dehydrogenase  28.03 
 
 
418 aa  179  5.999999999999999e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0152588  normal  0.581205 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6079  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.74 
 
 
421 aa  179  8e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003672  D-amino acid dehydrogenase family protein in hydroxy-L-proline catabolic cluster  30.29 
 
 
405 aa  179  9e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0804  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.24 
 
 
433 aa  179  1e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.452249  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1981  D-amino acid dehydrogenase small subunit  31.06 
 
 
416 aa  177  2e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.200719  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3464  FAD dependent oxidoreductase  29.5 
 
 
416 aa  177  3e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.135026 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0808  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.98 
 
 
416 aa  177  4e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1727  putative D-amino acid dehydrogenase, small subunit  28.08 
 
 
420 aa  177  4e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01164  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.67 
 
 
432 aa  176  6e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000419065  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2459  Methylated-DNA--(protein)-cysteine S-methyltransferase  29.67 
 
 
432 aa  176  6e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000162707  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1676  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.67 
 
 
434 aa  176  6e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000458622  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1292  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.67 
 
 
432 aa  176  6e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000190637  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1960  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.67 
 
 
434 aa  176  6e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00842903  normal  0.752905 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1334  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.67 
 
 
432 aa  176  6e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.000000000195044  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2436  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.67 
 
 
432 aa  176  6e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0019507  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01174  hypothetical protein  29.67 
 
 
432 aa  176  6e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000272828  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1330  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.88 
 
 
432 aa  175  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000545747  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1941  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.88 
 
 
432 aa  175  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.377151  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2001  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.88 
 
 
432 aa  175  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.21848  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1945  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.88 
 
 
432 aa  175  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.290196  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1347  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.67 
 
 
432 aa  176  9.999999999999999e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.15982  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1515  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.88 
 
 
432 aa  175  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.684243  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70040  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.93 
 
 
432 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2389  D-amino-acid dehydrogenase  28.04 
 
 
439 aa  174  1.9999999999999998e-42  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1301  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.54 
 
 
418 aa  174  1.9999999999999998e-42  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2240  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.48 
 
 
428 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6078  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.93 
 
 
432 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3322  FAD dependent oxidoreductase  27.79 
 
 
435 aa  174  2.9999999999999996e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4821  D-amino-acid dehydrogenase  30.29 
 
 
419 aa  174  3.9999999999999995e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0052408 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1813  FAD dependent oxidoreductase  28.33 
 
 
417 aa  174  3.9999999999999995e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0369  D-amino-acid dehydrogenase  28.1 
 
 
421 aa  173  5e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.621585  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0395  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.16 
 
 
421 aa  173  5e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2093  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.84 
 
 
416 aa  172  6.999999999999999e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.59754  normal  0.0350619 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0924  D-amino acid dehydrogenase small subunit  27.36 
 
 
416 aa  172  7.999999999999999e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0866  D-amino acid dehydrogenase small subunit  27.36 
 
 
416 aa  172  7.999999999999999e-42  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0290796  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2361  D-amino acid dehydrogenase small subunit  30.58 
 
 
434 aa  171  2e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0438978  normal  0.320379 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2107  D-amino acid dehydrogenase small subunit  30.58 
 
 
434 aa  171  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.625399  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47980  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.5 
 
 
432 aa  171  2e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2597  FAD dependent oxidoreductase  29.65 
 
 
415 aa  171  2e-41  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2304  D-amino-acid dehydrogenase  29.25 
 
 
421 aa  171  2e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.018021 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1997  D-amino acid dehydrogenase small subunit  30.58 
 
 
434 aa  171  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.990336  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6619  FAD dependent oxidoreductase  28.26 
 
 
410 aa  171  3e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.664029 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2005  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.51 
 
 
416 aa  171  3e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.143364  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1546  FAD dependent oxidoreductase  29.21 
 
 
419 aa  170  4e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3200  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.56 
 
 
428 aa  170  4e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0905906  normal  0.889782 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4261  FAD dependent oxidoreductase  27.83 
 
 
423 aa  170  5e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0235  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.47 
 
 
433 aa  169  6e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3227  FAD dependent oxidoreductase  30.05 
 
 
430 aa  169  6e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5322  D-amino acid dehydrogenase small subunit  27.7 
 
 
434 aa  169  8e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.116126 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0507  amino acid dehydrogenase transmembrane protein  27.58 
 
 
423 aa  169  1e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.133123 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0101  D-amino acid dehydrogenase, small subunit  28.71 
 
 
433 aa  169  1e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2880  FAD dependent oxidoreductase  28.4 
 
 
412 aa  169  1e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.402173  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0673  D-amino-acid dehydrogenase  28.02 
 
 
417 aa  168  1e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.180164  hitchhiker  0.00553067 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1656  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.25 
 
 
428 aa  167  2e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4777  D-amino acid dehydrogenase small subunit  26.95 
 
 
416 aa  168  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.565064  normal  0.111911 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0198  FAD dependent oxidoreductase  32.83 
 
 
408 aa  167  2e-40  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.777626  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0116  D-amino-acid dehydrogenase  27.46 
 
 
416 aa  167  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.658269  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0222  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.88 
 
 
428 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0408  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.88 
 
 
428 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2864  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.88 
 
 
428 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.367842  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2551  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.88 
 
 
428 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0106  FAD dependent oxidoreductase  29.16 
 
 
416 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0415  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.23 
 
 
421 aa  167  2.9999999999999998e-40  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000453609  normal  0.158502 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0927  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.88 
 
 
428 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3864  D-amino-acid dehydrogenase  28.47 
 
 
413 aa  167  2.9999999999999998e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5270  D-amino acid dehydrogenase small subunit  27.46 
 
 
434 aa  167  4e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0829502  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0355  D-amino-acid dehydrogenase  28.71 
 
 
415 aa  167  4e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5180  D-amino acid dehydrogenase small subunit  27.46 
 
 
434 aa  166  5e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0763537 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2974  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.88 
 
 
428 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2431  D-amino-acid dehydrogenase  29.31 
 
 
416 aa  166  5.9999999999999996e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0276149 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1318  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.87 
 
 
419 aa  166  5.9999999999999996e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2925  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.88 
 
 
428 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3589  D-amino-acid dehydrogenase  27.87 
 
 
424 aa  166  9e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0959455  hitchhiker  0.00000935542 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>