More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3864 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_3864  D-amino-acid dehydrogenase  100 
 
 		 413 aa  825    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4860  D-amino-acid dehydrogenase  75.13 
 
 		 406 aa  554  1e-157  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.643864 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1727  putative D-amino acid dehydrogenase, small subunit  53.9 
 
 		 420 aa  441  9.999999999999999e-123  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3200  D-amino acid dehydrogenase small subunit  55.1 
 
 		 428 aa  439  9.999999999999999e-123  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0905906  normal  0.889782 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1110  D-amino-acid dehydrogenase  52.39 
 
 		 420 aa  429  1e-119  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3322  FAD dependent oxidoreductase  48.71 
 
 		 435 aa  377  1e-103  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4843  FAD dependent oxidoreductase  39.36 
 
 		 416 aa  301  1e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.570392  normal  0.0122538 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3464  FAD dependent oxidoreductase  43.28 
 
 		 416 aa  300  3e-80  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.135026 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1416  D-amino-acid dehydrogenase  39.23 
 
 		 424 aa  288  2e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000529434  normal  0.0258271 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1843  FAD dependent oxidoreductase  39.86 
 
 		 420 aa  278  2e-73  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0116  D-amino-acid dehydrogenase  38.88 
 
 		 416 aa  273  3e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.658269  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1764  D-amino-acid dehydrogenase  38.95 
 
 		 422 aa  273  5.000000000000001e-72  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.124563  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4364  FAD dependent oxidoreductase  37.8 
 
 		 431 aa  273  5.000000000000001e-72  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6265  FAD dependent oxidoreductase  35.85 
 
 		 413 aa  272  7e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00674063  normal  0.363363 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0395  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.07 
 
 		 421 aa  269  5e-71  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2360  D-amino-acid dehydrogenase  37.95 
 
 		 446 aa  267  2.9999999999999995e-70  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0223413  normal  0.51106 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2064  FAD dependent oxidoreductase  41.12 
 
 		 422 aa  266  5e-70  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0107883  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0106  FAD dependent oxidoreductase  40.55 
 
 		 416 aa  266  5.999999999999999e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1706  FAD dependent oxidoreductase  36.84 
 
 		 420 aa  266  5.999999999999999e-70  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.612598  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0507  amino acid dehydrogenase transmembrane protein  37.38 
 
 		 423 aa  258  2e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.133123 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2820  FAD dependent oxidoreductase  35.97 
 
 		 432 aa  258  2e-67  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00368627  normal  0.483121 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5338  FAD dependent oxidoreductase  35.19 
 
 		 409 aa  249  9e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.18927  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1533  D-amino-acid dehydrogenase  38.95 
 
 		 428 aa  249  9e-65  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000097225  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4261  FAD dependent oxidoreductase  37.35 
 
 		 423 aa  248  2e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0398  FAD dependent oxidoreductase  35.92 
 
 		 427 aa  244  1.9999999999999999e-63  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.588797 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0383  FAD dependent oxidoreductase  35.44 
 
 		 427 aa  241  2e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0203  FAD dependent oxidoreductase  35.21 
 
 		 430 aa  240  4e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6619  FAD dependent oxidoreductase  35.61 
 
 		 410 aa  238  1e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.664029 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0240  FAD dependent oxidoreductase  35.92 
 
 		 425 aa  233  4.0000000000000004e-60  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1613  FAD dependent oxidoreductase  36.74 
 
 		 414 aa  232  1e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1866  FAD dependent oxidoreductase  35.15 
 
 		 434 aa  231  2e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.619946  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6455  FAD dependent oxidoreductase  37.16 
 
 		 409 aa  230  3e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.470028  normal  0.375061 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2554  D-amino-acid dehydrogenase  38.53 
 
 		 434 aa  230  4e-59  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.100435  hitchhiker  0.00601757 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3676  D-amino-acid dehydrogenase  35.1 
 
 		 432 aa  224  2e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6396  FAD dependent oxidoreductase  35.01 
 
 		 424 aa  224  2e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0990  D-amino-acid dehydrogenase  35.25 
 
 		 413 aa  220  5e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3651  FAD dependent oxidoreductase  35.34 
 
 		 426 aa  219  6e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.02824  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1434  D-amino-acid dehydrogenase  35.21 
 
 		 409 aa  218  2e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.221465  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4136  FAD dependent oxidoreductase  34.94 
 
 		 415 aa  218  2e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6394  D-amino-acid dehydrogenase  35.21 
 
 		 409 aa  218  2e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1447  putative D-amino acid dehydrogenase, small subunit  31.89 
 
 		 427 aa  216  4e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.272098  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0793  D-amino-acid dehydrogenase  35.13 
 
 		 438 aa  216  5e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.186326  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3227  FAD dependent oxidoreductase  33.42 
 
 		 430 aa  216  5.9999999999999996e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2316  D-amino acid dehydrogenase  35 
 
 		 413 aa  216  8e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.944178  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1255  FAD dependent oxidoreductase  35.52 
 
 		 415 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.621856  normal  0.317392 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1282  FAD dependent oxidoreductase  35.52 
 
 		 415 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.783246  normal  0.547311 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5266  FAD dependent oxidoreductase  33.42 
 
 		 427 aa  212  9e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.600372  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2708  D-amino-acid dehydrogenase  34.76 
 
 		 440 aa  211  1e-53  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003672  D-amino acid dehydrogenase family protein in hydroxy-L-proline catabolic cluster  33.01 
 
 		 405 aa  209  8e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2305  D-amino-acid dehydrogenase  34.36 
 
 		 420 aa  203  5e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.467185  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1259  putative D-amino-acid dehydrogenase, FAD dependent  30.68 
 
 		 435 aa  202  9.999999999999999e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00889371 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1410  D-amino-acid dehydrogenase  31.8 
 
 		 415 aa  201  1.9999999999999998e-50  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.320893  normal  0.0817919 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2746  oxidoreductase, FAD-dependent  31.76 
 
 		 416 aa  197  3e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.381224  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4074  FAD dependent oxidoreductase  33.65 
 
 		 419 aa  197  4.0000000000000005e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3970  FAD dependent oxidoreductase  31.78 
 
 		 411 aa  196  6e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3636  FAD dependent oxidoreductase  34.54 
 
 		 423 aa  192  7e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0728154 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0355  D-amino-acid dehydrogenase  30.27 
 
 		 415 aa  190  2.9999999999999997e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3955  FAD dependent oxidoreductase  30.77 
 
 		 411 aa  188  2e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3967  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.17 
 
 		 433 aa  187  3e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.194472  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5589  D-amino-acid dehydrogenase  32.29 
 
 		 418 aa  187  3e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0932448  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1218  FAD dependent oxidoreductase  31.6 
 
 		 415 aa  186  7e-46  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3847  FAD dependent oxidoreductase  29.28 
 
 		 411 aa  183  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3709  FAD dependent oxidoreductase  29.52 
 
 		 416 aa  183  6e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.189981  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0428  FAD dependent oxidoreductase  31.19 
 
 		 415 aa  182  9.000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.163324 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0064  FAD dependent oxidoreductase  32.28 
 
 		 416 aa  182  1e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.711671  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0630  amino acid dehydrogenase, putative  28.81 
 
 		 416 aa  181  2.9999999999999997e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.131096  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4901  FAD dependent oxidoreductase  29.93 
 
 		 416 aa  180  4e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3824  FAD dependent oxidoreductase  29.93 
 
 		 416 aa  180  4e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2880  FAD dependent oxidoreductase  28.33 
 
 		 412 aa  180  4.999999999999999e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.402173  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4777  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.29 
 
 		 416 aa  178  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.565064  normal  0.111911 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1816  D-amino-acid dehydrogenase  31.5 
 
 		 417 aa  179  1e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.230934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0592  putative amino acid dehydrogenase  28.57 
 
 		 416 aa  178  2e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3648  D-amino-acid dehydrogenase  30.6 
 
 		 417 aa  177  3e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.581265 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4831  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.61 
 
 		 416 aa  176  7e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0419861  normal  0.105025 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1652  D-amino-acid dehydrogenase  32.21 
 
 		 418 aa  176  7e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.205537  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2698  D-amino-acid dehydrogenase  30.07 
 
 		 433 aa  176  7e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1318  D-amino acid dehydrogenase small subunit  31.63 
 
 		 419 aa  176  9e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2282  FAD dependent oxidoreductase  30.71 
 
 		 417 aa  173  3.9999999999999995e-42  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.877617  normal  0.634031 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6079  D-amino acid dehydrogenase small subunit  31.08 
 
 		 421 aa  173  5e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0367  D-amino-acid dehydrogenase  32.3 
 
 		 414 aa  173  5.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0850  D-amino-acid dehydrogenase  32.3 
 
 		 414 aa  173  5.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.173092  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0822  FAD dependent oxidoreductase  32.06 
 
 		 414 aa  172  1e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.193909  normal  0.0469773 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4295  FAD dependent oxidoreductase  31.99 
 
 		 417 aa  172  1e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000269255  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0804  D-amino acid dehydrogenase small subunit  31.75 
 
 		 433 aa  172  1e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.452249  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0742  FAD dependent oxidoreductase  31.82 
 
 		 414 aa  171  3e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0018802 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2537  FAD dependent oxidoreductase  31.34 
 
 		 414 aa  171  3e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.654937  normal  0.300039 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4442  D-amino-acid dehydrogenase  31.74 
 
 		 413 aa  171  3e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000997757 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4962  FAD dependent oxidoreductase  31.74 
 
 		 413 aa  170  4e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0181745  normal  0.52476 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2320  FAD dependent oxidoreductase  29.23 
 
 		 414 aa  170  4e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.63288  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3940  D-amino-acid dehydrogenase  31.82 
 
 		 414 aa  170  5e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.401149  hitchhiker  0.00412438 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0396  FAD dependent oxidoreductase  29.29 
 
 		 415 aa  169  8e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.128604 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2389  D-amino-acid dehydrogenase  30.94 
 
 		 439 aa  169  9e-41  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5571  FAD dependent oxidoreductase  28.47 
 
 		 415 aa  169  1e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.0000397488  normal  0.22054 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0245  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.52 
 
 		 432 aa  168  1e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0629  FAD dependent oxidoreductase  32.22 
 
 		 440 aa  168  2e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3117  D-amino acid dehydrogenase small subunit  31.08 
 
 		 432 aa  167  2.9999999999999998e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.459659  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3596  FAD dependent oxidoreductase  29.54 
 
 		 414 aa  167  4e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.953552  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4434  D-amino acid dehydrogenase small subunit  27.9 
 
 		 432 aa  167  4e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.615719  hitchhiker  0.00000811455 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3334  D-amino-acid dehydrogenase  32.05 
 
 		 413 aa  167  4e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.281822  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5033  D-amino-acid dehydrogenase  32.05 
 
 		 413 aa  167  4e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.548496 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>