More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4136 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1255  FAD dependent oxidoreductase  93.98 
 
 		 415 aa  790    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.621856  normal  0.317392 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4136  FAD dependent oxidoreductase  100 
 
 		 415 aa  833    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1282  FAD dependent oxidoreductase  93.98 
 
 		 415 aa  791    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.783246  normal  0.547311 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2305  D-amino-acid dehydrogenase  76.81 
 
 		 420 aa  622  1e-177  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.467185  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2708  D-amino-acid dehydrogenase  62.76 
 
 		 440 aa  540  9.999999999999999e-153  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003672  D-amino acid dehydrogenase family protein in hydroxy-L-proline catabolic cluster  42.75 
 
 		 405 aa  343  4e-93  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1218  FAD dependent oxidoreductase  45.11 
 
 		 415 aa  340  2.9999999999999998e-92  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2360  D-amino-acid dehydrogenase  44.26 
 
 		 446 aa  306  5.0000000000000004e-82  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0223413  normal  0.51106 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1764  D-amino-acid dehydrogenase  43.3 
 
 		 422 aa  299  5e-80  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.124563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1706  FAD dependent oxidoreductase  41.47 
 
 		 420 aa  298  2e-79  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.612598  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1533  D-amino-acid dehydrogenase  44.42 
 
 		 428 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000097225  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2820  FAD dependent oxidoreductase  42.42 
 
 		 432 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00368627  normal  0.483121 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1447  putative D-amino acid dehydrogenase, small subunit  39.65 
 
 		 427 aa  280  4e-74  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.272098  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0203  FAD dependent oxidoreductase  38.26 
 
 		 430 aa  271  2e-71  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0383  FAD dependent oxidoreductase  40.82 
 
 		 427 aa  254  2.0000000000000002e-66  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0507  amino acid dehydrogenase transmembrane protein  42.27 
 
 		 423 aa  252  9.000000000000001e-66  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.133123 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0398  FAD dependent oxidoreductase  40.82 
 
 		 427 aa  251  1e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.588797 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2746  oxidoreductase, FAD-dependent  35 
 
 		 416 aa  246  4e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.381224  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1843  FAD dependent oxidoreductase  39.15 
 
 		 420 aa  247  4e-64  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4364  FAD dependent oxidoreductase  38.7 
 
 		 431 aa  237  3e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1613  FAD dependent oxidoreductase  37.91 
 
 		 414 aa  231  1e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4843  FAD dependent oxidoreductase  37.29 
 
 		 416 aa  229  5e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.570392  normal  0.0122538 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0990  D-amino-acid dehydrogenase  36.93 
 
 		 413 aa  226  4e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5338  FAD dependent oxidoreductase  35.35 
 
 		 409 aa  224  1e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.18927  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0116  D-amino-acid dehydrogenase  35.78 
 
 		 416 aa  225  1e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.658269  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2064  FAD dependent oxidoreductase  39.71 
 
 		 422 aa  224  2e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0107883  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2316  D-amino acid dehydrogenase  36.69 
 
 		 413 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.944178  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4261  FAD dependent oxidoreductase  37.03 
 
 		 423 aa  217  4e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6619  FAD dependent oxidoreductase  36.39 
 
 		 410 aa  216  5e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.664029 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1416  D-amino-acid dehydrogenase  35.16 
 
 		 424 aa  216  5e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000529434  normal  0.0258271 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1434  D-amino-acid dehydrogenase  36.75 
 
 		 409 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.221465  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6394  D-amino-acid dehydrogenase  36.75 
 
 		 409 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0395  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.89 
 
 		 421 aa  213  4.9999999999999996e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6455  FAD dependent oxidoreductase  37.23 
 
 		 409 aa  210  4e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.470028  normal  0.375061 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0106  FAD dependent oxidoreductase  35.82 
 
 		 416 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3322  FAD dependent oxidoreductase  35.9 
 
 		 435 aa  201  9.999999999999999e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1410  D-amino-acid dehydrogenase  33.73 
 
 		 415 aa  199  7e-50  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.320893  normal  0.0817919 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2554  D-amino-acid dehydrogenase  37.99 
 
 		 434 aa  198  1.0000000000000001e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.100435  hitchhiker  0.00601757 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3970  FAD dependent oxidoreductase  33.91 
 
 		 411 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1727  putative D-amino acid dehydrogenase, small subunit  35.79 
 
 		 420 aa  196  7e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3864  D-amino-acid dehydrogenase  34.94 
 
 		 413 aa  196  8.000000000000001e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2880  FAD dependent oxidoreductase  31.72 
 
 		 412 aa  195  1e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.402173  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0355  D-amino-acid dehydrogenase  35.16 
 
 		 415 aa  194  2e-48  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6396  FAD dependent oxidoreductase  33.57 
 
 		 424 aa  194  2e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3464  FAD dependent oxidoreductase  34.87 
 
 		 416 aa  192  9e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.135026 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0240  FAD dependent oxidoreductase  34.6 
 
 		 425 aa  191  2.9999999999999997e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3200  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.18 
 
 		 428 aa  191  2.9999999999999997e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0905906  normal  0.889782 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6265  FAD dependent oxidoreductase  32.69 
 
 		 413 aa  190  4e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00674063  normal  0.363363 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1110  D-amino-acid dehydrogenase  32.8 
 
 		 420 aa  189  5.999999999999999e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5589  D-amino-acid dehydrogenase  32.61 
 
 		 418 aa  184  3e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0932448  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3676  D-amino-acid dehydrogenase  35.78 
 
 		 432 aa  182  1e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1866  FAD dependent oxidoreductase  33.57 
 
 		 434 aa  176  5e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.619946  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3847  FAD dependent oxidoreductase  31.44 
 
 		 411 aa  174  3.9999999999999995e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1816  D-amino-acid dehydrogenase  32.84 
 
 		 417 aa  172  7.999999999999999e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.230934  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4295  FAD dependent oxidoreductase  32.83 
 
 		 417 aa  172  1e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000269255  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3651  FAD dependent oxidoreductase  34.34 
 
 		 426 aa  171  2e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.02824  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4074  FAD dependent oxidoreductase  32.75 
 
 		 419 aa  170  5e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1259  putative D-amino-acid dehydrogenase, FAD dependent  33.42 
 
 		 435 aa  169  9e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00889371 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0793  D-amino-acid dehydrogenase  34.74 
 
 		 438 aa  166  5.9999999999999996e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.186326  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3636  FAD dependent oxidoreductase  33.76 
 
 		 423 aa  166  6.9999999999999995e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0728154 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3648  D-amino-acid dehydrogenase  31.83 
 
 		 417 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.581265 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4860  D-amino-acid dehydrogenase  34.5 
 
 		 406 aa  164  3e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.643864 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3955  FAD dependent oxidoreductase  30.83 
 
 		 411 aa  164  3e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0342  FAD dependent oxidoreductase  31.13 
 
 		 417 aa  163  5.0000000000000005e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.413406  normal  0.188233 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2282  FAD dependent oxidoreductase  31.49 
 
 		 417 aa  161  2e-38  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.877617  normal  0.634031 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2698  D-amino-acid dehydrogenase  31.37 
 
 		 433 aa  161  2e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0844  D-amino acid dehydrogenase small subunit  31.35 
 
 		 415 aa  158  2e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0499  FAD dependent oxidoreductase  33.5 
 
 		 415 aa  151  2e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5465  FAD dependent oxidoreductase  32.3 
 
 		 410 aa  151  3e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0375458 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0799  D-amino-acid dehydrogenase  31.06 
 
 		 410 aa  150  3e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.491257 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3604  FAD dependent oxidoreductase  32.7 
 
 		 413 aa  150  3e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3227  FAD dependent oxidoreductase  32.27 
 
 		 430 aa  149  7e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5266  FAD dependent oxidoreductase  32.51 
 
 		 427 aa  149  9e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.600372  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3824  FAD dependent oxidoreductase  31.44 
 
 		 416 aa  149  1.0000000000000001e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3433  FAD dependent oxidoreductase  29.19 
 
 		 414 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4901  FAD dependent oxidoreductase  31.44 
 
 		 416 aa  149  1.0000000000000001e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1724  FAD dependent oxidoreductase  31.5 
 
 		 414 aa  147  3e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4442  D-amino-acid dehydrogenase  30.28 
 
 		 413 aa  147  3e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000997757 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2811  FAD dependent oxidoreductase  30.5 
 
 		 414 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.630542  normal  0.814601 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0064  FAD dependent oxidoreductase  30.92 
 
 		 416 aa  144  2e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.711671  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1652  D-amino-acid dehydrogenase  30.73 
 
 		 418 aa  144  3e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.205537  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4962  FAD dependent oxidoreductase  29.81 
 
 		 413 aa  144  4e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0181745  normal  0.52476 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0629  FAD dependent oxidoreductase  30.84 
 
 		 440 aa  144  4e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4480  FAD dependent oxidoreductase  32.48 
 
 		 414 aa  144  4e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0860  FAD-dependent oxidoreductase  32.47 
 
 		 414 aa  143  5e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1840  D-amino acid dehydrogenase, small subunit, putative  31.59 
 
 		 435 aa  143  6e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.815218  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5251  FAD dependent oxidoreductase  31.22 
 
 		 413 aa  143  6e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2137  D-amino-acid dehydrogenase  32.47 
 
 		 483 aa  142  8e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0770  FAD-dependent oxidoreductase  32.47 
 
 		 507 aa  142  9e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3334  D-amino-acid dehydrogenase  31.22 
 
 		 413 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.281822  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5033  D-amino-acid dehydrogenase  31.22 
 
 		 413 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.548496 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2176  FAD dependent oxidoreductase  29.32 
 
 		 414 aa  139  8.999999999999999e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0832957  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3596  FAD dependent oxidoreductase  29.32 
 
 		 414 aa  139  1e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.953552  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3709  FAD dependent oxidoreductase  29.33 
 
 		 416 aa  138  2e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.189981  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0396  FAD dependent oxidoreductase  29.95 
 
 		 415 aa  138  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.128604 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0428  FAD dependent oxidoreductase  30.14 
 
 		 415 aa  137  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.163324 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0742  FAD dependent oxidoreductase  32.05 
 
 		 414 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0018802 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2320  FAD dependent oxidoreductase  29.67 
 
 		 414 aa  136  7.000000000000001e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.63288  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2070  FAD dependent oxidoreductase  29.67 
 
 		 413 aa  136  8e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0259945 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0725  D-amino-acid dehydrogenase  32.05 
 
 		 414 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0605876  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>