More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_1259 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_1259  putative D-amino-acid dehydrogenase, FAD dependent  100 
 
 
435 aa  867    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00889371 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3636  FAD dependent oxidoreductase  64.76 
 
 
423 aa  483  1e-135  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0728154 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3651  FAD dependent oxidoreductase  61.61 
 
 
426 aa  461  9.999999999999999e-129  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.02824  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6396  FAD dependent oxidoreductase  47.96 
 
 
424 aa  409  1e-113  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3676  D-amino-acid dehydrogenase  51.68 
 
 
432 aa  390  1e-107  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0793  D-amino-acid dehydrogenase  48.7 
 
 
438 aa  383  1e-105  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.186326  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4074  FAD dependent oxidoreductase  48.19 
 
 
419 aa  380  1e-104  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2554  D-amino-acid dehydrogenase  48.61 
 
 
434 aa  377  1e-103  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.100435  hitchhiker  0.00601757 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1843  FAD dependent oxidoreductase  43.76 
 
 
420 aa  332  6e-90  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4364  FAD dependent oxidoreductase  40.33 
 
 
431 aa  312  9e-84  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0395  D-amino acid dehydrogenase small subunit  41.29 
 
 
421 aa  309  5e-83  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0355  D-amino-acid dehydrogenase  38.8 
 
 
415 aa  275  1.0000000000000001e-72  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0507  amino acid dehydrogenase transmembrane protein  38.7 
 
 
423 aa  265  1e-69  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.133123 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1410  D-amino-acid dehydrogenase  36.32 
 
 
415 aa  265  2e-69  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.320893  normal  0.0817919 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0398  FAD dependent oxidoreductase  37.23 
 
 
427 aa  258  1e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.588797 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0383  FAD dependent oxidoreductase  36.99 
 
 
427 aa  256  5e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2880  FAD dependent oxidoreductase  36.32 
 
 
412 aa  237  4e-61  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.402173  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0116  D-amino-acid dehydrogenase  35.82 
 
 
416 aa  232  8.000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.658269  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2064  FAD dependent oxidoreductase  39.14 
 
 
422 aa  228  1e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0107883  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6619  FAD dependent oxidoreductase  35.02 
 
 
410 aa  228  2e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.664029 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6265  FAD dependent oxidoreductase  32.93 
 
 
413 aa  227  3e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00674063  normal  0.363363 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3464  FAD dependent oxidoreductase  37.11 
 
 
416 aa  223  4e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.135026 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5338  FAD dependent oxidoreductase  34.22 
 
 
409 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.18927  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0106  FAD dependent oxidoreductase  36.45 
 
 
416 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4843  FAD dependent oxidoreductase  34.59 
 
 
416 aa  220  3e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.570392  normal  0.0122538 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1416  D-amino-acid dehydrogenase  31.53 
 
 
424 aa  219  6e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000529434  normal  0.0258271 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2316  D-amino acid dehydrogenase  37.44 
 
 
413 aa  218  2e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.944178  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0990  D-amino-acid dehydrogenase  37.44 
 
 
413 aa  218  2e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1613  FAD dependent oxidoreductase  37.83 
 
 
414 aa  215  9.999999999999999e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6455  FAD dependent oxidoreductase  35.27 
 
 
409 aa  209  5e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.470028  normal  0.375061 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1866  FAD dependent oxidoreductase  33.74 
 
 
434 aa  207  2e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.619946  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5266  FAD dependent oxidoreductase  34.24 
 
 
427 aa  207  3e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.600372  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0240  FAD dependent oxidoreductase  34.13 
 
 
425 aa  205  1e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003672  D-amino acid dehydrogenase family protein in hydroxy-L-proline catabolic cluster  30.92 
 
 
405 aa  204  2e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1434  D-amino-acid dehydrogenase  34.29 
 
 
409 aa  203  5e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.221465  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6394  D-amino-acid dehydrogenase  34.29 
 
 
409 aa  203  5e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4261  FAD dependent oxidoreductase  32.29 
 
 
423 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3227  FAD dependent oxidoreductase  33.5 
 
 
430 aa  192  9e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2360  D-amino-acid dehydrogenase  30.66 
 
 
446 aa  191  2e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0223413  normal  0.51106 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3864  D-amino-acid dehydrogenase  29.95 
 
 
413 aa  191  2.9999999999999997e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1727  putative D-amino acid dehydrogenase, small subunit  31.28 
 
 
420 aa  190  4e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3322  FAD dependent oxidoreductase  32.01 
 
 
435 aa  190  5e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2820  FAD dependent oxidoreductase  30.93 
 
 
432 aa  186  5e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00368627  normal  0.483121 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1110  D-amino-acid dehydrogenase  30.54 
 
 
420 aa  186  7e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3955  FAD dependent oxidoreductase  32.69 
 
 
411 aa  186  8e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3847  FAD dependent oxidoreductase  32.05 
 
 
411 aa  183  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1533  D-amino-acid dehydrogenase  31.9 
 
 
428 aa  183  5.0000000000000004e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000097225  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3200  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.78 
 
 
428 aa  182  8.000000000000001e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0905906  normal  0.889782 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1706  FAD dependent oxidoreductase  30.42 
 
 
420 aa  181  2.9999999999999997e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.612598  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5589  D-amino-acid dehydrogenase  32.54 
 
 
418 aa  180  4e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0932448  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4860  D-amino-acid dehydrogenase  32.42 
 
 
406 aa  174  1.9999999999999998e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.643864 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2320  FAD dependent oxidoreductase  32.37 
 
 
414 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.63288  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1764  D-amino-acid dehydrogenase  30.86 
 
 
422 aa  172  1e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.124563  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2811  FAD dependent oxidoreductase  33.25 
 
 
414 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.630542  normal  0.814601 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4901  FAD dependent oxidoreductase  31.12 
 
 
416 aa  171  3e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1816  D-amino-acid dehydrogenase  30.36 
 
 
417 aa  171  3e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.230934  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3824  FAD dependent oxidoreductase  31.12 
 
 
416 aa  171  3e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5199  FAD dependent oxidoreductase  31.79 
 
 
440 aa  170  5e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.494361 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2698  D-amino-acid dehydrogenase  32.37 
 
 
433 aa  170  5e-41  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3596  FAD dependent oxidoreductase  31.64 
 
 
414 aa  168  1e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.953552  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0203  FAD dependent oxidoreductase  27.78 
 
 
430 aa  169  1e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2176  FAD dependent oxidoreductase  31.64 
 
 
414 aa  169  1e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0832957  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4136  FAD dependent oxidoreductase  33.42 
 
 
415 aa  169  1e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1255  FAD dependent oxidoreductase  31.44 
 
 
415 aa  167  5e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.621856  normal  0.317392 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1447  putative D-amino acid dehydrogenase, small subunit  28.4 
 
 
427 aa  166  9e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.272098  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2305  D-amino-acid dehydrogenase  31.05 
 
 
420 aa  166  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.467185  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3648  D-amino-acid dehydrogenase  29.69 
 
 
417 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.581265 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1652  D-amino-acid dehydrogenase  29.79 
 
 
418 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.205537  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3970  FAD dependent oxidoreductase  30.86 
 
 
411 aa  164  3e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4442  D-amino-acid dehydrogenase  31.99 
 
 
413 aa  164  3e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000997757 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2282  FAD dependent oxidoreductase  31.97 
 
 
417 aa  164  4.0000000000000004e-39  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.877617  normal  0.634031 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1282  FAD dependent oxidoreductase  31.21 
 
 
415 aa  162  1e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.783246  normal  0.547311 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0900  FAD dependent oxidoreductase  27.21 
 
 
417 aa  160  5e-38  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0844  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.46 
 
 
415 aa  159  1e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4962  FAD dependent oxidoreductase  31.28 
 
 
413 aa  159  1e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0181745  normal  0.52476 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2537  FAD dependent oxidoreductase  31.41 
 
 
414 aa  158  2e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.654937  normal  0.300039 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3433  FAD dependent oxidoreductase  30.29 
 
 
414 aa  157  3e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2431  D-amino-acid dehydrogenase  32.09 
 
 
416 aa  157  4e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0276149 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5465  FAD dependent oxidoreductase  30.71 
 
 
410 aa  156  6e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0375458 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2070  FAD dependent oxidoreductase  29.88 
 
 
413 aa  155  1e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0259945 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3709  FAD dependent oxidoreductase  30.02 
 
 
416 aa  154  2.9999999999999998e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.189981  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0725  D-amino-acid dehydrogenase  31.19 
 
 
414 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0605876  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3604  FAD dependent oxidoreductase  31.58 
 
 
413 aa  154  4e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0799  D-amino-acid dehydrogenase  31.82 
 
 
410 aa  154  4e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.491257 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5251  FAD dependent oxidoreductase  32.23 
 
 
413 aa  154  4e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0813  FAD dependent oxidoreductase  27.91 
 
 
441 aa  153  5.9999999999999996e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0064  FAD dependent oxidoreductase  31.98 
 
 
416 aa  153  7e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.711671  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0474  FAD dependent oxidoreductase  25.65 
 
 
421 aa  152  8.999999999999999e-36  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0742  FAD dependent oxidoreductase  30.71 
 
 
414 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0018802 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3334  D-amino-acid dehydrogenase  32.23 
 
 
413 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.281822  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23290  glycine/D-amino acid oxidase, deaminating  32.94 
 
 
420 aa  152  8.999999999999999e-36  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5033  D-amino-acid dehydrogenase  32.23 
 
 
413 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.548496 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0629  FAD dependent oxidoreductase  31.99 
 
 
440 aa  152  1e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4295  FAD dependent oxidoreductase  29.33 
 
 
417 aa  151  2e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000269255  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1218  FAD dependent oxidoreductase  28.64 
 
 
415 aa  151  2e-35  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5562  FAD dependent oxidoreductase  33.09 
 
 
425 aa  150  4e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1477  FAD dependent oxidoreductase  29.58 
 
 
420 aa  150  6e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.699089  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2746  oxidoreductase, FAD-dependent  26.05 
 
 
416 aa  149  1.0000000000000001e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.381224  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0822  FAD dependent oxidoreductase  30.31 
 
 
414 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.193909  normal  0.0469773 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1840  D-amino acid dehydrogenase, small subunit, putative  31.83 
 
 
435 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.815218  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>