More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3676 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3676  D-amino-acid dehydrogenase  100 
 
 		 432 aa  839    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6396  FAD dependent oxidoreductase  63.88 
 
 		 424 aa  544  1e-153  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0793  D-amino-acid dehydrogenase  63.92 
 
 		 438 aa  497  1e-139  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.186326  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2554  D-amino-acid dehydrogenase  60.94 
 
 		 434 aa  465  9.999999999999999e-131  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.100435  hitchhiker  0.00601757 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1259  putative D-amino-acid dehydrogenase, FAD dependent  51.68 
 
 		 435 aa  410  1e-113  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00889371 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3651  FAD dependent oxidoreductase  55.64 
 
 		 426 aa  409  1e-113  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.02824  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3636  FAD dependent oxidoreductase  52.76 
 
 		 423 aa  370  1e-101  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0728154 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1843  FAD dependent oxidoreductase  45.97 
 
 		 420 aa  337  2.9999999999999997e-91  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4074  FAD dependent oxidoreductase  41.39 
 
 		 419 aa  330  4e-89  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4364  FAD dependent oxidoreductase  41.53 
 
 		 431 aa  313  2.9999999999999996e-84  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0355  D-amino-acid dehydrogenase  40.24 
 
 		 415 aa  284  2.0000000000000002e-75  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0507  amino acid dehydrogenase transmembrane protein  41.67 
 
 		 423 aa  276  7e-73  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.133123 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1410  D-amino-acid dehydrogenase  39.66 
 
 		 415 aa  276  7e-73  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.320893  normal  0.0817919 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0398  FAD dependent oxidoreductase  40.65 
 
 		 427 aa  275  8e-73  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.588797 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0383  FAD dependent oxidoreductase  40.42 
 
 		 427 aa  274  2.0000000000000002e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0395  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.76 
 
 		 421 aa  269  8.999999999999999e-71  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4261  FAD dependent oxidoreductase  36.36 
 
 		 423 aa  226  7e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1727  putative D-amino acid dehydrogenase, small subunit  35.47 
 
 		 420 aa  223  6e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1706  FAD dependent oxidoreductase  35.56 
 
 		 420 aa  220  3.9999999999999997e-56  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.612598  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3864  D-amino-acid dehydrogenase  34.77 
 
 		 413 aa  219  1e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0116  D-amino-acid dehydrogenase  32.7 
 
 		 416 aa  218  1e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.658269  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1110  D-amino-acid dehydrogenase  35.47 
 
 		 420 aa  219  1e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6265  FAD dependent oxidoreductase  33.57 
 
 		 413 aa  216  5.9999999999999996e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00674063  normal  0.363363 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3322  FAD dependent oxidoreductase  34.76 
 
 		 435 aa  216  5.9999999999999996e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1416  D-amino-acid dehydrogenase  34.48 
 
 		 424 aa  216  9e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000529434  normal  0.0258271 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3200  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.08 
 
 		 428 aa  215  9.999999999999999e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0905906  normal  0.889782 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3464  FAD dependent oxidoreductase  37.8 
 
 		 416 aa  214  2.9999999999999995e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.135026 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2880  FAD dependent oxidoreductase  32.85 
 
 		 412 aa  212  1e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.402173  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0240  FAD dependent oxidoreductase  34.67 
 
 		 425 aa  210  4e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1533  D-amino-acid dehydrogenase  34.98 
 
 		 428 aa  206  9e-52  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000097225  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2360  D-amino-acid dehydrogenase  33.81 
 
 		 446 aa  202  7e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0223413  normal  0.51106 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0106  FAD dependent oxidoreductase  33.5 
 
 		 416 aa  202  7e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2305  D-amino-acid dehydrogenase  35.18 
 
 		 420 aa  202  9.999999999999999e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.467185  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0990  D-amino-acid dehydrogenase  37.97 
 
 		 413 aa  202  9.999999999999999e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4843  FAD dependent oxidoreductase  32.4 
 
 		 416 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.570392  normal  0.0122538 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2820  FAD dependent oxidoreductase  33.96 
 
 		 432 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00368627  normal  0.483121 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5338  FAD dependent oxidoreductase  32.79 
 
 		 409 aa  201  3e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.18927  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003672  D-amino acid dehydrogenase family protein in hydroxy-L-proline catabolic cluster  29.88 
 
 		 405 aa  200  3e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2316  D-amino acid dehydrogenase  38.23 
 
 		 413 aa  199  7e-50  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.944178  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4860  D-amino-acid dehydrogenase  36.59 
 
 		 406 aa  198  2.0000000000000003e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.643864 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1764  D-amino-acid dehydrogenase  34.6 
 
 		 422 aa  198  2.0000000000000003e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.124563  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6619  FAD dependent oxidoreductase  33.01 
 
 		 410 aa  193  6e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.664029 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1613  FAD dependent oxidoreductase  36.84 
 
 		 414 aa  192  9e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4136  FAD dependent oxidoreductase  35.78 
 
 		 415 aa  191  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2064  FAD dependent oxidoreductase  36.69 
 
 		 422 aa  190  4e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0107883  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1282  FAD dependent oxidoreductase  35.27 
 
 		 415 aa  189  9e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.783246  normal  0.547311 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1255  FAD dependent oxidoreductase  35.27 
 
 		 415 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.621856  normal  0.317392 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2708  D-amino-acid dehydrogenase  35.07 
 
 		 440 aa  187  3e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6455  FAD dependent oxidoreductase  35.56 
 
 		 409 aa  187  4e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.470028  normal  0.375061 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1434  D-amino-acid dehydrogenase  34.59 
 
 		 409 aa  187  5e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.221465  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6394  D-amino-acid dehydrogenase  34.59 
 
 		 409 aa  187  5e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3847  FAD dependent oxidoreductase  31.81 
 
 		 411 aa  186  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3970  FAD dependent oxidoreductase  33.66 
 
 		 411 aa  185  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0203  FAD dependent oxidoreductase  31.27 
 
 		 430 aa  182  1e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1866  FAD dependent oxidoreductase  32.76 
 
 		 434 aa  181  2e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.619946  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3955  FAD dependent oxidoreductase  32.05 
 
 		 411 aa  179  7e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5266  FAD dependent oxidoreductase  32.18 
 
 		 427 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.600372  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5199  FAD dependent oxidoreductase  30.5 
 
 		 440 aa  169  7e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.494361 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1447  putative D-amino acid dehydrogenase, small subunit  28.32 
 
 		 427 aa  167  2.9999999999999998e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.272098  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3227  FAD dependent oxidoreductase  31.68 
 
 		 430 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2698  D-amino-acid dehydrogenase  32.06 
 
 		 433 aa  160  3e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2282  FAD dependent oxidoreductase  31.89 
 
 		 417 aa  159  6e-38  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.877617  normal  0.634031 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2746  oxidoreductase, FAD-dependent  27.67 
 
 		 416 aa  159  9e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.381224  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1816  D-amino-acid dehydrogenase  31.34 
 
 		 417 aa  157  3e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.230934  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3648  D-amino-acid dehydrogenase  31.58 
 
 		 417 aa  157  4e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.581265 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0499  FAD dependent oxidoreductase  33.81 
 
 		 415 aa  156  5.0000000000000005e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2811  FAD dependent oxidoreductase  31.46 
 
 		 414 aa  156  8e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.630542  normal  0.814601 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1218  FAD dependent oxidoreductase  29.98 
 
 		 415 aa  154  2.9999999999999998e-36  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5589  D-amino-acid dehydrogenase  30.61 
 
 		 418 aa  154  4e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0932448  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3545  D-amino acid dehydrogenase  26.44 
 
 		 462 aa  150  4e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4274  FAD dependent oxidoreductase  25.72 
 
 		 418 aa  150  6e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1652  D-amino-acid dehydrogenase  30.17 
 
 		 418 aa  149  8e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.205537  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2256  D-amino acid dehydrogenase small subunit  31.78 
 
 		 428 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000681381  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3433  FAD dependent oxidoreductase  31.07 
 
 		 414 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2070  FAD dependent oxidoreductase  31.44 
 
 		 413 aa  147  4.0000000000000006e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0259945 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0900  FAD dependent oxidoreductase  27.03 
 
 		 417 aa  147  4.0000000000000006e-34  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2176  FAD dependent oxidoreductase  31.06 
 
 		 414 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0832957  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3596  FAD dependent oxidoreductase  31.06 
 
 		 414 aa  145  2e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.953552  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5571  FAD dependent oxidoreductase  27.03 
 
 		 415 aa  144  4e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.0000397488  normal  0.22054 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4295  FAD dependent oxidoreductase  31.1 
 
 		 417 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000269255  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1477  FAD dependent oxidoreductase  26.57 
 
 		 420 aa  142  1.9999999999999998e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.699089  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2320  FAD dependent oxidoreductase  30.12 
 
 		 414 aa  141  3e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.63288  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4901  FAD dependent oxidoreductase  30.17 
 
 		 416 aa  140  6e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3824  FAD dependent oxidoreductase  30.17 
 
 		 416 aa  140  6e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0886  FAD dependent oxidoreductase  32.02 
 
 		 439 aa  139  7e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.204512 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0804  D-amino acid dehydrogenase small subunit  30.63 
 
 		 433 aa  139  8.999999999999999e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.452249  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4777  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.72 
 
 		 416 aa  137  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.565064  normal  0.111911 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0813  FAD dependent oxidoreductase  27.52 
 
 		 441 aa  137  5e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5465  FAD dependent oxidoreductase  30.02 
 
 		 410 aa  136  8e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0375458 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0064  FAD dependent oxidoreductase  29.95 
 
 		 416 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.711671  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2537  FAD dependent oxidoreductase  30.99 
 
 		 414 aa  134  3e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.654937  normal  0.300039 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3709  FAD dependent oxidoreductase  28.21 
 
 		 416 aa  134  3.9999999999999996e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.189981  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0474  FAD dependent oxidoreductase  26.4 
 
 		 421 aa  133  5e-30  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0725  D-amino-acid dehydrogenase  32.56 
 
 		 414 aa  133  5e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0605876  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3174  FAD dependent oxidoreductase  27.46 
 
 		 418 aa  133  6.999999999999999e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0822  FAD dependent oxidoreductase  31.7 
 
 		 414 aa  133  6.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.193909  normal  0.0469773 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0367  D-amino-acid dehydrogenase  31.47 
 
 		 414 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0850  D-amino-acid dehydrogenase  31.47 
 
 		 414 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.173092  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4831  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.33 
 
 		 416 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0419861  normal  0.105025 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0630  amino acid dehydrogenase, putative  30.16 
 
 		 416 aa  131  2.0000000000000002e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.131096  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>