More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0240 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_0240  FAD dependent oxidoreductase  100 
 
 		 425 aa  863    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3464  FAD dependent oxidoreductase  41.75 
 
 		 416 aa  278  1e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.135026 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1706  FAD dependent oxidoreductase  38.7 
 
 		 420 aa  276  6e-73  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.612598  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1843  FAD dependent oxidoreductase  38.28 
 
 		 420 aa  271  1e-71  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0116  D-amino-acid dehydrogenase  36.99 
 
 		 416 aa  265  1e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.658269  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0507  amino acid dehydrogenase transmembrane protein  38.44 
 
 		 423 aa  264  2e-69  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.133123 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1764  D-amino-acid dehydrogenase  38.13 
 
 		 422 aa  263  3e-69  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.124563  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4364  FAD dependent oxidoreductase  38.24 
 
 		 431 aa  262  8e-69  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0398  FAD dependent oxidoreductase  38.52 
 
 		 427 aa  258  1e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.588797 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0383  FAD dependent oxidoreductase  38.28 
 
 		 427 aa  257  2e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2360  D-amino-acid dehydrogenase  37.7 
 
 		 446 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0223413  normal  0.51106 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5338  FAD dependent oxidoreductase  37.47 
 
 		 409 aa  254  3e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.18927  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2820  FAD dependent oxidoreductase  36.84 
 
 		 432 aa  251  3e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00368627  normal  0.483121 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0106  FAD dependent oxidoreductase  37.17 
 
 		 416 aa  246  6e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1110  D-amino-acid dehydrogenase  35.5 
 
 		 420 aa  246  6.999999999999999e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1447  putative D-amino acid dehydrogenase, small subunit  33.65 
 
 		 427 aa  245  9.999999999999999e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.272098  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1727  putative D-amino acid dehydrogenase, small subunit  35.91 
 
 		 420 aa  243  6e-63  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4843  FAD dependent oxidoreductase  33.41 
 
 		 416 aa  240  2.9999999999999997e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.570392  normal  0.0122538 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3200  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.09 
 
 		 428 aa  239  8e-62  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0905906  normal  0.889782 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6619  FAD dependent oxidoreductase  37.14 
 
 		 410 aa  239  9e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.664029 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6265  FAD dependent oxidoreductase  34.87 
 
 		 413 aa  236  7e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00674063  normal  0.363363 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1434  D-amino-acid dehydrogenase  36.65 
 
 		 409 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.221465  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6394  D-amino-acid dehydrogenase  36.65 
 
 		 409 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1533  D-amino-acid dehydrogenase  35.92 
 
 		 428 aa  233  5e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000097225  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3322  FAD dependent oxidoreductase  35.61 
 
 		 435 aa  232  8.000000000000001e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3970  FAD dependent oxidoreductase  35.12 
 
 		 411 aa  231  1e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0395  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35 
 
 		 421 aa  231  2e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5589  D-amino-acid dehydrogenase  35.01 
 
 		 418 aa  229  7e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0932448  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2554  D-amino-acid dehydrogenase  34.1 
 
 		 434 aa  226  5.0000000000000005e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.100435  hitchhiker  0.00601757 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1416  D-amino-acid dehydrogenase  35.98 
 
 		 424 aa  226  7e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000529434  normal  0.0258271 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3847  FAD dependent oxidoreductase  34.96 
 
 		 411 aa  225  1e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6455  FAD dependent oxidoreductase  36.17 
 
 		 409 aa  224  2e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.470028  normal  0.375061 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0203  FAD dependent oxidoreductase  33.81 
 
 		 430 aa  223  6e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2064  FAD dependent oxidoreductase  37.56 
 
 		 422 aa  222  9.999999999999999e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0107883  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3955  FAD dependent oxidoreductase  35.21 
 
 		 411 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3651  FAD dependent oxidoreductase  37.8 
 
 		 426 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.02824  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3864  D-amino-acid dehydrogenase  35.92 
 
 		 413 aa  221  1.9999999999999999e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4261  FAD dependent oxidoreductase  33.9 
 
 		 423 aa  220  3.9999999999999997e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4901  FAD dependent oxidoreductase  34.63 
 
 		 416 aa  219  7e-56  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3824  FAD dependent oxidoreductase  34.63 
 
 		 416 aa  219  7e-56  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2746  oxidoreductase, FAD-dependent  32.34 
 
 		 416 aa  218  2e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.381224  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1866  FAD dependent oxidoreductase  35.38 
 
 		 434 aa  217  2.9999999999999998e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.619946  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3648  D-amino-acid dehydrogenase  33.49 
 
 		 417 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.581265 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0844  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.22 
 
 		 415 aa  213  3.9999999999999995e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6396  FAD dependent oxidoreductase  34.44 
 
 		 424 aa  213  3.9999999999999995e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1259  putative D-amino-acid dehydrogenase, FAD dependent  34.13 
 
 		 435 aa  213  4.9999999999999996e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00889371 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1613  FAD dependent oxidoreductase  36.5 
 
 		 414 aa  212  1e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003672  D-amino acid dehydrogenase family protein in hydroxy-L-proline catabolic cluster  32.6 
 
 		 405 aa  211  2e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2282  FAD dependent oxidoreductase  33.97 
 
 		 417 aa  210  3e-53  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.877617  normal  0.634031 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1652  D-amino-acid dehydrogenase  34.13 
 
 		 418 aa  209  1e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.205537  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1816  D-amino-acid dehydrogenase  32.3 
 
 		 417 aa  208  1e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.230934  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2698  D-amino-acid dehydrogenase  33.97 
 
 		 433 aa  208  1e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2880  FAD dependent oxidoreductase  32.28 
 
 		 412 aa  208  2e-52  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.402173  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2811  FAD dependent oxidoreductase  30.56 
 
 		 414 aa  204  2e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.630542  normal  0.814601 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3676  D-amino-acid dehydrogenase  34.67 
 
 		 432 aa  203  4e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4860  D-amino-acid dehydrogenase  37.41 
 
 		 406 aa  203  5e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.643864 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1218  FAD dependent oxidoreductase  32.92 
 
 		 415 aa  203  5e-51  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0990  D-amino-acid dehydrogenase  36 
 
 		 413 aa  200  5e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0793  D-amino-acid dehydrogenase  34.2 
 
 		 438 aa  200  5e-50  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.186326  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4136  FAD dependent oxidoreductase  34.6 
 
 		 415 aa  199  6e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1410  D-amino-acid dehydrogenase  32.78 
 
 		 415 aa  199  6e-50  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.320893  normal  0.0817919 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0799  D-amino-acid dehydrogenase  33.01 
 
 		 410 aa  199  7.999999999999999e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.491257 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5465  FAD dependent oxidoreductase  32.29 
 
 		 410 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0375458 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2320  FAD dependent oxidoreductase  30.07 
 
 		 414 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.63288  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3596  FAD dependent oxidoreductase  29.83 
 
 		 414 aa  197  3e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.953552  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2176  FAD dependent oxidoreductase  29.83 
 
 		 414 aa  197  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0832957  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2708  D-amino-acid dehydrogenase  32.48 
 
 		 440 aa  196  9e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0064  FAD dependent oxidoreductase  31.95 
 
 		 416 aa  195  1e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.711671  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2316  D-amino acid dehydrogenase  35.91 
 
 		 413 aa  194  2e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.944178  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1282  FAD dependent oxidoreductase  33.96 
 
 		 415 aa  194  4e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.783246  normal  0.547311 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4480  FAD dependent oxidoreductase  33.01 
 
 		 414 aa  193  5e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1255  FAD dependent oxidoreductase  33.49 
 
 		 415 aa  192  8e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.621856  normal  0.317392 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0630  amino acid dehydrogenase, putative  30.05 
 
 		 416 aa  192  8e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.131096  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4295  FAD dependent oxidoreductase  32.21 
 
 		 417 aa  192  8e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000269255  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3709  FAD dependent oxidoreductase  30.6 
 
 		 416 aa  192  9e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.189981  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0342  FAD dependent oxidoreductase  32.38 
 
 		 417 aa  191  2e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.413406  normal  0.188233 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3636  FAD dependent oxidoreductase  35.18 
 
 		 423 aa  191  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0728154 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0900  FAD dependent oxidoreductase  29.23 
 
 		 417 aa  190  4e-47  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0355  D-amino-acid dehydrogenase  30.6 
 
 		 415 aa  190  5e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0742  FAD dependent oxidoreductase  32.78 
 
 		 414 aa  189  7e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0018802 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2537  FAD dependent oxidoreductase  32.3 
 
 		 414 aa  189  8e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.654937  normal  0.300039 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2305  D-amino-acid dehydrogenase  34.35 
 
 		 420 aa  188  1e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.467185  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0592  putative amino acid dehydrogenase  29.81 
 
 		 416 aa  188  1e-46  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0396  FAD dependent oxidoreductase  30.88 
 
 		 415 aa  189  1e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.128604 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0474  FAD dependent oxidoreductase  28.61 
 
 		 421 aa  187  2e-46  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0428  FAD dependent oxidoreductase  30.38 
 
 		 415 aa  187  3e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.163324 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0725  D-amino-acid dehydrogenase  32.78 
 
 		 414 aa  187  3e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0605876  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3940  D-amino-acid dehydrogenase  33.49 
 
 		 414 aa  187  4e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.401149  hitchhiker  0.00412438 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3227  FAD dependent oxidoreductase  33.91 
 
 		 430 aa  186  6e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1018  FAD dependent oxidoreductase  29.93 
 
 		 415 aa  186  6e-46  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0864419  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3604  FAD dependent oxidoreductase  31.55 
 
 		 413 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0499  FAD dependent oxidoreductase  32.61 
 
 		 415 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4442  D-amino-acid dehydrogenase  30.58 
 
 		 413 aa  185  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000997757 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4962  FAD dependent oxidoreductase  30.58 
 
 		 413 aa  184  3e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0181745  normal  0.52476 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1346  D-amino acid oxidase  29.45 
 
 		 415 aa  183  6e-45  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0584052  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3433  FAD dependent oxidoreductase  30.31 
 
 		 414 aa  183  6e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5251  FAD dependent oxidoreductase  31.8 
 
 		 413 aa  182  1e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3334  D-amino-acid dehydrogenase  31.8 
 
 		 413 aa  182  1e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.281822  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5033  D-amino-acid dehydrogenase  31.8 
 
 		 413 aa  182  1e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.548496 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0629  FAD dependent oxidoreductase  32.04 
 
 		 440 aa  181  2e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>