More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0398 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc0507  amino acid dehydrogenase transmembrane protein  80.19 
 
 		 423 aa  682    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.133123 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0383  FAD dependent oxidoreductase  96.25 
 
 		 427 aa  832    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0398  FAD dependent oxidoreductase  100 
 
 		 427 aa  867    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.588797 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4364  FAD dependent oxidoreductase  45.61 
 
 		 431 aa  344  1e-93  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1843  FAD dependent oxidoreductase  44.18 
 
 		 420 aa  328  1.0000000000000001e-88  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0395  D-amino acid dehydrogenase small subunit  42 
 
 		 421 aa  315  9e-85  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4261  FAD dependent oxidoreductase  41.55 
 
 		 423 aa  312  7.999999999999999e-84  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4843  FAD dependent oxidoreductase  39 
 
 		 416 aa  291  2e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.570392  normal  0.0122538 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3464  FAD dependent oxidoreductase  40.29 
 
 		 416 aa  278  1e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.135026 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1410  D-amino-acid dehydrogenase  37.59 
 
 		 415 aa  277  3e-73  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.320893  normal  0.0817919 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0116  D-amino-acid dehydrogenase  37.11 
 
 		 416 aa  275  1.0000000000000001e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.658269  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0355  D-amino-acid dehydrogenase  36.39 
 
 		 415 aa  270  5e-71  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1447  putative D-amino acid dehydrogenase, small subunit  38.3 
 
 		 427 aa  268  1e-70  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.272098  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6265  FAD dependent oxidoreductase  37.14 
 
 		 413 aa  266  4e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00674063  normal  0.363363 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1416  D-amino-acid dehydrogenase  36.97 
 
 		 424 aa  265  2e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000529434  normal  0.0258271 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3676  D-amino-acid dehydrogenase  40.56 
 
 		 432 aa  263  6e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6396  FAD dependent oxidoreductase  38.03 
 
 		 424 aa  259  5.0000000000000005e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0106  FAD dependent oxidoreductase  37.91 
 
 		 416 aa  259  8e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2820  FAD dependent oxidoreductase  38.57 
 
 		 432 aa  259  9e-68  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00368627  normal  0.483121 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1259  putative D-amino-acid dehydrogenase, FAD dependent  37.23 
 
 		 435 aa  258  1e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00889371 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2064  FAD dependent oxidoreductase  40.29 
 
 		 422 aa  258  1e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0107883  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2554  D-amino-acid dehydrogenase  41.28 
 
 		 434 aa  257  2e-67  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.100435  hitchhiker  0.00601757 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2880  FAD dependent oxidoreductase  34.79 
 
 		 412 aa  256  4e-67  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.402173  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1110  D-amino-acid dehydrogenase  35.73 
 
 		 420 aa  254  2.0000000000000002e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1706  FAD dependent oxidoreductase  37.26 
 
 		 420 aa  254  3e-66  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.612598  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003672  D-amino acid dehydrogenase family protein in hydroxy-L-proline catabolic cluster  35.01 
 
 		 405 aa  253  6e-66  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3970  FAD dependent oxidoreductase  37.1 
 
 		 411 aa  252  9.000000000000001e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4136  FAD dependent oxidoreductase  40.82 
 
 		 415 aa  251  1e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2305  D-amino-acid dehydrogenase  39.52 
 
 		 420 aa  251  2e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.467185  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0240  FAD dependent oxidoreductase  38.52 
 
 		 425 aa  251  2e-65  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0793  D-amino-acid dehydrogenase  39.67 
 
 		 438 aa  250  3e-65  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.186326  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2708  D-amino-acid dehydrogenase  37.96 
 
 		 440 aa  250  3e-65  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3847  FAD dependent oxidoreductase  34.31 
 
 		 411 aa  249  5e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1533  D-amino-acid dehydrogenase  38.63 
 
 		 428 aa  249  6e-65  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000097225  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1727  putative D-amino acid dehydrogenase, small subunit  35.73 
 
 		 420 aa  249  1e-64  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1764  D-amino-acid dehydrogenase  38.5 
 
 		 422 aa  248  1e-64  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.124563  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1255  FAD dependent oxidoreductase  39.61 
 
 		 415 aa  245  9e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.621856  normal  0.317392 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2360  D-amino-acid dehydrogenase  36.51 
 
 		 446 aa  245  9.999999999999999e-64  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0223413  normal  0.51106 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1218  FAD dependent oxidoreductase  36.48 
 
 		 415 aa  244  9.999999999999999e-64  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5338  FAD dependent oxidoreductase  36.04 
 
 		 409 aa  244  3e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.18927  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3955  FAD dependent oxidoreductase  34.55 
 
 		 411 aa  241  2e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1282  FAD dependent oxidoreductase  39.35 
 
 		 415 aa  241  2e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.783246  normal  0.547311 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6455  FAD dependent oxidoreductase  37.05 
 
 		 409 aa  241  2.9999999999999997e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.470028  normal  0.375061 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3651  FAD dependent oxidoreductase  39.01 
 
 		 426 aa  239  5.999999999999999e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.02824  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6619  FAD dependent oxidoreductase  36.08 
 
 		 410 aa  238  2e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.664029 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1434  D-amino-acid dehydrogenase  36.32 
 
 		 409 aa  236  7e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.221465  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6394  D-amino-acid dehydrogenase  36.32 
 
 		 409 aa  236  7e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3200  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.92 
 
 		 428 aa  235  1.0000000000000001e-60  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0905906  normal  0.889782 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3227  FAD dependent oxidoreductase  36.5 
 
 		 430 aa  233  7.000000000000001e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3636  FAD dependent oxidoreductase  37.71 
 
 		 423 aa  231  1e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0728154 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2746  oxidoreductase, FAD-dependent  32.59 
 
 		 416 aa  230  4e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.381224  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5266  FAD dependent oxidoreductase  35.75 
 
 		 427 aa  228  1e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.600372  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4074  FAD dependent oxidoreductase  33.41 
 
 		 419 aa  226  7e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3864  D-amino-acid dehydrogenase  35.92 
 
 		 413 aa  226  8e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0203  FAD dependent oxidoreductase  32.61 
 
 		 430 aa  225  1e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3322  FAD dependent oxidoreductase  33 
 
 		 435 aa  222  8e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1866  FAD dependent oxidoreductase  35.77 
 
 		 434 aa  214  2.9999999999999995e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.619946  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1613  FAD dependent oxidoreductase  35.02 
 
 		 414 aa  206  4e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4860  D-amino-acid dehydrogenase  35.41 
 
 		 406 aa  207  4e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.643864 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3648  D-amino-acid dehydrogenase  32.94 
 
 		 417 aa  204  3e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.581265 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2282  FAD dependent oxidoreductase  32.46 
 
 		 417 aa  203  4e-51  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.877617  normal  0.634031 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2316  D-amino acid dehydrogenase  35.07 
 
 		 413 aa  203  4e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.944178  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0990  D-amino-acid dehydrogenase  35.07 
 
 		 413 aa  203  4e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1816  D-amino-acid dehydrogenase  32.77 
 
 		 417 aa  198  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.230934  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5589  D-amino-acid dehydrogenase  30.94 
 
 		 418 aa  198  2.0000000000000003e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0932448  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3433  FAD dependent oxidoreductase  33.33 
 
 		 414 aa  197  3e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2698  D-amino-acid dehydrogenase  31.83 
 
 		 433 aa  197  4.0000000000000005e-49  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2070  FAD dependent oxidoreductase  33.01 
 
 		 413 aa  196  6e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0259945 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0900  FAD dependent oxidoreductase  30.57 
 
 		 417 aa  192  8e-48  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4480  FAD dependent oxidoreductase  31.89 
 
 		 414 aa  190  5e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1652  D-amino-acid dehydrogenase  31.25 
 
 		 418 aa  189  1e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.205537  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0799  D-amino-acid dehydrogenase  31.58 
 
 		 410 aa  188  1e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.491257 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0342  FAD dependent oxidoreductase  30.68 
 
 		 417 aa  188  2e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.413406  normal  0.188233 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5199  FAD dependent oxidoreductase  31.25 
 
 		 440 aa  187  2e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.494361 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0844  D-amino acid dehydrogenase small subunit  30.51 
 
 		 415 aa  187  3e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3824  FAD dependent oxidoreductase  30.7 
 
 		 416 aa  187  4e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4901  FAD dependent oxidoreductase  30.7 
 
 		 416 aa  187  4e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0428  FAD dependent oxidoreductase  29.64 
 
 		 415 aa  186  6e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.163324 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0474  FAD dependent oxidoreductase  27.55 
 
 		 421 aa  184  2.0000000000000003e-45  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0064  FAD dependent oxidoreductase  31.4 
 
 		 416 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.711671  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0396  FAD dependent oxidoreductase  29.57 
 
 		 415 aa  183  5.0000000000000004e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.128604 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1018  FAD dependent oxidoreductase  28.67 
 
 		 415 aa  182  1e-44  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0864419  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4295  FAD dependent oxidoreductase  33.17 
 
 		 417 aa  181  2.9999999999999997e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000269255  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5465  FAD dependent oxidoreductase  29.02 
 
 		 410 aa  180  4.999999999999999e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0375458 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1477  FAD dependent oxidoreductase  28.92 
 
 		 420 aa  180  5.999999999999999e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.699089  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2537  FAD dependent oxidoreductase  33.96 
 
 		 414 aa  179  7e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.654937  normal  0.300039 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0725  D-amino-acid dehydrogenase  32.78 
 
 		 414 aa  179  7e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0605876  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1346  D-amino acid oxidase  27.73 
 
 		 415 aa  179  1e-43  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0584052  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0742  FAD dependent oxidoreductase  32.3 
 
 		 414 aa  178  1e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0018802 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0720  FAD-dependent oxidoreductase  33.18 
 
 		 416 aa  177  3e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0868  FAD dependent oxidoreductase  33.09 
 
 		 446 aa  177  4e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.585687  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1840  D-amino acid dehydrogenase, small subunit, putative  32.31 
 
 		 435 aa  177  4e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.815218  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4442  D-amino-acid dehydrogenase  31.74 
 
 		 413 aa  177  4e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000997757 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3604  FAD dependent oxidoreductase  33.33 
 
 		 413 aa  177  4e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4962  FAD dependent oxidoreductase  31.74 
 
 		 413 aa  177  5e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0181745  normal  0.52476 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3596  FAD dependent oxidoreductase  30.71 
 
 		 414 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.953552  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2176  FAD dependent oxidoreductase  30.71 
 
 		 414 aa  174  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0832957  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3940  D-amino-acid dehydrogenase  32.94 
 
 		 414 aa  173  5e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.401149  hitchhiker  0.00412438 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2811  FAD dependent oxidoreductase  30.46 
 
 		 414 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.630542  normal  0.814601 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2320  FAD dependent oxidoreductase  30.48 
 
 		 414 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.63288  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>