More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3200 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3200  D-amino acid dehydrogenase small subunit  100 
 
 		 428 aa  868    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0905906  normal  0.889782 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3864  D-amino-acid dehydrogenase  54.88 
 
 		 413 aa  436  1e-121  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4860  D-amino-acid dehydrogenase  55.78 
 
 		 406 aa  416  9.999999999999999e-116  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.643864 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1727  putative D-amino acid dehydrogenase, small subunit  47.74 
 
 		 420 aa  394  1e-108  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3322  FAD dependent oxidoreductase  48.74 
 
 		 435 aa  389  1e-107  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1110  D-amino-acid dehydrogenase  46.62 
 
 		 420 aa  385  1e-105  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3464  FAD dependent oxidoreductase  41.16 
 
 		 416 aa  299  6e-80  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.135026 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4843  FAD dependent oxidoreductase  39.51 
 
 		 416 aa  285  1.0000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.570392  normal  0.0122538 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1416  D-amino-acid dehydrogenase  37.25 
 
 		 424 aa  280  5e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000529434  normal  0.0258271 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1843  FAD dependent oxidoreductase  39.18 
 
 		 420 aa  279  9e-74  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2064  FAD dependent oxidoreductase  40.59 
 
 		 422 aa  273  3e-72  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0107883  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2360  D-amino-acid dehydrogenase  38.33 
 
 		 446 aa  268  2e-70  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0223413  normal  0.51106 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6265  FAD dependent oxidoreductase  34.79 
 
 		 413 aa  266  5e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00674063  normal  0.363363 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1764  D-amino-acid dehydrogenase  38.63 
 
 		 422 aa  262  6.999999999999999e-69  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.124563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1706  FAD dependent oxidoreductase  38.16 
 
 		 420 aa  262  1e-68  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.612598  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0383  FAD dependent oxidoreductase  34.7 
 
 		 427 aa  256  6e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0395  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.93 
 
 		 421 aa  254  2.0000000000000002e-66  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0398  FAD dependent oxidoreductase  34.7 
 
 		 427 aa  253  6e-66  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.588797 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4364  FAD dependent oxidoreductase  36.39 
 
 		 431 aa  252  1e-65  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0507  amino acid dehydrogenase transmembrane protein  35.77 
 
 		 423 aa  251  2e-65  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.133123 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0116  D-amino-acid dehydrogenase  36.78 
 
 		 416 aa  250  3e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.658269  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0240  FAD dependent oxidoreductase  36.21 
 
 		 425 aa  249  6e-65  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0106  FAD dependent oxidoreductase  38.31 
 
 		 416 aa  249  6e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2820  FAD dependent oxidoreductase  35.53 
 
 		 432 aa  246  6.999999999999999e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00368627  normal  0.483121 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1447  putative D-amino acid dehydrogenase, small subunit  34.2 
 
 		 427 aa  244  1.9999999999999999e-63  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.272098  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5338  FAD dependent oxidoreductase  33.74 
 
 		 409 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.18927  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0203  FAD dependent oxidoreductase  33.33 
 
 		 430 aa  238  2e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4261  FAD dependent oxidoreductase  36 
 
 		 423 aa  237  4e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6396  FAD dependent oxidoreductase  35.48 
 
 		 424 aa  236  8e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1866  FAD dependent oxidoreductase  36.95 
 
 		 434 aa  234  2.0000000000000002e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.619946  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1533  D-amino-acid dehydrogenase  37.95 
 
 		 428 aa  233  4.0000000000000004e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000097225  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3651  FAD dependent oxidoreductase  34.44 
 
 		 426 aa  224  2e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.02824  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6455  FAD dependent oxidoreductase  33.99 
 
 		 409 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.470028  normal  0.375061 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6619  FAD dependent oxidoreductase  34.15 
 
 		 410 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.664029 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003672  D-amino acid dehydrogenase family protein in hydroxy-L-proline catabolic cluster  35.35 
 
 		 405 aa  219  5e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1255  FAD dependent oxidoreductase  36.41 
 
 		 415 aa  219  7e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.621856  normal  0.317392 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3676  D-amino-acid dehydrogenase  33.57 
 
 		 432 aa  218  2e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1282  FAD dependent oxidoreductase  36.17 
 
 		 415 aa  215  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.783246  normal  0.547311 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1434  D-amino-acid dehydrogenase  33.66 
 
 		 409 aa  213  7.999999999999999e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.221465  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6394  D-amino-acid dehydrogenase  33.66 
 
 		 409 aa  213  7.999999999999999e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4136  FAD dependent oxidoreductase  35.04 
 
 		 415 aa  211  2e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2746  oxidoreductase, FAD-dependent  32.3 
 
 		 416 aa  208  1e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.381224  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1613  FAD dependent oxidoreductase  33.5 
 
 		 414 aa  207  4e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2708  D-amino-acid dehydrogenase  34.19 
 
 		 440 aa  204  2e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3227  FAD dependent oxidoreductase  35.25 
 
 		 430 aa  204  3e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5266  FAD dependent oxidoreductase  34 
 
 		 427 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.600372  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2554  D-amino-acid dehydrogenase  33.95 
 
 		 434 aa  199  5e-50  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.100435  hitchhiker  0.00601757 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3970  FAD dependent oxidoreductase  29.85 
 
 		 411 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1259  putative D-amino-acid dehydrogenase, FAD dependent  30.6 
 
 		 435 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00889371 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0793  D-amino-acid dehydrogenase  32.11 
 
 		 438 aa  197  3e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.186326  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2880  FAD dependent oxidoreductase  29.3 
 
 		 412 aa  197  4.0000000000000005e-49  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.402173  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4074  FAD dependent oxidoreductase  32.46 
 
 		 419 aa  194  2e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0990  D-amino-acid dehydrogenase  32.77 
 
 		 413 aa  191  2e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2305  D-amino-acid dehydrogenase  33.18 
 
 		 420 aa  191  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.467185  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5589  D-amino-acid dehydrogenase  31.18 
 
 		 418 aa  189  8e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0932448  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1218  FAD dependent oxidoreductase  31.68 
 
 		 415 aa  188  2e-46  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3847  FAD dependent oxidoreductase  29.8 
 
 		 411 aa  188  2e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2316  D-amino acid dehydrogenase  32.52 
 
 		 413 aa  186  5e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.944178  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3636  FAD dependent oxidoreductase  32.63 
 
 		 423 aa  186  7e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0728154 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1410  D-amino-acid dehydrogenase  30.66 
 
 		 415 aa  181  2e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.320893  normal  0.0817919 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0313  D-amino acid dehydrogenase small subunit  30.46 
 
 		 421 aa  180  4e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3955  FAD dependent oxidoreductase  30.1 
 
 		 411 aa  179  5.999999999999999e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0444  D-amino-acid dehydrogenase  32.78 
 
 		 434 aa  179  5.999999999999999e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3648  D-amino-acid dehydrogenase  31.12 
 
 		 417 aa  179  9e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.581265 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1346  D-amino acid oxidase  27.68 
 
 		 415 aa  173  5.999999999999999e-42  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0584052  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5571  FAD dependent oxidoreductase  30.19 
 
 		 415 aa  172  1e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.0000397488  normal  0.22054 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0474  FAD dependent oxidoreductase  28.3 
 
 		 421 aa  172  1e-41  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1018  FAD dependent oxidoreductase  27.79 
 
 		 415 aa  172  1e-41  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0864419  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03073  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.12 
 
 		 428 aa  172  1e-41  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1318  D-amino acid dehydrogenase small subunit  31.65 
 
 		 419 aa  171  3e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0355  D-amino-acid dehydrogenase  28.92 
 
 		 415 aa  171  3e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3545  D-amino acid dehydrogenase  28.35 
 
 		 462 aa  170  6e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0813  FAD dependent oxidoreductase  29.53 
 
 		 441 aa  169  7e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01910  D-amino acid dehydrogenase subunit  30.19 
 
 		 416 aa  168  2e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.492063  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1816  D-amino-acid dehydrogenase  29.45 
 
 		 417 aa  168  2e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.230934  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1924  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.81 
 
 		 435 aa  166  5e-40  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.385338  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2000  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.81 
 
 		 435 aa  166  5.9999999999999996e-40  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.881788  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2698  D-amino-acid dehydrogenase  28.64 
 
 		 433 aa  166  8e-40  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0742  FAD dependent oxidoreductase  31.54 
 
 		 414 aa  166  9e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0018802 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2282  FAD dependent oxidoreductase  28.74 
 
 		 417 aa  165  1.0000000000000001e-39  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.877617  normal  0.634031 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0428  FAD dependent oxidoreductase  28.98 
 
 		 415 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.163324 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1724  FAD dependent oxidoreductase  29.23 
 
 		 414 aa  164  3e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0725  D-amino-acid dehydrogenase  31.44 
 
 		 414 aa  164  3e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0605876  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4295  FAD dependent oxidoreductase  30.36 
 
 		 417 aa  164  4.0000000000000004e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000269255  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0200  D-amino acid dehydrogenase small subunit  30.7 
 
 		 433 aa  163  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00229652 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0900  FAD dependent oxidoreductase  27.4 
 
 		 417 aa  163  5.0000000000000005e-39  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0499  FAD dependent oxidoreductase  31.25 
 
 		 415 aa  163  5.0000000000000005e-39  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4901  FAD dependent oxidoreductase  27.38 
 
 		 416 aa  162  8.000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5270  D-amino acid dehydrogenase small subunit  30.7 
 
 		 434 aa  162  8.000000000000001e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0829502  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3824  FAD dependent oxidoreductase  27.38 
 
 		 416 aa  162  8.000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5180  D-amino acid dehydrogenase small subunit  30.7 
 
 		 434 aa  162  1e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0763537 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5322  D-amino acid dehydrogenase small subunit  30.7 
 
 		 434 aa  162  1e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.116126 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2537  FAD dependent oxidoreductase  30.84 
 
 		 414 aa  162  1e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.654937  normal  0.300039 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2811  FAD dependent oxidoreductase  28.26 
 
 		 414 aa  162  1e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.630542  normal  0.814601 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1655  D-amino-acid dehydrogenase  28.57 
 
 		 414 aa  161  2e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0719166  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0844  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.22 
 
 		 415 aa  161  2e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2070  FAD dependent oxidoreductase  29.52 
 
 		 413 aa  161  2e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0259945 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0245  D-amino acid dehydrogenase small subunit  30.7 
 
 		 432 aa  161  2e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1981  D-amino acid dehydrogenase small subunit  30.88 
 
 		 416 aa  160  4e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.200719  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5526  D-amino acid dehydrogenase small subunit  30.22 
 
 		 434 aa  159  6e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.46762 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>