More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3545 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3545  D-amino acid dehydrogenase  100 
 
 		 462 aa  957    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0813  FAD dependent oxidoreductase  63.04 
 
 		 441 aa  568  1e-161  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5571  FAD dependent oxidoreductase  41.8 
 
 		 415 aa  351  1e-95  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.0000397488  normal  0.22054 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4274  FAD dependent oxidoreductase  41.52 
 
 		 418 aa  351  2e-95  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1477  FAD dependent oxidoreductase  41.67 
 
 		 420 aa  345  8.999999999999999e-94  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.699089  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0499  FAD dependent oxidoreductase  35.81 
 
 		 415 aa  309  6.999999999999999e-83  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5199  FAD dependent oxidoreductase  34.44 
 
 		 440 aa  288  2e-76  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.494361 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3032  FAD dependent oxidoreductase  34.34 
 
 		 437 aa  239  8e-62  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.451614  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01910  D-amino acid dehydrogenase subunit  30.8 
 
 		 416 aa  223  4.9999999999999996e-57  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.492063  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2712  FAD dependent oxidoreductase  33.49 
 
 		 415 aa  217  2.9999999999999998e-55  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2256  D-amino acid dehydrogenase small subunit  30.23 
 
 		 428 aa  216  8e-55  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000681381  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004326  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.55 
 
 		 418 aa  198  2.0000000000000003e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6265  FAD dependent oxidoreductase  28.86 
 
 		 413 aa  188  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00674063  normal  0.363363 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3967  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.87 
 
 		 433 aa  188  2e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.194472  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1656  D-amino acid dehydrogenase small subunit  30.28 
 
 		 428 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2240  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.45 
 
 		 428 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1997  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.35 
 
 		 434 aa  184  3e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.990336  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0408  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.63 
 
 		 428 aa  184  3e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0222  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.63 
 
 		 428 aa  184  3e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2864  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.63 
 
 		 428 aa  184  3e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.367842  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2107  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.35 
 
 		 434 aa  184  3e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.625399  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0927  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.63 
 
 		 428 aa  184  3e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2361  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.35 
 
 		 434 aa  184  3e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0438978  normal  0.320379 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2551  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.63 
 
 		 428 aa  184  3e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2597  FAD dependent oxidoreductase  28.54 
 
 		 415 aa  184  4.0000000000000006e-45  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2974  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.63 
 
 		 428 aa  183  7e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2925  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.63 
 
 		 428 aa  183  7e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0808  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.85 
 
 		 416 aa  182  8.000000000000001e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1843  FAD dependent oxidoreductase  28.51 
 
 		 420 aa  182  1e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0804  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.07 
 
 		 433 aa  181  2.9999999999999997e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.452249  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0101  D-amino acid dehydrogenase, small subunit  29.93 
 
 		 433 aa  179  1e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2360  D-amino-acid dehydrogenase  29.11 
 
 		 446 aa  179  1e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0223413  normal  0.51106 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0313  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.67 
 
 		 421 aa  179  1e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3117  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.2 
 
 		 432 aa  179  1e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.459659  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4434  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.35 
 
 		 432 aa  178  2e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.615719  hitchhiker  0.00000811455 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2746  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.34 
 
 		 434 aa  178  2e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0984937  decreased coverage  0.0000603863 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0791  D-amino acid dehydrogenase small subunit  30.45 
 
 		 417 aa  178  2e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000194872 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47980  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.73 
 
 		 432 aa  178  2e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2547  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.48 
 
 		 434 aa  177  3e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6079  D-amino acid dehydrogenase small subunit  27.33 
 
 		 421 aa  177  3e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0444  D-amino-acid dehydrogenase  27.85 
 
 		 434 aa  177  3e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0585  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.98 
 
 		 428 aa  177  4e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1064  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.98 
 
 		 428 aa  177  4e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1706  FAD dependent oxidoreductase  27.49 
 
 		 420 aa  176  6e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.612598  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0796  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.5 
 
 		 429 aa  176  6e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.661102  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1023  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.41 
 
 		 428 aa  176  7e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4178  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.41 
 
 		 428 aa  176  8e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.157527  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2797  d-amino-acid dehydrogenase  28.14 
 
 		 419 aa  176  9e-43  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.337327  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0647  D-amino-acid dehydrogenase  27.86 
 
 		 452 aa  176  9e-43  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.685795  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0235  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.49 
 
 		 433 aa  176  9.999999999999999e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5526  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.54 
 
 		 434 aa  175  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.46762 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0245  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.23 
 
 		 432 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03073  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.02 
 
 		 428 aa  174  3.9999999999999995e-42  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4831  D-amino acid dehydrogenase small subunit  27.19 
 
 		 416 aa  173  5e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0419861  normal  0.105025 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0867  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.64 
 
 		 429 aa  173  5e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.872467  normal  0.695937 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0940  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.86 
 
 		 428 aa  173  5.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01164  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.77 
 
 		 432 aa  173  6.999999999999999e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000419065  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2459  Methylated-DNA--(protein)-cysteine S-methyltransferase  29.77 
 
 		 432 aa  173  6.999999999999999e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000162707  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0200  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.32 
 
 		 433 aa  173  6.999999999999999e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00229652 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01174  hypothetical protein  29.77 
 
 		 432 aa  173  6.999999999999999e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000272828  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1334  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.77 
 
 		 432 aa  173  6.999999999999999e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.000000000195044  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2436  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.77 
 
 		 432 aa  173  6.999999999999999e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0019507  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1292  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.77 
 
 		 432 aa  173  6.999999999999999e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000190637  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2389  D-amino-acid dehydrogenase  26.81 
 
 		 439 aa  172  7.999999999999999e-42  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1960  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.77 
 
 		 434 aa  172  7.999999999999999e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00842903  normal  0.752905 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1676  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.77 
 
 		 434 aa  172  7.999999999999999e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000458622  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4821  D-amino-acid dehydrogenase  28.41 
 
 		 419 aa  173  7.999999999999999e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0052408 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1347  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.77 
 
 		 432 aa  172  9e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.15982  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5270  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.1 
 
 		 434 aa  172  1e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0829502  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0926  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.38 
 
 		 429 aa  172  1e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.531144  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2005  D-amino acid dehydrogenase small subunit  26.71 
 
 		 416 aa  172  1e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.143364  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0740  D-amino acid dehydrogenase small subunit  27.19 
 
 		 434 aa  172  1e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.968608  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0944  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.64 
 
 		 428 aa  172  1e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.972933  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1957  D-amino acid dehydrogenase small subunit  26.49 
 
 		 417 aa  171  2e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3470  D-amino-acid dehydrogenase  25.91 
 
 		 458 aa  172  2e-41  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.721107 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5322  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.1 
 
 		 434 aa  172  2e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.116126 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4777  D-amino acid dehydrogenase small subunit  26.54 
 
 		 416 aa  171  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.565064  normal  0.111911 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2864  D-amino-acid dehydrogenase  26.2 
 
 		 417 aa  171  2e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.30815  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0765  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.05 
 
 		 428 aa  171  3e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.555163 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5180  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.1 
 
 		 434 aa  171  3e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0763537 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1818  D-amino-acid dehydrogenase  28.22 
 
 		 419 aa  171  4e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3886  D-amino-acid dehydrogenase  28.12 
 
 		 436 aa  170  5e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.694538 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1330  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.3 
 
 		 432 aa  170  6e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000545747  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1945  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.3 
 
 		 432 aa  170  6e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.290196  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1941  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.3 
 
 		 432 aa  169  7e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.377151  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3159  D-amino-acid dehydrogenase  28.12 
 
 		 436 aa  169  7e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1515  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.3 
 
 		 432 aa  169  7e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.684243  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2001  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.3 
 
 		 432 aa  169  7e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.21848  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1981  D-amino acid dehydrogenase small subunit  26.59 
 
 		 416 aa  169  1e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.200719  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1318  D-amino acid dehydrogenase small subunit  25.49 
 
 		 419 aa  169  1e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4364  FAD dependent oxidoreductase  28.64 
 
 		 431 aa  169  1e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23290  glycine/D-amino acid oxidase, deaminating  27.19 
 
 		 420 aa  169  1e-40  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2363  D-amino acid dehydrogenase small subunit  30 
 
 		 432 aa  167  2e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.28713  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2253  D-amino acid dehydrogenase small subunit  26.27 
 
 		 417 aa  167  2e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.299864  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0355  D-amino-acid dehydrogenase  26.5 
 
 		 415 aa  168  2e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0528  D-amino-acid dehydrogenase  27.53 
 
 		 443 aa  168  2e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.0091768  hitchhiker  0.00000110387 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2304  D-amino-acid dehydrogenase  28.29 
 
 		 421 aa  167  5e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.018021 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0369  D-amino-acid dehydrogenase  26.91 
 
 		 421 aa  167  5e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.621585  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1001  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.89 
 
 		 429 aa  167  5e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.835424 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70040  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.35 
 
 		 432 aa  167  5e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>