More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_2256 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008148  Rxyl_2256  D-amino acid dehydrogenase small subunit  100 
 
 		 428 aa  853    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000681381  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3545  D-amino acid dehydrogenase  30.65 
 
 		 462 aa  232  9e-60  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0499  FAD dependent oxidoreductase  38.46 
 
 		 415 aa  231  3e-59  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2597  FAD dependent oxidoreductase  35.35 
 
 		 415 aa  226  6e-58  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4274  FAD dependent oxidoreductase  33.01 
 
 		 418 aa  223  4.9999999999999996e-57  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0813  FAD dependent oxidoreductase  31.63 
 
 		 441 aa  222  8e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0827  D-amino-acid dehydrogenase  35.82 
 
 		 419 aa  213  7e-54  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.365024  normal  0.0750347 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2712  FAD dependent oxidoreductase  33.5 
 
 		 415 aa  211  2e-53  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01910  D-amino acid dehydrogenase subunit  32.61 
 
 		 416 aa  209  6e-53  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.492063  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5199  FAD dependent oxidoreductase  33.41 
 
 		 440 aa  206  6e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.494361 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2431  D-amino-acid dehydrogenase  33.09 
 
 		 416 aa  204  3e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0276149 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3032  FAD dependent oxidoreductase  31.51 
 
 		 437 aa  204  3e-51  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.451614  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1477  FAD dependent oxidoreductase  30.96 
 
 		 420 aa  199  1.0000000000000001e-49  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.699089  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23290  glycine/D-amino acid oxidase, deaminating  32.76 
 
 		 420 aa  191  2e-47  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5571  FAD dependent oxidoreductase  29.58 
 
 		 415 aa  190  4e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.0000397488  normal  0.22054 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2797  d-amino-acid dehydrogenase  31.85 
 
 		 419 aa  189  7e-47  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.337327  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0955  D-amino-acid dehydrogenase  32.07 
 
 		 416 aa  188  1e-46  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.249989 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6265  FAD dependent oxidoreductase  31.44 
 
 		 413 aa  187  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00674063  normal  0.363363 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3470  D-amino-acid dehydrogenase  31.49 
 
 		 458 aa  186  6e-46  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.721107 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0383  FAD dependent oxidoreductase  30.5 
 
 		 427 aa  185  2.0000000000000003e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0398  FAD dependent oxidoreductase  30.5 
 
 		 427 aa  184  3e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.588797 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4843  FAD dependent oxidoreductase  30.51 
 
 		 416 aa  183  4.0000000000000006e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.570392  normal  0.0122538 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1818  D-amino-acid dehydrogenase  33.58 
 
 		 419 aa  184  4.0000000000000006e-45  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3847  FAD dependent oxidoreductase  30.56 
 
 		 411 aa  183  6e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1843  FAD dependent oxidoreductase  30.46 
 
 		 420 aa  182  1e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3464  FAD dependent oxidoreductase  34.14 
 
 		 416 aa  179  5.999999999999999e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.135026 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4780  D-amino-acid dehydrogenase  30.98 
 
 		 432 aa  178  1e-43  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.778742 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3955  FAD dependent oxidoreductase  30.32 
 
 		 411 aa  177  3e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5615  D-amino-acid dehydrogenase  31.45 
 
 		 417 aa  177  3e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.133637  normal  0.925695 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3967  D-amino acid dehydrogenase small subunit  31.21 
 
 		 433 aa  177  3e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.194472  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5235  D-amino-acid dehydrogenase  31.45 
 
 		 417 aa  176  7e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.288943  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5323  D-amino-acid dehydrogenase  31.45 
 
 		 417 aa  176  7e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.161486 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0507  amino acid dehydrogenase transmembrane protein  29.93 
 
 		 423 aa  176  8e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.133123 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0751  D-amino-acid dehydrogenase  30 
 
 		 433 aa  175  1.9999999999999998e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1275  FAD dependent oxidoreductase  32.2 
 
 		 482 aa  174  2.9999999999999996e-42  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.189046  normal  0.90193 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1416  D-amino-acid dehydrogenase  29.98 
 
 		 424 aa  173  5e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000529434  normal  0.0258271 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70040  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.74 
 
 		 432 aa  172  9e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4364  FAD dependent oxidoreductase  30.33 
 
 		 431 aa  172  1e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6078  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.74 
 
 		 432 aa  172  1e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2880  FAD dependent oxidoreductase  29.76 
 
 		 412 aa  171  2e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.402173  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1087  FAD dependent oxidoreductase  32.85 
 
 		 425 aa  168  1e-40  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2064  FAD dependent oxidoreductase  31.23 
 
 		 422 aa  168  2e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0107883  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1410  D-amino-acid dehydrogenase  28.54 
 
 		 415 aa  168  2e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.320893  normal  0.0817919 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0116  D-amino-acid dehydrogenase  30.1 
 
 		 416 aa  168  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.658269  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0886  FAD dependent oxidoreductase  31.53 
 
 		 439 aa  168  2e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.204512 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4261  FAD dependent oxidoreductase  29.34 
 
 		 423 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0528  D-amino-acid dehydrogenase  29.16 
 
 		 443 aa  167  4e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.0091768  hitchhiker  0.00000110387 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5270  D-amino acid dehydrogenase small subunit  30.22 
 
 		 434 aa  167  5e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0829502  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3159  D-amino-acid dehydrogenase  30.09 
 
 		 436 aa  166  5.9999999999999996e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4777  D-amino acid dehydrogenase small subunit  30.62 
 
 		 416 aa  166  6.9999999999999995e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.565064  normal  0.111911 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4507  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.26 
 
 		 439 aa  166  6.9999999999999995e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.251273 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0090  D-amino-acid dehydrogenase  29.98 
 
 		 446 aa  166  6.9999999999999995e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0071  D-amino-acid dehydrogenase  30.21 
 
 		 454 aa  166  6.9999999999999995e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3886  D-amino-acid dehydrogenase  29.69 
 
 		 436 aa  166  8e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.694538 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5180  D-amino acid dehydrogenase small subunit  30.22 
 
 		 434 aa  166  8e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0763537 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1546  FAD dependent oxidoreductase  31.23 
 
 		 419 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2304  D-amino-acid dehydrogenase  30.91 
 
 		 421 aa  165  1.0000000000000001e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.018021 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004326  D-amino acid dehydrogenase small subunit  27.87 
 
 		 418 aa  166  1.0000000000000001e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5322  D-amino acid dehydrogenase small subunit  30.46 
 
 		 434 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.116126 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4229  D-amino-acid dehydrogenase  31.74 
 
 		 415 aa  166  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.825619  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0101  D-amino acid dehydrogenase, small subunit  31.41 
 
 		 433 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3596  FAD dependent oxidoreductase  28.12 
 
 		 424 aa  165  2.0000000000000002e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.307288  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1110  D-amino-acid dehydrogenase  30.94 
 
 		 420 aa  165  2.0000000000000002e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2389  D-amino-acid dehydrogenase  30.71 
 
 		 439 aa  164  3e-39  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3842  D-amino acid dehydrogenase small subunit  30.72 
 
 		 418 aa  163  5.0000000000000005e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0647  D-amino-acid dehydrogenase  27.76 
 
 		 452 aa  163  5.0000000000000005e-39  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.685795  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0804  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.18 
 
 		 433 aa  163  5.0000000000000005e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.452249  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0200  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.98 
 
 		 433 aa  163  6e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00229652 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0245  D-amino acid dehydrogenase small subunit  30.02 
 
 		 432 aa  163  6e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1259  putative D-amino-acid dehydrogenase, FAD dependent  29.79 
 
 		 435 aa  163  7e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00889371 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3174  FAD dependent oxidoreductase  29.4 
 
 		 418 aa  162  7e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2253  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.45 
 
 		 417 aa  162  2e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.299864  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0235  D-amino acid dehydrogenase small subunit  30.6 
 
 		 433 aa  161  2e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4831  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.63 
 
 		 416 aa  161  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0419861  normal  0.105025 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1318  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.18 
 
 		 419 aa  162  2e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2380  D-amino-acid dehydrogenase  29.04 
 
 		 428 aa  161  2e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3117  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.48 
 
 		 432 aa  162  2e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.459659  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1727  putative D-amino acid dehydrogenase, small subunit  30.42 
 
 		 420 aa  161  2e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3970  FAD dependent oxidoreductase  30.4 
 
 		 411 aa  161  3e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5290  D-amino-acid dehydrogenase  31.33 
 
 		 413 aa  160  3e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.483786 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5526  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.15 
 
 		 434 aa  160  3e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.46762 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0198  FAD dependent oxidoreductase  31.71 
 
 		 408 aa  160  3e-38  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.777626  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6079  D-amino acid dehydrogenase small subunit  30.39 
 
 		 421 aa  161  3e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_5009  D-amino-acid dehydrogenase  28.79 
 
 		 448 aa  160  3e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.435309  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1444  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.91 
 
 		 416 aa  160  4e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.492956  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2093  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.54 
 
 		 416 aa  158  2e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.59754  normal  0.0350619 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3994  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.51 
 
 		 441 aa  158  2e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1656  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.67 
 
 		 428 aa  158  2e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1533  D-amino-acid dehydrogenase  29.25 
 
 		 428 aa  158  2e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000097225  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0313  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.4 
 
 		 421 aa  157  3e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2240  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.44 
 
 		 428 aa  157  3e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2746  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.26 
 
 		 434 aa  157  4e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0984937  decreased coverage  0.0000603863 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0240  FAD dependent oxidoreductase  31.35 
 
 		 425 aa  157  4e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3630  D-amino-acid dehydrogenase  28.44 
 
 		 417 aa  157  4e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000258766 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1023  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.16 
 
 		 428 aa  157  4e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0444  D-amino-acid dehydrogenase  31.71 
 
 		 434 aa  157  4e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4708  D-amino-acid dehydrogenase  31.96 
 
 		 416 aa  156  6e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0268741 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0585  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.16 
 
 		 428 aa  156  6e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1064  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.16 
 
 		 428 aa  156  6e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1957  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.74 
 
 		 417 aa  156  8e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>