More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0355 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_0355  D-amino-acid dehydrogenase  100 
 
 
415 aa  854    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1410  D-amino-acid dehydrogenase  61.69 
 
 
415 aa  537  1e-151  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.320893  normal  0.0817919 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1843  FAD dependent oxidoreductase  41.55 
 
 
420 aa  323  4e-87  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6396  FAD dependent oxidoreductase  39.33 
 
 
424 aa  292  9e-78  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1259  putative D-amino-acid dehydrogenase, FAD dependent  38.8 
 
 
435 aa  275  1.0000000000000001e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00889371 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4364  FAD dependent oxidoreductase  38.41 
 
 
431 aa  275  1.0000000000000001e-72  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0395  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.54 
 
 
421 aa  273  6e-72  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0507  amino acid dehydrogenase transmembrane protein  37.71 
 
 
423 aa  271  1e-71  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.133123 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0398  FAD dependent oxidoreductase  36.39 
 
 
427 aa  270  5e-71  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.588797 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0383  FAD dependent oxidoreductase  36.63 
 
 
427 aa  268  2e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3676  D-amino-acid dehydrogenase  40.24 
 
 
432 aa  265  8e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3651  FAD dependent oxidoreductase  36.75 
 
 
426 aa  249  4e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.02824  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0793  D-amino-acid dehydrogenase  37.65 
 
 
438 aa  248  1e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.186326  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3636  FAD dependent oxidoreductase  37.02 
 
 
423 aa  240  2.9999999999999997e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0728154 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4074  FAD dependent oxidoreductase  34.69 
 
 
419 aa  240  2.9999999999999997e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2880  FAD dependent oxidoreductase  34.38 
 
 
412 aa  236  4e-61  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.402173  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2554  D-amino-acid dehydrogenase  35.14 
 
 
434 aa  232  8.000000000000001e-60  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.100435  hitchhiker  0.00601757 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6265  FAD dependent oxidoreductase  33.01 
 
 
413 aa  231  2e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00674063  normal  0.363363 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6619  FAD dependent oxidoreductase  34.31 
 
 
410 aa  229  5e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.664029 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4843  FAD dependent oxidoreductase  34.23 
 
 
416 aa  227  2e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.570392  normal  0.0122538 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5338  FAD dependent oxidoreductase  33.41 
 
 
409 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.18927  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3464  FAD dependent oxidoreductase  36.39 
 
 
416 aa  224  3e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.135026 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2820  FAD dependent oxidoreductase  33.98 
 
 
432 aa  217  2.9999999999999998e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00368627  normal  0.483121 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4261  FAD dependent oxidoreductase  32.35 
 
 
423 aa  214  2.9999999999999995e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1533  D-amino-acid dehydrogenase  35.32 
 
 
428 aa  210  3e-53  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000097225  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1706  FAD dependent oxidoreductase  33.65 
 
 
420 aa  209  1e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.612598  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2064  FAD dependent oxidoreductase  34.47 
 
 
422 aa  208  2e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0107883  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2708  D-amino-acid dehydrogenase  34.47 
 
 
440 aa  207  3e-52  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1866  FAD dependent oxidoreductase  35.04 
 
 
434 aa  206  5e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.619946  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6455  FAD dependent oxidoreductase  32.85 
 
 
409 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.470028  normal  0.375061 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0116  D-amino-acid dehydrogenase  31.87 
 
 
416 aa  202  9.999999999999999e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.658269  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2360  D-amino-acid dehydrogenase  31.35 
 
 
446 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0223413  normal  0.51106 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0428  FAD dependent oxidoreductase  32.37 
 
 
415 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.163324 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003672  D-amino acid dehydrogenase family protein in hydroxy-L-proline catabolic cluster  30.07 
 
 
405 aa  199  1.0000000000000001e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1434  D-amino-acid dehydrogenase  32.03 
 
 
409 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.221465  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6394  D-amino-acid dehydrogenase  32.03 
 
 
409 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3433  FAD dependent oxidoreductase  32.44 
 
 
414 aa  197  3e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4136  FAD dependent oxidoreductase  35.16 
 
 
415 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1764  D-amino-acid dehydrogenase  32.23 
 
 
422 aa  194  2e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.124563  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0106  FAD dependent oxidoreductase  32.32 
 
 
416 aa  192  7e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1255  FAD dependent oxidoreductase  34.5 
 
 
415 aa  192  8e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.621856  normal  0.317392 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1416  D-amino-acid dehydrogenase  31.66 
 
 
424 aa  192  1e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000529434  normal  0.0258271 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4901  FAD dependent oxidoreductase  30.32 
 
 
416 aa  192  1e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3824  FAD dependent oxidoreductase  30.32 
 
 
416 aa  192  1e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1282  FAD dependent oxidoreductase  34.5 
 
 
415 aa  192  1e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.783246  normal  0.547311 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0844  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.33 
 
 
415 aa  190  4e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0396  FAD dependent oxidoreductase  31.65 
 
 
415 aa  189  5e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.128604 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1613  FAD dependent oxidoreductase  33.65 
 
 
414 aa  189  7e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0990  D-amino-acid dehydrogenase  33.59 
 
 
413 aa  187  2e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5199  FAD dependent oxidoreductase  30.34 
 
 
440 aa  188  2e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.494361 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2070  FAD dependent oxidoreductase  31.05 
 
 
413 aa  187  4e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0259945 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1110  D-amino-acid dehydrogenase  31.58 
 
 
420 aa  187  4e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2316  D-amino acid dehydrogenase  33.75 
 
 
413 aa  186  6e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.944178  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2811  FAD dependent oxidoreductase  32.12 
 
 
414 aa  186  6e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.630542  normal  0.814601 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2305  D-amino-acid dehydrogenase  33.17 
 
 
420 aa  186  9e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.467185  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5589  D-amino-acid dehydrogenase  30.34 
 
 
418 aa  185  1.0000000000000001e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0932448  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0630  amino acid dehydrogenase, putative  30.24 
 
 
416 aa  184  2.0000000000000003e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.131096  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1727  putative D-amino acid dehydrogenase, small subunit  31.33 
 
 
420 aa  184  2.0000000000000003e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0064  FAD dependent oxidoreductase  31.48 
 
 
416 aa  184  3e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.711671  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1447  putative D-amino acid dehydrogenase, small subunit  29.5 
 
 
427 aa  183  6e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.272098  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3847  FAD dependent oxidoreductase  29.15 
 
 
411 aa  182  9.000000000000001e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5465  FAD dependent oxidoreductase  31.31 
 
 
410 aa  181  2e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0375458 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0240  FAD dependent oxidoreductase  30.6 
 
 
425 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0592  putative amino acid dehydrogenase  29.76 
 
 
416 aa  180  4e-44  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2320  FAD dependent oxidoreductase  30.75 
 
 
414 aa  179  7e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.63288  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0499  FAD dependent oxidoreductase  31.52 
 
 
415 aa  178  1e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1218  FAD dependent oxidoreductase  29.28 
 
 
415 aa  178  1e-43  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1816  D-amino-acid dehydrogenase  29.27 
 
 
417 aa  177  3e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.230934  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3955  FAD dependent oxidoreductase  28.86 
 
 
411 aa  177  3e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2176  FAD dependent oxidoreductase  30.99 
 
 
414 aa  177  4e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0832957  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3596  FAD dependent oxidoreductase  30.99 
 
 
414 aa  176  6e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.953552  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0725  D-amino-acid dehydrogenase  32.54 
 
 
414 aa  176  9e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0605876  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4442  D-amino-acid dehydrogenase  29.88 
 
 
413 aa  176  9e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000997757 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3940  D-amino-acid dehydrogenase  31.96 
 
 
414 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.401149  hitchhiker  0.00412438 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0813  FAD dependent oxidoreductase  28.44 
 
 
441 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3970  FAD dependent oxidoreductase  29.29 
 
 
411 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4962  FAD dependent oxidoreductase  29.88 
 
 
413 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0181745  normal  0.52476 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4274  FAD dependent oxidoreductase  28.09 
 
 
418 aa  174  2.9999999999999996e-42  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0900  FAD dependent oxidoreductase  30 
 
 
417 aa  174  2.9999999999999996e-42  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0742  FAD dependent oxidoreductase  32.06 
 
 
414 aa  174  3.9999999999999995e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0018802 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0822  FAD dependent oxidoreductase  32.13 
 
 
414 aa  173  5.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.193909  normal  0.0469773 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0203  FAD dependent oxidoreductase  29.87 
 
 
430 aa  173  6.999999999999999e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3604  FAD dependent oxidoreductase  30.1 
 
 
413 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3864  D-amino-acid dehydrogenase  30.27 
 
 
413 aa  172  1e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2537  FAD dependent oxidoreductase  30.51 
 
 
414 aa  172  1e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.654937  normal  0.300039 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3648  D-amino-acid dehydrogenase  28.64 
 
 
417 aa  172  1e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.581265 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0367  D-amino-acid dehydrogenase  32.13 
 
 
414 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0850  D-amino-acid dehydrogenase  32.13 
 
 
414 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.173092  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1652  D-amino-acid dehydrogenase  29.37 
 
 
418 aa  170  4e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.205537  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2797  d-amino-acid dehydrogenase  32.86 
 
 
419 aa  169  7e-41  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.337327  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2698  D-amino-acid dehydrogenase  29.2 
 
 
433 aa  169  7e-41  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2746  oxidoreductase, FAD-dependent  27.82 
 
 
416 aa  169  8e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.381224  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3545  D-amino acid dehydrogenase  26.5 
 
 
462 aa  168  1e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0342  FAD dependent oxidoreductase  29.64 
 
 
417 aa  168  1e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.413406  normal  0.188233 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3334  D-amino-acid dehydrogenase  30.43 
 
 
413 aa  169  1e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.281822  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5251  FAD dependent oxidoreductase  30.43 
 
 
413 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5033  D-amino-acid dehydrogenase  30.43 
 
 
413 aa  169  1e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.548496 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2282  FAD dependent oxidoreductase  29.33 
 
 
417 aa  167  2e-40  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.877617  normal  0.634031 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1477  FAD dependent oxidoreductase  28.75 
 
 
420 aa  167  2e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.699089  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0629  FAD dependent oxidoreductase  29.95 
 
 
440 aa  167  4e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>