More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3470 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_3470  D-amino-acid dehydrogenase  100 
 
 		 458 aa  888    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.721107 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1275  FAD dependent oxidoreductase  68.56 
 
 		 482 aa  562  1.0000000000000001e-159  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.189046  normal  0.90193 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1818  D-amino-acid dehydrogenase  61.79 
 
 		 419 aa  472  1e-132  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0647  D-amino-acid dehydrogenase  54.07 
 
 		 452 aa  427  1e-118  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.685795  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0955  D-amino-acid dehydrogenase  55.06 
 
 		 416 aa  405  1e-111  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.249989 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23290  glycine/D-amino acid oxidase, deaminating  53.11 
 
 		 420 aa  398  1e-109  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2797  d-amino-acid dehydrogenase  49.28 
 
 		 419 aa  391  1e-107  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.337327  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1087  FAD dependent oxidoreductase  52.73 
 
 		 425 aa  365  1e-99  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2431  D-amino-acid dehydrogenase  48.8 
 
 		 416 aa  363  3e-99  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0276149 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2597  FAD dependent oxidoreductase  49.52 
 
 		 415 aa  362  8e-99  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3596  FAD dependent oxidoreductase  49.28 
 
 		 424 aa  351  2e-95  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.307288  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0827  D-amino-acid dehydrogenase  51.23 
 
 		 419 aa  341  1e-92  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.365024  normal  0.0750347 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5323  D-amino-acid dehydrogenase  47.85 
 
 		 417 aa  325  1e-87  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.161486 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5235  D-amino-acid dehydrogenase  47.85 
 
 		 417 aa  325  1e-87  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.288943  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5615  D-amino-acid dehydrogenase  47.61 
 
 		 417 aa  322  6e-87  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.133637  normal  0.925695 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4780  D-amino-acid dehydrogenase  46.19 
 
 		 432 aa  321  9.999999999999999e-87  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.778742 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0198  FAD dependent oxidoreductase  41.83 
 
 		 408 aa  273  5.000000000000001e-72  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.777626  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1477  FAD dependent oxidoreductase  31.33 
 
 		 420 aa  187  3e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.699089  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0813  FAD dependent oxidoreductase  29.16 
 
 		 441 aa  173  6.999999999999999e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2256  D-amino acid dehydrogenase small subunit  30.86 
 
 		 428 aa  172  1e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000681381  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3545  D-amino acid dehydrogenase  25.91 
 
 		 462 aa  172  2e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6265  FAD dependent oxidoreductase  32.48 
 
 		 413 aa  170  5e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00674063  normal  0.363363 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0245  D-amino acid dehydrogenase small subunit  30.26 
 
 		 432 aa  162  1e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1410  D-amino-acid dehydrogenase  29.43 
 
 		 415 aa  160  3e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.320893  normal  0.0817919 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5199  FAD dependent oxidoreductase  33.25 
 
 		 440 aa  160  4e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.494361 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01910  D-amino acid dehydrogenase subunit  32.57 
 
 		 416 aa  159  1e-37  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.492063  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5270  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.48 
 
 		 434 aa  157  3e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0829502  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0804  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.37 
 
 		 433 aa  157  3e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.452249  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4274  FAD dependent oxidoreductase  27.55 
 
 		 418 aa  157  4e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5322  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.48 
 
 		 434 aa  156  7e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.116126 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5180  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.48 
 
 		 434 aa  156  9e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0763537 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0200  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.48 
 
 		 433 aa  156  9e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00229652 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0235  D-amino acid dehydrogenase small subunit  30.75 
 
 		 433 aa  155  1e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0101  D-amino acid dehydrogenase, small subunit  30.42 
 
 		 433 aa  155  2e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4434  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.71 
 
 		 432 aa  152  1e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.615719  hitchhiker  0.00000811455 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5526  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.08 
 
 		 434 aa  151  2e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.46762 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0499  FAD dependent oxidoreductase  32.62 
 
 		 415 aa  152  2e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3117  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.85 
 
 		 432 aa  147  4.0000000000000006e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.459659  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0355  D-amino-acid dehydrogenase  28.81 
 
 		 415 aa  147  4.0000000000000006e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47980  D-amino acid dehydrogenase small subunit  30.35 
 
 		 432 aa  147  5e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70040  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.84 
 
 		 432 aa  147  5e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6078  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.84 
 
 		 432 aa  145  1e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2304  D-amino-acid dehydrogenase  30.02 
 
 		 421 aa  145  2e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.018021 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6455  FAD dependent oxidoreductase  33.41 
 
 		 409 aa  145  2e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.470028  normal  0.375061 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1259  putative D-amino-acid dehydrogenase, FAD dependent  31.9 
 
 		 435 aa  143  7e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00889371 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5571  FAD dependent oxidoreductase  27.71 
 
 		 415 aa  143  7e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.0000397488  normal  0.22054 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5338  FAD dependent oxidoreductase  32.86 
 
 		 409 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.18927  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2712  FAD dependent oxidoreductase  26.85 
 
 		 415 aa  142  1.9999999999999998e-32  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3970  FAD dependent oxidoreductase  31.06 
 
 		 411 aa  142  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1843  FAD dependent oxidoreductase  32.09 
 
 		 420 aa  140  3e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0240  FAD dependent oxidoreductase  31.03 
 
 		 425 aa  140  7e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0673  D-amino-acid dehydrogenase  29.23 
 
 		 417 aa  138  2e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.180164  hitchhiker  0.00553067 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6079  D-amino acid dehydrogenase small subunit  27.76 
 
 		 421 aa  138  2e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1434  D-amino-acid dehydrogenase  32.78 
 
 		 409 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.221465  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6394  D-amino-acid dehydrogenase  32.78 
 
 		 409 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4229  D-amino-acid dehydrogenase  30.48 
 
 		 415 aa  137  4e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.825619  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0444  D-amino-acid dehydrogenase  29.55 
 
 		 434 aa  137  4e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1301  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.78 
 
 		 418 aa  137  5e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3174  FAD dependent oxidoreductase  28.06 
 
 		 418 aa  136  9e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1655  D-amino-acid dehydrogenase  30.88 
 
 		 414 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0719166  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0808  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.5 
 
 		 416 aa  134  3e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3955  FAD dependent oxidoreductase  31.68 
 
 		 411 aa  134  3e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1444  D-amino acid dehydrogenase small subunit  27.43 
 
 		 416 aa  134  3e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.492956  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4843  FAD dependent oxidoreductase  30.66 
 
 		 416 aa  134  3.9999999999999996e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.570392  normal  0.0122538 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3967  D-amino acid dehydrogenase small subunit  27.6 
 
 		 433 aa  133  6e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.194472  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2093  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.27 
 
 		 416 aa  133  6e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.59754  normal  0.0350619 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3842  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.5 
 
 		 436 aa  133  6e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.190955  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3994  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.43 
 
 		 441 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4821  D-amino-acid dehydrogenase  31.08 
 
 		 419 aa  132  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0052408 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1706  FAD dependent oxidoreductase  27.75 
 
 		 420 aa  130  3e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.612598  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0866  D-amino acid dehydrogenase small subunit  27.21 
 
 		 416 aa  130  3e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0290796  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0507  amino acid dehydrogenase transmembrane protein  32.37 
 
 		 423 aa  130  4.0000000000000003e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.133123 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2547  D-amino acid dehydrogenase small subunit  26.99 
 
 		 434 aa  130  4.0000000000000003e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3113  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.25 
 
 		 436 aa  130  5.0000000000000004e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0924  D-amino acid dehydrogenase small subunit  27.21 
 
 		 416 aa  130  6e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2820  FAD dependent oxidoreductase  26.25 
 
 		 432 aa  130  7.000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00368627  normal  0.483121 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4507  D-amino acid dehydrogenase small subunit  27.61 
 
 		 439 aa  129  9.000000000000001e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.251273 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2389  D-amino-acid dehydrogenase  28.57 
 
 		 439 aa  129  9.000000000000001e-29  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3709  FAD dependent oxidoreductase  27.53 
 
 		 416 aa  129  9.000000000000001e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.189981  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2880  FAD dependent oxidoreductase  30.56 
 
 		 412 aa  129  1.0000000000000001e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.402173  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2070  FAD dependent oxidoreductase  30.4 
 
 		 413 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0259945 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4831  D-amino acid dehydrogenase small subunit  27.98 
 
 		 416 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0419861  normal  0.105025 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4777  D-amino acid dehydrogenase small subunit  27.99 
 
 		 416 aa  129  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.565064  normal  0.111911 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3847  FAD dependent oxidoreductase  30.63 
 
 		 411 aa  127  3e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0313  D-amino acid dehydrogenase small subunit  26.75 
 
 		 421 aa  127  3e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0990  D-amino-acid dehydrogenase  30.02 
 
 		 413 aa  127  3e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0558  D-amino-acid dehydrogenase small subunit  27.42 
 
 		 419 aa  127  4.0000000000000003e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1652  D-amino-acid dehydrogenase  31.19 
 
 		 418 aa  127  5e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.205537  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2698  D-amino-acid dehydrogenase  32.79 
 
 		 433 aa  127  5e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0751  D-amino-acid dehydrogenase  27.29 
 
 		 433 aa  127  5e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3886  D-amino-acid dehydrogenase  28.94 
 
 		 436 aa  127  6e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.694538 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2316  D-amino acid dehydrogenase  30.02 
 
 		 413 aa  126  6e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.944178  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1318  D-amino acid dehydrogenase small subunit  26 
 
 		 419 aa  126  8.000000000000001e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0222  D-amino acid dehydrogenase small subunit  27.43 
 
 		 428 aa  126  1e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0408  D-amino acid dehydrogenase small subunit  27.43 
 
 		 428 aa  126  1e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2551  D-amino acid dehydrogenase small subunit  27.43 
 
 		 428 aa  126  1e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0927  D-amino acid dehydrogenase small subunit  27.43 
 
 		 428 aa  126  1e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2864  D-amino acid dehydrogenase small subunit  27.43 
 
 		 428 aa  126  1e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.367842  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1924  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.61 
 
 		 435 aa  125  1e-27  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.385338  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03073  D-amino acid dehydrogenase small subunit  27.01 
 
 		 428 aa  125  1e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>